Agent Skills
› companion-inc/feynman
companion-inc/feynman
GitHub通过 Feynman alpha 工具搜索、阅读学术论文，支持语义/关键词检索、PDF问答、代码仓库查看及注释管理，助力学术研究与技术调研。
Install All Skills
npx skills add companion-inc/feynman --all -g -y
Skills in Collection (48)
通过 Feynman alpha 工具搜索、阅读学术论文，支持语义/关键词检索、PDF问答、代码仓库查看及注释管理，助力学术研究与技术调研。
查询特定学术论文内容
根据主题搜索研究论文
向论文提问以获取细节
检查论文关联的代码库
npx skills add companion-inc/feynman --skill alpha-research -g -y
用于AlphaFold2风格的蛋白质结构预测与审计。涵盖单体/多聚体预测、MSA处理及置信度评估，支持对比PDB数据库以验证结构新颖性、界面几何或突变影响，确保输出可追溯。
需要预测蛋白质三维结构
审计AlphaFold2风格的结构输出结果
验证序列到结构的映射关系
npx skills add companion-inc/feynman --skill alphafold2 -g -y
用于运行有界研究实验循环，通过尝试假设、测量基准证据并迭代优化模型或检索性能。适用于用户请求优化研究指标、运行实验循环或基准测试研究假设的场景。
优化研究指标
运行实验循环
迭代改进模型/检索/评估性能
基准测试研究假设
npx skills add companion-inc/feynman --skill autoresearch -g -y
用于运行或规划 Boltz 生物分子结构预测，涵盖蛋白质、复合物及核酸组装。支持输入标准化、执行环境验证、结果解释与验证，确保预测作为假设而非定论。
需要 Boltz 进行生物分子结构预测
询问 Boltz 设置、输入输出或置信度解释
npx skills add companion-inc/feynman --skill boltz -g -y
用于非编码变异影响、调控序列设计及表达预测的基因组建模技能，支持从FASTA输入到结果对比的全流程。
询问非编码变异的影响
需要设计调控序列
进行基因表达预测
npx skills add companion-inc/feynman --skill borzoi -g -y
用于执行或准备Chai-1生物分子复合物结构预测的技能。涵盖输入清单构建、执行路径验证、结果捕获及置信度审查，适用于多聚体、配体和核酸结构预测任务。
请求Chai-1输入配置
进行多聚体结构预测
评估配体或核酸结构
审查模型置信度
npx skills add companion-inc/feynman --skill chai1 -g -y
为科研任务构建可复现的计算环境，涵盖Python/R包、GPU库及容器配置。通过识别需求、选择运行路径（如Modal或Slurm）、验证凭据、记录环境详情并执行冒烟测试，确保依赖完整且环境稳定。
需要配置Python或R包环境
需要设置GPU或容器运行时
准备运行科研计算作业
npx skills add companion-inc/feynman --skill compute-env-setup -g -y
用于向 Feynman 仓库贡献代码的技能，涵盖功能开发、Bug 修复、提示词及技能更新。指导开发者遵循项目规范，执行本地测试构建检查，并确保发布相关配置的一致性。
需要向 Feynman 主仓库提交 PR
修改 src、prompts 或 skills 目录下的代码
更新安装脚本或发布流程
npx skills add companion-inc/feynman --skill contributing -g -y
用于配置Feynman工作台的定制能力，涵盖专家、技能、连接器及权限等设置。指导选择合适层级进行持久化配置，验证变更并记录状态，以构建可复用的研究功能。
需要自定义Feynman工作台环境
创建或配置可复用的研究能力组件
调整工作台的设置、权限或记忆类别
npx skills add companion-inc/feynman --skill customize -g -y
执行深度研究流程，生成带来源引用的研究报告。适用于用户请求全面分析、深入报告或多源调查的场景。
用户要求进行深度研究
用户请求全面分析或深入报告
用户需要多源调查
npx skills add companion-inc/feynman --skill deep-research -g -y
用于执行或规划DiffDock分子对接工作流，涵盖蛋白-配体姿态预测、结构准备、结果验证及排名假设生成。
蛋白-配体姿态预测
对接设置与准备
对接结果验证
npx skills add companion-inc/feynman --skill diffdock -g -y
