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synthetic-sciences/openscience
GitHub指导在OpenScience CLI项目中优先使用Bun API进行文件读写、扫描及目录操作，明确node:fs适用场景及代码规范。
Install All Skills
npx skills add synthetic-sciences/openscience --all -g -y
Skills in Collection (277)
Showing top 50 of 277 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
指导在OpenScience CLI项目中优先使用Bun API进行文件读写、扫描及目录操作，明确node:fs适用场景及代码规范。
需要进行文件读取或写入
执行文件扫描或目录管理
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bun-file-io -g -y
处理单细胞基因组学及通用标注数据矩阵的Skill，支持AnnData对象创建、读写h5ad/zarr格式、子集筛选及与scverse生态集成。
处理.h5ad或.zarr文件
构建或操作AnnData对象
单细胞RNA-seq数据分析
管理大型稀疏矩阵数据集
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill anndata -g -y
Dependencies:
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
提供Benchling平台集成能力，支持通过SDK/API访问生物注册表、库存、ELN及工作流，实现实验室数据自动化管理、应用构建及数据仓库查询。
操作Benchling Python SDK或REST API
管理DNA/蛋白质等生物序列实体
自动化库存样本与容器操作
创建或查询电子实验记录本条目
构建Benchling应用或工作流自动化
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill benchling-integration -g -y
提供细胞生物学显微镜图像分析工具，涵盖细胞分割、对象追踪、形态定量、菌落计数及共定位分析。支持从原始图像到定量统计的完整流程，适用于生物研究中的图像处理与量化任务。
显微镜图像细胞分割
时间序列细胞追踪
细胞形态定量分析
荧光图像共定位分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioimage-analysis -g -y
提供统一Python接口访问40+生物信息学服务，支持跨数据库查询、ID映射及多源数据整合。适用于蛋白质分析、通路挖掘、化合物搜索及基因组数据挖掘等场景。
跨数据库生物数据查询与整合
生物标识符转换与映射
蛋白质序列与功能注释检索
代谢通路与基因功能分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioservices -g -y
提供癌症基因组学计算工作流，涵盖体细胞突变检测、结构变异分析、拷贝数变异评估、肿瘤纯度估算及DNA损伤反应网络分析等核心功能。
处理肿瘤-正常配对测序数据中的体细胞变异调用
对VCF文件进行基因名称和功能影响注释
运行拷贝数分析管道以识别CNV
计算肿瘤突变负荷以评估免疫治疗生物标志物
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cancer-genomics-analysis -g -y
提供临床与生理影像分析工具，涵盖扩散MRI、微CT骨形态、血流动力学及昼夜节律等数据处理。
需要计算扩散MRI的ADC图
分析微CT骨骼微观结构
处理血流动力学波形数据
进行昼夜节律余弦拟合
测量纤毛摆动频率
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-imaging -g -y
用于撰写各类临床报告，包括病例、诊断、临床试验及患者文档。支持模板生成、法规合规（HIPAA/FDA）及强制集成科学图表技能以增强可视化效果。
撰写临床病例报告
创建诊断报告
准备临床试验报告
编写患者护理记录
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-reports -g -y
COBRApy用于基于约束的代谢模型重建与分析，支持FBA、FVA及基因敲除等仿真，服务于系统生物学和代谢工程研究。
进行代谢通量平衡分析
运行通量可变性分析
加载或保存SBML代谢模型
模拟细胞代谢行为
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cobrapy -g -y
提供生物数据集访问指南，涵盖COSMIC、GTEx、GWAS等主流数据源。支持数据下载、格式解析及通路富集分析，辅助计算生物学研究中的数据预处理与整合任务。
需要获取癌症基因组或表达谱数据
进行基因集富集分析
查询疾病-基因关联或蛋白互作网络
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill curated-bio-datasets -g -y
deepTools技能用于NGS数据分析，支持BAM转bigWig、QC评估（相关性/PCA）、样本比较及可视化（热图/Profile），适用于ChIP-seq/RNA-seq等流程。
BAM to bigWig conversion
NGS quality control
ChIP-seq visualization
RNA-seq analysis
ATAC-seq processing
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deeptools -g -y
用于DNAnexus云基因组平台集成，涵盖应用开发、数据管理、任务执行及工作流编排。支持使用dxpy SDK处理FASTQ/BAM/VCF等生物信息文件，构建和部署分析应用，实现基因组管道开发与自动化执行。
创建或修改DNAnexus应用/小程序
上传下载基因组数据文件
运行或监控分析作业
编写dxpy脚本交互平台
构建多步骤基因分析工作流
