基于 ProteinMPNN 模型，根据蛋白质骨架结构逆向设计氨基酸序列。支持单链重构、界面固定及温度扫描，适用于 RFdiffusion 后处理及结合位点设计。
用于验证研究新颖性是否被现有文献覆盖。通过分解创新点、检索对比论文，判断是否存在重复或提炼独特贡献差异。
基于ARA本地知识库的只读推理引擎，通过检索与预测模块回答假设、归因及对比等研究问题。
用于管理DART实验仿真世界的研究参考文献目录，支持添加、更新和审计论文、教材及引擎引用。通过标准化字段维护引用状态、优先级和采纳建议，确保引用有据可查并关联到具体设计文档或代码实现。
Genomi技能为AI代理提供本地遗传学和DNA证据查询工具，支持变异、基因、表型及药物基因组学等分析。通过MCP服务器调用，强调会话级数据隐私与用户明确授权，确保仅在获得许可时访问私有基因组索引。
用于在arXiv搜索学术文献并提取结构化摘要，支持按主题检索近年的相关论文，整理标题、作者及核心贡献等关键信息。
用于审计外部高风险声明，防止不可靠信息污染。当涉及数字、因果、趋势或模型结论且将进入文档时触发。通过第一性原理和补锅匠模式分析，输出包含来源、非平凡性及决策匹配度的审计账本与结论。
用于生成符合科学期刊出版标准的可视化图表，支持多面板布局、显著性标注及色盲友好配色。
端到端自动化撰写研究论文并生成PDF的元技能，涵盖选题规划、文献搜索、实验、大纲制定、章节起草、引用计划及LaTeX编译等15个步骤。
基于耿同学精神，自动检测学术论文PDF中的图片复用、数据造假、PS痕迹及统计异常等学术不端行为，生成包含证据和评级打假报告。
用于生成符合IEEE/ACM标准的学术研究报告。通过引导澄清选题、构建标准论文结构（摘要至参考文献）及应用正式学术写作规范，协助用户完成高质量学术论文的撰写任务。
评估和优先排序研究问题，基于重要性、新颖性、可行性、证据、资源、伦理和可证伪性。通过工具路由检索文献并评分，辅助科研选题决策。
ARS-Codex适配器，路由学术研究与写作工作流。支持深度研究、论文撰写与修订、同行评审模拟及实验规划。通过意图匹配加载特定WORKFLOW.md，处理模糊选题时优先引导收敛研究问题。
基于结构化注记执行定向文献与网络研究。支持生成查询、调用API或Cursor原生搜索、打开链接阅读、下载PDF，并分阶段生成初始和精炼的文献报告，为下游任务提供证据支撑。
