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companion-inc/feynman
GitHub提供学术文献的搜索、阅读、问答及代码仓库查看功能，支持语义与关键词检索，可管理论文注解。
Install All Skills
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Skills in Collection (48)
提供学术文献的搜索、阅读、问答及代码仓库查看功能，支持语义与关键词检索，可管理论文注解。
用户询问学术论文相关内容
需要查找特定主题的研究报告
要求阅读或解析具体论文内容
针对论文提出具体问题
检查论文关联的代码库
管理论文的个人注解
npx skills add companion-inc/feynman --skill alpha-research -g -y
用于执行或审计基于AlphaFold2的蛋白质结构预测工作流，支持单体/多聚体预测、MSA处理及置信度评估。
需要预测蛋白质三维结构
验证AlphaFold风格输出结果
npx skills add companion-inc/feynman --skill alphafold2 -g -y
用于优化研究指标、运行实验循环、迭代提升模型或检索评估性能，以及基准测试研究假设的自动化研究实验流程。
用户要求优化研究指标
用户要求运行实验循环
用户要求迭代改进模型/检索/评估性能
用户要求进行基准测试
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用于运行或规划 Boltz 生物分子结构预测，涵盖输入标准化、执行环境验证、结果保存及置信度解读。强调将输出视为假设并需结合文献验证，适用于蛋白质、复合物及核酸组装体的研究任务。
需要进行生物分子结构预测
询问 Boltz 设置或输入输出解释
需要复现结构预测结果
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用于非编码变异影响、调控序列设计及表达预测的监管基因组建模技能。涵盖固定基因组构建、确认模型路由、构建输入数据、保存预测结果及对比证据等标准化工作流。
需要分析非编码变异的影响
进行调控序列设计
执行基因表达预测任务
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用于执行Chai-1生物分子复合物结构预测与置信度审查。涵盖输入清单构建、执行路径验证、结果捕获及结构证据审核，适用于多聚体、配体等预测场景。
请求Chai-1结构预测
需要生成Chai-1输入清单
评估多聚体或配体结构置信度
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为科研任务配置可复现的计算环境，涵盖Python/R包、GPU库及容器等依赖管理。通过识别需求、选择运行方式、验证凭证并编写环境笔记，执行冒烟测试以确保环境就绪。
需要配置Python或R包环境
需要设置GPU库或容器运行时
准备运行科研计算任务
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用于向 Feynman 仓库贡献代码，包括功能开发、Bug修复、提示词更新及文档改进。涵盖 CLI、运行时、子代理行为变更及发布流程调整，要求执行测试、类型检查和构建验证。
需要向 Feynman 仓库提交 PR
修改项目源码或配置
更新文档或发布流程
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用于配置Feynman研究工作台，包括专家、技能、连接器及权限等。通过选择最细粒度持久层实现定制化，并验证变更效果，构建可复用的研究能力。
需要自定义Feynman研究工作台配置
创建可复用的Feynman研究能力
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执行深度研究工作流，针对任意主题进行多源调查与综合分析。通过研究者、验证者和审查者协作，生成带有出处追踪的引用研究报告，适用于需要详尽分析和事实核查的场景。
用户请求深度研究
要求进行全面分析
需要撰写深入报告
要求进行多源调查
npx skills add companion-inc/feynman --skill deep-research -g -y
用于执行或规划DiffDock分子对接工作流，涵盖蛋白-配体姿态预测、结构准备、结果验证及排名假设生成。
蛋白-配体姿态预测
对接设置与准备
对接结果验证
npx skills add companion-inc/feynman --skill diffdock -g -y
提供在隔离 Docker 容器中安全运行研究代码的能力，支持实验复现、基准测试及 GPU 工作负载，确保系统状态不被污染。
用户选择 Docker Sandbox 作为执行环境
要求在不信任的代码或实验中安全运行代码
需要隔离环境进行实验或基准测试
npx skills add companion-inc/feynman --skill docker -g -y
将复杂研究、论文或技术概念用通俗语言解释，通过类比和清晰结构降低理解门槛。适用于用户要求简化术语或解释晦涩内容时。
用户说 'ELI5 this'
请求简单解释论文或研究成果
要求去除专业术语
询问技术密集内容的实际含义
npx skills add companion-inc/feynman --skill eli5 -g -y
用于快速预测蛋白质结构的技能，支持无MSA折叠、序列分选、变异结构筛查及置信度审查。
需要快速蛋白质折叠假设
序列分选任务
变异结构筛查
结构置信度审查
npx skills add companion-inc/feynman --skill esmfold2 -g -y
用于生物序列建模的Skill，支持DNA/RNA/蛋白质序列的生成、评分及变异效应分析。涵盖定义目标、验证模型环境、记录参数、区分事实与预测、以及基于数据库和实验验证候选结果的全流程工作。
需要分析或生成DNA/RNA/蛋白质序列
进行生物序列的变体效应评估
执行长上下文生物建模任务
