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advaitpaliwal/feynman
GitHub提供学术文献搜索、阅读、问答及代码仓库查阅能力，支持语义/关键词检索和论文注释管理。
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Skills in Collection (48)
提供学术文献搜索、阅读、问答及代码仓库查阅能力，支持语义/关键词检索和论文注释管理。
用户询问学术论文内容
需要查找特定主题的研究
要求阅读或解析论文
对论文提出具体问题
检查论文关联的代码库
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用于AlphaFold2风格的蛋白质结构预测与审计，涵盖单体/多聚体预测、MSA处理及置信度评估。支持对比PDB参考数据，确保输入验证与结果可追溯性。
需要预测蛋白质三维结构
进行多聚体结构建模
评估模型置信度指标如pLDDT和PAE
比对已知结构或AlphaFold DB记录
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用于优化研究指标、运行实验循环、迭代改进模型或检索评估性能，以及基准测试研究假设的自动研究实验工作流。
用户要求优化研究指标
用户要求运行实验循环
用户要求迭代改进模型/检索/评估性能
用户要求进行基准测试
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用于执行或规划 Boltz 生物分子结构预测，涵盖输入标准化、环境验证、运行执行及结果解释。
需要运行 Boltz 进行蛋白质或复合物结构预测
询问 Boltz 配置、输入输出格式或置信度解读
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用于非编码变异效应分析、调控序列设计及表达预测的基因组建模技能。通过固定基因组参数、选择模型路径并构建输入数据，生成预测结果并与公开数据库比对验证。
非编码变异影响分析
调控序列设计
基因表达预测
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用于Chai-1生物分子复合物结构预测的技能。涵盖输入清单构建、执行路径验证、结果保存及置信度审查，确保结构证据的可靠性。
需要Chai-1进行多聚体或配体结构预测
要求审查生物分子结构的置信度和合理性
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为研究任务配置可复现的计算环境，涵盖包管理、GPU库及容器等。通过识别需求、选择运行路径、验证凭据并记录环境信息，最终执行冒烟测试以确保环境就绪和依赖完整。
需要配置Python/R包或GPU库的研究任务
涉及Modal、SSH或Slurm等运行时设置的任务
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用于向 Feynman 仓库贡献变更的技能，涵盖功能添加、Bug修复、提示词更新及文档改进等。需遵循项目规范并执行本地测试与构建检查，确保代码质量与发布行为一致。
需要向 Feynman 主仓库提交代码变更
修复 Bug 或添加新功能
更新提示词或技能定义
改进项目文档或发布流程
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用于配置 Feynman 研究工作台，包括专家、技能、连接器、权限及计算资源等。适用于定制研究工作区或创建可复用的研究能力。
需要定制 Feynman 研究工作区
创建可复用的 Feynman 研究能力
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执行深度研究工作流程，针对任意主题进行多源调查与综合分析。通过研究员、验证者和审查者协作，生成带有出处追踪的引用研究报告。
用户要求深度研究
需要全面分析或深入报告
要求进行多源调查
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用于执行或规划DiffDock分子对接工作流，涵盖蛋白-配体姿态预测、结构准备、结果验证及假设排名报告。
蛋白-配体姿态预测
对接设置与准备
对接结果验证
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提供在 Docker 容器中安全隔离执行研究代码的指南，支持 Python、GPU 及持久化容器场景，确保实验可复现与系统安全。
用户选择 Docker Sandbox 作为执行环境
需要运行不可信或隔离的研究代码
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将复杂的研究论文或技术概念转化为通俗易懂的解释，使用类比和简洁语言去除术语。适用于用户要求简化解释、移除行话或理解密集技术内容时。
用户说'ELI5 this'
请求简单解释论文或研究结果
要求去除专业术语
询问技术密集型内容的实际含义
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用于快速预测蛋白质结构，支持无MSA折叠、序列筛选、变体结构筛查及置信度评估。通过标准化FASTA、验证路由、保存结果并标记低置信区域，为后续重型结构预测提供假设参考。
需要快速进行蛋白质折叠假设时
进行序列分选或变体结构筛查时
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用于DNA/RNA/蛋白质序列生成、评分及变异效应分析的Agent技能，涵盖模型验证、结果审计与实验前验证流程。
DNA/RNA/蛋白质序列生成
生物序列评分或Likelihood计算
变异效应分析
长上下文生物建模
