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Runchuan-BU/BioClaw
GitHub为 BioClaw 容器环境添加 Python 专属绘图技能，提供出版级图表指导及 Seaborn/Matplotlib 参考，支持科研可视化。
Install All Skills
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --all -g -y
Skills in Collection (40)
为 BioClaw 容器环境添加 Python 专属绘图技能，提供出版级图表指导及 Seaborn/Matplotlib 参考，支持科研可视化。
用户需要在 Agent 容器中生成高质量学术图表
需要 Python 绘图工具（如 seaborn, matplotlib）的使用指南
配置 BioClaw 容器的运行时技能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-figure -g -y
为BioClaw添加Gmail集成，支持Tool和Channel两种模式。引导用户完成GCP OAuth配置，实现邮件读取、发送及通过邮件触发Agent等功能。
需要集成Gmail功能
配置GCP OAuth凭证
设置邮件自动化流程
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-gmail -g -y
验证并安装BioClaw中八个高信号组学运行时技能包，确保目录结构和文件布局符合同步要求。
需要增强内置的组学分析指导
检查或刷新容器内的组学技能包
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-omics-runtime-pack -g -y
为Telegram群组添加Agent Swarm支持，通过创建和动态重命名池化Bot身份，使不同子代理的消息以独立身份显示，提升交互辨识度。
agent swarm
agent teams telegram
telegram swarm
bot pool
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram-swarm -g -y
为BioClaw集成Telegram频道，支持替换WhatsApp或并行运行。涵盖Bot创建、Chat ID获取及群组隐私设置等前置配置，实现控制或通知模式的消息通道接入。
需要添加Telegram消息渠道
配置Telegram Bot令牌和Chat ID
调整Telegram群组的隐私设置
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram -g -y
通过集成OpenAI Whisper API实现WhatsApp语音消息自动转录，使Agent能读取并回复语音内容。包含依赖安装、配置生成及模块创建步骤，需用户手动配置API密钥。
需要支持语音消息输入
集成WhatsApp语音转录功能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-voice-transcription -g -y
将 BioClaw 从仅限 macOS 的 Apple Container 迁移至 Docker，实现跨平台支持。涉及容器运行时替换、挂载语法调整及启动检查更新。
docker
linux support
convert to docker
cross-platform
replace apple container
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill convert-to-docker -g -y
用于自定义 BioClaw 行为，如添加新渠道、集成或修改路由。通过交互提问明确需求后，直接修改代码实现功能扩展或配置变更。
用户希望添加新的输入渠道（如 Telegram、Slack）
用户需要修改助手触发器、路由逻辑或集成第三方服务
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill customize -g -y
提供容器化Agent系统的调试指南，涵盖架构解析、日志定位及环境变量挂载问题排查，帮助解决容器启动失败和认证异常。
容器运行失败
排查环境变量传递问题
诊断认证错误
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill debug -g -y
自动化执行BioClaw初始配置，包括安装依赖、检测并配置容器运行时（Docker或Apple Container）、设置Claude认证及WhatsApp渠道。
setup
install
configure bioclaw
first-time setup requests
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill setup -g -y
实现通过 WhatsApp 对 X (Twitter) 进行浏览器自动化操作，支持发帖、点赞、回复等。提供环境配置、依赖安装及认证设置指南。
setup x
x integration
twitter
post tweet
tweet
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill x-integration -g -y
提供浏览器自动化能力，支持网页导航、元素快照、交互操作（点击/填写）、数据提取及截图等。适用于需要模拟用户浏览、测试Web页面或从网站抓取信息的场景。
需要浏览网页或访问特定URL
需要从网页中提取文本或结构化数据
需要测试Web应用的前端交互功能
需要截取网页屏幕或生成PDF
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill agent-browser -g -y
用于批量 ATAC-seq 数据分析的完整工作流，涵盖 QC 评估、MACS3 峰值调用、共识矩阵构建、差异可及性分析及 motif/footprint 后续分析。
