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aipoch/open-science
GitHub用于生成开源科研电影的视频脚本和JavaScript动画代码。基于会话快照提取信息，输出符合特定JSON Schema的剧本及配套的动画JS文件，支持动态HTML播放和MP4导出，严格遵循格式约束。
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Skills in Collection (27)
用于生成开源科研电影的视频脚本和JavaScript动画代码。基于会话快照提取信息，输出符合特定JSON Schema的剧本及配套的动画JS文件，支持动态HTML播放和MP4导出，严格遵循格式约束。
需要为科研案例制作宣传视频
请求生成视频剧本（screenplay）
请求生成动画脚本（animation bodies）
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通过 ColabFold 运行 AlphaFold2/AlphaFold2-Multimer 进行蛋白质单体及复合物结构预测。支持 FASTA 输入、多模型权重排名，利用 pLDDT/ipTM 验证序列设计一致性，并提供 MSA 优化与 gVisor 环境故障排除指南。
需要预测蛋白质三维结构
验证设计的蛋白质序列稳定性
分析蛋白质-蛋白质相互作用界面
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基于Boltz-2模型进行蛋白质、核酸及小分子复合物的结构预测与结合亲和力评估，适用于验证设计结合蛋白及共折叠任务。
需要预测生物大分子复合物三维结构
验证设计的结合蛋白与靶标的相互作用
评估蛋白质与小分子的结合亲和力
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基于DNA序列预测基因组功能轨迹，用于评估非编码变异对表达或可及性的调控效应。支持生成位点覆盖轨迹并优先排序非编码变异，需GPU环境运行。
评估变异对基因表达的调控影响
生成特定基因座的功能轨迹预测
根据预测轨迹差异优先排序非编码变异
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Chai-1技能用于蛋白质、核酸及小分子复合物的结构预测。支持抗体-抗原或蛋白-配体复合物折叠，可作为AlphaFold-multimer替代方案。通过Python API或CLI运行，处理FASTA输入并输出带有置信度评分的结构模型。
需要预测蛋白质与核酸或小分子的三维结构
进行抗体-抗原或蛋白-配体复合物的共折叠模拟
在GPU上批量执行生物大分子结构预测任务
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用于在远程计算主机上准备可复现的软件环境定义和激活指令，处理包依赖、缓存及Slurm调度配置，支持SSH和Slurm主机，确保环境设置符合Open-Science规范。
用户需要在远程计算节点安装或配置软件环境
需要生成可复现的环境激活脚本或定义文件
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用于通过对话方式创建、管理 Specialist 智能体或 Skill 的框架技能。它路由请求至内部创作者，处理 Specialist 生命周期及关联操作，提供工作流引导而非安全隔离。
用户想要创建或修改 Agent 或 Skill
用户需要通过 /Customize 入口进行配置
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DiffDock-L技能用于小分子对接，通过扩散模型预测配体在蛋白口袋中的3D结合构象并排序。支持SMILES/SDF输入，输出带置信度的 poses。注意其仅预测几何结构而非亲和力，需配合打分器使用，且首次运行需较大内存及时间。
需要预测小分子与蛋白质的结合构象
对SMILES或SDF格式的配体进行盲对接
生成小分子库的初始3D构象用于后续重评分
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提供将 Markdown 转换为 DOCX 报告的工作流，支持保留表格、标题等原生结构及排版样式。包含 Python 转换器、参考文档及 Open Science Notebook 集成方案，确保输出符合专业报告规范。
从 Markdown 生成 Word DOCX 报告
转换 Markdown 表格和列表到 DOCX
编辑现有 DOCX 并保留结构和样式
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指导Agent在Notebook中通过manage_packages工具安装Python/R包、检查版本及处理缺失依赖，禁止单元格内直接安装。
Notebook运行报错缺少包
需要查看已安装包版本
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使用 Evo 2 DNA 语言模型进行序列打分、嵌入和生成。适用于变异效应评分、基因组窗口分类、条件生成及跨物种调控区域分析，支持本地或远程 GPU 推理。
计算 DNA 序列的对数似然以评估变异效应
对基因组窗口进行嵌入以用于下游分类任务
基于前缀生成新的 DNA 序列
分析跨物种的调控或编码区域
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基于Meta AI ESM-2模型处理蛋白质序列，支持提取残基或序列级嵌入、进行掩码语言模型突变效应评分及接触预测。适用于下游机器学习任务中的生物信息学特征工程。
需要蛋白质序列的向量表示用于机器学习
评估氨基酸突变对蛋白质的影响
从序列预测蛋白质接触图