npx skills add companion-inc/feynman --skill evo2 -g -y
利用ESM2蛋白质语言模型进行序列嵌入、突变评分、同源分析及表示分析，支持聚类与功能初筛，强调结果验证与数据完整性。
需要蛋白质嵌入向量
执行零样本变异评分
进行序列-功能分选
蛋白质序列聚类分析
npx skills add companion-inc/feynman --skill fair-esm2 -g -y
用于生成出版级多面板科学图表，涵盖从声明提炼、面板规划、样式应用到最终渲染与审查的全流程，确保数据真实性和图表可读性。
需要创建多面板科学图表
进行图表布局规划或评审
npx skills add companion-inc/feynman --skill figure-composer -g -y
规范科研图表绘制与审查流程，确保数据可复现、标签准确及视觉清晰。
生成科研图表
审查图表质量
可视化数据展示
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用于构建生物医学适应症档案，整合疾病生物学、靶点依据、患者分层及临床试验等证据。
询问疾病生物学机制
需要靶点合理性分析
请求患者分层或生物标志物信息
查询临床试验与竞争格局
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用于检查研究任务的运行状态、调度跟进及持久化工件。当用户询问研究工作流当前状态或需要获取运行时详情时触发，支持展示子代理任务和磁盘上的监控/复制产物。
查询研究工作流运行状态
检查调度的研究跟进任务
查看持久化监控或复制工件
npx skills add companion-inc/feynman --skill jobs -g -y
用于配体感知蛋白质序列设计的技能，涵盖基于小分子环境的残基重设计、约束设置及设计评分。通过记录结构信息、验证模型可用性、过滤输出并独立校验，生成符合特定配体接触和结构置信度的候选序列。
配体感知蛋白质设计
残基重设计
带约束的蛋白质设计
设计评分与筛选
npx skills add companion-inc/feynman --skill ligandmpnn -g -y
执行文献综述，通过论文搜索和原始来源综合，生成学术领域状态总结及带有溯源信息的报告。
用户请求文献综述
用户要求论文调查
用户询问研究领域的现状
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用于在Feynman中注册和管理模型端点，涵盖定义参数、配置连接方式、安全存储凭证及实现生命周期检查。支持本地或远程服务，确保端点可用性与健康状态验证。
需要注册新的模型端点
执行端点健康检查
配置端点认证与启动脚本
进行推理连通性测试
npx skills add companion-inc/feynman --skill managed-model-endpoints -g -y
从论文、数据集和代码中查找可实施的机器学习训练方案，用于微调、训练或复现模型。
用户想要微调或训练模型
用户需要复现或选择ML方法
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用于在 Modal 无服务器基础设施上运行研究基准测试或模型复现任务，提供突发 GPU 算力支持。通过 CLI 执行 Python 脚本进行实验，适用于无需持久状态的研究场景。
需要突发 GPU 算力的研究实验
运行基准测试或模型复现任务
使用 Modal CLI 执行远程计算
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用于执行或规划OpenFold3结构预测工作流。涵盖输入标准化、环境验证、结果保存及与AlphaFold等模型的对比，确保可复现性和版本溯源。
需要蛋白质或复合物结构预测
进行模型比较或评估可复现性
npx skills add companion-inc/feynman --skill openfold3 -g -y
对比论文主张与公开代码库，用于审计论文、检查代码-声明一致性、验证可复现性及发现实现差异。
审计论文
检查代码与声明的一致性
验证特定论文的可复现性
查找论文与实现之间的不匹配
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用于优化科学论文论证逻辑的Skill，通过提取核心主张、识别证据链缺口并重构图表顺序来提升文章说服力。
需要优化论文论证结构
分析证据链完整性
调整图表顺序以增强逻辑流
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将研究成果转化为包含章节、公式和引用的专业论文草稿。适用于用户请求撰写论文、起草报告或整理研究发现等场景，通过writer和verifier代理生成最终文档。
撰写学术论文
起草技术报告
整理并输出研究发现
生成基于研究的技术文档
npx skills add companion-inc/feynman --skill paper-writing -g -y
用于跨页阅读和交叉验证科学PDF内容，提取方法、图表、引用等关键信息并保留来源锚点，确保答案基于多部分证据而非单页。
需要从多个页面或章节综合回答的PDF查询
需要验证结论与正文、补充材料或引用一致性的场景
npx skills add companion-inc/feynman --skill pdf-explore -g -y
提供 Markdown、LaTeX、PDF 及代码文件的预览功能，支持浏览器渲染与 PDF 导出。当内置命令不可用时，自动降级使用 shell 或浏览器工具打开文件，便于用户快速审阅文档和报告。
需要预览生成的文档内容
查看渲染后的 Markdown 或 PDF 文件
导出报告为 PDF
npx skills add companion-inc/feynman --skill preview -g -y
用于回答关于Feynman产品行为、运行时、设置及技能状态的问题，通过查阅源码和实时状态确保事实准确，避免基于过时信息推断。
询问Feynman的功能或能力边界