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基于ESM2蛋白质语言模型进行序列嵌入、突变评分及功能分析的技能，涵盖数据标准化、特征提取与结果验证流程。
需要蛋白质嵌入表示
零样本变异评分计算
序列-功能分类筛选
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用于从声明、数据集或草稿结果中组装出版级多面板科学图表。涵盖面板规划、布局设计、风格应用及最终合成，确保标签清晰、数据准确并保留完整溯源信息。
需要规划科学图表的面板结构
生成多面板组合图
审查和修订科学图表的视觉元素与数据一致性
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用于生成或审查科研图表，确保数据可追溯、标签规范及视觉清晰。
绘制科研图表
审查图表质量
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用于构建生物医学适应症的证据档案，整合疾病生物学、靶点理由、患者分层、生物标志物及临床试验等多源数据，支持药物研发决策。
需要汇编特定疾病或靶点的生物医学证据包
涉及患者分层、生物标志物或竞争格局的研究任务
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用于检查研究任务运行状态、计划中的后续步骤及持久化监控工件。当用户询问研究工作流状态或正在运行的任务时使用此技能。
询问研究工作流状态
查询正在运行的任务
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用于配体感知蛋白质序列设计的技能，涵盖基于小分子环境的残基重设计、约束设置及设计评分。流程包括输入记录、模型验证、结果过滤与结构检查，确保设计符合特定约束和配体接触合理性。
配体感知的蛋白质设计
残基重设计任务
带约束的蛋白质序列生成
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执行文献综述工作流，通过论文搜索和原始来源综合，生成研究主题的学术现状或状态总结。
用户要求进行文献综述
用户请求论文调研
用户询问领域前沿状态
用户需要学术景观总结
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用于注册和管理模型端点，支持本地或远程服务配置、健康检查、凭证管理及推理路由，确保端点可用并符合安全规范。
需要配置模型服务的输入输出和认证方式
执行端点健康检查和推理冒烟测试
管理端点的启动、停止及生命周期
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提供可执行的机器学习训练配方，涵盖微调、复现及超参选择。通过研究员和验证者协作，从论文与代码中输出带来源的排名方案。
用户希望进行模型微调或训练
需要复现论文中的实验方法
寻找实用的数据集或基准测试方案
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用于在Modal无服务器基础设施上运行研究基准测试或模型复现任务，提供突发GPU算力支持。适用于无需持久状态、需快速执行且依赖Modal CLI的研究实验场景。
需要运行GPU密集型研究实验
进行模型复现或基准测试
需要突发GPU算力但无持久状态需求
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用于执行或规划 OpenFold3 蛋白质结构预测工作流，涵盖数据标准化、环境验证、结果复现性检查及与 AlphaFold 等模型的对比分析。
需要预测蛋白质或复合物结构
进行模型结果对比或复现性验证
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用于审计学术论文，通过对比论文主张与公开代码库，验证可复现性并发现声明与实现间的不一致。
审计论文
检查代码与声明的一致性
验证特定论文的可复现性
查找论文与实现间的差异
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优化科学论文论证逻辑，提取核心主张与证据链，识别数据缺口并调整图表顺序，协同绘图工具生成修订计划。
需要构建或优化论文的故事线
检查论据逻辑与证据链完整性
规划章节和图表的重组策略
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将研究结果转化为包含章节、公式和引用的精美论文草稿。适用于用户要求撰写论文、起草报告或从收集的研究中生成技术文档的场景。
用户要求撰写论文
用户要求起草报告
用户要求整理研究成果
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用于跨页、多章节解析科学PDF，提取并交叉验证方法、图表、引用及声明等关键内容，确保答案的多源准确性。
需要从多篇或多页PDF中提取信息
需要验证或交叉检查科学论文中的声明与数据
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用于预览 Markdown、LaTeX、PDF 或代码等工件。支持通过专用命令在浏览器中渲染，或提供 Pandoc 转换及系统打开命令作为降级方案，便于用户查看和导出报告。
需要预览文档内容
将文件转换为 PDF 或 HTML
在浏览器中查看渲染结果
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用于回答关于Feynman产品自身行为、运行时、配置及技能状态的问题，通过查阅源码和元数据验证事实，确保信息准确。
询问Feynman功能或能力边界
确认当前技能、连接器或模型状态
核实产品配置与运行时设置
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用于基于固定骨架结构进行蛋白质序列设计的技能，支持突变建议、固定残基及设计过滤，强调候选序列需经结构和实验验证。
