Agent Skills
› K-Dense-AI/scientific-agent-skills
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
GitHub指导使用 Adaptyv Bio Foundry API 及 Python SDK，用于蛋白质实验设计、提交与结果检索。支持通过装饰器或客户端模式调用 API，管理认证并获取结合、稳定性等实验数据。
Install All Skills
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --all -g -y
Skills in Collection (161)
Showing top 50 of 161 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
指导使用 Adaptyv Bio Foundry API 及 Python SDK，用于蛋白质实验设计、提交与结果检索。支持通过装饰器或客户端模式调用 API，管理认证并获取结合、稳定性等实验数据。
提及 Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays
希望提交蛋白质序列进行实验表征
代码导入 adaptyv, adaptyv_sdk, FoundryClient
引用 foundry-api-public.adaptyvbio.com
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill adaptyv -g -y
专为时间序列机器学习设计的技能，涵盖分类、回归、聚类、预测及异常检测等任务。基于Aeon工具包，提供与scikit-learn兼容的API，适用于时序数据的特征提取、模式匹配及模型训练。
时间序列数据分类或回归分析
时序异常检测或变化点发现
时间序列聚类或相似度搜索
未来值预测或特征提取
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill aeon -g -y
AnnData技能用于处理单细胞基因组学中的标注数据矩阵，支持h5ad/zarr格式的读写、稀疏矩阵管理及scverse生态集成。
处理.h5ad或.zarr文件
单细胞RNA-seq数据分析
构建或操作AnnData对象
scverse生态系统集成
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill anndata -g -y
用于从基因表达数据推断基因调控网络的Python工具，支持GRNBoost2和GENIE3算法及分布式计算。
分析转录组数据以识别转录因子与靶基因关系
构建基因调控网络
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill arboreto -g -y
用于天文数据处理与分析的Python工具包，支持坐标转换、物理单位计算、FITS文件读写、宇宙学计算及时间系统处理。适用于实现或调试涉及天文学API的代码任务。
需要处理天文坐标系统转换
进行物理单位与数量换算
读取或操作FITS格式数据文件
执行宇宙学距离等计算
处理不同时间尺度数据
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill astropy -g -y
提供Benchling平台Python SDK及REST API集成能力，涵盖实体管理、库存自动化、实验记录本操作、工作流构建及数据仓库查询。用于实验室数据的程序化控制与系统集成。
需要调用Benchling Python SDK或REST API
自动化管理生物序列、库存或实验记录
构建基于Benchling的工作流或应用
查询Benchling数据仓库进行数据分析
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill benchling-integration -g -y
通过BGPT MCP服务器检索科学论文的结构化全文数据，支持文献综述、证据合成及实验细节查询。
进行系统性或范围性文献综述
查找特定实验细节和定量结果
比较不同研究的方法论
构建荟萃分析或临床指南的证据表
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill bgpt-paper-search -g -y
处理BIDS神经影像数据集，涵盖数据组织、DICOM转换、合规性验证、元数据编写及PyBIDS查询等任务。
整理神经影像或生物医学数据为BIDS格式
验证数据集是否符合BIDS规范
使用PyBIDS查询数据集结构
将DICOM数据转换为BIDS格式
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill bids -g -y
Biopython是Python生物信息学工具包，用于序列操作、文件格式解析（FASTA/GenBank等）、NCBI数据库访问及BLAST自动化。适用于批量处理、自定义流水线及分子生物学计算任务。
需要处理DNA/RNA/蛋白质序列
读取或转换生物文件格式如FASTA或PDB
通过Entrez访问NCBI数据库
运行或解析BLAST结果
执行序列比对或系统发育分析
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill biopython -g -y
提供Python接口访问40+生物信息学数据库，支持蛋白质序列检索、通路分析、ID映射及多源数据整合，适用于跨库分析与生物学数据挖掘。
需要批量查询UniProt、KEGG等生物数据库
进行跨数据库的标识符映射与转换
在Python工作流中整合多种生物资源数据
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill bioservices -g -y
提供 CZ CELLxGENE Census 的单细胞及空间转录组数据查询与分析能力，支持按细胞类型、组织等过滤获取基因表达矩阵、元数据、嵌入向量及空间数据，适用于大规模跨数据集分析与机器学习训练。
需要查询公开单细胞或空间转录组数据
进行单细胞数据的探索性分析
