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jaechang-hits/SciAgent-Skills
GitHub提供Opentrons液体处理机器人（OT-2/Flex）的Python协议API集成指南，涵盖移液、PCR、温育等自动化流程编写、硬件模块控制及本地模拟方法。
Install All Skills
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Skills in Collection (199)
Showing top 50 of 199 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
提供Opentrons液体处理机器人（OT-2/Flex）的Python协议API集成指南，涵盖移液、PCR、温育等自动化流程编写、硬件模块控制及本地模拟方法。
编写Opentrons移液协议
控制实验室自动化硬件模块
调试液体处理机器人脚本
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill opentrons-integration -g -y
用于使用Plotly库创建交互式数据可视化图表，支持散点、热力图、3D及地理地图等40多种类型，提供Plotly Express和Graph Objects两种API，适用于数据分析探索与Web嵌入展示。
需要创建交互式图表
进行数据探索性分析可视化
生成3D或地理空间可视化
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-visualization -g -y
提供基于Seaborn和Matplotlib的统计可视化技能，涵盖分布、关系、分类及回归图表生成。支持自动聚合与置信区间计算，适用于数据探索、对比分析及相关性热力图绘制，助力快速构建高质量统计图形。
需要创建统计图表
进行数据探索性分析
生成分布或关系可视化
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-visualization -g -y
提供单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的最佳实践，涵盖基于标记基因、参考图谱及自动化分类的方法，指导用户区分细胞类型与状态并选择合适的标注策略。
单细胞数据分析
细胞类型注释
scRNA-seq处理
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill single-cell-annotation -g -y
提供基于PyMC的贝叶斯建模全流程指导，涵盖模型定义、先验设置、NUTS/ADVI采样、诊断（R-hat, ESS）、模型比较（LOO/WAIC）及预测。适用于需要不确定性量化的统计分析与参数估计任务。
需要进行贝叶斯统计建模
使用PyMC进行参数估计与不确定性量化
执行MCMC采样或变分推断
评估贝叶斯模型拟合效果
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pymc-bayesian-modeling -g -y
用于时间事件分析，支持Cox模型、随机生存森林等处理右删失数据。提供C-index等评估指标及生存曲线估计，兼容sklearn流水线。适用于临床试验和可靠性研究中的生存预测与特征选择。
需要进行时间到事件建模
处理右删失数据的生存分析
计算C-index或Brier分数评估模型
使用Cox比例风险模型或随机生存森林
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scikit-survival-analysis -g -y
提供统计分析与学术报告指导，涵盖假设检验选择、前提条件验证、效应量计算及APA格式输出。支持频率学派与贝叶斯方法，辅助科研数据解读。
进行统计假设检验
检查数据分布假设
计算效应量
生成APA格式结果
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statistical-analysis -g -y
提供Python经典统计建模工具，涵盖线性回归、离散选择、时间序列分析及假设检验。强调系数解释、p值及模型诊断，区别于scikit-learn的预测导向，适用于需要严谨统计推断的场景。
需要进行线性或广义线性回归分析
执行时间序列ARIMA建模与预测
计算统计显著性、置信区间或进行假设检验
分析离散数据（如Logit/Poisson回归）
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statsmodels-statistical-modeling -g -y
基于深度学习的细胞/细胞核分割技能，适用于荧光及明场显微图像。提供预训练模型，自动输出标签掩膜以支持形态学测量与追踪，无需手动调参，支持2D/3D批量处理。
需要分割显微镜下的细胞或细胞核
使用深度学习进行生物医学图像分析
生成细胞轮廓掩膜用于后续追踪
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill cellpose-cell-segmentation -g -y
FlowIO 是用于解析和写入流式细胞术 FCS 文件的轻量级 Python 库。支持提取事件数据为 NumPy 数组、读取通道元数据、处理多数据集及批量转换，适用于数据管道预处理。
需要解析或生成 FCS 格式文件
从流式细胞仪数据中提取数值矩阵或元数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill flowio-flow-cytometry -g -y
napari是用于生物图像的多维交互式查看器，支持2D/3D/4D数据可视化、标注及插件分析。适用于显微镜图像质检、深度学习分割数据标注及结果审查，提供GUI交互与无头环境截图功能。
需要可视化检查显微图像或分割掩码质量时
为深度学习模型标注训练数据时
审查AI分割结果时
生成出版级图像截图时
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill napari-image-viewer -g -y
提供生物图像计算机视觉处理技能，涵盖基于OpenCV的图像预处理、经典特征提取（如轮廓检测、模板匹配）及实时视频流分析，适用于显微镜图像处理与细胞追踪场景。
