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Runchuan-BU/BioClaw
GitHub为BioClaw容器添加Python绘图技能，提供publication-quality图表指导。生成SKILL.md和seaborn参考文件，支持matplotlib等工具，仅限Python，不修改应用代码。
Install All Skills
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --all -g -y
Skills in Collection (40)
为BioClaw容器添加Python绘图技能，提供publication-quality图表指导。生成SKILL.md和seaborn参考文件，支持matplotlib等工具，仅限Python，不修改应用代码。
用户需要在Agent容器中获取出版级Python图表绘制指南
需要添加或更新container/skills/figure下的技能文件
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-figure -g -y
为BioClaw添加Gmail集成，支持工具模式（通过WhatsApp触发读写邮件）和渠道模式（邮件直接触发Agent及回复）。引导用户完成GCP OAuth配置并实现功能。
需要集成Gmail功能
配置GCP OAuth凭证
设置邮件自动化流程
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-gmail -g -y
验证并维护BioClaw中八个组学运行时技能的目录结构和文件布局，确保符合扁平化同步要求。
需要检查或刷新BioClaw中的组学分析技能包
确认运行时技能目录是否存在且结构正确
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-omics-runtime-pack -g -y
为Telegram频道添加Agent Swarm支持，使每个子代理拥有独立机器人身份以区分角色。需先配置基础Telegram，再创建池化Bot并禁用群组隐私，最后修改代码实现消息分发与动态重命名。
agent swarm
agent teams telegram
telegram swarm
bot pool
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram-swarm -g -y
指导在BioClaw中集成Telegram频道，支持替换或并行WhatsApp，配置控制/通知模式，涵盖Bot创建、Token获取及群组隐私设置。
需要添加Telegram消息通道
配置Telegram Bot与Chat ID
调整消息触发行为
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram -g -y
集成OpenAI Whisper API实现WhatsApp语音消息自动转文字，使Agent能读取并回复语音内容。包含依赖安装、配置管理及核心模块创建步骤。
需要处理WhatsApp语音消息
为聊天机器人添加音频转录功能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-voice-transcription -g -y
将BioClaw从Apple Container迁移至Docker，实现跨平台支持。涉及容器运行时替换、挂载语法更新及启动检查逻辑调整，适用于需部署至Linux或切换Docker的场景。
docker
linux support
convert to docker
cross-platform
replace apple container
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill convert-to-docker -g -y
协助用户定制BioClaw行为，包括添加新渠道、集成MCP服务、修改助手配置或部署方式。通过交互式提问明确需求后，直接修改代码文件并指导测试验证。
用户想要添加新的消息渠道（如Telegram、Slack）
需要修改助手的触发规则或路由逻辑
希望集成第三方MCP服务
调整助手的Persona或响应风格
更改系统部署方式
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill customize -g -y
用于调试容器化智能体执行系统，涵盖架构解析、日志定位、环境变量挂载及常见故障（如认证失败、权限错误）排查。
容器启动失败或运行异常
排查认证与API密钥问题
分析日志定位运行时错误
理解卷挂载与环境变量传递机制
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill debug -g -y
自动化执行 BioClaw 初始环境配置，包括安装依赖、检测并配置容器运行时（Docker/Apple Container）、设置 Claude 认证及 WhatsApp 渠道。
setup
install
configure bioclaw
first-time setup
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill setup -g -y
通过浏览器自动化实现X(Twitter)的发帖、点赞、回复等功能，支持WhatsApp集成。涵盖环境配置、依赖安装及容器化部署流程。
setup x
x integration
twitter
post tweet
tweet
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill x-integration -g -y
基于浏览器的自动化技能，支持网页导航、DOM快照分析、元素交互（点击/填写）、数据提取及截图。适用于网页测试、数据采集、表单操作及Web应用调试等场景。
需要访问或操控网页内容
进行前端UI测试或自动化交互
从网站抓取结构化数据
验证Web页面功能或状态
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill agent-browser -g -y
用于批量ATAC-seq数据分析的自动化流程，涵盖质量控制、MACS3峰调用、共识峰矩阵构建、差异可及性分析及motif/footprint后续分析。
