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Companion-Inc/feynman
GitHub通过Feynman alpha工具搜索、阅读、提问及管理学术论文，支持语义/关键词检索、PDF问答、代码仓库查看及笔记管理。
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Skills in Collection (48)
通过Feynman alpha工具搜索、阅读、提问及管理学术论文，支持语义/关键词检索、PDF问答、代码仓库查看及笔记管理。
查询或搜索特定主题的学术论文
阅读论文内容或询问论文细节问题
检查论文关联的代码仓库
管理论文的注释和笔记
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用于AlphaFold2风格的蛋白质结构预测与审计。支持单体/多聚体预测、MSA处理及置信度评估，确保执行环境合规并输出完整证据链。
需要进行蛋白质结构预测
需要验证或审计蛋白质结构结果
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自动化研究实验循环，用于假设验证、基准测试及迭代优化模型或检索性能。通过运行实验、记录证据与决策，筛选有效方案并归档失败案例，适用于提升研究指标的场景。
优化研究指标
运行实验循环
迭代改进模型/检索/评估性能
基准测试研究假设
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用于运行或规划Boltz生物分子结构预测的Skill，支持蛋白质、复合物及核酸组装。涵盖输入标准化、执行环境验证、记录输入清单、保存结果及置信度解读，强调将输出视为假设并需结合文献验证。
需要设置Boltz预测流程
询问Boltz输入输出格式
解释预测结果的置信度
复现生物分子结构预测实验
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用于非编码变异影响分析、调控序列设计及表达预测的基因组建模技能。支持本地或云端模型推理，生成预测结果并与GTEx等基准数据对比验证。
非编码变异影响分析
调控序列设计
基因表达预测
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用于生物分子复合物结构预测与验证。支持多聚体、配体及核酸结构预测，涵盖输入清单构建、执行路径验证、结果保存及置信度审查流程。
Chai-1 结构预测任务
多聚体/配体/核酸结构预测
预测置信度审查
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为研究任务配置可复现的计算环境，涵盖包管理、GPU库、容器及远程运行时设置。通过识别需求、选择运行方式、验证凭据、记录环境信息及执行冒烟测试，确保依赖完整与环境稳定。
需要配置Python/R包或GPU库
准备运行大型研究作业前
涉及容器或Modal/SSH部署
需建立可复现的运行环境
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用于向 Feynman 仓库贡献代码，涵盖功能添加、Bug修复、提示词或技能更新及文档改进。执行前需运行测试、类型检查和构建以确保变更质量。
需要向 Feynman 主仓库提交 Pull Request
修改 src、prompts、skills 等核心目录内容
更新安装、打包或发布流程
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用于配置Feynman研究工作台，包括专家、技能、连接器、权限、内存分类及计算提供商等。适用于定制研究工作区或创建可复用的研究能力。
需要自定义Feynman研究工作区设置
创建或配置可复用的Feynman研究能力
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执行深度研究任务，通过多智能体协作对主题进行全面调查和综合分析。适用于用户请求深度报告或多源调查场景，最终生成带有来源追踪的引用研究报告。
用户要求深度研究
需要全面分析
请求深入报告
进行多源调查
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用于执行或规划DiffDock分子对接工作流，涵盖蛋白-配体姿态预测、对接设置、结构准备及结果验证。
需要预测蛋白-配体结合姿态
进行分子对接流程设置
验证对接结果
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提供Docker沙箱执行能力，支持在隔离容器中安全运行研究代码、实验及基准测试。涵盖镜像选择、GPU支持、持久化容器管理及结果同步，适用于需要环境隔离和可复现性的场景。
用户指定使用Docker作为执行环境
请求在隔离或沙箱环境中运行代码
运行不可信代码或涉及包安装的实验
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将复杂的研究论文或技术概念转化为通俗易懂的解释，使用类比并去除术语。适用于用户要求简化解释、去除行话或理解晦涩内容时。
用户说 'ELI5 this'
请求简单解释论文或研究结果
要求去除专业术语
询问晦涩技术内容的含义
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用于快速预测蛋白质结构的技能，支持无MSA折叠、序列筛选、变体结构筛查及置信度评估。通过标准化FASTA输入、验证路由、保存结果与日志、标记低置信度区域及可视化预览，辅助研究决策。
需要快速蛋白质折叠假设时
进行序列分选或变体结构筛查时
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用于生物序列模型工作，支持DNA/RNA/蛋白质序列的生成、评分及变异效应分析。涵盖序列定义、模型验证、结果保存、事实与预测分离及候选项验证等标准化流程。
需要分析或编辑DNA、RNA或蛋白质序列
进行生物序列的生成或评分任务
涉及长上下文生物建模需求
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用于使用ESM2蛋白质语言模型进行嵌入、突变评分、远程同源性和表示分析。适用于需要蛋白嵌入、零样本变体评分、聚类或序列功能筛选的任务。