需要处理批量 ATAC-seq 数据
进行 TSS 富集或 FRiP 质量检查
执行峰值调用和差异可及性分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill atac-seq -g -y
生物信息学工具参考，提供序列比对、质控、基因组分析及Python脚本模板，辅助进行生物学研究。
需要进行DNA或蛋白质序列搜索
执行高通量测序数据比对与处理
生成生物统计图表或分子结构分析
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用于在BioClaw容器中运行NCBI BLAST序列相似性搜索，支持本地及远程BLAST任务，帮助用户查找相似序列、鉴定基因或蛋白以及进行同源性分析。
用户询问如何执行BLAST搜索
用户提供DNA/RNA/蛋白质序列并寻找相似序列
用户要求识别未知序列
用户进行同源性搜索
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill blast-search -g -y
用于单细胞RNA测序数据的自动化细胞类型注释，结合CellTypist工具与标记基因审查，生成带置信度的标签及可视化结果。
需要对单细胞聚类进行生物学注释
使用参考图谱或标记面板进行细胞类型鉴定
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill cell-annotation -g -y
用于ChIP-seq数据分析的自动化技能，涵盖MACS3峰调用、信号轨道导出、峰值注释及基序分析。支持TF与组蛋白标记处理，提供标准化工作流以生成高质量结果。
需要调用ChIP-seq峰
生成ChIP-seq信号轨道
进行峰值注释和基序分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill chip-seq -g -y
基于pydeseq2进行Bulk RNA-seq差异表达分析，涵盖模型拟合、对比处理、结果筛选及可视化。适用于具备原始计数矩阵和样本元数据的场景，提供标准化流程与输出。
需要进行条件或处理组的基因差异表达比较
需要生成火山图、MA图或富集分析的排序基因列表
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用于宏基因组数据分析的工作流技能，涵盖质控、宿主去污、物种分类、功能分析及耐药性检测，支持批量样本的标准化输出与结果导出。
需要进行宏基因组数据的质控和宿主序列去除
需要生成物种丰度表或功能通路分析结果
需要执行耐药基因(AMR)分析或菌株水平追踪
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用于质谱蛋白质组学数据分析，涵盖QC、定量、差异分析及可视化。适用于处理DDA/DIA数据，进行蛋白水平量化、缺失值处理及批次效应审查，输出标准化结果表与图表。
需要执行蛋白质组学质量控制
进行蛋白水平定量或比较分析
审查重复样本质量或缺失值
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill proteomics -g -y
用于在PubMed中搜索科学文献，支持按主题查找论文、获取最新出版物及引用信息。提供详细的执行步骤，包括设置Entrez、搜索、获取文章详情（标题、作者、摘要等）及格式化输出，并支持高级查询模式。
查找特定主题的论文
获取某领域的最新出版物
查询参考文献或引用
了解某话题的研究现状
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用于查询 AlphaFold EBI API 以获取蛋白质预测结构、下载 PDB/CIF 文件及置信度评分的工具。
用户询问蛋白质3D结构
请求下载结构文件
查询 pLDDT 置信度
涉及蛋白质折叠或结构预测
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查询 NCBI ClinVar 数据库，获取遗传变异的临床意义和致病性信息。支持按基因、rsID、疾病或染色体区域搜索，返回变异与疾病的关联及临床显著性分类。
询问变异是否致病
查找特定基因的已知致病变异
查询 SNP 的临床意义
获取变异-疾病关联信息
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封装Ensembl REST API，用于查询基因坐标、序列、变异位点及跨物种同源信息。支持通过符号或ID获取基因详情、检索DNA/蛋白序列、查询rsID变异及区域重叠特征，适用于基因组学数据检索场景。
查询基因坐标
查找rsID或变异位点
获取基因组序列
询问外显子或转录本结构
跨物种基因比较
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-ensembl -g -y
用于查询NCBI GEO数据库中的基因表达数据集，支持RNA-seq和微阵列数据检索。用户可通过关键词、GEO编号或特定条件查找公开数据集并获取摘要信息。
查询RNA-seq数据集
查询微阵列数据
提供GEO编号(GSE/GDS)
查找公开表达数据集
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-geo -g -y
查询 InterPro 数据库以获取蛋白质结构域、家族及功能位点信息。适用于询问蛋白质结构域、家族归属、功能位点或基序的场景，通过 REST API 检索并解析蛋白质注释数据。
interpro
protein domain
domain architecture
protein family
functional site
motif
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通过调用 KEGG REST API 查询生物通路、基因及化合物信息，支持按关键词搜索通路、获取通路详情与基因列表等。
kegg
pathway
metabolic pathway