请求基于固定骨架的蛋白质序列设计
需要突变建议或固定残基设计
执行蛋白质设计流程并过滤候选序列
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用于将研究笔记本或实验任务分发至 Modal 进行云端计算。涵盖凭据验证、作业边界控制、提交执行及生命周期管理，适用于 GPU 或可复现的远程执行场景。
需要调用 GPU 资源
执行可复现的远程计算任务
运行 Feynman 研究笔记本
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用于在SSH、Slurm或实验室主机上运行远程计算任务，涵盖环境配置、作业提交、日志收集及工件同步，支持GPU集群执行。
需要在非本地环境（如SSH、Slurm）提交和执行计算作业
需要获取远程主机的执行日志、状态码或同步生成的实验产物
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用于规划并执行论文、主张或基准测试的复制工作。在用户明确要求复制结果、复现实验或验证主张时使用，需先选择执行环境，输出包含计划、脚本及原始结果。
要求复制论文结果
复现实验
验证主张
构建复制包
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对AI研究产物进行内部审查，识别弱点并提供建设性反馈。适用于论文或草稿提交前的质量评估与缺陷发现。
用户要求审查AI研究论文或草稿
用户希望获得关于研究内容的批判性反馈
用户在提交前需要识别潜在弱点
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用于通过runpodctl CLI在RunPod上创建和管理持久化GPU Pod，支持SSH访问和文件传输。专为需要长期运行、持久状态及大数据集的科研实验（如模型复现或基准测试）提供计算资源管理。
需要进行长时间运行的GPU密集型研究实验
需要为Feynman复现或基准测试分配持久化GPU环境
需要在多步骤研究中保持数据状态并通过SSH交互
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用于单细胞基础模型分析，支持嵌入生成、扰动预测及细胞注释等任务。提供标准化工作流，涵盖数据记录、模型验证、结果保存与元数据对比，确保分析可追溯且严谨。
需要进行单细胞数据嵌入分析
执行扰动预测或细胞注释任务
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用于执行 scvi-tools 单细胞分析工作流，涵盖模型训练、潜变量嵌入、批次校正、差异表达及细胞注释等任务。强调可重复性，要求记录环境参数、保存预处理与训练日志，并验证数据质量。
需要进行单细胞 RNA 测序数据分析
请求 scVI 或 scANVI 模型设置
需要执行批次校正或差异表达分析
要求生成可复现的 AnnData 分析结果
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用于检查当前 Feynman 工作区会话状态、执行日志、制品及设置，回答关于会话历史、文件写入情况及验证进度的问题。
询问会话中发生了什么
查询已写入的文件
确认哪些内容未经验证
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用于记录工作进展、发现、待办事项及研究笔记的会话日志技能。当用户要求保存进度或撰写研究日记时触发，通过/log命令执行并将日志输出至notes/session-logs目录。
用户要求记录工作进展
用户要求保存会话笔记
用户要求撰写研究日记
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通过交互式命令或直接搜索本地JSONL文件，恢复和检索Feynman的历史会话记录。
需要查找历史会话内容
从会话转录中恢复工作
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用于创建或修订Feynman技能，确保其符合研究核心需求，规范命名与元数据，优化研究循环。
需要创建新的Feynman技能
需要修订现有Feynman技能
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用于溶解度感知蛋白质设计的技能，涵盖序列设计、表达友好变体生成及风险过滤。执行时记录约束条件，验证模型，保存中间文件与结果，并基于理化特性筛选候选序列，提供实验建议。
需要进行溶解度感知的蛋白质序列设计
寻找表达友好的蛋白质变体
执行溶解度风险评估与过滤
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通过调用compare工作流，对比多个来源（如论文、工具或框架）并生成基于事实的比较矩阵。
用户要求比较多个来源
需要生成多源对比矩阵
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该技能用于调用已配置的模型端点并解析响应，适用于推理任务。流程包括确认端点配置、构建请求、保存元数据与响应、验证结果及区分预测与事实，确保操作安全规范。
需要调用远程或本地模型进行推理时
使用自定义连接器或注册端点获取预测结果时
npx skills add advaitpaliwal/feynman --skill using-model-endpoint -g -y
用于创建研究监控基线并跟踪领域更新、新论文或设置警报。支持在调度工具可用时安排后续检查，否则记录状态，适用于需要持续监测特定研究方向的用户场景。
用户要求监控某个领域
跟踪最新论文
设置研究区域更新警报
npx skills add advaitpaliwal/feynman --skill watch -g -y
