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K-Dense-AI/scientific-agent-skills
GitHub指导使用 Adaptyv Bio Foundry API 和 Python SDK，实现蛋白质实验设计、提交及结果检索。涵盖 BLI/SPR 等 assays 的自动化流程与认证配置。
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Skills in Collection (164)
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指导使用 Adaptyv Bio Foundry API 和 Python SDK，实现蛋白质实验设计、提交及结果检索。涵盖 BLI/SPR 等 assays 的自动化流程与认证配置。
用户提及 Adaptyv, Foundry API, 蛋白质结合检测, 或蛋白序列提交
代码导入 adaptyv, adaptyv_sdk, FoundryClient 或引用相关域名
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适用于时间序列机器学习的技能，涵盖分类、回归、聚类、预测、异常检测等任务。提供与scikit-learn兼容的API，处理时序数据和序列模式分析。
进行时间序列分类或回归分析
检测时序数据中的异常或变化点
对时间序列进行聚类或预测未来值
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处理单细胞分析中注释数据矩阵（AnnData）的技能，支持创建、读写h5ad/zarr文件及元数据管理。适用于scverse生态集成、稀疏矩阵操作及大规模数据集的加载与转换。
处理.h5ad或.zarr格式的单细胞基因组数据
创建或修改AnnData对象及其obs/var元数据
在scverse生态中进行数据整合与子集筛选
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用于从基因表达数据推断基因调控网络（GRN）的Python库。支持GRNBoost2和GENIE3算法，利用Dask实现分布式计算，适用于转录组数据分析。
分析转录组数据以识别转录因子与靶基因关系
进行大规模基因调控网络推断
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用于天文数据处理与分析的Python工具包，支持坐标转换、单位计算、FITS文件读写、宇宙学计算及时间系统处理。适用于实现或调试涉及天文学数据的代码任务。
需要在天体坐标系之间进行转换
处理带有物理单位的量值计算
读取或写入FITS格式的天文数据文件
执行宇宙学距离或红移相关计算
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提供Benchling平台Python SDK及REST API集成能力，支持注册表、库存、电子实验记录本、工作流自动化及数据仓库查询，用于实验室数据自动化与系统集成。
需要操作Benchling的DNA/RNA/蛋白质等实体
自动化管理库存或实验记录
构建Benchling工作流或应用
同步数据至外部系统
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通过BGPT MCP服务器搜索科学论文，提取全文结构化实验数据。适用于文献综述、证据综合及获取摘要外定量结果与方法细节。
进行系统性或范围性文献综述
查找特定实验细节和定量结果
比较不同研究的方法论
构建荟萃分析的证据表
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处理神经科学及生物医学数据的BIDS标准，涵盖数据组织、布局查询、合规验证、DICOM转换、元数据编写及衍生物创建。
整理神经影像或行为数据至BIDS结构
查询BIDS数据集文件
验证BIDS合规性
将DICOM转换为BIDS格式
编写JSON侧车元数据
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Biopython 是用于计算分子生物学的 Python 工具包，支持序列操作、文件格式解析（FASTA/GenBank/PDB）、NCBI 数据库访问及 BLAST 自动化。适用于批量处理、自定义生物信息学管道及结构生物学分析等场景。
需要处理 DNA/RNA/蛋白质序列数据
解析 FASTA、GenBank、PDB 等生物文件格式
通过 Entrez API 访问 NCBI 数据库或 PubMed
运行或解析 BLAST 搜索结果
构建生物信息学分析流水线
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提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持跨库查询、ID映射及序列分析，适用于多源生物数据整合工作流。
需要同时查询多个生物数据库（如UniProt, KEGG）
进行跨数据库的标识符映射或转换
执行蛋白质序列检索与功能注释分析
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提供 CZ CELLxGENE Census 的程序化查询能力，用于获取大规模单细胞和空间转录组数据。支持按组织、疾病等筛选元数据及基因表达矩阵，集成 AnnData/Scanpy 进行数据分析与机器学习训练，无需下载完整数据集即可高效处理百万级细胞数据。
需要查询公共单细胞或空间转录组数据集
基于特定细胞类型、组织或疾病筛选基因表达数据
使用 Scanpy 或 AnnData 分析单细胞数据
获取预计算的嵌入向量或摘要统计信息
进行跨数据集的大规模整合分析
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Google Cirq量子计算框架技能，用于在Python中构建、模拟和优化NISQ电路，运行Google Quantum AI及合作后端任务，进行噪声建模与硬件门集编译。
使用Cirq构建或优化量子电路
在Google Quantum AI处理器上运行作业
进行量子噪声建模或表征实验
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用于学术研究的引用管理，支持搜索论文、提取元数据、验证引用准确性及生成 BibTeX。适用于查找文献、转换标识符为 BibTeX 或确保科学写作中的参考文献准确无误。
搜索特定学术论文
将 DOI 转换为 BibTeX
验证引用信息准确性
构建参考文献列表
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用于生成临床研究决策支持系统的研究、评估及治理文档，涵盖证据审查、队列分析及隐私合规检查。严格限制仅用于非临床操作的研究场景，禁止涉及患者具体诊疗或实时决策，确保输出为需人工审核的草稿。