查询当前技能、连接器或模型配置
验证产品运行状态或命令资源
npx skills add companion-inc/feynman --skill product-self-knowledge -g -y
用于固定骨架蛋白质序列设计的技能，支持突变建议、固定残基及设计过滤。涵盖从结构输入到候选序列验证的完整工作流，强调结果需经结构与实验验证。
需要基于固定骨架进行蛋白质序列设计
请求突变建议或固定残基处理
涉及蛋白质设计结果的过滤与筛选
npx skills add companion-inc/feynman --skill proteinmpnn -g -y
指导将 Feynman 研究笔记本或实验任务分发至 Modal 执行。涵盖凭据验证、资源限制、作业提交及生命周期管理，适用于 GPU 或可复现的远程计算场景。
需要调度 GPU 作业
执行可复现的远程计算任务
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用于在SSH、Slurm或实验室主机上运行远程计算任务，涵盖环境配置、作业提交、日志收集及工件同步。
需要在远程主机执行科研任务
需要管理Slurm集群作业
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用于规划并执行论文、声明或基准测试的复现工作。引导用户选择环境后，利用研究代理生成复现计划、脚本及结果输出，适用于验证实验结果或构建复现包。
复现论文结果
实证验证声明
构建复现包
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对AI研究论文或草稿进行严格的建设性内部审查，识别弱点并提供反馈，适用于提交前的质量评估。
用户要求审查AI研究论文或草稿
需要获取对学术文档的批评性反馈
希望在提交前发现潜在弱点
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用于在 RunPod 上配置和管理持久化 GPU Pod，支持 SSH 访问和文件传输。专为需要长期运行、涉及大规模数据集或基准测试的研究实验提供计算资源管理。
需要进行长时间运行的 GPU 研究实验
需要为基准测试或模型复制分配持久化 GPU 实例
需要通过 SSH 远程访问和控制云端 GPU 环境
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用于单细胞基础模型分析，涵盖嵌入生成、扰动预测、细胞注释及基因程序分析。规范数据记录、预处理、模型验证及结果对比流程，确保元数据与标记基因支持，保障分析可追溯性。
需要单细胞嵌入向量
进行细胞类型注释
预测基因扰动效应
分析基因调控程序
npx skills add companion-inc/feynman --skill scgpt -g -y
用于运行 scvi-tools 单细胞分析工作流，支持 scVI/scANVI 设置、潜变量嵌入、批次校正、差异表达及可重复的 AnnData 分析。
scVI/scANVI 模型设置
单细胞数据批次校正
差异表达分析
细胞注释
AnnData 可重复性分析
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用于检查当前 Feynman 工作区会话状态、日志、制品及验证情况，回答关于会话历史、文件操作和工具执行的问题。
询问当前会话发生了什么
查询已写入的文件或运行过的工具
检查未完成验证的任务
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用于记录会话进度、完成工作、发现及下一步计划。当用户要求保存笔记或撰写研究日记时触发，通过/log工作流生成持久化日志文件。
用户要求记录进度
保存会话笔记
总结已完成的工作
创建研究日记条目
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用于检索和恢复之前的 Feynman 会话记录。支持通过交互式命令或直接在 JSONL 文件中搜索历史对话内容，便于用户找回或继续之前的工作。
用户需要查找过去的会话内容
用户希望恢复之前中断的工作
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用于创建或修订 Feynman 技能，确保其服务于核心研究任务。涵盖命名规范、元数据定义、内容精简及验证流程，旨在优化研究闭环中的发现与合成能力。
需要创建新的可复用技能
需要修订现有技能的元数据或结构
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用于基于SolubleMPNN工作流进行溶解度感知蛋白质设计、筛选及表达友好型变体生成。涵盖输入记录、模型执行、结果保存及针对疏水斑块等特征的候选序列过滤，并附实验建议。
需要设计或筛选具有溶解度约束的蛋白质序列
生成表达友好的蛋白质变体
评估蛋白质溶解度风险
npx skills add companion-inc/feynman --skill solublempnn -g -y
通过调用compare工作流，利用researcher和verifier代理对比论文、工具或框架，生成基于证据的对比矩阵。适用于多源信息分析与评估场景。
用户要求比较多个来源
需要生成对比矩阵
npx skills add companion-inc/feynman --skill source-comparison -g -y
调用已配置模型端点并解读响应，适用于推理任务。流程包括确认端点状态、构建请求、保存元数据与响应、验证形状及处理错误，并将预测结果与事实分离。
需要调用远程或本地模型进行推理
使用自定义连接器预测器
npx skills add companion-inc/feynman --skill using-model-endpoint -g -y
用于创建研究监控基线并可选地安排后续检查，帮助用户跟踪特定领域的新论文、更新或设置警报。
用户要求监控某个领域
用户希望跟踪新论文
用户请求对研究领域设置警报
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