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AIScientists-Dev/Caliper
Caliper是一个面向科学研究的AI代理，具备工具调用与风险管控能力。它能端到端运行数据管道，对结果提供校准后的置信度评估，并在不可信时自动升级给人工审核。通过信任与反馈机制持续优化，旨在帮助科学家可靠地自动化分析流程。
技术栈
lab-pack python
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依赖
NumPy
Pandas
bcftools
bedtools
bowtie2 # ChIP-seq / ATAC-seq
bwa # DNA-seq
fastp
fastqc
gatk4
hisat2 # RNA-seq (spliced)
macs3
matplotlib
multiqc
pysam
python
3.10
salmon>
1.10 # RNA-seq, alignment-free (pin: the solver otherwise grabs broken 0.8.1)
samtools
scipy
star # RNA-seq (spliced)
statsmodels
subread # featureCounts
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pyyaml
