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jaechang-hits/SciAgent-Skills
GitHubOpentrons液路自动化协议开发技能，支持OT-2/Flex机器人控制移液、PCR、温育及模块操作，提供本地模拟与多通道操作指导。
安装全部 Skills
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集合内 Skills (200)
按质量分展示前 50 个（共 200 个），完整列表请用安装命令预览或逐个打开详情。
Opentrons液路自动化协议开发技能，支持OT-2/Flex机器人控制移液、PCR、温育及模块操作，提供本地模拟与多通道操作指导。
编写Opentrons移液协议
控制实验室自动化硬件
模拟液体处理流程
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill opentrons-integration -g -y
用于生成交互式科学可视化图表的Python技能，支持40+种图表类型及悬停、缩放等交互功能，提供Plotly Express和Graph Objects两种API。
创建交互式图表
构建数据探索仪表板
可视化3D或地理数据
生成可嵌入Web的HTML报告
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-visualization -g -y
基于Seaborn和Matplotlib的Python统计可视化技能，支持分布、关系、分类图表及回归分析，自动计算置信区间与核密度估计，适用于数据探索与高质量统计图形生成。
需要绘制统计图表
进行数据分布探索
生成相关性热力图
比较不同组别的数据分布
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-visualization -g -y
提供单细胞RNA测序细胞类型注释的最佳实践，涵盖基于标记基因、参考图谱及自动化分类的方法，指导如何区分细胞类型与状态并选择合适策略。
单细胞数据分析
细胞类型注释
scRNA-seq处理
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill single-cell-annotation -g -y
基于PyMC进行贝叶斯统计建模，涵盖模型定义、NUTS/ADVI采样、诊断评估及预测。适用于参数估计、层次模型构建及不确定性量化等场景。
需要贝叶斯推断和不确定性量化
拟合层次或混合效应模型
使用LOO/WAIC进行模型比较
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用于生存分析，处理时间-事件数据和右删失数据。支持Cox模型、随机生存森林等算法，提供C-index等评估指标及生存曲线估计，兼容scikit-learn流水线。
进行生存分析建模
处理右删失数据
计算C-index或Brier分数
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指导统计学分析全流程，涵盖假设检验选择、前提条件验证、效应量计算及APA格式报告。支持频率学派与贝叶斯方法，提供统计与实践显著性解读及常用效应量标准。
进行t检验、ANOVA等统计测试
检查数据正态性或方差齐性假设
计算Cohen's d或R-squared等效应量
生成符合APA规范的统计结果报告
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提供Python经典统计建模能力，涵盖回归、离散选择、时间序列及假设检验。强调系数解释与诊断，区别于scikit-learn的预测导向。
需要进行线性或广义线性回归分析
执行时间序列ARIMA/SARIMAX建模
进行统计假设检验或模型诊断
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基于深度学习的细胞/细胞核分割工具，适用于荧光及明场显微镜图像。提供预训练模型实现跨染色条件的泛化分割，输出标签掩码用于形态测量与追踪，无需手动调参。
需要分割荧光或明场显微镜下的细胞或细胞核
处理包含粘连或强度不均的显微图像数据集
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FlowIO是用于读取和写入流式细胞术FCS文件的轻量级Python库，支持解析元数据、提取NumPy事件数据及多数据集处理，适用于数据管道预处理。
需要解析或生成FCS格式文件
从流式细胞仪数据中提取通道元数据或事件矩阵
在数据科学项目中处理生物医学流式数据
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napari是Python多维图像可视化工具，支持显微图像的2D/3D/4D查看、分割掩码标注及插件分析。适用于深度学习数据质检、训练集标注及科研图表生成，提供GUI交互与无头渲染能力。
需要可视化显微镜图像或分割结果
对生物医学图像进行交互式标注或质检
生成用于发表的图像截图
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill napari-image-viewer -g -y
提供生物图像预处理、特征提取及实时显微镜视频分析能力，涵盖背景减除、形态学操作、轮廓检测与光流追踪。适用于无需深度学习的经典视觉任务，强调C++底层加速的高性能处理。
生物荧光或明场图像预处理
细胞轮廓或斑点检测
实时显微视频流处理
模板匹配寻找重复结构
计算光流进行细胞追踪
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill opencv-bioimage-analysis -g -y
