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jaechang-hits/SciAgent-Skills
GitHub用于编写Opentrons OT-2/Flex液体处理机器人的Python自动化协议，支持移液、PCR、稀释及模块控制。
安装全部 Skills
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集合内 Skills (200)
按质量分展示前 50 个（共 200 个），完整列表请用安装命令预览或逐个打开详情。
用于编写Opentrons OT-2/Flex液体处理机器人的Python自动化协议，支持移液、PCR、稀释及模块控制。
编写液体处理自动化脚本
控制实验室机器人硬件
模拟或运行Opentrons协议
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill opentrons-integration -g -y
用于使用 Plotly 库创建交互式科学可视化图表，支持散点、热力图、3D 及地理地图等 40+ 种类型，提供快速绘图与精细控制 API，适用于数据分析探索与 Web 嵌入展示。
需要创建带有悬停、缩放功能的交互式图表
进行数据探索性分析并生成多面板仪表板
需要可视化 3D 数据或地理/地图数据
生成可嵌入网页的 HTML 格式数据报告
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-visualization -g -y
基于Seaborn和Matplotlib的统计可视化技能，支持分布、关系、分类及回归图表生成。内置自动聚合与置信区间计算，适用于数据探索与高质量统计图形绘制。
需要创建统计分布图（如直方图、KDE、箱线图）
需要可视化变量间关系或相关性热力图
进行探索性数据分析并生成统计摘要图表
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-visualization -g -y
提供单细胞RNA测序数据中细胞类型标注的最佳实践，涵盖基于标记基因、参考图谱和自动化分类的方法。
单细胞数据分析
细胞类型注释
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill single-cell-annotation -g -y
PyMC贝叶斯建模技能，涵盖模型定义、先验设置、NUTS/ADVI采样、诊断（R-hat, ESS）、模型比较（LOO/WAIC）及预测。支持分层、逻辑回归等变体，适用于需不确定性量化的统计推断任务。
需要进行贝叶斯统计推断
构建概率图模型
评估参数不确定性
执行后验预测检查
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pymc-bayesian-modeling -g -y
用于时间事件分析（生存分析）的技能，支持Cox模型、随机生存森林等算法处理右删失数据，提供C-index等评估指标及与scikit-learn兼容的API。
需要建模时间到事件结果
处理右删失临床或可靠性数据
计算生存分析评估指标
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scikit-survival-analysis -g -y
提供统计学分析指导，涵盖假设检验选择、前提条件验证、效应量计算及APA格式报告。支持频率学派与贝叶斯方法，适用于学术研究中的数据分析任务。
需要选择合适的统计检验方法
验证统计模型的前提假设
计算并解释效应量
生成符合学术规范的统计结果报告
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statistical-analysis -g -y
用于Python统计建模，涵盖回归、离散选择及时间序列分析，提供严谨推断与诊断。适用于系数解释、假设检验及模型比较，区别于预测型机器学习。
需要进行线性或广义线性回归分析
执行时间序列预测如ARIMA
运行统计假设检验或模型诊断
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statsmodels-statistical-modeling -g -y
Cellpose是基于深度学习的细胞/细胞核分割工具，适用于荧光和明场显微镜图像。提供预训练模型，无需重新训练即可泛化分割不同细胞类型，输出标签掩码用于形态测量和追踪，支持2D/3D及批量处理。
需要分割显微镜下的细胞或细胞核
规则阈值方法因强度变化或细胞粘连失效
需要对多样本进行批量无参数调整分割
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill cellpose-cell-segmentation -g -y
FlowIO 用于解析和写入流式细胞术 FCS 文件，支持 v2.0-3.1 版本。可提取事件数据为 NumPy 数组、读取通道元数据、处理多数据集及批量转换 CSV，适用于数据预处理与管道构建。
需要解析或生成 FCS 格式文件
从流式细胞仪数据中提取事件矩阵或通道元数据
将流式数据转换为 NumPy 数组或 Pandas DataFrame
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill flowio-flow-cytometry -g -y
napari是用于生物图像的多维交互式查看器，支持2D/3D/4D数组显示、标注及插件分析。适用于显微镜图像质检、深度学习分割数据标注、多通道叠加及无头环境截图生成，是Python生物图像工作流的标准可视化工具。
需要可视化检查显微图像或分割掩码
为深度学习模型准备和标注训练数据
在脚本中生成科学图像的自动化截图
交互式审查3D堆栈或4D时间序列实验
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill napari-image-viewer -g -y
提供基于OpenCV的生物图像计算机视觉技能，涵盖荧光/明场图像预处理、细胞轮廓检测、实时显微镜视频流处理及经典特征提取。
生物图像预处理
细胞轮廓或边缘检测
实时显微镜视频流分析
