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Runchuan-BU/BioClaw
GitHub为BioClaw容器添加Python绘图技能，提供matplotlib、seaborn等库的出版级图表生成指南及参考文档。
Install All Skills
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --all -g -y
Skills in Collection (40)
为BioClaw容器添加Python绘图技能，提供matplotlib、seaborn等库的出版级图表生成指南及参考文档。
用户需要在Agent容器中获取Python绘图指导
需要添加publication-quality plotting能力
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-figure -g -y
为 BioClaw 添加 Gmail 集成，支持工具模式和通道模式。引导用户完成 GCP OAuth 配置、API 启用及凭证设置，实现邮件读取、发送、触发代理及回复功能。
需要集成 Gmail 到现有系统
配置 Google Cloud OAuth 凭证
启用 Gmail API 并授权访问
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-gmail -g -y
验证并安装八个高通量组学运行时技能包，确保其存在于指定目录且文件结构扁平化，以增强 BioClaw 环境内的分析指导，不修改源码。
需要为 BioClaw 添加或更新组学分析技能包
检查容器内是否缺少必要的运行技能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-omics-runtime-pack -g -y
为Telegram群组添加Agent Swarm支持，使每个子代理拥有独立机器人身份。需先配置主Bot并创建池化Bot，通过IPC机制动态分配和重命名Bot以区分不同角色发言。
agent swarm
agent teams telegram
telegram swarm
bot pool
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram-swarm -g -y
为BioClaw系统集成Telegram通道，支持替代或并行WhatsApp。涵盖Bot创建、Token配置、Chat ID获取及群组隐私设置，实现控制或通知模式。
需要添加Telegram消息渠道
配置Telegram Bot Token和Chat ID
调整Telegram通道的触发与响应模式
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram -g -y
为WhatsApp语音消息添加基于OpenAI Whisper API的自动转录功能，使Agent能读取并回复语音内容。包含依赖安装、配置文件创建及模块开发步骤。
需要支持WhatsApp语音消息处理
集成第三方API进行语音转文字
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-voice-transcription -g -y
将 BioClaw 从仅限 macOS 的 Apple Container 迁移至 Docker，实现跨平台支持。涵盖运行时替换、挂载语法更新及启动检查调整，适用于需 Linux 兼容或容器化部署场景。
docker
linux support
convert to docker
cross-platform
replace apple container
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill convert-to-docker -g -y
用于扩展或修改BioClaw行为，支持添加新渠道、集成、命令及部署配置。通过交互式提问明确需求后实施代码变更并提供测试指导。
用户希望添加新的消息输入渠道如Telegram或Slack
需要修改助手行为、触发器或添加MCP集成
调整路由逻辑或更改部署环境配置
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill customize -g -y
提供容器化Agent系统的调试指南，涵盖架构解析、日志定位、环境变量挂载及常见故障（如认证失败、权限问题）的排查与修复方法。
容器启动失败或异常退出
排查认证与环境变量传递问题
查看系统运行日志与错误堆栈
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill debug -g -y
用于自动执行BioClaw项目的初始化配置，包括安装依赖、检测并配置容器运行时（Docker或Apple Container）、设置Claude认证及WhatsApp渠道注册，支持交互式引导用户完成环境搭建。
setup
install
configure bioclaw
first-time setup
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill setup -g -y
通过浏览器自动化实现X（Twitter）交互，支持发布、点赞、回复、转发和引用推文。需配置Chrome路径及依赖，用于集成设置与功能测试。
setup x
x integration
twitter
post tweet
tweet
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill x-integration -g -y
提供浏览器自动化能力，支持网页导航、DOM快照分析、元素交互（点击/填充）、数据提取及截图。适用于Web应用测试、表单填写、网页数据采集和前端页面验证等场景。
需要浏览网页或访问URL
进行Web UI自动化测试
从网页提取结构化数据
填写在线表单
获取网页截图
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用于批量ATAC-seq数据分析的完整流程技能，涵盖质控、MACS3峰调用、共识峰矩阵构建、差异可及性分析及motif/footprint后续分析。