提供Python与ImageJ2/Fiji的桥接，支持通过PyJNIus嵌入JVM。实现NumPy与ImageJ数据双向转换，自动化调用Fiji插件（如Bio-Formats、TrackMate）及Ops框架，适用于图像批处理、宏脚本执行及结果分析。
需要在Python中调用Fiji/ImageJ特定插件
批量无头运行ImageJ宏或图像处理流水线
在Python生态中集成Java图像分析工具
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pyimagej-fiji-bridge -g -y
提供基于scikit-image的图像预处理、分割、测量及特征检测能力，适用于显微镜和生物图像分析。
生物医学图像分析
显微图像分割与测量
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scikit-image-processing -g -y
用于单粒子追踪的Python库，基于Crocker-Grier算法在显微视频中定位粒子、链接轨迹并计算均方位移与扩散系数，支持2D/3D及多种图像格式。
需要分析荧光显微镜视频中的粒子运动轨迹
计算粒子的均方位移或扩散系数
区分布朗运动、定向运动或受限运动
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提供Matplotlib科学绘图技能，支持生成出版级线图、散点图、热力图等及3D图表。具备精细元素控制、多面板布局及PDF/SVG导出能力，适用于科研数据可视化。
需要生成高质量科学论文插图
创建复杂的多面板子图布局
对图表字体、颜色、刻度进行精细化定制
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill matplotlib-scientific-plotting -g -y
提供Plotly交互式科学可视化技能，支持px和go双API，涵盖悬停、缩放及3D图表，适用于火山图、热图等科研场景，可导出HTML或静态图片。
需要交互式数据可视化图表
构建多面板分析仪表板
生成可嵌入网页的HTML图表
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-plots -g -y
提供科学可视化指南，涵盖图表类型选择、色彩理论与无障碍设计、多面板布局及期刊格式要求，协助用户为论文或报告制作清晰、准确且合规的科学插图。
准备发表论文的插图
选择适合数据结构的图表类型
设计符合无障碍标准的配色方案
调整图片以符合特定期刊格式
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scientific-visualization -g -y
基于Seaborn和Matplotlib进行统计可视化，支持Pandas数据帧。涵盖分布、分类、关系及回归图表生成，用于快速探索性数据分析与统计摘要展示。
需要绘制箱线图或小提琴图比较组间差异
生成相关性热力图或回归拟合图
对Pandas DataFrame进行统计分布可视化
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-plots -g -y
指导在箱线图等对比图中添加统计显著性标注，涵盖p值转换、多重比较校正及matplotlib实现，确保图表符合出版标准。
需要为科学图表添加显著性标记
准备用于发表的可视化图形
处理多组比较的统计结果展示
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statistical-significance-annotation -g -y
BWA-MEM2 DNA短读段比对工具，用于WGS/WES等高通量测序数据比对。支持构建参考基因组索引、执行序列比对并生成GATK兼容的SAM/BAM文件，适用于变异检测前的数据处理流程。
需要对DNA测序数据进行参考基因组比对
需要生成GATK兼容的BAM文件
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提供基因组数据文件的读写与分析能力，支持SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF及FASTA/FASTQ格式。涵盖区域查询、变异过滤、覆盖度统计等核心功能，适用于生物信息学数据处理与质控流程。
读取或写入BAM/CRAM/SAM文件
分析VCF/BCF变异数据
提取FASTA参考序列
计算测序覆盖度或pileup
构建生物信息学处理管道
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用于NGS测序数据比对后处理的标准CLI工具，支持BAM/SAM/CRAM格式转换、坐标排序、索引创建、质量评估、过滤及去重等操作，是变异检测和峰值调用前的关键预处理步骤。
需要对SAM/BAM/CRAM文件进行排序或索引起见
需要执行比对数据的QC统计或格式转换
需要在变异检测前过滤低质量读数或标记PCR重复
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STAR RNA-seq比对工具技能，支持构建基因组索引、两阶段比对及基因定量。适用于需BAM文件的下游分析如变异检测或可视化，对比Salmon更侧重精确定位与剪接发现。
需要生成坐标排序的BAM文件
进行RNA-seq剪接位点分析
运行ENCODE标准流程
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用于细菌和古菌基因组及质粒的快速标准化注释，支持CDS、RNA等特征识别及NCBI兼容格式输出。
需要注释细菌或古菌基因组组装结果
生成NCBI兼容的GFF3或GenBank文件
对质粒进行单独注释