signaling pathway
pathway genes
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用于查询OpenTargets平台GraphQL API，获取药物靶点、疾病关联及治疗证据。适用于药物靶点验证、疾病机制分析及药物-疾病关联查询场景。
drug target
target validation
disease association
therapeutic target
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-opentarget -g -y
查询RCSB PDB数据库以获取蛋白质实验性3D结构，支持按关键词、PDB ID或基因名称搜索晶体、冷冻电镜及NMR结构，并下载结构文件。
用户询问蛋白质晶体结构
提供PDB ID
查询X射线、冷冻电镜或NMR结构
查找分辨率或配体信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-pdb -g -y
调用Reactome API查询生物通路、反应机制及基因富集分析，支持搜索通路、获取详情及参与者列表。
询问信号级联或生物过程
请求通路图表或反应细节
提到reactome或biological pathway
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-reactome -g -y
用于查询 STRING 数据库中的蛋白质相互作用网络，支持获取互作伙伴、功能富集分析及下载网络图像。
用户询问蛋白质互作伙伴
构建相互作用网络
基因功能关联分析
查询置信度评分
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-stringdb -g -y
调用 UniProt REST API 查询蛋白质序列、功能、注释及标识符。支持按基因名搜索、获取条目详情或 FASTA 序列，适用于生物信息学数据检索场景。
查询蛋白质功能
获取蛋白质序列
查询基因对应的蛋白信息
查找蛋白质标识符
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基于Typst模板引擎生成专业PDF报告，支持表格、图表、元数据及多种排版样式。
需要生成正式PDF报告
使用Python构建结构化文档
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill report-template -g -y
用于单细胞RNA测序数据的标准化预处理与聚类分析，包括质控、归一化、特征基因选择及Leiden聚类，生成分析就绪的AnnData对象。
需要对原始scRNA-seq数据进行质控和标准化
需要执行PCA、UMAP降维或Leiden聚类分析
需要构建标准化的单细胞分析流程以准备下游任务
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill scrna-preprocessing-clustering -g -y
用于分析SDS-PAGE或蛋白纯化凝胶图像，结合序列和标签信息评估电泳效果、主带匹配度及杂质降解情况。
用户询问凝胶是否运行良好
判断主带是否符合预期产物
检查是否存在杂质、降解或聚集
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sds-gel-review -g -y
用于SEC色谱数据自动分析，包括峰检测、寡聚体分类及生成包含完整文字解读的高质量PDF报告。通过预设脚本实现从数据扫描到报告生成的全流程自动化。
用户上传SEC色谱图或数据文件
用户请求SEC分析或寡聚体分类
提及SEC、size exclusion、oligomer等关键词
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sec-report -g -y
用于DNA/RNA/蛋白质序列分析，包括基础属性计算、ORF查找、引物设计及酶切位点分析。基于BioPython实现，适用于生物信息学数据处理场景。
提供序列并要求分析
询问GC含量或长度
请求翻译为蛋白质
查找开放阅读框(ORF)
设计PCR引物
分析限制性内切酶位点
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sequence-analysis -g -y
用于浏览和安装BioClaw社区技能库中的生物信息学技能。当内置技能不足或用户需特定分析流程时，通过API获取目录、下载并缓存SKILL.md，支持依赖安装与执行。
用户请求超出内置范围的生物信息学分析
询问可用技能或寻找特定功能的技能
需要专业分析流水线如蛋白质设计或空间转录组
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill skills-hub -g -y
用于通过UniProt ID检索AlphaFold预测蛋白结构，下载坐标与置信度文件，解读pLDDT/PAE指标，并将序列发现映射至结构以支持生物学注释。
需要获取已知蛋白的AlphaFold预测结构
需评估预测结构的局部或全局置信度
在缺乏实验结构时进行结构引导的生物学分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill structural-biology -g -y
基于Genomic Intelligence托管模型，通过DNA序列预测调控特征、基因结构及表达量。支持启动子、剪接位点等分析，无需本地GPU。
promoter prediction
splice site
enhancer activity
chromatin state
expression from sequence
log TPM
gene annotation
DNA language model
genomicintelligence.ai
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-genomic-intelligence -g -y