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill dnanexus-integration -g -y
ETE Toolkit技能，用于系统发育树操作、进化事件检测、正交/旁系同源分析及可视化。支持Newick/NHX格式读写、拓扑修改、距离计算及NCBI分类学集成，适用于基因组学研究。
需要解析或修改系统发育树结构
进行基因树进化事件分析
识别正交和旁系同源基因
生成树的可视化图表
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill etetoolkit -g -y
提供流式细胞术数据端到端分析流程，涵盖FCS文件处理、光谱补偿、手动及自动门控策略、免疫分型、CFSE增殖分析、细胞周期定量（Dean-Jett-Fox模型）及凋亡检测。
分析多色流式细胞术实验数据
应用补偿矩阵校正光谱重叠
构建门控层级以排除碎片或单细胞
进行免疫分型或CFSE增殖追踪
计算细胞周期分布或凋亡率
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flow-cytometry-analysis -g -y
FlowIO用于解析和生成流式细胞术FCS文件，支持元数据提取、事件数据转换为NumPy数组及CSV导出，适用于生物医学数据处理管道。
需要解析FCS文件格式
从FCS文件中提取元数据或通道信息
将流式细胞术数据转换为NumPy数组或DataFrame
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flowio -g -y
提供统一接口快速查询20+生物信息学数据库，支持基因、蛋白结构及富集分析等交互式探索。适用于CLI或Python中的简单数据检索与验证场景。
需要快速查询基因注释或序列信息
进行简单的生物数据交互式探索
获取蛋白质结构或表达数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill gget -g -y
提供蛋白质糖基化位点预测与分析工具，包括N-糖基化基序查找和O-糖基化热点预测。适用于生物治疗蛋白设计、突变实验规划及糖蛋白注释，依赖纯Python实现。
预测蛋白质序列中的N-糖基化位点
识别O-糖基化热点区域
分析糖蛋白结构特征
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill glycobiology -g -y
Histolab是用于数字病理全切片图像处理的Python库，支持组织检测、瓦片提取和染色归一化，适用于数据集准备和快速分析。
需要处理WSI全切片图像
进行组织区域检测与分割
从大图提取固定尺寸瓦片
为深度学习准备病理图像数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill histolab -g -y
提供免疫学实验数据的计算分析工具，涵盖ELISA曲线拟合、IHC定量、ATAC-seq峰调用、细胞追踪及细胞周期估算等核心能力。
处理ELISA板数据并拟合标准曲线
量化IHC染色强度或H-score
分析ATAC-seq峰值和差异染色质可及性
从显微镜延时图像追踪免疫细胞迁移
通过系列稀释确定抗体效价
处理多重细胞因子检测数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill immunology-assays -g -y
用于构建、部署和管理生物信息学无服务器工作流。支持Python/Nextflow/Snakemake集成，提供云数据管理、资源配置及预验证分析流程。
创建或部署生信工作流
使用LatchFile/LatchDir管理数据
配置GPU等计算资源
集成Nextflow或Snakemake
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill latchbio-integration -g -y
提供微生物种群动力学建模与分析工具，包括细菌生长曲线拟合、Lotka-Volterra群落动态、Gillespie随机模拟、生物膜量化及基因组注释。
拟合细菌生长曲线参数
模拟多物种微生物群落相互作用
执行Gillespie随机模拟
处理生物膜或CFU实验数据
进行细菌基因组注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill microbial-dynamics -g -y
用于分子克隆模拟与设计的工具，涵盖PCR引物设计、限制性酶切模拟、Golden Gate及Gibson组装规划、CRISPR sgRNA设计及质粒注释。基于Biopython实现序列工程与热力学计算，辅助实验方案制定。
PCR引物设计与Tm值计算
限制性内切酶位点分析与酶切模拟
Golden Gate或Gibson组装策略规划
CRISPR sgRNA设计及脱靶效应评估
质粒图谱生成与功能元件注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill molecular-cloning -g -y
NeuroKit2是用于生理信号处理的Python工具包，支持ECG、EEG、EDA等信号的清洗、分析与多模态整合。适用于心率变异性分析、脑电复杂度计算及自主神经系统评估，服务于心理学研究与临床应用场景。
处理ECG/PPG等心血管信号
进行HRV或EEG频率分析
分析EDA或EMG等自主神经/肌肉信号
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neurokit2 -g -y
Neuropixels神经记录分析工具，支持SpikeGLX/OpenEphys数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 spike sorting及质量评估。适用于神经科学领域的电生理数据分析任务。
处理Neuropixels神经记录数据
运行spike sorting算法
分析细胞外电生理信号
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neuropixels-analysis -g -y
提供OMERO显微镜数据管理平台的Python API集成能力，涵盖连接管理、数据检索、元数据标注、图像处理及ROI分析等场景。