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Prokka基因组注释技能，用于细菌、古菌和病毒基因组的快速功能注释。通过BLAST/HMM流程识别CDS及非编码RNA，支持多种输出格式，并集成BioPython进行下游解析与比较基因组学分析。
需要对新组装的原核生物基因组进行自动化功能注释
从FASTA文件提取蛋白质功能描述、EC编号或GO术语
为泛基因组分析或比较基因组学研究准备标准注释文件
对宏基因组组装基因组(MAG)或噬菌体基因组进行特定域注释
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用于计算细菌泛基因组，基于Prokka/Bakta注释生成基因存在/缺失矩阵及核心基因比对。
计算细菌泛基因组
生成基因存在缺失矩阵
构建核心基因多序列比对
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基于表达数据推断基因调控网络，支持GRNBoost2和GENIE3算法，适用于单细胞及批量RNA-seq分析。
从基因表达数据推断转录因子与靶基因的调控关系
构建单细胞或批量RNA-seq的基因调控网络
生成pySCENIC管道的邻接矩阵
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill arboreto-grn-inference -g -y
提供分子生物学计算工具，支持序列处理、生物文件格式解析与转换、NCBI数据库访问、BLAST搜索及蛋白质结构分析。适用于批量数据处理、自定义分析及格式转换任务。
需要解析或转换FASTA/GenBank/PDB等生物文件格式
通过程序获取NCBI数据库中的序列或文献信息
执行BLAST搜索或进行序列比对分析
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提供基于Biopython的序列分析能力，涵盖FASTA/GenBank等格式解析、NCBI数据获取、BLAST搜索、多序列比对及系统发育树构建，适用于基因家族研究和比较基因组学。
从NCBI下载基因家族并构建系统发育树
解析GenBank或GFF文件提取CDS序列
执行BLAST搜索并筛选显著匹配结果
进行序列比对或计算序列相似度
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill biopython-sequence-analysis -g -y
提供ARCHS4 RNA-seq数据查询能力，支持获取基因组织表达Z-score、共表达网络及样本元数据搜索，用于生物信息学分析与实验验证。
查询特定基因在不同组织中的表达水平
查找与目标基因共表达的基因列表
根据组织或疾病关键词筛选RNA-seq样本
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill archs4-database -g -y
提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持蛋白查询、通路发现、化合物交叉引用、BLAST搜索及ID映射，适用于跨库工作流。
需要批量获取UniProt或KEGG等生物数据
执行跨数据库标识符转换
进行蛋白质序列相似性搜索
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通过cBioPortal REST API获取癌症基因组数据，包括突变、CNAs、表达谱及临床生存信息，支持TMB计算、生存分析及分子特征查询。
查询特定基因在TCGA研究中的体细胞突变或拷贝数变异
获取癌症患者的临床生存数据以进行生存曲线分析
下载特定队列的基因表达数据进行差异表达分析
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通过NCBI E-utilities查询ClinVar数据库，获取变异的临床意义、致病性及疾病关联。支持按基因、rsID或条件搜索，返回分类结果及提交者数据，用于构建优先处理临床相关变异的过滤管道。
查询特定变异（如rsID或HGVS）的临床意义
检索某基因下的致病性变异列表
识别不同实验室提交的解释冲突
获取变异的表型/疾病关联信息
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提供COSMIC癌症体细胞突变数据库的API调用技能，支持基因、样本及变异查询，涵盖突变频率、癌症类型分布、致癌基因分类及耐药性数据检索。
查询特定癌症基因的体细胞突变信息
获取COSMIC癌症基因普查分类
查找突变特征或耐药性变体
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查询NCBI dbSNP数据库，通过rsID、基因或区域检索SNP记录，获取等位基因频率、变异类型及临床关联信息。
查询特定rsID的遗传变异详情
搜索基因或染色体区域的变异
获取变异等位基因频率和分类
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill dbsnp-database -g -y
提供DepMap CRISPR基因效应数据的分析指南，重点说明Chronos评分的符号约定、必需性相关计算中的取反逻辑及NaN安全的Spearman相关性实现方法。
DepMap数据分析
CRISPR筛选结果解读
基因必需性相关性计算
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提供欧洲核苷酸档案(ENA)的REST API编程访问，支持序列搜索、原始数据下载、组装质量统计及分类学查询。适用于生物信息学研究中的大规模测序数据处理与跨库关联分析。
需要检索或下载公共核酸序列数据
进行基因组组装质量评估
查询特定物种的分类学信息
构建大规模测序项目批量下载列表
