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Runchuan-BU/BioClaw
GitHub用于在 BioClaw 容器中快速添加 Python 专属的出版级绘图技能，提供 matplotlib/seaborn/scanpy 等工具指南及期刊调色板参考，不修改应用源码。
安装全部 Skills
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --all -g -y
集合内 Skills (40)
用于在 BioClaw 容器中快速添加 Python 专属的出版级绘图技能，提供 matplotlib/seaborn/scanpy 等工具指南及期刊调色板参考，不修改应用源码。
用户需要在 Agent 容器内获得高质量 Python 绘图指导
需要为 BioClaw 安装新的运行时技能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-figure -g -y
指导用户为BioClaw配置Gmail集成，支持工具模式与通道模式。涵盖GCP OAuth凭证创建、API启用及本地配置流程，实现邮件读取、发送及自动化触发功能。
需要添加Gmail邮件集成
配置GCP OAuth凭证
设置邮件自动触发代理
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-gmail -g -y
用于在BioClaw环境中审计或安装八个核心组学运行时技能包，确保目录结构扁平且文件完整，无需修改源代码。
用户希望增强Agent容器内的组学分析内置指导
需要验证或刷新container/skills下的技能包状态
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-omics-runtime-pack -g -y
为Telegram群组添加Agent Swarm支持，通过多Bot池实现子代理独立身份发送消息。需先配置主Bot并创建多个Pool Bot，禁用隐私模式后注入代码实现动态重命名与轮询分发。
agent swarm
agent teams telegram
telegram swarm
bot pool
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram-swarm -g -y
指导用户为BioClaw集成Telegram频道，支持替代或并行WhatsApp，配置控制/通知模式。需安装Grammy、创建Bot、获取Chat ID及调整隐私设置。
需要添加Telegram消息渠道
配置Telegram Bot与现有WhatsApp共存或替换
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram -g -y
为BioClaw集成OpenAI Whisper API，实现WhatsApp语音消息自动转录。指导配置依赖、密钥及核心模块，使Agent能读取并回复语音内容。
需要支持语音消息转录
集成Whisper API进行音频处理
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-voice-transcription -g -y
将BioClaw从Apple Container迁移至Docker以支持跨平台部署。涵盖容器运行时切换、挂载语法更新及启动检查修改，实现macOS与Linux兼容。
docker
linux support
convert to docker
cross-platform
replace apple container
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill convert-to-docker -g -y
指导用户通过交互式问答，定制 BioClaw 行为，包括添加新渠道、MCP 集成、修改助手配置及部署方案。
用户希望添加新的输入渠道如 Telegram 或 Slack
需要修改助手的行为逻辑或触发器
计划进行应用部署环境变更
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill customize -g -y
提供容器化 Agent 系统的故障排查指南，涵盖架构解析、日志定位及认证失败等常见问题修复方案。
容器启动失败
认证或 API Key 错误
环境变量未生效
需要排查系统运行日志
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill debug -g -y
自动化执行BioClaw初始配置，包括安装依赖、检测并配置容器运行时（Docker或Apple Container）、设置Claude认证及WhatsApp集成。引导用户完成环境准备与关键参数配置。
setup
install
configure bioclaw
first-time setup
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill setup -g -y
通过浏览器自动化实现 X(Twitter) 交互，支持发帖、点赞、回复等。用于配置、测试及故障排查 Twitter 集成功能。
setup x
x integration
twitter
post tweet
tweet
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill x-integration -g -y
提供网页自动化能力，包括导航、元素交互、数据提取、截图及PDF生成。适用于Web测试、数据采集和网页应用操作等场景。
需要浏览网页或获取页面内容
执行网页自动化测试
从网站提取结构化数据
与Web应用进行表单填写或点击交互
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill agent-browser -g -y
用于批量ATAC-seq数据处理，涵盖QC评估、MACS3峰调用、共识峰矩阵构建、差异可及性分析及足迹/基序后续分析。
需要执行bulk ATAC-seq质量控制
需要进行MACS3峰调用