需要执行bulk ATAC-seq数据质控
进行ATAC-seq峰调用或差异可及性分析
评估TSS富集或片段周期性等QC指标
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill atac-seq -g -y
提供生物信息学工具参考，涵盖序列比对、质量控制及基因组分析命令与Python脚本模板，辅助科研人员进行数据处理。
需要执行BLAST或BWA等生物信息学分析任务
请求生成或运行生物数据可视化图表
询问FASTA/FASTQ文件处理或质控方法
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill bio-tools -g -y
用于执行BLAST序列相似性搜索，支持本地及远程NCBI数据库查询。可识别基因/蛋白、查找同源序列或比对保守性，适用于生物信息学分析场景。
用户请求进行BLAST搜索
用户提供DNA/RNA/蛋白序列要求比对
询问序列相似性或同源性分析
要求识别未知序列
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill blast-search -g -y
用于单细胞RNA测序数据的自动化与标记引导的细胞类型注释，结合CellTypist、参考转移和置信度评估，提供从标记检查到标签策展的完整工作流。
需要为单细胞聚类分配生物学标签
使用CellTypist进行自动化细胞注释
基于参考图谱或已知标记面板进行细胞类型鉴定
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill cell-annotation -g -y
ChIP-seq数据分析技能，涵盖MACS3峰调用、信号轨道导出、注释及基序分析。支持TF和组蛋白标记的窄/宽峰处理，提供QC检查、参数配置及标准化工作流，适用于生物信息学下游解读。
用户拥有已比对的ChIP和Input BAM文件
需要进行ChIP-seq峰值调用或信号轨道生成
需要执行ChIP-seq数据的注释或差异结合分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill chip-seq -g -y
用于批量转录组差异表达分析，支持计数数据建模、对比处理及生成可视化图表。适用于有原始计数矩阵和样本元数据的场景，执行条件比较并输出结果表格与统计图。
进行RNA-seq差异表达分析
需要基于计数数据的统计建模
生成火山图或MA图
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill differential-expression -g -y
用于鸟枪法宏基因组分析的工作流，涵盖质控、宿主去除、物种分类、功能谱及耐药性分析，生成标准化结果表。
需要进行宏基因组数据质控和宿主序列过滤
需要获取物种丰度或功能通路谱
需要分析抗生素耐药性或菌株水平信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill metagenomics -g -y
提供质谱蛋白质组学数据的质控、定量、差异分析及可视化技能，涵盖DDA/DIA数据处理及结果导出。
需要执行蛋白质组学质控或数据清洗
进行蛋白质水平定量或差异丰度分析
生成符合发表要求的蛋白质组学图表
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill proteomics -g -y
该技能用于通过BioPython调用NCBI PubMed API搜索科学文献。支持按主题、日期或期刊过滤，提取文章标题、作者、摘要等详细信息，并以WhatsApp格式输出结果及后续建议，适用于查找论文和研究综述。
用户要求查找特定主题的论文
用户询问某领域的最新出版物
用户需要参考文献或引文
用户想了解某课题的研究现状
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用于查询 AlphaFold EBI API，获取蛋白质预测结构、下载 PDB/CIF 文件及查看置信度分数。适用于涉及蛋白质结构、3D 折叠或 pLDDT 的科研场景。
查询蛋白质结构
获取 3D 结构
蛋白折叠分析
结构预测
pLDDT 置信度查询
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-alphafold -g -y
用于查询NCBI ClinVar数据库，获取遗传变异的临床意义、致病性及疾病关联信息。支持按基因、rsID或疾病搜索变异数据。
用户询问变异是否为致病性
查找已知致病性变异
查询SNP的临床意义
查找变异与疾病的关联
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-clinvar -g -y
查询Ensembl REST API以获取基因组注释、序列和变异信息。适用于基因坐标、转录本、rsID及跨物种同源基因等生物信息学数据检索任务。
gene coordinates
genomic location
exon
transcript
variant location
rsid
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-ensembl -g -y
用于查询NCBI GEO数据库中的基因表达数据集，支持RNA-seq、微阵列数据及GEO编号检索。
查询基因表达数据
查找RNA-seq或微阵列数据集
检索GEO登录号(GSE/GDS)
搜索公共表达数据集
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-geo -g -y
通过调用 InterPro REST API 查询蛋白质结构域、家族、功能位点及基序信息，支持根据 UniProt ID 获取注释或按文本搜索条目详情。
查询蛋白质结构域
识别蛋白质家族
查找功能位点或基序
分析结构域架构
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-interpro -g -y
调用 KEGG REST API 查询生物通路、基因及化合物信息。支持按关键词搜索通路、获取通路详情、查找通路内基因列表及单个基因详细信息，适用于代谢或信号通路相关的生物学数据检索任务。