在隔离的 Docker 容器中安全执行研究代码，支持实验复现、基准测试及 GPU 工作负载，通过挂载目录同步结果。
用户选择 Docker Sandbox 作为执行环境
运行不可信或需要隔离的实验代码
npx skills add companion-inc/feynman --skill docker -g -y
将复杂研究、论文或技术概念转化为通俗易懂的解释，去除行话并使用类比。适用于用户请求简化说明或解释晦涩内容时。
用户说 ELI5 this
请求简单解释论文或研究成果
要求去除专业术语
询问技术密集内容的实际含义
npx skills add companion-inc/feynman --skill eli5 -g -y
用于快速预测蛋白质结构，支持序列筛选、变异体结构筛查及置信度审查。通过标准化FASTA输入、运行模型并保存结果与日志，标记低置信度区域，辅助研究决策前的初步结构假设验证。
需要快速进行无MSA的蛋白质折叠预测
对突变体或变体进行结构筛查
评估预测结构的置信度
npx skills add companion-inc/feynman --skill esmfold2 -g -y
用于生物序列模型工作，涵盖DNA/RNA/蛋白质序列的生成、评分及变异效应分析。提供从定义目标、验证模型到保存结果、分离事实与预测、验证候选项的标准化工作流程，确保生成的序列可追溯且合规。
需要分析或生成DNA、RNA或蛋白质序列
进行生物序列的似然度计算、编辑或设计
执行长上下文生物建模任务
npx skills add companion-inc/feynman --skill evo2 -g -y
基于ESM2蛋白质语言模型进行序列嵌入、突变评分及功能分析，支持聚类与远程同源性检测。提供标准化FASTA处理、结果验证及质量标记工作流，适用于生物信息学特征提取与假设生成。
需要蛋白质序列嵌入向量
进行零样本变异效应评分
执行蛋白质序列聚类分析
评估序列-功能关系
npx skills add companion-inc/feynman --skill fair-esm2 -g -y
用于生成出版级多面板科学图表。支持从主张、数据集或草稿结果出发，进行面板规划、布局设计、风格统一及最终组装，确保数据保真与可读性。
需要规划多面板科学图表结构
生成出版级科学插图
审查图表布局与标签冲突
npx skills add companion-inc/feynman --skill figure-composer -g -y
用于规范科研图表制作，涵盖图表选型、轴标签、配色及渲染检查，确保数据可追溯与可视化质量。
绘制或修改科研图表
审查图表规范性
生成高质量可视化图像
npx skills add companion-inc/feynman --skill figure-style -g -y
用于构建生物医学适应症档案，整合疾病生物学、靶点依据、患者分层及临床试验等多源证据。
需要汇总疾病生物学机制或靶点合理性分析
要求提供患者细分、生物标志物或竞争性药物格局
请求整理临床试验数据与转化医学证据
npx skills add companion-inc/feynman --skill indication-dossier -g -y
用于检查研究工作流的运行状态、计划中的后续任务及持久化工件。当用户询问当前运行的研究流程或需要研究运行状态时触发此技能。
用户询问正在运行的研究流程
用户需要获取研究运行状态
npx skills add companion-inc/feynman --skill jobs -g -y
用于配体感知蛋白质序列设计，涵盖残基重设计、约束设置及评分筛选。支持基于小分子环境的蛋白质结构优化与候选设计生成。
配体感知的蛋白质序列设计
残基重设计任务
带有特定约束的蛋白质设计
npx skills add companion-inc/feynman --skill ligandmpnn -g -y
执行文献综述工作流，通过论文搜索与原始来源综合，生成特定研究主题的学术概览、状态或全景总结，并输出带溯源信息的报告。
用户要求进行文献综述
用户请求论文调研
用户询问领域现状
用户需要学术研究主题总结
npx skills add companion-inc/feynman --skill literature-review -g -y
用于注册和管理模型端点，涵盖定义配置、存储凭证、实现生命周期检查及推理冒烟测试，确保端点在Feynman环境中可用且健康。
需要本地或远程模型服务时
进行端点健康检查或凭证管理时
启动脚本或推理路由配置时
npx skills add companion-inc/feynman --skill managed-model-endpoints -g -y
根据论文、数据集和代码查找可执行的ML训练方案，支持微调、复现或选择超参数设置。
用户想要微调模型
用户需要复现实验
用户寻找实用ML方法
npx skills add companion-inc/feynman --skill ml-training-recipe -g -y