需要蛋白质嵌入向量
进行零样本变体评分
执行序列聚类分析
评估序列与功能关系
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用于从声明、数据集或草稿结果中组装出版级多面板科学图表。涵盖面板规划、布局设计、样式应用及最终渲染，确保数据保真度和标签可读性。
需要规划多面板科学图表结构
进行图表布局设计与审查
组装最终出版级科学插图
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用于规范科研图表的绘制与审查，确保图表类型匹配数据、标签完整、配色可访问，并保留可复现的代码与数据。
生成科研图表
审查或修改现有图表
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构建生物医学适应症档案，整合疾病生物学、靶点机制、患者分层及临床试验证据。适用于研究任务中需要分析疾病背景、竞争格局或转化证据的场景。
查询疾病生物学机制
分析靶点合理性
获取患者分层数据
收集生物标志物信息
梳理临床试验与药物竞争格局
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用于检查研究工作流的运行状态、计划任务及持久化工件。当用户询问正在运行的研究流程或需要获取研究运行状态时使用此技能，支持显示子代理任务和调度器状态。
询问正在运行的研究流程
请求研究运行状态
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用于配体感知蛋白质序列设计的技能，涵盖残基重设计、约束设置及设计评分。适用于需要结合小分子上下文进行蛋白质结构优化和候选筛选的任务场景。
配体感知蛋白质设计
残基重设计
带约束的蛋白质设计
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通过论文搜索和原始来源综合，执行文献综述、论文调研或学术景观总结。利用researcher、verifier和reviewer智能体协作，输出包含溯源信息的文献综述报告。
用户请求进行文献综述
用户要求论文调研
用户询问研究领域的现状
需要学术景观总结
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用于在Feynman中注册和管理模型端点，涵盖定义用途、配置连接方式、安全存储凭证及实现启停健康检查。支持本地或远程服务，执行推理冒烟测试，确保端点作为研究基础设施可靠可用。
需要为研究工作配置本地或远程模型服务
执行端点健康检查和凭证管理
进行推理路由和冒烟测试
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提供可执行的ML训练配方，用于微调、复现或选择模型方法、数据集及超参数。通过研究者和验证者代理输出包含数据来源的排名配方简报。
用户想要微调或训练模型
用户需要复现论文中的实验
用户寻找实用的机器学习方法或基准测试
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通过 Modal CLI 在无状态服务器端运行受控的研究基准测试或模型复现任务，利用按需 GPU 算力执行训练脚本并保存结果，适用于需要突发计算且无需持久化状态的场景。
需要运行研究基准测试或实验复制
需要突发 GPU 算力进行模型训练
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用于执行或规划 OpenFold3 风格的蛋白质结构预测工作流，包括输入规范化、环境验证、结果对比及可复现性报告。
需要运行 OpenFold3 进行蛋白质或复合物结构预测
需要设置模型比较或确保 OpenFold 家族输出可复现
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用于审计论文与代码一致性，验证可复现性并发现声明与实现的差异。通过运行/audit工作流，结合researcher和verifier智能体生成审计报告。
审计论文
检查代码与声明一致性
验证特定论文的可复现性
查找论文与实现之间的不匹配
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优化科学论文论证逻辑，提取核心主张与证据链，识别数据与结论间的差距，重组图表顺序以强化叙事流，并生成修订计划。
需要优化论文结构或论证流程
分析图表与数据的匹配度及证据链完整性
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将研究成果转化为包含章节、公式和引用的精美论文草稿。适用于用户要求撰写论文、起草报告或从收集的研究中生成技术文档的场景。
撰写论文
起草报告
整理研究成果
生成技术文档
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用于跨页、跨章节提取并交叉验证科学PDF中的方法、图表、引用及声明。通过解析全文定位关键信息，确保结论有据可依，避免单一页面偏差，并保存带来源的提取结果。
需要从多个页面或章节综合分析PDF内容
需要提取表格数据、图表标签或 accession IDs 并关联页码
需要交叉验证结论与方法、补充材料或引用文献的一致性
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提供Markdown、LaTeX、PDF及代码文件的预览与渲染功能，支持浏览器查看及通过pandoc导出为HTML/PDF。当原生命令不可用时，自动降级使用Shell或浏览器工具打开文件，便于用户审查文档和报告。
用户需要预览或审查文档内容
需要将Markdown转换为PDF或HTML
查看代码或文本文件的渲染效果
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用于回答关于 Feynman 产品自身行为、运行时、设置及技能状态的问题。通过查阅源码和实时状态验证事实，避免基于过时信息推断，确保对产品能力的描述准确无误。
询问 Feynman 的功能或能力边界
查询当前技能、连接器或模型配置
验证产品运行状态或环境设置