需要进行ATAC-seq数据质控（如TSS富集、FRiP）
需要执行峰值调用或差异可及性分析
处理配对端ATAC测序数据
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill atac-seq -g -y
提供生物信息学工具参考，涵盖序列比对、质控、基因组分析及Python数据处理脚本。
需要执行BLAST或BWA等生物信息分析任务
查询FastQC、Bedtools等生物工具用法
处理FASTA/FASTQ文件或单细胞数据
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill bio-tools -g -y
用于执行BLAST序列相似性搜索，支持本地和远程查询。通过比对DNA、RNA或蛋白质序列，识别同源基因/蛋白，分析序列保守性，并提供结果解读及后续生物信息学分析建议。
用户询问BLAST相关操作
需要查找相似序列
进行同源性搜索
识别未知序列
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill blast-search -g -y
用于单细胞RNA测序数据的自动化细胞类型注释。结合CellTypist工具与标记基因审查，提供基于参考图谱的标注、置信度评估及最终标签整理，确保结果生物学合理性。
需要对已聚类的单细胞数据进行细胞类型命名
使用CellTypist或类似工具进行参考图谱转移和自动注释
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提供ChIP-seq数据分析技能，涵盖MACS3峰调用、信号轨道导出、注释及基序分析。支持TF与组蛋白标记的窄/宽峰处理，指导用户完成从BAM验证到结果输出的标准化流程。
ChIP-seq数据分析任务
需要进行peak calling或差异结合分析
生成ChIP-seq可视化轨道文件
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill chip-seq -g -y
针对 Bulk RNA-seq 计数数据的差异表达分析技能，涵盖模型拟合、对比处理、阈值筛选及可视化。适用于条件比较和批次校正场景，输出结果表与火山图/MA图等发表级图表。
Bulk RNA-seq 差异表达分析
基于计数矩阵的统计建模
生成火山图和 MA 图
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill differential-expression -g -y
用于宏基因组工作流，涵盖宿主去除、质控、分类和功能分析。支持物种丰度表生成、功能通路及耐药性分析，提供可复现的群体比较输出。
需要宏基因组数据分析
进行物种或功能丰度统计
执行宿主序列去除
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill metagenomics -g -y
用于质谱蛋白质组学数据的QC、定量、差异分析及可视化。支持DDA/DIA数据，涵盖蛋白表清洗、缺失值处理、批次效应审查及统计比较，生成标准化结果与图表。
进行蛋白质组学数据质量控制
执行蛋白质定量或差异丰度分析
审查重复样本质量与批次效应
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill proteomics -g -y
通过BioPython调用PubMed API搜索科学文献，支持关键词检索、高级过滤及结果格式化输出，辅助科研查询。
用户要求查找特定主题的论文或文献
询问某领域的最新研究进展或出版物
请求获取参考文献或引用信息
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用于查询 AlphaFold EBI API，获取蛋白质预测的3D结构、下载PDB/CIF文件及查看置信度评分(pLDDT)。适用于涉及蛋白质折叠、结构预测或可视化需求的场景。
查询蛋白质3D结构
请求下载PDB或CIF文件
询问pLDDT置信度分数
需要蛋白质结构可视化
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用于查询NCBI ClinVar数据库，获取遗传变异的临床意义、致病性及疾病关联信息。支持通过基因、rsID或疾病搜索，解析变异致病性分类，辅助生物医学研究中的变异解读任务。
查询变异致病性
查找已知致病性变异
询问SNP临床意义
获取变异与疾病关联
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-clinvar -g -y
通过 Ensembl REST API 查询基因组数据，支持基因坐标、序列、变异位点及物种比对。触发词包括 ensembl、rsid 等。
用户询问基因位置或结构
查询 rsID 或变异信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-ensembl -g -y
用于查询NCBI GEO数据库中的基因表达数据集，支持RNA-seq、微阵列数据及GEO编号检索，帮助用户发现公共表达谱数据。
查找RNA-seq或微阵列数据集
询问特定疾病或组织的基因表达研究
提供GSE/GDS编号进行查询
希望下载表达数据
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通过调用 InterPro REST API，查询蛋白质的结构域、家族、功能位点及基序信息，支持按 UniProt ID 获取注释或文本搜索。
询问蛋白质结构域
查询蛋白质家族归属
查找功能位点或基序
查看结构域架构
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查询KEGG生物通路、基因及化合物信息。支持按关键词搜索通路、获取通路详情、列出通路内基因及基因详细信息，适用于代谢或信号通路分析场景。
kegg
pathway
metabolic pathway
signaling pathway