用于在 Modal 无服务器基础设施上运行研究基准测试或模型复现任务，提供突发 GPU 算力支持。适用于无需持久状态、需快速启动的独立实验脚本执行场景。
需要运行独立的 GPU 训练或推理脚本
进行模型复现或基准测试且需突发算力
需要在云端快速执行无状态 Python 实验
npx skills add companion-inc/feynman --skill modal-compute -g -y
用于运行或规划 OpenFold3 蛋白质结构预测工作流。涵盖输入标准化、环境验证、结果复现性报告及与 AlphaFold/ESMFold 等模型的对比分析，确保输出可追溯且准确。
需要预测蛋白质或复合物结构
进行模型结果对比
检查结构预测的可复现性
npx skills add companion-inc/feynman --skill openfold3 -g -y
用于审计论文与公开代码库的一致性，验证可复现性并发现声明与实现的差异。通过执行/audit工作流，结合researcher和verifier智能体生成审计报告。
审计论文
检查代码与声明一致性
验证特定论文的可复现性
查找论文与实现间的差异
npx skills add companion-inc/feynman --skill paper-code-audit -g -y
优化科学论文论证逻辑，提取核心主张与证据链，识别数据缺口并重组图表顺序，输出结构化修订计划。
需要优化论文论证结构
分析图表证据链完整性
制定稿件修订策略
npx skills add companion-inc/feynman --skill paper-narrative -g -y
将研究成果转化为包含章节、公式和引用的 polished 论文草稿。适用于撰写论文、起草报告或整理技术文档，通过 draft 工作流执行。
用户要求撰写学术论文
起草研究报告
整理并输出研究结果
生成基于调研的技术文档
npx skills add companion-inc/feynman --skill paper-writing -g -y
用于跨页、多章节分析科学PDF，提取并交叉验证方法、图表、引用等关键信息，确保结论有据可依。
需要从多篇或单篇PDF的多处提取信息
需要交叉验证论文中的声明与方法、图表或补充材料
npx skills add companion-inc/feynman --skill pdf-explore -g -y
用于预览 Markdown、LaTeX、PDF 或代码等文件。支持使用 /preview 命令在浏览器中渲染，或通过 pandoc 导出 PDF，提供 macOS 终端打开文件的降级方案。
用户需要预览文档内容
用户希望将文件转换为 PDF
用户要求查看渲染后的报告
npx skills add companion-inc/feynman --skill preview -g -y
用于回答关于 Feynman 产品行为、运行时、设置及技能等自身知识的问题，通过查阅源码和状态确保事实准确。
询问 Feynman 的功能或能力边界
确认产品配置或连接状态
npx skills add companion-inc/feynman --skill product-self-knowledge -g -y
用于基于固定骨架结构进行蛋白质序列设计，支持突变建议、固定残基及设计筛选。流程涵盖输入记录、执行验证、结果保存与多约束过滤，最终提供需实验验证的设计候选方案。
需要基于固定骨架设计蛋白质序列
生成蛋白质突变建议
指定固定残基进行序列设计
对蛋白质设计结果进行过滤和评估
npx skills add companion-inc/feynman --skill proteinmpnn -g -y
用于将研究笔记本或实验任务调度至 Modal 云环境执行，支持 GPU 作业及可复现远程计算。涵盖凭证验证、资源限制、任务提交、结果记录及生命周期管理。
需要运行 Feynman 研究笔记本
执行受限的 GPU 计算任务
进行可复现的远程实验
npx skills add companion-inc/feynman --skill remote-compute-modal -g -y
用于在SSH主机、Slurm集群或实验室机器上运行远程计算任务。涵盖环境配置、作业提交、日志收集及结果同步，支持GPU执行与跨平台资源调度。
需要在远程服务器或集群上执行实验任务
需要提交Slurm作业并收集输出结果
涉及GPU资源调度的远程计算
npx skills add companion-inc/feynman --skill remote-compute-ssh -g -y
用于规划并执行论文、主张或基准测试的复现工作。在用户明确选择环境后，生成复现计划、脚本及结果，支持本地、虚拟环境或云端执行，确保实验可验证性。
用户要求复现论文结果
用户要求验证某个主张的真实性
用户要求构建复现包
用户要求重现实验