基于 Census 数据训练机器学习模型
执行大规模跨数据集统计分析
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill cellxgene-census -g -y
Google量子计算框架Cirq的Agent技能，用于在Python中构建、模拟和优化NISQ电路，支持Google Quantum AI及合作后端硬件运行。涵盖噪声建模、参数扫描和低级电路设计，适用于量子实验与硬件集成任务。
需要构建或优化量子电路
使用Google Quantum AI或合作后端运行量子作业
进行量子噪声建模或硬件门集编译
执行量子特征化实验
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill cirq -g -y
用于学术研究的引用管理，支持搜索OpenAlex、PubMed等数据库，提取元数据，验证引文准确性并生成标准BibTeX格式。
搜索学术论文
将DOI转换为BibTeX
验证引文信息
清理和格式化参考文献
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill citation-management -g -y
用于生成临床研究决策支持系统的研究、评估及治理文档。严格限定于聚合或合成数据，禁止涉及患者护理、诊断或实时操作，确保合规与可追溯性。
需要生成临床决策支持相关的研究评估报告
准备临床试验数据的脱敏与治理文档
编写模型性能评估与证据透明度清单
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill clinical-decision-support -g -y
为临床案例、诊断、试验及安全报告生成结构化草稿模板与一致性检查，严格限定于合成或去标识数据，禁止医疗决策，强制要求人工审核。
需要生成临床试验报告草稿
请求创建去标识化数据的报告结构
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill clinical-reports -g -y
COBRApy技能用于约束代谢建模，支持基因组规模模型加载、FBA/FVA模拟、基因敲除筛选及代谢工程分析。适用于系统生物学研究与表型预测场景。
加载或导出SBML/JSON格式的代谢模型
运行FBA、FVA或通量采样进行细胞代谢模拟
执行基因或反应敲除筛选及生产包络分析
设计生长培养基或优化交换约束条件
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill cobrapy -g -y
用于处理超出内存的Pandas/NumPy数据、并行计算及分布式任务。支持单节点大内存扩展和集群规模数据处理，适用于ETL、大规模文件处理及分布式机器学习场景。
需要处理超出可用RAM的数据集
将Pandas或NumPy操作扩展到更大数据集
需要跨多核或多机器并行化计算以提升性能
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill dask -g -y
提供从78个公共数据库进行可复现API查询的技能。通过定义检索契约、选择权威库、执行受限调用并验证完整性，返回带溯源信息的结构化结果，适用于科研、监管等领域的精确数据获取。
需要查询特定科学或监管事实
要求从指定来源获取可复现的数据
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill database-lookup -g -y
Datamol是RDKit的Pythonic封装，提供分子处理、标准化、描述符、指纹、3D构象及并行计算等化学信息学功能，简化药物发现流程。
需要简化RDKit进行分子数据处理
执行药物发现相关的化学分析任务
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill datamol -g -y
用于分子机器学习、药物发现和材料设计的技能。支持从SMILES/SDF加载数据，进行ADMET等性质预测，利用DeepChem库实现GNN训练、MoleculeNet基准测试及预训练模型微调。
需要预测分子性质如溶解度或毒性
使用MoleculeNet数据集进行基准测试
训练图神经网络处理分子结构
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deepchem -g -y
DeepSpot-M模型，将H&E组织病理学图像转换为虚拟空间转录组数据。支持按基因符号查询约19k个蛋白编码基因的表达量（log1p-CPM），适用于全切片预测及特定基因表达分析。
需要将H&E图像转换为虚拟空间转录组数据
需要查询特定基因在组织切片中的空间表达分布
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deepspot-m -g -y
用于NGS数据分析的Python工具包，支持BAM转bigWig、QC评估、样本比较及可视化，适用于ChIP-seq、RNA-seq等实验。
NGS数据分析
BAM转bigWig
ChIP-seq QC
生成热图或谱图
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -g -y
查询DepMap癌症依赖图谱数据，获取基因CRISPR依赖评分、药物敏感性及基因效应。用于识别癌症特异性脆弱点、合成致死相互作用及验证肿瘤药物靶点。
验证特定突变基因在癌细胞系中的必要性
发现预测基因敲除敏感性的生物标志物
寻找合成致死相互作用的基因对
分析化合物反应与细胞系特征的相关性
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill depmap -g -y
基于扩散模型的分子对接工具，用于预测小分子配体与蛋白质靶点的3D结合构象及置信度。支持PDB序列输入、批量虚拟筛选及多种配体格式，适用于结构导向的药物发现和化学生物学研究。
预测分子结合构象
运行分子对接
执行虚拟筛选
批量对接多个蛋白-配体对
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill diffdock -g -y