生物医学图像预处理
细胞或组织轮廓检测
实时显微镜视频流分析
光学流计算用于细胞追踪
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill opencv-bioimage-analysis -g -y
提供Python与ImageJ2/Fiji的桥接接口，支持调用Bio-Formats、TrackMate等插件及Ops框架。实现NumPy数组与ImagePlus双向转换，自动化执行宏脚本及批量图像处理任务。
需要在Python中调用Fiji/ ImageJ特定插件
通过Python自动化执行ImageJ宏或批处理图像
在Python环境中进行高性能生物医学图像预处理
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pyimagej-fiji-bridge -g -y
提供基于scikit-image的图像预处理、分割及测量功能，适用于显微镜和生物图像分析。支持去噪、阈值分割、形态学操作及特征检测，集成NumPy/SciPy生态，替代OpenCV处理非实时静态图像任务。
生物医学图像分析
显微镜图像处理
细胞或核分割
图像去噪与滤波
对象属性测量
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scikit-image-processing -g -y
Python单粒子追踪库，基于Crocker-Grier算法从显微视频定位、链接轨迹并计算MSD与扩散系数，支持2D/3D及亚像素精度分析。
单粒子轨迹提取
扩散系数计算
显微图像序列处理
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill trackpy-particle-tracking -g -y
提供Matplotlib科学绘图技能，支持出版级静态图表生成、精细元素控制及多面板布局。涵盖线形、散点、热力图等类型，强调PDF/SVG导出与学术规范适配。
需要生成高质量科学图表
调整图表字体间距等细节
创建多子图复合布局
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill matplotlib-scientific-plotting -g -y
用于生成交互式科学可视化图表，支持悬停、缩放及3D展示。适用于火山图、剂量反应仪表盘及基因表达热图等场景，提供px和go两种API以平衡易用性与精细控制。
需要交互式数据可视化
生成可嵌入网页的图表
探索性数据分析绘图
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-plots -g -y
提供科研数据可视化的全流程指南，涵盖图表类型选择、色彩理论与无障碍设计、多面板布局及期刊投稿规范，帮助生成清晰准确的科学图表。
准备发表论文或会议报告的图表
需要选择合适的数据可视化方式
检查图表的色彩可访问性或排版规范
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scientific-visualization -g -y
提供基于Seaborn的统计可视化技能，支持自动聚合、置信区间计算及分布、分类、关系等图表生成。适用于快速数据探索与统计摘要，结合Pandas实现高效绘图。
需要生成统计图表
进行数据分布分析
可视化分组对比数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-plots -g -y
指导在箱线图、小提琴图等比较图表中添加统计显著性标记（如星号），涵盖p值转换、多重比较校正及matplotlib实现，确保图表符合出版标准。
准备发表级科学图表
在比较图中添加显著性标记
p值转换为星号表示
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statistical-significance-annotation -g -y
BWA-MEM2 DNA短读段比对工具技能，用于WGS/WES/ChIP-seq等基因组数据比对，生成GATK兼容的SAM/BAM文件。提供安装、索引构建及快速启动指南，适用于生物信息学数据分析流程。
需要比对DNA测序数据
生成GATK兼容的BAM文件
进行WGS或WES分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill bwa-mem2-dna-aligner -g -y
提供Python接口读写基因组文件（SAM/BAM/CRAM/VCF等），支持区域查询、过滤及统计。用于NGS数据分析、质控及构建生物信息管道，封装htslib高效处理序列数据。
读取或写入BAM/SAM/CRAM对齐文件
分析VCF/BCF变异数据
提取FASTA参考序列
计算覆盖度和pileup统计
构建生物信息分析流水线
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pysam-genomic-files -g -y
用于NGS流程中SAM/BAM/CRAM比对文件的排序、索引、格式转换、质控及去重等处理任务。
需要对BAM文件进行坐标排序或建立索引
执行比对数据的格式转换或质量统计
在变异检测前标记或去除PCR重复序列
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill samtools-bam-processing -g -y
用于RNA-seq数据的比对分析，支持剪接感知对齐、BAM文件生成及基因定量。适用于需BAM文件的下游任务如变异检测或可视化，提供两遍比对以提升新剪接位点检出率。
需要对齐RNA-seq数据并生成BAM文件
需要检测新的剪接位点或进行基因定量
运行ENCODE标准流程
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill star-rna-seq-aligner -g -y
用于细菌和古菌基因组及质粒的标准化注释。结合多种工具预测CDS、RNA等特征，生成NCBI兼容格式输出及可视化图表，支持MAGs分析。
需要注释细菌或古菌基因组
生成符合NCBI标准的GFF3或GenBank文件
对质粒进行独立注释