npx skills add companion-inc/feynman --skill replication -g -y
对AI研究产物（如论文或草稿）进行严格的建设性内部审查，识别弱点并提供反馈，适用于提交前的质量把关。
用户要求对论文或草稿进行评审、批评或反馈
希望在提交前识别研究内容的弱点
npx skills add companion-inc/feynman --skill research-review -g -y
用于通过runpodctl CLI在RunPod上创建和管理持久化GPU Pod，支持SSH访问。专为需要长期运行、大数据集或复现基准测试的研究实验提供算力资源管理。
需要进行长周期的GPU研究实验
需要持久化存储和SSH访问的基准测试环境
需要管理RunPod上的GPU实例生命周期
npx skills add companion-inc/feynman --skill runpod-compute -g -y
用于单细胞基础模型分析，涵盖嵌入、扰动预测及细胞注释等任务。指导数据记录、模型验证、结果保存及元数据比对，确保分析可追溯且严谨。
请求单细胞嵌入分析
进行细胞状态注释
执行基因程序分析
npx skills add companion-inc/feynman --skill scgpt -g -y
用于执行 scvi-tools 单细胞分析工作流，涵盖模型设置、潜空间嵌入、批次校正、差异表达及细胞注释等任务。强调可重复性，规范数据预处理、环境验证、结果保存及质量检查流程，确保原始与衍生数据分离。
scVI/scANVI 模型设置
单细胞数据批次校正
差异表达分析
细胞类型注释
AnnData 可重复分析
npx skills add companion-inc/feynman --skill scvi-tools -g -y
用于检查当前Feynman工作区会话状态、日志、制品及验证情况，回答关于会话历史、文件变更和工具执行的问题。
询问会话中发生了什么
查询已写入的文件
确认运行过的工具
检查未验证内容
npx skills add companion-inc/feynman --skill self-awareness -g -y
该 Skill 用于记录会话日志，捕获已完成的工作、发现、待解决问题及下一步计划。当用户要求记录进度、保存笔记或撰写研究日记时触发，通过 /log 工作流生成持久化日志文件。
用户要求记录进度
保存会话笔记
撰写已完成工作的总结
创建研究日记条目
npx skills add companion-inc/feynman --skill session-log -g -y
用于从会话记录中恢复之前的 Feynman 工作。支持通过 /search 命令交互式搜索，或直接在本地 JSONL 文件中查找内容，以便继续之前的任务。
需要回顾历史对话内容
搜索特定主题的会话记录
恢复之前的工作状态
npx skills add companion-inc/feynman --skill session-search -g -y
用于创建或修订 Feynman 技能，涵盖元数据定义、触发词编写、脚本集成及验证测试。
需要创建新的可复用技能
需要修改现有技能的描述或触发条件
npx skills add companion-inc/feynman --skill skill-creator -g -y
用于基于SolubleMPNN工作流进行溶解度感知的蛋白质设计与筛选。涵盖输入记录、模型验证、序列生成及针对疏水斑块等特征的候选者过滤，旨在设计易表达或降低溶解度风险的蛋白变体。
需要设计具有特定溶解度的蛋白质序列
筛选表达友好的蛋白变体
评估并过滤存在溶解度风险的蛋白候选项
npx skills add companion-inc/feynman --skill solublempnn -g -y
通过调用compare工作流，利用researcher和verifier智能体对比多个来源（如论文、工具），生成基于事实的对比矩阵。
用户要求比较不同论文或研究资料
用户要求对比不同工具或框架
用户要求评估不同方法或主张
npx skills add companion-inc/feynman --skill source-comparison -g -y
调用已配置的 Feynman 模型端点并解读响应，适用于远程 API、本地服务或自定义预测器。流程包括确认配置、构建请求、保存元数据及验证响应，确保推理结果与事实分离。
需要调用注册端点进行推理
使用远程模型 API 或本地模型服务
npx skills add companion-inc/feynman --skill using-model-endpoint -g -y
用于创建研究监控基线并跟踪领域更新或新论文。当用户要求监视特定研究方向、设置警报或追踪动态时触发，结合研究者代理生成报告。
用户要求监控某个研究领域
用户希望跟踪新发表的论文
用户需要为特定主题设置更新警报
npx skills add companion-inc/feynman --skill watch -g -y