模板匹配查找重复结构
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill opencv-bioimage-analysis -g -y
提供Python与ImageJ2/Fiji的桥接能力，支持无头自动化批处理、插件调用及NumPy数据交换。适用于生物图像分析流程集成，实现从预处理到统计结果的全链路自动化。
需要从Python调用Fiji插件进行图像处理
自动化执行ImageJ宏或批量处理实验数据
在Python工作流中集成ImageJ Ops框架
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pyimagej-fiji-bridge -g -y
提供基于scikit-image的Python图像处理方法，涵盖显微图像的读写、滤波去噪、分割测量及特征检测。适用于生物图像分析，强调与NumPy/SciPy集成，并指导在实时视频或深度学习场景下选用OpenCV或CellPose等替代方案。
需要处理显微镜或生物医学图像数据
执行图像预处理如去噪、背景扣除或形态学操作
进行细胞或细胞核的自动分割与属性测量
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scikit-image-processing -g -y
用于视频显微镜下的单粒子追踪，定位颗粒并生成轨迹，计算均方位移和扩散系数，支持2D/3D及漂移校正。
需要分析荧光显微镜视频中的颗粒运动轨迹
计算粒子的扩散系数或区分布朗运动与定向运动
处理3D共聚焦堆栈的时间序列数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill trackpy-particle-tracking -g -y
提供Matplotlib科学绘图技能，支持生成出版级线、散点、热力图等静态图表。强调对字体、布局等元素的精细控制及多面板排版，适用于科研论文配图和高质量数据可视化输出。
需要生成高精度或出版级别的科学图表
需要对图表的每个元素进行像素级定制
创建复杂的多面板子图布局
导出PDF/SVG矢量格式用于期刊投稿
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill matplotlib-scientific-plotting -g -y
基于Plotly库生成交互式科学可视化图表，支持悬停、缩放及动画，适用于火山图、剂量反应等场景。
需要交互式图表展示基因表达或分子结构
构建包含动态数据的科学仪表盘
导出可交互的HTML可视化报告
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-plots -g -y
提供科学可视化指南，涵盖图表选择、色彩理论、无障碍设计及期刊排版规范，辅助科研数据展示与论文配图准备。
准备科研论文或演讲的图表
咨询数据可视化的最佳实践
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scientific-visualization -g -y
基于Seaborn和Matplotlib进行统计可视化，支持Pandas数据帧，涵盖分布、分类、关系及回归等图表类型，适用于快速探索性数据分析与科研绘图。
需要绘制统计图表如箱线图、小提琴图或热力图
对Pandas DataFrame进行分组聚合与置信区间可视化
生成用于学术论文或报告的静态统计图形
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-plots -g -y
指导在箱线图等比较图中添加统计显著性标记（p值星号），涵盖标准符号、调整p值处理及matplotlib实现，确保图表符合出版规范。
需要为科学数据可视化添加显著性标记
准备用于发表的统计对比图表
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statistical-significance-annotation -g -y
BWA-MEM2 DNA短读段比对工具，用于WGS/WES/ChIP-seq等基因组数据比对，生成GATK兼容的SAM/BAM文件。提供安装、索引构建及快速启动指南，支持并行处理与复杂读段解析。
进行全基因组或外显子组测序数据分析
需要将FASTQ文件比对到参考基因组以生成BAM文件
执行ChIP-seq或ATAC-seq数据处理流程
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Pysam基因组文件工具包，提供Python接口读写SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF及FASTA/FASTQ。支持区域查询、pileup统计、变异过滤等NGS数据分析功能，封装htslib实现高效随机访问。
读取或写入BAM/CRAM比对文件
分析VCF/BCF变异数据
提取FASTA参考序列
计算碱基覆盖度或pileup统计
构建生物信息学数据处理管道
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提供samtools处理SAM/BAM/CRAM文件的CLI指南，涵盖排序、索引、格式转换、QC统计及去重等NGS流程核心操作。
需要处理BAM或SAM文件
对测序数据进行排序或索引
进行比对质量检查
过滤或合并测序reads
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用于STAR RNA-seq比对工具的自动化技能，支持构建基因组索引、执行双通道比对及生成BAM文件与剪接位点表。
RNA-seq数据比对
需要BAM格式输出
发现新剪接位点
ENCODE流程兼容
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill star-rna-seq-aligner -g -y
Bakta基因组注释技能，用于细菌和古菌基因组及质粒的快速标准化注释。支持CDS、RNA等特征识别，生成NCBI兼容格式及可视化图表，适用于MAGs分析。
需要注释细菌或古菌基因组序列
需要将基因组结果输出为GFF3或GenBank格式