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill bakta-genome-annotation -g -y
用于原核生物（细菌、古菌、病毒）基因组的自动化注释。通过BLAST/HMM流程识别CDS及非编码RNA，输出GFF3/GenBank等格式，支持比较基因组学分析。
对组装好的细菌或古菌基因组进行功能注释
获取CDS的功能描述及GO术语
为比较基因组学准备数据
解析Prokka生成的注释文件
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill prokka-genome-annotation -g -y
基于Roary流程计算细菌泛基因组，生成基因存在/缺失矩阵及核心基因比对。适用于原核生物比较基因组学、系统发育分析及GWAS研究。
计算细菌泛基因组
生成基因存在缺失矩阵
构建核心基因多序列比对
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill roary-pangenome -g -y
基于GRNBoost2或GENIE3算法，利用Dask并行计算从基因表达数据推断转录因子调控网络。支持单细胞及批量RNA-seq数据处理，生成TF-靶点重要性链接，是pySCENIC流程的核心组件。
需要从基因表达矩阵推断转录因子与靶基因的调控关系
构建单细胞或批量RNA-seq数据的基因调控网络
执行pySCENIC分析流程中的第一步邻接矩阵生成
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill arboreto-grn-inference -g -y
提供计算分子生物学工具包，支持序列操作、生物文件格式解析与转换、NCBI数据库查询、BLAST搜索及蛋白质结构分析。适用于批量处理、自定义流水线构建和基因数据获取等科研场景。
需要解析或转换FASTA/GenBank/PDB等生物格式文件
从NCBI数据库检索序列或文献
执行BLAST比对或序列统计分析
进行蛋白质三维结构分析或系统发育树构建
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill biopython-molecular-biology -g -y
提供基于Biopython的生物序列分析能力，涵盖NCBI数据检索、BLAST比对、多序列对齐及系统发育树构建。适用于基因家族研究、比较基因组学及NCBI自动化流程开发。
从NCBI下载基因家族并构建系统发育树
解析GenBank或GFF3文件提取CDS序列
运行BLAST搜索并筛选显著匹配结果
进行 pairwise 或多序列比对计算相似度
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill biopython-sequence-analysis -g -y
提供ARCHS4 RNA-seq数据查询能力，支持获取基因组织表达Z值、共表达网络及样本元数据搜索。适用于转录组数据分析、候选基因验证及大规模跨研究表达矩阵访问。
查询特定基因在不同组织中的表达水平
寻找与目标基因共表达的基因列表
根据组织或疾病关键词搜索RNA-seq样本
验证差异表达结果的组织特异性
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill archs4-database -g -y
提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持蛋白质查询、通路发现、化合物交叉引用及ID映射等跨库工作流。
需要同时查询多个生物数据库
进行跨数据库的ID映射或数据整合
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill bioservices-multi-database -g -y
提供cBioPortal癌症基因组数据API调用能力，支持获取突变、拷贝数变异、表达量及临床生存数据，用于TMB计算、生存分析和分子标志物研究。
查询癌症基因组突变数据
获取患者临床生存信息
分析基因表达与临床结局关联
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill cbioportal-database -g -y
用于查询NCBI ClinVar数据库，检索变体的临床意义、致病性及疾病关联。支持按基因、rsID等搜索，返回ClinSig及提交者数据，适用于构建临床可行动变体过滤管道。
查询特定变体的临床显著性分类
获取某基因下的致病性变体列表
识别不同实验室间的解释冲突
提取变体的条件或表型关联
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill clinvar-database -g -y
提供COSMIC癌症体细胞突变数据库的REST API查询能力，支持基因、样本、变异及耐药性数据检索，适用于生物信息学分析与癌症研究。
查询特定基因的体细胞突变频率
获取COSMIC癌症基因普查分类
查找突变特征或耐药性变异
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill cosmic-database -g -y
通过NCBI API查询dbSNP数据库，获取SNP记录的等位基因、频率、变异类型及临床链接。支持按rsID、基因或区域检索，提供结构化JSON数据。
查询特定rsID的遗传变异信息
获取基因或染色体区域的变异列表
解析rsID到基因组坐标和HGVS表示法
批量获取多个rsID的注释数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill dbsnp-database -g -y
提供DepMap CRISPR基因效应(Chronos)数据分析指南，重点解决关键性符号取反、含NaN的Spearman相关性计算及数据加载对齐问题。
分析DepMap CRISPR基因敲除数据
计算与基因关键性的相关性
处理包含缺失值的生物信息学相关性
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill depmap-crispr-essentiality -g -y
提供欧洲核苷酸档案(ENA)的REST API编程访问能力，支持序列搜索、原始数据下载及元数据检索。
查询ENA数据库中的测序研究或样本
下载FASTQ/BAM等原始测序文件