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ena-database -g -y
封装ENCODE Portal REST API，用于检索和下载TF ChIP-seq、ATAC-seq等调控基因组实验数据及cCRE注释，支持变异注释与开放染色质区域分析。
检索特定转录因子或细胞类型的ChIP-seq/ATAC-seq峰文件
获取基因组区域的cCRE注释以进行变异功能影响分析
查询生物样本可用的实验元数据
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通过Ensembl REST API查询300+物种的基因、转录本及变异注释，支持ID转换、序列获取及调控特征查询。
查询特定基因的详细信息或坐标
在HGNC、RefSeq等标识符间进行转换
获取基因组或蛋白质序列
查询SNP变异的后果和功能影响
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封装NCBI Gene E-utilities API，用于基因符号解析、ID获取、功能摘要查询及GO注释检索。支持跨物种同源基因查找，适用于生物信息学数据整合与下游分析前置处理。
需要解析基因别名或同义词
获取特定基因的NCBI ID以便调用其他API
查询基因的功能描述或GO注释
检索跨物种的直系同源基因
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gene-database -g -y
提供NCBI GEO数据库的自动化访问能力，支持按关键词搜索数据集、下载解析GSE矩阵与样本元数据，并加载至DataFrame用于生物信息学分析与元分析。
需要检索或下载公共基因表达数据集
处理微阵列或RNA-seq原始数据矩阵
提取样本临床协变量进行荟萃分析
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gget提供统一CLI/Python接口访问20+基因组数据库，支持基因查询、序列检索、BLAST、AlphaFold结构预测及疾病关联分析。
需要跨物种基因信息或序列查询
进行蛋白质结构预测或富集分析
整合多个生物医学数据库数据
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通过GraphQL API查询gnomAD数据库，获取人群变异频率、等位基因计数及基因约束评分(pLI/LOEUF)，用于评估临床相关性和罕见变异筛选。
查询特定变异的群体等位基因频率
获取基因的pLI或LOEUF约束评分
检查区域测序覆盖深度
筛选罕见变异以辅助临床解读
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封装NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API，用于查询SNP与性状的关联、研究数据及摘要统计。支持按疾病/基因搜索、多效性分析及PRS候选构建，无需认证。
查询特定性状或疾病的GWAS关联位点
获取变异的多效性或效应量信息
下载汇总统计数据用于分析
根据基因或PubMed ID查找相关研究
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gwas-database -g -y
提供JASPAR转录因子结合位点数据库的REST API及pyJASPAR库访问能力，支持按名称、ID或物种检索PWM/PFM矩阵，执行DNA序列TFBS扫描及 motif 富集分析输入准备。
查询特定转录因子的结合基序矩阵
对DNA序列进行转录因子结合位点扫描
获取特定物种或家族的所有基序用于富集分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill jaspar-database -g -y
封装KEGG REST API，提供通路、基因、化合物等生物信息的查询、列表获取及ID转换功能。适用于学术场景下的生物学网络分析与数据交叉引用。
查询特定基因参与的代谢通路
在不同数据库标识符（如NCBI, UniProt）间进行转换
获取药物相互作用或酶详细信息
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill kegg-database -g -y
提供Monarch Initiative知识图谱REST API访问，用于疾病-基因-表型关联查询、罕见病基因优先级排序及跨物种比较，支持基于HPO症状列表的候选基因排名。
罕见病基因优先级排序
基于表型的候选基因排名
跨物种基因表型关联查询
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill monarch-database -g -y
提供EBI QuickGO REST API的Python封装，支持GO术语元数据查询、关键词搜索、层级遍历及蛋白注释获取。适用于基因本体解析和富集分析前的原始数据检索。
需要查询GO术语定义或ID解析
检索特定蛋白的GO注释信息
进行基因本体层级结构遍历
为基因富集分析准备原始注释数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill quickgo-database -g -y
提供RegulomeDB v2 API查询能力，对遗传变异进行调控功能评分及证据检索。适用于GWAS位点优先级排序、非编码变异注释及顺式调控元件发现，支持rsID或基因组坐标查询。
GWAS hit prioritization
regulatory variant annotation
cis-regulatory discovery
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill regulomedb-database -g -y