需要计算差异可及性或进行基序分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill atac-seq -g -y
提供生物信息学分析工具参考，涵盖序列比对、质控、基因组分析及Python数据处理脚本，辅助在BioClaw容器中进行生物学研究。
进行基因组或转录组数据分析
执行序列比对或质控任务
需要处理FASTA/FASTQ等生物数据格式
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill bio-tools -g -y
执行BLAST序列相似性搜索，支持本地和远程NCBI数据库查询。用于比对DNA/RNA/蛋白质序列、识别未知序列或查找同源序列，并提供结果分析与后续建议。
用户询问BLAST相关操作
需要查找序列相似性或进行同源性分析
要求识别特定基因或蛋白质序列
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill blast-search -g -y
用于单细胞RNA测序数据的自动化细胞类型注释，结合标记基因检查、参考图谱转移及置信度评估，确保标签准确性与不确定性显式表达。
需要对单细胞聚类结果进行生物学标签注释
使用CellTypist等工具进行参考图谱转移
需要生成带置信度的细胞类型预测结果
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill cell-annotation -g -y
ChIP-seq数据分析技能，涵盖MACS3峰值调用、信号轨道导出、注释及差异结合分析。支持TF与组蛋白标记的窄/宽峰值处理，提供标准化流程与参数配置指南。
需要执行ChIP-seq峰值调用
生成基因组浏览器轨道文件
进行峰值注释或motif分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill chip-seq -g -y
用于批量转录组差异表达分析，支持基于计数的建模、对比处理及可视化输出。
进行RNA-seq差异基因分析
生成火山图和MA图
处理计数矩阵与样本元数据
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill differential-expression -g -y
用于宏基因组数据分析的自动化工作流，涵盖质控、宿主去除、物种/功能谱分析及耐药基因检测。适用于单端或双端FASTQ数据，提供可复现的分类与丰度表格输出。
需要处理宏基因组测序数据
执行物种分类和功能通路分析
进行抗生素耐药性(AMR)筛查
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill metagenomics -g -y
提供质谱蛋白质组学数据分析技能，涵盖QC、定量、差异分析及可视化。适用于DDA/DIA数据，执行蛋白表清洗、缺失值处理及批次效应审查，生成标准化结果与图表。
需要进行蛋白质组学质量控制
执行蛋白水平定量或比较分析
审查重复样本质量及批次效应
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill proteomics -g -y
通过 BioPython 调用 NCBI PubMed API 搜索科学文献，提取论文标题、作者、摘要等详细信息，并支持高级查询过滤。
查找特定主题的论文
检索最新发表的研究成果
获取参考文献或引用信息
了解某领域的研究现状
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用于查询AlphaFold蛋白质结构预测数据的技能。支持获取UniProt ID对应的3D结构信息、下载PDB/CIF文件及查看置信度评分(pLDDT)，适用于生物信息学中的结构分析与可视化场景。
查询蛋白质3D结构
下载PDB或CIF格式文件
获取结构置信度pLDDT分数
蛋白折叠相关分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-alphafold -g -y
查询NCBI ClinVar数据库，获取遗传变异的临床意义、致病性及疾病关联信息。支持按基因、rsID或疾病搜索，适用于评估变异致病性、查找已知致病突变等场景。
用户询问变异是否致病
查找特定基因的已知致病变异
询问SNP的临床意义
寻找变异与疾病的关联
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-clinvar -g -y
封装Ensembl REST API，用于查询基因坐标、序列、变异信息及物种比对等基因组数据。
查询基因位置或结构
查找rsID或变异信息
获取基因组序列
跨物种基因比较
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-ensembl -g -y
用于查询NCBI GEO数据库中的基因表达数据集，支持RNA-seq和微阵列数据搜索、GEO登录号查找及公共数据集发现。
用户询问RNA-seq或微阵列数据集
用户提供GEO登录号(GSE/GDS)进行查询
用户希望下载基因表达数据
涉及基因表达研究或疾病/组织相关数据
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-geo -g -y
调用 InterPro API 查询蛋白质结构域、家族及功能位点，支持按 UniProt ID 获取注释或文本搜索，用于解析蛋白质结构与功能信息。
询问蛋白质结构域
查询蛋白质家族归属
查找功能位点或基序
查看结构域架构
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-interpro -g -y
调用 KEGG REST API 查询生物通路、基因及化合物信息，支持按关键词搜索通路、获取通路详情与基因列表。适用于代谢/信号通路分析及相关生物学数据检索场景。
kegg
pathway
metabolic pathway
signaling pathway
pathway genes
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-kegg -g -y
查询OpenTargets平台GraphQL API，获取药物靶点、疾病关联及治疗证据。适用于用户询问药物靶点、疾病机制、靶点验证或药病关系等场景。