需要生成基因组环状图
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill bakta-genome-annotation -g -y
基于Prokka对原核生物（细菌、古菌、病毒）基因组进行快速注释，识别CDS及非编码RNA，输出GFF3/GenBank等格式。适用于新组装基因组功能注释及比较基因组学分析。
需要对新组装的细菌或古菌基因组进行基因预测和功能注释
需要将基因组注释结果导出为GFF3、GenBank或FASTA格式以用于下游分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill prokka-genome-annotation -g -y
基于Roary构建细菌泛基因组，生成基因存在/缺失矩阵及核心基因比对。适用于比较基因组学、系统发育分析及GWAS研究，支持多基因组快速聚类与分区。
计算细菌泛基因组
生成基因存在/缺失矩阵
构建核心基因多FASTA比对
比较基因组学分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill roary-pangenome -g -y
用于从基因表达数据推断基因调控网络（GRN）的Skill。支持GRNBoost2和GENIE3算法，利用Dask并行处理单细胞或批量RNA-seq数据，生成TF-目标基因重要性链接，是pySCENIC流程的核心组件。
需要推断基因调控关系
处理单细胞或批量RNA-seq数据以构建GRN
运行pySCENIC流程的第一步
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill arboreto-grn-inference -g -y
提供分子生物学计算工具包，支持序列操作、生物文件格式解析、NCBI数据库访问、BLAST搜索及蛋白质结构分析，适用于批量处理、自定义流水线及格式转换。
需要解析或转换FASTA/GenBank/PDB等生物数据格式
需要从NCBI获取序列数据或执行BLAST搜索
需要进行DNA/RNA/蛋白质序列的统计分析与转换
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill biopython-molecular-biology -g -y
Biopython序列分析技能，涵盖FASTA/GenBank解析、NCBI数据获取、BLAST搜索、多序列比对及系统发育树构建。适用于基因家族研究、比较基因组学和NCBI自动化流程。
从NCBI下载基因家族并构建系统发育树
解析GenBank或GFF3文件提取CDS序列
运行BLAST搜索并过滤显著匹配项
进行序列比对或格式转换
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill biopython-sequence-analysis -g -y
查询ARCHS4 REST API获取RNA-seq表达数据、组织模式及共表达网络，支持基因z-score检索、样本元数据搜索及HDF5矩阵访问，用于生物信息学分析与验证。
查询基因在不同组织的表达z-score
查找与共表达相关的基因列表
按组织或疾病关键词搜索RNA-seq样本
比较多个基因的组织表达谱
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill archs4-database -g -y
提供40+生物信息学数据库的统一Python接口，支持UniProt、KEGG等数据的查询、ID映射及跨库关联。适用于构建生物数据集成工作流，处理蛋白质、通路及相互作用信息。
需要跨多个生物数据库（如UniProt和KEGG）查询数据
进行生物标识符（ID）批量转换或映射
执行序列比对（BLAST）或获取基因本体注释
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用于通过cBioPortal REST API获取癌症基因组数据（突变、CNAs、表达量及临床信息），支持TMB计算、生存分析及差异表达分析，适用于肿瘤学研究场景。
需要查询TCGA等癌症研究的体细胞突变或拷贝数变异数据
进行癌症相关的生存分析或基因表达差异分析
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通过NCBI E-utilities查询ClinVar数据库，获取变异的临床意义、致病性及疾病关联。支持按基因、rsID或条件搜索，返回临床分类和提交者数据，用于构建变异过滤管道。
查询特定变异的临床意义分类
检索某基因的所有致病性变异
识别不同实验室间的解释冲突
获取变异的表型/疾病关联信息
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用于查询COSMIC癌症体细胞突变、基因普查、突变特征及耐药变异的技能。支持REST API v3.1，提供基因/样本/变异查询功能，适用于癌症基因组学研究和生物信息学分析。
查询特定癌症基因的体细胞突变频率或分布
获取COSMIC癌症基因普查分类信息
查找突变特征或耐药变异数据
构建癌症驱动基因列表
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用于查询NCBI dbSNP数据库，通过rsID、基因或区域检索SNP记录，获取等位基因频率、变异类型及临床关联信息。
查询特定rsID的遗传变异详情
根据基因名或染色体坐标搜索变异
获取变异群体的等位基因频率
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill dbsnp-database -g -y
提供DepMap CRISPR基因效应（Chronos）数据分析指南，重点说明必需性符号反转约定、按基因NaN安全的Spearman相关性计算及数据加载对齐方法。
分析DepMap CRISPR筛选数据
计算基因必需性与表达的相关性
处理含NaN值的CRISPR评分数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill depmap-crispr-essentiality -g -y