pathway genes
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-kegg -g -y
查询OpenTargets平台GraphQL API，获取药物靶点、疾病关联及治疗证据。适用于药物靶点发现、疾病机制分析及靶点验证等场景。
用户询问特定疾病的药物靶点
查询基因与疾病的关联信息
寻找针对特定基因的潜在药物
评估靶点的验证证据
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-opentarget -g -y
查询RCSB PDB数据库以获取实验性蛋白质三维结构。支持通过PDB ID、关键词或高级条件（基因、生物体、方法）检索结构信息，包括解析度、配体及结合位点，并可下载PDB文件。
用户询问蛋白质晶体结构
用户提供PDB ID
用户查找X射线、cryo-EM或NMR结构
用户询问分辨率或配体信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-pdb -g -y
查询Reactome生物通路数据库，支持搜索通路、获取详情及基因富集分析。适用于询问信号级联、生物学过程或反应机制的场景。
查询生物通路详情
进行基因列表通路富集分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-reactome -g -y
查询STRING数据库获取蛋白质相互作用网络、结合伙伴及功能富集分析。适用于用户询问蛋白互作、交互网络或互作组等场景，提供置信度评分和物种ID支持。
protein interaction
interaction network
binding partners
interactome
PPI
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-stringdb -g -y
查询UniProt蛋白质数据库，支持按基因名或ID检索序列、功能及注释信息。适用于用户询问蛋白详情、基因产物或获取 accession ID 等场景。
uniprot
protein function
protein sequence
gene product
protein info
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-uniprot -g -y
基于 Typst 模板引擎生成出版级 PDF 报告，支持表格、图表、指标卡片及多种排版样式，适用于科研或业务分析报告。
需要生成结构化 PDF 报告
将数据可视化结果导出为专业文档
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill report-template -g -y
基于Scanpy进行单细胞RNA测序数据的标准化预处理与聚类，包括质控、归一化、降维及Leiden聚类，生成分析就绪的AnnData对象。
需要对原始或最小化处理过的scRNA-seq数据进行标准预处理流程
用户希望执行UMAP可视化、聚类分析或标记基因发现
下游任务依赖于稳定的单细胞对象而非临时绘图
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill scrna-preprocessing-clustering -g -y
用于分析SDS-PAGE或蛋白纯化凝胶图像，结合序列、分子量及泳道标签等上下文信息，评估电泳效果、主带匹配度及杂质降解情况。
用户询问凝胶电泳运行质量
判断主条带是否与预期蛋白大小一致
检测样品是否存在杂质、降解或聚集
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sds-gel-review -g -y
自动化SEC色谱数据分析技能，通过运行脚本检测峰、分类寡聚体状态，并生成包含完整文本解释和图表的高质量PDF出版级报告。
用户询问SEC或尺寸排阻色谱分析
用户上传SEC数据文件（CSV/ZIP）并要求分析
用户请求生成SEC分析报告
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sec-report -g -y
提供DNA/RNA/蛋白质序列的综合分析功能，包括基础属性计算、ORF查找、限制性酶切位点分析及引物设计。
用户询问GC含量
用户要求翻译序列
用户寻找开放阅读框
用户请求设计引物
用户分析限制性位点
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sequence-analysis -g -y
用于浏览、搜索和安装 BioClaw Skills Hub 中的社区生物信息学技能，支持用户获取内置技能之外的专业分析流程。
用户请求超出内置技能范围的特定分析任务
询问可用技能或寻找特定功能的技能
需要安装或执行第三方社区贡献的专业工作流
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill skills-hub -g -y
用于检索AlphaFold预测蛋白结构、下载坐标与置信度文件，并解读pLDDT和PAE指标以进行结构引导的生物学注释。
需要获取已知UniProt ID的蛋白三维结构
评估预测结构的局部或整体置信度
将序列变异映射到结构特征
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill structural-biology -g -y
提供基于DNA序列的AI模型预测服务，涵盖启动子、剪接位点、增强子、染色质状态及基因表达等基因组学分析任务。作为托管API客户端，无需本地GPU即可进行推理。
promoter prediction
splice site
enhancer activity
chromatin state
expression from sequence
log TPM
gene annotation
DNA language model
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-genomic-intelligence -g -y