使用omero-py访问显微镜数据
批量处理或分析高内涵筛选数据
管理图像元数据和注释
提取像素数据或创建感兴趣区域
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill omero-integration -g -y
用于编写Opentrons Flex和OT-2机器人的Protocol API v2协议，实现液体处理、硬件模块控制及自动化移液工作流。
编写Opentrons Protocol API v2协议
自动化液体处理工作流
控制硬件模块如温控或磁力架
设置实验室耗材配置与甲板布局
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill opentrons-integration -g -y
PathML是计算病理学Python工具包，支持WSI加载、预处理、细胞分割、空间图构建及深度学习模型训练。适用于多色免疫荧光分析和大规模病理数据处理。
需要处理全切片图像(WSI)
进行组织或细胞核的分割与分类
构建空间图进行病理数据分析
在病理数据上训练机器学习模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pathml -g -y
提供药理学湿实验数据的计算分析工具，包括Western blot定量、肿瘤抑制率分析、药物稳定性建模、放射性抗体生物分布及剂量估算等。
Western blot图像密度测定
异种移植肿瘤生长抑制分析
药物稳定性阿伦尼乌斯模型预测
放射性抗体生物分布数据处理
MIRD剂量估算
不良事件CTCAE分级
IC50/EC50剂量反应曲线拟合
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pharmacology-wetlab -g -y
集成 protocols.io API，用于科学协议的搜索、创建、更新、发布及步骤材料管理。支持工作区组织、讨论协作、文件上传和实验追踪，适用于协议发现与科研文档自动化。
需要搜索或发现现有科学协议
创建、更新或发布科学协议
管理与协议相关的步骤、材料和文件
在 protocols.io 上进行协作讨论或评论
构建与 protocols.io 集成的自动化工具
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill protocolsio-integration -g -y
PyDESeq2是Python版DESeq2，用于批量RNA-seq数据的差异表达分析。支持多因素设计、Wald检验、FDR校正及可视化，适用于从数据加载到结果解释的完整工作流，可将R流程迁移至Python生态。
进行bulk RNA-seq差异表达分析
比较不同实验条件下的基因表达
处理包含批次效应的多因素设计
将R语言DESeq2工作流转换为Python
用户提及DESeq2或RNA-seq分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pydeseq2 -g -y
PyHealth是面向医疗AI的Python工具包，用于处理临床数据（如EHR、生理信号）、构建预测模型（死亡率、再入院等）及部署深度学习应用。支持MIMIC等数据集及多种医疗编码系统，提供从数据加载到模型评估的全流程能力。
开发临床预测模型
处理电子健康记录或生理信号数据
使用MIMIC/eICU等医疗数据集
实现医疗领域深度学习算法
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pyhealth -g -y
PyLabRobot 是跨平台、厂商无关的实验室自动化 Python SDK。用于统一控制移液机器人、酶标仪等设备，管理实验资源与状态，支持多设备集成及协议仿真，适用于复杂生物实验流程自动化。
控制多种实验室自动化硬件
编写跨厂商的实验自动化脚本
在物理运行前仿真实验协议
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pylabrobot -g -y
用于基因组数据处理，支持读写SAM/BAM/CRAM比对、VCF/BCF变异及FASTA/FASTQ序列文件，提供区域提取、覆盖度计算等生物信息学分析功能。
处理测序比对文件(BAM/CRAM)
分析遗传变异(VCF/BCF)
提取参考序列或基因区域
处理原始测序数据(FASTQ)
计算覆盖度或读深
实现生物信息分析流程
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pysam -g -y
提供单细胞RNA测序数据分析的标准流程，涵盖数据加载、质控、标准化、降维聚类、差异表达分析及可视化，适用于探索性scRNA-seq研究。
分析单细胞RNA-seq数据
执行单细胞数据质控
生成UMAP/t-SNE/PCA可视化
识别细胞簇和标记基因
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scanpy -g -y
Dependencies:
scanpy>=1.10.0
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于生物信息学分析的Python库技能，涵盖序列操作、比对、系统发育树构建、微生物组多样性计算及多元统计分析。
处理DNA/RNA/蛋白质序列数据
进行序列比对或 motif 搜索
分析微生物组或群落生态学数据
计算Alpha/Beta多样性指标
执行PERMANOVA等统计检验
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-bio -g -y
基于scikit-survival库的生存分析技能，支持处理删失数据、拟合Cox模型及集成方法、评估预测性能。适用于时间事件建模和医疗数据分析场景。
进行生存分析或时间事件建模
处理包含删失的数据集
拟合Cox比例风险模型或随机生存森林
评估生存模型的预测准确性
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-survival -g -y
用于单细胞组学数据的深度生成模型分析，支持RNA-seq、ATAC-seq及多模态数据整合、批次校正和差异表达分析。
单细胞转录组数据分析
多组学数据整合
空间转录组去卷积
单细胞批次校正