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用于固定骨架的蛋白质序列设计，支持突变建议、固定残基及设计筛选。涵盖输入记录、执行验证、结果保存与多维度过滤流程，强调候选序列需经结构与实验验证。
根据固定骨架结构进行蛋白质序列设计
提出蛋白质突变建议
指定固定残基或对称性约束的设计任务
对生成的蛋白质设计进行过滤和评估
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用于将 Feynman 研究笔记或实验任务分发至 Modal 平台执行。涵盖凭证验证、作业边界控制、提交、结果保存及生命周期管理，适用于 GPU 或可重复远程计算场景。
需要调度 GPU 作业
执行可重复的远程计算实验
选择 Modal 作为云计算后端
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用于在SSH主机、Slurm集群或实验室机器上远程执行研究任务。涵盖环境配置、作业提交、日志收集、工件同步及GPU集群执行，确保可复现性并诚实报告状态。
需要在非本地环境（如SSH、Slurm）运行计算任务
需要远程设置主机环境并提交作业
需要从远程主机收集日志和工件
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用于规划并执行论文、主张或基准测试的复现工作。用户确认后选择环境，生成复现计划、脚本及结果，支持本地或云端执行。
用户要求复现实验结果
验证某个主张的真实性
构建复现包
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对AI研究论文或草稿进行严格且建设性的内部评审，识别弱点并提供结构化反馈，适用于提交前的质量把关。
用户请求对论文或草稿进行审查、批评或反馈
用户希望在提交前识别潜在弱点
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通过runpodctl CLI管理RunPod GPU Pod，支持创建、启停、删除及SSH访问。专为需要持久化状态和大数据集的长期研究实验设计，确保资源按需使用并及时释放。
启动长期GPU研究实验
需要持久化GPU计算环境
进行模型基准测试或数据密集型任务
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用于单细胞基础模型分析，涵盖嵌入、扰动预测、细胞注释及基因程序分析。规范数据记录、预处理、模型验证及结果对比流程，确保元数据与来源信息完整可追溯。
单细胞嵌入生成
扰动预测
细胞注释
批量迁移
基因程序分析
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用于执行 scvi-tools 单细胞分析工作流，涵盖模型设置、潜在嵌入、批次校正、差异表达及细胞注释。确保数据预处理、训练日志和结果的 reproducibility，并验证生物学一致性。
需要进行单细胞 RNA 测序数据分析
请求 scVI 或 scANVI 模型训练与参数调优
需要执行批次校正或差异表达分析
要求生成可复现的 AnnData 分析结果
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用于检查当前 Feynman 工作区会话状态、日志、制品及验证情况，回答关于会话历史、文件变更和工具执行的问题。
询问当前会话发生了什么
查询已写入的文件列表
检查哪些内容未经验证
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用于记录会话进度、完成工作、发现及下一步计划。当用户要求保存笔记或撰写研究日志时触发，通过/log命令执行并将结果输出至notes/session-logs目录。
记录工作进度
保存会话笔记
撰写研究日志
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提供会话历史搜索能力，支持通过交互命令或本地JSONL文件回溯Feynman工作记录。
用户需要查找之前的会话内容
用户希望恢复或继续之前的对话
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用于创建或修订 Feynman 技能，包括定义元数据、触发词、参考文档及脚本。适用于需要构建可复用按需能力的研究流程，确保技能规范并经过验证。
创建新的 Agent 技能
修改现有技能配置
生成技能元数据和触发描述
进行技能路径测试与验证
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用于基于SolubleMPNN进行蛋白质序列的可溶性设计与筛选。涵盖记录输入约束、验证模型、生成序列及过滤候选者，旨在设计表达友好且可溶性高的蛋白变体，并评估表达风险。
需要设计高可溶性蛋白质序列
筛选具有良好表达潜力的蛋白变体
评估蛋白质设计的可溶性风险
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对比多个来源（如论文、工具或框架）并生成基于事实的比较矩阵。通过运行/compare工作流，利用researcher和verifier智能体执行分析，最终输出比较结果至outputs目录。
用户要求比较不同论文
用户要求评估不同工具或框架
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该技能用于调用已配置的模型端点并解释其响应，涵盖远程API、本地服务或自定义连接器。流程包括确认端点状态、构建请求、保存元数据、验证响应及区分预测与事实，适用于需要模型推理的任务场景。
需要调用已注册的模型端点进行推理
处理远程模型API或本地模型服务的请求
使用自定义连接器支持的预测器
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用于创建研究监控基线并跟踪领域更新或新论文。当用户要求监视特定领域、设置警报或追踪动态时触发，支持在调度工具可用时安排后续检查。
monitor a field
track new papers
watch for updates
set up alerts on a research area
npx skills add Companion-Inc/feynman --skill watch -g -y