用于构建和运行可重复基因组工作负载，涵盖dx CLI、dxpy自动化、App开发、工作流执行监控及数据管理。
DNAnexus平台工作流开发与部署
基因组数据处理与自动化脚本编写
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill dnanexus-integration -g -y
提供ESM3、ESMC及ESMFold2的Python SDK使用指南，涵盖蛋白质序列生成、结构预测、逆向折叠及嵌入提取。支持本地模型加载与Forge云端推理，辅助生物计算任务。
使用ESM Python SDK进行开发
调用ESM3或ESMC模型ID
执行蛋白质序列生成或设计
进行蛋白质结构预测或逆向折叠
获取蛋白质嵌入表示
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill esm -g -y
用于分析、操作和可视化系统发育树。支持Newick/Nexus格式读写、拓扑比较、基因树分析及分类库查询，提供交互式探索与出版级渲染，不替代序列比对或建树工具。
需要处理或修改Newick/Nexus格式的进化树文件
计算两个或多个系统发育树的拓扑距离
在树结构中查找特定模式或子树结构
对进化树进行节点注释、修剪或重根
生成高质量的系统发育树图片或矢量图
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill etetoolkit -g -y
用于对本地授权数据（CSV/JSON/HDF5等）进行受限的探索性数据分析，执行缺失值审计、异常检测及分布分析，生成确定性报告。严格限制读取范围与操作，禁止自动清洗或推断因果，确保数据安全与合规。
需要检查CSV、TSV或JSON数据的结构和质量
分析HDF5、NumPy数组或生物序列文件的基本元数据
在建模前进行数据完整性、缺失值和异常值审计
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill exploratory-data-analysis -g -y
FlowIO用于读取、检查和写入流式细胞术标准FCS文件，支持元数据提取、NumPy事件数据获取及文件创建，适用于生物数据分析前的预处理阶段。
需要读取或检查FCS文件的元数据
需要将FCS数据转换为NumPy数组进行分析
需要编写或导出FCS 3.1文件
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill flowio -g -y
指导使用 FluidSim 进行计算流体力学仿真的全流程，涵盖求解器选择、参数规划、资源估算、串行试点及 MPI 配置，强调数值有效性与 HPC 安全。
需要设置 CFD 仿真计划
配置 FluidSim 求解器和 FFT/MPI 环境
检查仿真参数的数值稳定性
准备高性能计算作业
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill fluidsim -g -y
通过 OpenRouter API 调用多种 AI 模型生成或编辑图像，支持照片、插画、Logo 及参考图合成。提供模型选择指南与快速使用示例，排除技术图表场景。
需要生成图片
需要编辑现有图片
询问 AI 绘图模型对比
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill generate-image -g -y
用于基因组区间集机器学习工作流的技能，涵盖BED验证、Region2Vec/scEmbed运行规划、模型兼容性检查及共识宇宙评估。强调本地安全执行与数据契约管理。
需要验证基因组BED文件格式或组装版本
计划或检查Region2Vec/scEmbed等ML模型运行
评估模型tokenizer兼容性或数据合约
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill geniml -g -y
提供GeoPandas 1.1.4的Python工作流指南，涵盖环境配置、空间数据处理及矢量I/O。强调安全隐私规范、数据溯源及几何正确性校验，确保地理空间分析的准确性与合规性。
使用GeoPandas进行地理空间数据分析
处理GeoDataFrame或GeoSeries对象
执行空间操作或矢量数据读写
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill geopandas -g -y
检测当前进程可用的CPU、内存、磁盘及加速器等资源限制，生成保守的JSON快照。用于资源敏感型工作负载规划，支持安全隔离与隐私保护，不执行压力测试或环境暴露。
用户请求资源感知规划
需要明确资源敏感的本地工作负载
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill get-available-resources -g -y
gget 是生物信息学 CLI/Python 工具，提供对 20+ 基因组数据库的统一访问。支持基因查询、序列比对、蛋白结构下载及表达数据分析，适用于快速交互式探索和数据检索任务。
需要快速查询基因、蛋白质或病毒序列信息
进行生物数据探索性分析或批量数据获取
调用 BLAST/BLAT 等序列比对服务
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill gget -g -y
用于蛋白质糖基化分析与工程，扫描N-糖基化位点，预测O-糖基化热点，辅助抗体优化、疫苗设计及生物类似药表征。
分析蛋白质序列中的糖基化位点
优化治疗性抗体的Fc糖基化
设计疫苗抗原的糖链屏蔽
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -g -y
提供基因组区间模型、集合运算及参考序列处理的本地化工具指南。涵盖Rust与Python绑定安装、版本锁定及安全验证，支持重叠统计、覆盖度分析及片段处理等生物信息学任务。
需要处理基因组区间数据
进行生物信息学分析
集成gtars库
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill gtars -g -y