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scvi-tools -g -y
合成生物学设计与仿真工具，涵盖密码子优化、基因回路ODE建模、SBML模型创建及条形码测序分析，辅助实验设计。
基因序列密码子优化
基因回路动力学仿真
SBML模型创建与验证
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill synthetic-biology -g -y
生成符合HIPAA规范的简洁医疗治疗方案，支持多专科及SMART目标框架，强制集成科学示意图以增强可视化效果。
创建个性化患者治疗计划
编写慢性病或康复治疗方案
生成包含临床路径图的医疗文档
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill treatment-plans -g -y
提供基于RDKit和TDC模型的ADMET性质预测工具，涵盖药代动力学、毒性和类药性评估。适用于药物发现中的化合物筛选、优化及毒性预警，辅助早期决策。
计算候选药物的ADMET属性
进行虚拟筛选或苗头化合物优化
评估分子毒性和类药性
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-prediction -g -y
基于CoTox和DrugR的ADMET可解释性分析，将毒性风险映射至结构成因与生物通路，提供分子优化建议。用于药物化学团队的毒理评估及先导化合物优化规划。
需要解释ADMET预测结果中的具体毒性原因
制定分子结构优化策略以规避特定毒性
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-reasoning -g -y
预测蛋白质-配体结合亲和力，提供经验评分、MM/GBSA重评分及批量虚拟筛选功能。将结构信息转化为能量估计值，用于化合物优先级排序，非实验验证数据。
predict binding affinity
estimate Kd
score binding strength
rescore with MM/GBSA
rank compounds by affinity
virtual screening
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill binding-affinity -g -y
Dependencies:
rdkit-pypi
biopython>=1.84
numpy
scipy
提供基于RDKit的Pythonic分子化学信息学封装，简化SMILES解析、标准化、描述符计算及3D构象生成等药物发现任务。
需要进行分子结构解析或转换
计算分子描述符或指纹
执行分子标准化和清洗
生成3D分子构象
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill datamol -g -y
Dependencies:
datamol>=0.12.0
rdkit-pypi>=2024.3.1
用于分子机器学习，支持化学/生物数据加载、特征工程及属性预测。适用于ADMET评估、药物发现及材料设计中的传统ML与GNN模型实验。
分子性质预测
化学数据特征工程
药物发现实验
MoleculeNet基准测试
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deepchem -g -y
Dependencies:
deepchem>=2.8.0
torch>=2.0.0
numpy>=1.25.0
用于药物发现中的从头分子设计，支持基于骨架、片段及结构的化合物生成、多目标优化与类药性过滤。
需要生成新的药物候选分子
对已知先导化合物进行类似物枚举
基于蛋白质结构进行药物设计
优化分子物理化学性质
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill denovo-design -g -y
基于扩散模型的分子对接工具，预测小分子配体与蛋白靶点的3D结合构象及置信度，支持虚拟筛选和结构导向药物设计，不直接预测亲和力。
预测配体结合位点
运行分子对接
虚拟筛选化合物库
结构导向药物设计
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill diffdock -g -y
提供端到端药物发现流程编排，自动串联结构预测、口袋检测、从头设计及ADMET过滤等步骤，确保工作流可复现且执行顺序正确。
drug discovery pipeline
find drugs
design drugs
screen compounds
druggability assessment
de novo design
lead optimization
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill drug-design -g -y
Dependencies:
biopython>=1.84
rdkit-pypi
numpy
scipy
基于LLM的自动化假设生成与测试工具，支持从表格数据中系统性探索模式。结合文献洞察与实证数据进行假设验证，适用于欺骗检测、内容分析等科学研究场景，加速发现过程。
需要从观测数据中自动生成科学假设
系统性地测试多个竞争性假设
结合文献与数据进行实证研究
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill hypogenic -g -y
Matchms是用于代谢组学质谱数据处理与分析的Python库。支持多格式光谱导入导出、元数据标准化与峰值过滤，以及计算余弦等相似度分数，用于化合物鉴定和谱库搜索。
进行代谢组学数据分析
比较质谱图的相似度
从谱库中鉴定未知化合物
处理LC-MS/MS数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill matchms -g -y
用于药物发现中的分子过滤与优先级排序。应用Lipinski等类药性规则、PAINS及结构警报，评估化合物质量并筛选库，辅助先导物优化决策。
应用类药性规则筛选化合物库
检测分子结构警报或PAINS模式
计算分子复杂性指标
评估化合物质量以进行优先排序
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill medchem -g -y