opentarget
drug target
target validation
disease association
therapeutic target
drug for disease
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-opentarget -g -y
查询RCSB PDB数据库以获取实验性蛋白质三维结构，支持按PDB ID、关键词或高级条件检索晶体、冷冻电镜及NMR结构详情。
查询特定蛋白质的实验结构
提供PDB ID进行详情获取
查找X射线、cryo-EM或NMR方法解析的结构
询问分辨率、配体或结合位点信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-pdb -g -y
通过调用 Reactome API 查询生物通路、反应机制及信号级联，支持按关键词搜索通路详情、获取参与者信息以及基于基因列表进行富集分析。
用户询问生物通路或信号级联细节
需要获取通路图谱或反应机制
对基因列表进行通路富集分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-reactome -g -y
调用 STRING API 查询蛋白质相互作用网络、结合伙伴及功能富集分析。适用于用户询问蛋白互作、互作网络或交互组等场景，支持获取置信度评分和网络可视化。
查询蛋白质相互作用
构建互作网络
询问结合伙伴
分析功能关联
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-stringdb -g -y
调用 UniProt REST API 查询蛋白质序列、功能、注释及标识符。支持按基因名搜索或获取特定条目的 JSON/FASTA 数据，适用于生物信息学领域的蛋白质信息查询任务。
用户询问蛋白质功能或序列
提供基因名查询蛋白信息
需要蛋白质 accession ID
询问 'gene X 的功能是什么'
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-uniprot -g -y
基于 Typst 模板引擎生成出版级 PDF 报告，支持表格、图表、元数据及多种文本样式，用于自动化创建专业科学报告。
需要生成 PDF 格式的分析报告
使用 Python 脚本构建结构化文档
需要将数据结果导出为带格式的出版物
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill report-template -g -y
用于单细胞RNA测序数据的标准化预处理与聚类分析，涵盖质量控制、归一化、特征选择及降维聚类，生成可用于下游分析的AnnData对象。
需要处理原始scRNA-seq数据
执行单细胞质控与过滤
进行UMAP降维或Leiden聚类
准备下游差异表达或轨迹分析数据
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill scrna-preprocessing-clustering -g -y
分析SDS-PAGE或蛋白纯化凝胶图像，结合序列与标签信息判断电泳质量、主带匹配度及杂质降解情况。
用户询问凝胶电泳是否运行良好
需要判断主带是否符合预期大小
评估样品是否存在杂质、降解或低表达
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sds-gel-review -g -y
用于SEC色谱数据自动分析，包括峰检测、寡聚体分类及生成包含完整文字解读的高质量PDF报告。通过运行专用脚本实现自动化流程，适用于上传SEC数据或相关查询的场景。
用户上传SEC色谱图数据（CSV/TSV/Excel/ZIP）
用户请求SEC分析、尺寸排阻色谱分析或寡聚体分类
用户要求生成SEC分析报告PDF
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sec-report -g -y
基于BioPython的序列分析技能，支持DNA/RNA/蛋白质序列的基础属性计算、ORF查找、限制性酶切位点分析及引物设计。
sequence
translate
GC content
ORF
primer
restriction
complement
reverse complement
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sequence-analysis -g -y
用于浏览和安装BioClaw社区技能库中的生物信息学技能，支持用户查询可用技能、查找特定分析流程或安装新技能以扩展系统能力。
skills hub
more skills
install skill
community skills
find a skill for
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill skills-hub -g -y
用于基于UniProt ID检索AlphaFold预测结构，下载坐标与置信度文件，解读pLDDT/PAE指标，并将序列发现映射至结构以支持生物学注释。
需要获取已知蛋白的AlphaFold预测结构
需评估蛋白质结构局部或整体置信度
将突变、活性位点等信息映射到3D结构
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill structural-biology -g -y
Genomic Intelligence AI技能，用于通过托管Transformer DNA模型预测启动子、剪接位点、增强子、染色质状态及基因表达等调控特征。支持基因符号或DNA序列输入，无需本地GPU，适用于科研分析。
promoter prediction
splice site
enhancer activity
chromatin state
expression from sequence
gene annotation
genomic intelligence
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-genomic-intelligence -g -y