kegg
pathway
metabolic pathway
signaling pathway
pathway genes
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-kegg -g -y
查询OpenTargets平台API，获取药物靶点、疾病关联及治疗证据。适用于询问药物靶点、疾病机制、靶点验证或药病关联的场景。
opentargets
drug target
target validation
disease association
therapeutic target
drug for disease
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-opentarget -g -y
查询RCSB PDB数据库中的实验性蛋白质三维结构，支持通过关键词、PDB ID或高级条件搜索，获取结构详情及下载文件。
用户询问晶体结构、X射线、冷冻电镜或NMR结构
用户提供PDB ID
用户提及pdb、crystal structure、cryo-em等关键词
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-pdb -g -y
查询 Reactome 生物通路数据库，支持关键词搜索、获取通路详情与参与者、基因列表富集分析及基因查询。
查询生物通路
获取信号级联信息
查找通路图
进行基因列表通路富集分析
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查询STRING数据库获取蛋白质相互作用网络、功能富集及置信度评分。适用于分析蛋白结合伙伴、构建互作网络或探究基因功能关联等生物信息学场景。
protein interactions
interaction networks
binding partners
interactome
PPI
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-stringdb -g -y
调用 UniProt REST API 查询蛋白质序列、功能及注释信息。支持按基因名或 ID 检索，获取 FASTA 序列及详细生物学注释，适用于生物信息学数据查询场景。
查询蛋白质功能
获取蛋白质序列
查找蛋白标识符
询问基因对应的蛋白信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-uniprot -g -y
基于 Typst 模板引擎生成出版级 PDF 报告，支持表格、图表、高亮框及专业排版。通过 Python API 构建结构化内容并编译为 PDF，适用于科学分析与项目汇报场景。
需要生成专业格式的 PDF 报告
将分析结果或数据导出为出版物级别文档
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基于Scanpy进行单细胞RNA测序数据的标准化预处理与聚类，涵盖质控、归一化、HVG选择、降维及Leiden聚类，生成分析就绪的AnnData对象。
需要执行scRNA-seq数据预处理流程
请求进行UMAP可视化或细胞聚类
输入原始10x矩阵或h5ad文件需标准化
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill scrna-preprocessing-clustering -g -y
分析SDS-PAGE或蛋白纯化凝胶图像，结合序列、预期分子量及泳道标签，评估电泳质量、主带匹配度及杂质降解情况。
用户询问凝胶是否运行良好
判断主带是否符合预期产物
检查是否存在杂质、降解或低表达
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sds-gel-review -g -y
用于SEC色谱数据分析，自动检测峰、分类寡聚体并生成包含专业排版和文字解读的出版级PDF报告。
用户上传SEC色谱数据或图像
用户请求SEC分析或寡聚体分类
提及SEC、尺寸排阻、寡聚物等关键词
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sec-report -g -y
基于BioPython提供DNA/RNA/蛋白质序列分析功能，包括基础属性计算、ORF查找、限制性酶切位点分析及引物设计。
sequence analysis
translate DNA to protein
GC content calculation
ORF finding
primer design
restriction site analysis
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sequence-analysis -g -y
用于浏览、搜索和安装BioClaw社区技能库中的生物信息学技能。当内置技能无法满足需求或用户需要特定分析流程时触发，支持从Hub获取技能定义并安装依赖。
用户请求超出内置技能范围的分析任务
询问可用技能或寻找特定功能的技能
需要安装社区提供的专业工作流
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill skills-hub -g -y
用于基于UniProt访问号检索AlphaFold预测结构，下载坐标与置信度文件，解读pLDDT/PAE指标以评估结构可靠性，并将序列发现映射至三维结构进行生物学注释。
需要获取已知蛋白的AlphaFold预测结构
缺乏实验结构需依赖计算模型
需评估结构预测置信度并解析局部可靠性
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill structural-biology -g -y
封装 Genomic Intelligence API，提供基于 DNA 序列的基因调控特征预测服务。支持启动子、剪接位点、增强子等六类任务，无需本地 GPU，适用于基因组学研究与序列分析场景。
用户需要进行启动子或增强子预测
用户提供 DNA/FASTA 序列要求预测表达量或染色质状态
提及 genomic intelligence 或 DNA language model
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-genomic-intelligence -g -y