提供欧洲核苷酸档案(ENA)的REST API访问能力，支持序列、读段及注释数据的搜索、检索与下载。适用于生物信息学领域的大规模公共测序数据集获取与分析任务。
查询或下载EN公开基因组数据
通过API检索核酸序列元数据
获取FASTA/FASTQ格式原始测序文件
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调用 ENCODE Portal REST API，查询并下载转录因子结合、染色质开放性及组蛋白修饰等实验数据。用于变异注释、调控元件检索及比较分析，支持按基因型、细胞类型或基因组区域过滤。
需要获取特定转录因子的 ChIP-seq 峰值文件
查找特定细胞类型的 ATAC-seq 开放染色质区域
根据基因组区域检索 cCRE 注释信息
为 VCF 变异构建参考调控轨道进行注释
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill encode-database -g -y
提供Ensembl REST API访问，用于检索300+物种的基因、转录本及变异注释信息。支持ID转换、序列获取、调控特征查询及比较基因组学分析，无需API密钥。
查询特定基因的官方注释和坐标
在HGNC、RefSeq等标识符间进行转换
获取基因或转录本的DNA/蛋白质序列
查询SNP变异的后果和功能影响
查找基因组区域的调控特征
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ensembl-database -g -y
提供NCBI Gene数据库查询能力，用于基因ID解析、别名转换、功能摘要获取及跨物种同源基因查询。支持通过E-utilities API检索官方符号、RefSeq ID和GO注释。
需要解析基因别名或获取NCBI Gene ID
查询基因功能描述或GO注释
检索跨物种同源基因信息
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gene-database -g -y
通过GEOparse和E-utilities访问NCBI GEO数据库，支持按关键词搜索、下载解析GSE矩阵、提取GSM元数据及加载表达矩阵至pandas，用于生物信息学数据分析。
需要搜索或下载基因表达数据集
解析GEO系列数据并提取样本元数据
将微阵列表达数据加载到DataFrame进行分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill geo-database -g -y
提供统一CLI/Python接口访问20+基因组数据库，支持基因查询、BLAST、AlphaFold结构预测及单细胞数据分析。
需要跨物种查询基因信息或序列
执行蛋白质结构预测或富集分析
检索单细胞数据或疾病关联
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gget-genomic-databases -g -y
通过GraphQL API查询gnomAD数据库，获取人群变异频率、等位基因计数及基因约束评分（pLI/LOEUF），用于评估变异稀有度与临床相关性。
查询特定变异的群体等位基因频率
获取基因的约束评分如pLI或LOEUF
筛选罕见变异以辅助临床解读
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gnomad-database -g -y
封装NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API，支持查询SNP与性状的关联、研究文献及汇总统计。用于发现遗传变异、分析多效性及构建PRS候选基因，无需认证。
查询特定性状或疾病的GWAS关联位点
获取SNP的多效性信息
下载汇总统计数据用于PRSS构建或曼哈顿图绘制
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gwas-database -g -y
提供JASPAR转录因子结合谱数据库的访问能力，支持通过REST API或pyJASPAR库检索PFM/PWM矩阵、扫描DNA序列中的TFBS以及按物种或家族筛选数据。
查询特定转录因子的结合谱矩阵
在DNA序列中扫描转录因子结合位点
构建用于富集分析的motif库
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill jaspar-database -g -y
提供KEGG数据库REST API调用方法，用于生物通路分析、基因映射、化合物查询及跨库ID转换。支持学术用途下的通路详情获取和药物相互作用检查。
查询特定基因的生物学通路
进行KEGG与其他数据库的ID转换
获取代谢通路或化合物详细信息
检查药物之间的相互作用
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill kegg-database -g -y
提供Monarch Initiative知识图谱REST API，用于疾病-基因-表型关联查询、罕见病基因优先排序及跨物种比较。
查询疾病与基因的关联
基于表型进行候选基因排序
跨物种基因表型比较
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill monarch-database -g -y
调用EBI QuickGO REST API查询基因本体论术语、蛋白注释及层级关系，支持关键词搜索、祖先/后代遍历和批量获取。
查询GO术语元数据
检索蛋白基因本体注释
基因本体层级遍历
富集分析前获取原始注释数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill quickgo-database -g -y
查询RegulomeDB API对遗传变异进行调控功能评分，支持GWAS位点优先级排序、非编码变异注释及顺式调控发现。
GWAS命中位点的调控功能优先级排序
对VCF或变异列表进行调控评分与过滤
分析非编码变异与QTL及染色质状态的重叠情况
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill regulomedb-database -g -y