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该技能用于生成出版级多面板图表。基于声明和数据版本规划12列布局，委派子代理绘制各面板，并通过对抗性审查循环优化结果，确保图表叙事严谨且符合设计规范。
需要生成多面板学术图表
根据声明构建数据可视化
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提供面向最终交付的科学图表规范，涵盖数据保真、标签精简、颜色连贯及布局等规则。用于确保报告或论文中图表的正确性与可读性，区分于探索性绘图。
生成用于报告、论文或导出的最终版科学图表
对已保存的图表资产进行发布级质量检查
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生成结构化治疗适应症档案，涵盖患者群体、流行病学、疾病生物学、标准疗法及临床试验设计。通过多阶段并行研究收集证据，输出可恢复的工作点文件与最终报告，辅助药物研发决策。
需要生成特定疾病或症状的完整临床背景报告
进行新药研发的适应症评估与试验设计准备
查询并整合特定患者群体的流行病学与治疗现状
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LigandMPNN技能用于在包含配体、核酸或金属的蛋白骨架上进行逆折叠设计。支持结合口袋重设计、金属配位位点构建及序列生成，适用于计算生物学中的蛋白质结构设计与优化任务。
需要针对含配体或辅因子的蛋白进行残基重设计
需要设计受几何约束的金属配位位点
需要将生成的序列映射回原始结构并输出PDB文件
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用于查找、验证并综合科学文献，生成深度综述。通过API检索来源，确保引用真实，避免伪造，识别研究空白与争议点，将文献转化为结构化知识洞察。
需要查找特定领域的经典论文或关键文献
要求对某主题进行多源文献综述、对比分析或识别研究缺口
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用于使用OpenFold3预测蛋白质、核酸及配体复合物结构。支持通过JSON配置查询序列，自动下载模型权重并执行推理，适用于生物分子结构模拟任务。
需要预测蛋白质或核酸的三维结构
进行生物分子复合物的结构模拟
运行AlphaFold3的开源实现
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评估论文整体故事线，基于稿件和图表生成结构化摘要及图表叙事顺序，作为图表工作流的前置编辑环节。
撰写或修改论文时推导基于手稿的简短摘要
像处理编辑一样审查完整的图表集
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用于蛋白质骨架逆向折叠生成氨基酸序列，支持RFdiffusion骨干设计、界面残基固定重设计及温度扫描。
需要根据PDB结构生成蛋白质序列
进行蛋白质-蛋白质界面设计
对RFdiffusion生成的骨架进行序列设计
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用于通过SSH远程执行命令或提交Slurm作业，支持GPU、高内存及科学计算任务的异步生命周期管理。提供主机发现、连接创建、短命令调用及结果采集分析功能。
需要远程执行Shell命令
提交异步批处理作业
评估远程计算资源可用性
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用于单细胞表达数据的嵌入和注释，支持聚类、整合及细胞类型标注。提供本地运行指南、远程计算提交及常见陷阱处理。
生成单细胞数据嵌入
进行零样本或微调的细胞类型注释
获取基因级表示用于扰动分析
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用于单细胞RNA测序数据分析，提供scVI批量校正潜在空间嵌入、scANVI半监督标签转移及贝叶斯差异表达功能。支持数据验证、模型训练与可视化集成。
单细胞RNA-seq数据整合与批次校正
细胞类型注释迁移
单细胞差异表达分析
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指导Agent在JS控制台中通过host.capabilities()安全发现可用API，用于定位文件、诊断会话或读取记录。
需要检查当前环境支持的API功能
调用特定宿主API前需验证权限
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用于创建、修订、评估和发布可复用的 Open-Science Skill 包。通过 JavaScript host API 管理技能生命周期，包括捕获意图、编写 SKILL.md、验证及发布流程。
需要创建新的可复用工作流或 Skill
修改现有 Skill 的配置或逻辑
为 Skill 添加测试用例或基准评估
优化 Skill 的触发条件
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使用SolubleMPNN对蛋白质骨架进行逆向折叠，优化序列以增强在异源宿主（如大肠杆菌）中的可溶性表达并减少聚集。适用于原生ProteinMPNN设计易聚集或需提高可溶性产率的场景。
ProteinMPNN设计的蛋白发生聚集或形成包涵体
需要提高重组蛋白的可溶性表达产量
针对膜相邻折叠进行可溶性优化
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提供Biohub ESMFold2蛋白结构预测与多组分共折叠能力，支持单序列及MSA模式。涵盖ESMC模型嵌入提取、突变评分及推理加速配置，适用于生物分子结构设计与验证任务。
预测蛋白质复合体三维结构
获取ESMC模型隐藏状态或嵌入向量
评估氨基酸突变对稳定性的影响
配置GPU推理加速参数
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