获取基因组组装质量统计信息
通过 accession 检索核酸序列
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ena-database -g -y
封装ENCODE Portal REST API，用于检索和下载调控基因组学实验数据（如ChIP-seq、ATAC-seq峰值及cCRE注释），支持按实验类型、目标蛋白或基因组区域查询，适用于变异注释与染色质开放性分析。
需要获取特定转录因子在特定细胞系中的ChIP-seq或ATAC-seq峰值文件
需要根据基因组区域检索候选顺式调控元件(cCRE)注释
构建参考调控轨道以注释VCF变异位点
探索特定生物样本可用的实验数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill encode-database -g -y
封装Ensembl REST API，提供基因、转录本及变异注释查询功能。支持通过符号或ID获取元数据、序列、跨库标识转换及调控特征检索，适用于生物信息学数据分析与基因组学研究场景。
查询特定基因的详细信息
进行基因标识符之间的格式转换
获取基因组序列或变异影响分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ensembl-database -g -y
提供NCBI Gene数据库的API调用能力，用于基因ID解析、别名转换、功能摘要获取及跨物种同源查询。适用于生物信息学场景下的基因数据检索与标准化任务。
需要获取基因的官方符号或ID
查询基因的功能注释或GO术语
解析基因别名和同义词
获取RefSeq序列 accession
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gene-database -g -y
用于访问NCBI GEO数据库，支持通过关键词或 accession 号搜索、下载基因表达矩阵、解析平台注释及提取样本元数据，并加载至 pandas DataFrame 以支持下游生物信息学分析。
需要搜索和下载公共基因表达数据集
处理微阵列或RNA-seq原始数据
进行多组学数据的元分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill geo-database -g -y
gget提供统一CLI/Python接口访问20+基因组数据库，支持基因查询、BLAST、AlphaFold结构预测、富集分析及癌症数据检索，简化生物信息学数据获取。
需要跨物种查询基因信息或序列
执行蛋白质结构预测或功能富集分析
检索单细胞表达或疾病关联数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gget-genomic-databases -g -y
通过GraphQL API查询gnomAD数据库，获取人群变异频率、基因约束评分及覆盖度数据，用于评估罕见变异和临床相关性。
查询特定变异的等位基因频率
获取基因的pLI或LOEUF约束评分
检查基因组区域的测序覆盖深度
筛选VCF文件中的常见变异
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gnomad-database -g -y
提供NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API查询功能，用于检索SNP与性状关联、研究文献及摘要统计。支持构建多基因风险评分候选者、分析多效性，并获取曼哈顿图数据，无需认证。
查询特定疾病或性状的遗传变异关联
检索SNP的多效性及关联性状数量
下载GWAS摘要统计数据
构建多基因风险评分候选列表
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gwas-database -g -y
提供JASPAR转录因子结合位点数据库的REST API和pyJASPAR库访问，支持按TF名称、ID或物种检索PWM/PFM矩阵，执行DNA序列扫描及调控序列分析。
查询特定转录因子的结合矩阵
基于已知PWM扫描DNA序列中的结合位点
获取物种或TF家族的完整矩阵集合用于富集分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill jaspar-database -g -y
提供KEGG数据库REST API调用能力，支持通路、基因、化合物等生物信息数据查询及跨库ID转换。适用于学术用途的生物学通路分析与分子网络检索。
查询特定基因参与的生物通路
获取代谢通路详情或化合物结构
在不同数据库标识符间进行转换
检查药物相互作用
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill kegg-database -g -y
提供Monarch Initiative知识图谱REST API访问，用于疾病-基因-表型关联查询、罕见病基因优先级排序及跨物种比较。支持基于MONDO/HP ID的实体元数据解析和候选基因排名。
查询特定疾病的致病基因列表
根据患者表型症状对候选基因进行排名
获取疾病相关的表型特征文件
跨物种基因-表型关联分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill monarch-database -g -y
提供EBI QuickGO REST API的Python封装，用于查询基因本体（GO）术语元数据、关键词搜索、层级遍历及蛋白注释检索。支持按分类群和证据代码过滤，为基因富集分析提供原始数据支撑。
需要解析或查找特定GO术语的定义和属性
获取蛋白质与GO术语的关联注释数据
进行基因本体论的层级结构遍历
为基因富集分析准备基础注释数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill quickgo-database -g -y
调用RegulomeDB API对遗传变异进行调控功能评分及证据检索，支持GWAS位点优先级排序、非编码变异注释及顺式调控发现。
查询SNP或变异的调控功能评分
获取变异关联的TF结合、染色质状态等证据
GWAS结果中的调控元件优先筛选
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill regulomedb-database -g -y