Histolab是用于数字病理全切片图像处理的Python库，支持组织检测、瓦片提取和染色归一化。适用于数据集准备及深度学习流水线的基础图像处理任务。
需要处理全切片图像(WSI)
执行组织区域检测或掩码生成
从大图提取指定大小的图像瓦片
对H&E染色图像进行标准化预处理
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill histolab -g -y
管理hypogenic包及HypoGeniC工作流，涵盖安装、配置审计、数据校验及LLM调用审批。用于生成候选文本假设库，明确区分软件使用与科学验证边界。
使用 hypogenic 包或 HypoGeniC 工作流
审计假设生成任务配置和数据集
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill hypogenic -g -y
将观察转化为透明、可检验的研究计划，生成候选假设、竞争解释及预注册分析方案。严格区分观察与证据，禁止将假设视为事实或提供临床建议，确保科研伦理与安全合规。
需要基于初步发现制定科学实验设计
构建可证伪的竞争性研究假设
准备预注册分析计划
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill hypothesis-generation -g -y
用于查询和下载NCI影像数据 commons公共癌症影像数据集，支持DICOM访问、元数据查询及AI训练集获取，无需认证。
查询IDC集合或癌症影像数据集信息
获取DICOM数据访问或放射科/病理学AI训练集
进行元数据查询、可视化或许可证检查
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill imaging-data-commons -g -y
该技能利用Nano Banana Pro AI和Gemini 3.6 Flash自动生成专业信息图，支持研究数据集成、多类型/风格定制及基于阈值的智能迭代优化，确保输出质量。
需要生成营销或报告类信息图
需要将复杂数据可视化
需要创建社交媒体视觉内容
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill infographics -g -y
用于设计实验室硬件的CAD技能，基于build123d生成参数化模型并导出STEP/STL/DXF文件。确保零件与标准实验室设备精确配合，涵盖微流控、光学支架及动物实验装置等场景。
需要设计实验室物理部件（如芯片、夹具、适配器）
需要检查或修改现有STEP文件
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lab-hardware-cad -g -y
提供LabArchives ELN及Inventory API的安全集成指南，涵盖区域端点选择、签名请求构建、用户授权流程及凭证管理，确保合规调用。
需要对接LabArchives电子实验记录本API
实现LabArchives库存管理接口
处理LabArchives API签名与认证
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill labarchive-integration -g -y
用于管理生物数据集和模型的生命周期，包括数据注册、查询搜索、血缘追踪、格式验证及基于本体论的注释。支持多模态数据处理、工作流集成与可重复性保障，构建符合FAIR原则的生物数据湖仓。
需要管理和版本控制生物数据集（如scRNA-seq）
追踪计算工作流和数据血缘关系
对生物数据进行模式验证和标准化注释
构建统一查询接口的生物数据湖仓
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -g -y
用于在 Latch 平台构建、注册、调试和运行生物信息学工作流的技能，支持 Python SDK、Nextflow 及 Snakemake。
创建或维护 Python SDK 工作流
打包并注册 Nextflow 或 Snakemake 管道
配置任务资源（CPU/内存/GPU）
使用 Latch Data 管理数据
操作 Latch Registry
调试和监控工作流执行
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill latchbio-integration -g -y
提供使用LaTeX创建专业学术海报的指导，涵盖beamerposter等包的使用、布局设计、视觉元素生成及排版规范，适用于科研会议和学术交流。
创建学术会议海报
设计学术演示文稿
将论文转化为海报格式
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill latex-posters -g -y
本地文档与PDF解析工具，支持布局感知文本提取、OCR及多模态渲染。适用于RAG数据预处理、批量文献摄入及需要空间坐标的场景。
从PDF或Office文件提取带边界框的文本
对扫描图片进行OCR识别
为RAG系统生成保留布局的结构化JSON
批量处理文件夹中的文档
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill liteparse -g -y
用于执行系统性文献综述、元分析及研究综合的 Skill。支持多数据库搜索、引用验证及专业文档生成，强制要求结合 AI 生成科学示意图以增强可视化效果。
进行系统性文献综述
撰写研究论文或学位论文的文献综述部分
执行元分析或范围综述
识别特定领域的研究空白和未来方向
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill literature-review -g -y
用于规范 Markdown 文档与 Mermaid 图表的编写，提供样式指南、24种图表类型参考及9种文档模板。强调以文本为基础生成可版本控制的结构化文档和可视化内容。
创建科学报告或分析文档
编写项目文档或 README
需要绘制流程图、架构图等可视化图表
生成需纳入 Git 版本控制的输出
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill markdown-mermaid-writing -g -y