需要生成临床研究评估报告
审查临床决策模型的可解释性与公平性
构建符合隐私规范的研究数据脱敏清单
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为临床案例、诊断、试验及安全报告生成安全受限的草稿结构和本地确定性检查。仅处理合成或聚合数据，严格禁止诊断或治疗建议，确保所有输出需经专业审核。
需要生成临床研究报告草稿结构
对临床数据进行结构化一致性检查
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用于基于约束的代谢模型重建与分析，支持基因组规模模型的加载、通量平衡分析(FBA)、基因敲除筛选及代谢工程优化。
代谢模型构建与格式转换
通量平衡分析与采样模拟
基因或反应敲除筛选
代谢工程策略设计
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Dask技能用于处理超出内存限制的Pandas/NumPy工作流，支持单机大内存计算和分布式集群并行处理。适用于多文件处理、大规模数据分析和机器学习扩展，提供与Pandas兼容的API。
需要处理超过可用RAM的数据集
将Pandas或NumPy操作扩展到更大数据集
为提升性能而并行化计算
高效处理多个CSV/Parquet文件
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该技能用于查询80个公共数据库API，通过明确端点、过滤和分页策略实现可复现的数据检索。适用于科学、监管或金融领域的事实查证，强调确定性、速率限制及结果的可审计性。
需要从特定权威数据库获取结构化事实数据
要求提供数据来源、端点和参数的可复现检索记录
涉及生物医学、专利或金融数据的精确查询
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Datamol是RDKit的Pythonic封装，用于简化药物发现中的分子操作。支持SMILES解析、标准化、描述符计算、指纹生成、3D构象分析及聚类等功能，提供高效并行处理和云存储支持，返回原生RDKit对象。
需要进行分子结构标准化或清洗
需要计算分子描述符或指纹
需要生成或分析3D分子构象
需要对化合物库进行聚类或多样性筛选
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用于分子机器学习、药物发现和材料科学的技能，支持数据加载、特征工程、GNN模型训练及MoleculeNet基准测试。
分子属性预测
药物发现实验
材料科学计算
生物分子分析
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DeepSpot-M用于从H&E组织切片生成虚拟空间转录组数据，支持按基因符号查询表达量。适用于需要20倍放大率下224x224瓦片级别空间基因表达预测的场景。
需要基于病理图像生成空间基因表达数据
需查询特定蛋白质编码基因的表达值
对全切片进行分块后的基因表达预测
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NGS数据分析工具集，用于BAM转bigWig、质量控制（PCA/相关性）、热图及信号可视化，支持ChIP-seq/RNA-seq等。
NGS数据质量控制
BAM转bigWig转换
ChIP-seq/RNA-seq可视化
样本相关性分析
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用于查询癌症依赖图谱数据，包括基因依赖性评分、药物敏感性等。支持靶点验证、生物标志物发现及合成致死交互分析，助力肿瘤学药物目标验证。
验证特定癌症类型中基因的必要性
发现预测基因敲除敏感性的生物标志物
寻找合成致死相互作用
分析药物敏感性相关细胞系特征
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基于扩散模型预测小分子与蛋白质的3D结合构象及置信度，支持单一对接、批量虚拟筛选及PDB/序列输入。用于结构基础药物发现中的姿态预测，非亲和力计算。
预测分子对接姿态
批量虚拟筛选化合物库
根据PDB或序列生成蛋白质-配体复合物结构
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用于构建和运维 DNAnexus 基因组工作负载，涵盖 CLI 自动化、元数据管理、应用开发及工作流执行监控。强调安全操作与合规性。
需要操作 DNAnexus 平台进行数据处理
编写或调试 dxpy/dx CLI 脚本
部署或监控基因组分析工作流
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用于使用ESM Python SDK进行蛋白质语言模型操作，涵盖ESM3序列生成、ESMC嵌入提取及ESMFold2结构预测。支持本地与云端Forge API调用，适用于蛋白质设计与分析任务。
需要生成或设计蛋白质序列
进行蛋白质结构预测或反折叠
计算蛋白质嵌入向量
使用ESM3/ESMC/ESMFold2模型
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用于处理、分析和可视化系统发育树或分层树。支持Newick/Nexus读写、拓扑编辑、模式匹配、基因树分析及NCBI/GTDB分类学查询，不包含序列比对或建树功能。
分析或操作系统发育树结构
可视化进化树或层级数据
比较树拓扑结构差异
查询生物分类学数据库
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对本地受权科学数据文件（如CSV、JSON、HDF5等）进行受限的探索性数据分析，执行缺失值审计、异常检测及分布分析，生成确定性聚合报告，严禁自动修改数据或做出因果推断。
用户请求对特定格式的数据文件进行初步统计分析
需要检查数据的完整性、缺失情况或异常值
在建模前验证数据结构与基本特征
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FlowIO 用于轻量级读取和写入流式细胞术标准（FCS）文件，支持元数据检查、事件数据提取及格式转换。适用于底层数据处理，不涉及补偿或门控分析。
需要读取或写入 FCS 2.0/3.0/3.1 文件
检查 FCS 文件的元数据和通道信息
将 FCS 事件数据提取为 NumPy 数组
处理包含多数据集的遗留 FCS 文件
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指导使用FluidSim进行计算流体动力学仿真，涵盖参数配置、HPC资源估算、数值有效性验证及MPI作业准备。强调严格的测试流程与可复现性，确保物理假设和数值设置的准确性。
配置CFD仿真参数
检查HPC资源需求
验证数值稳定性
设置MPI并行环境
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通过 OpenRouter API 调用多种 AI 模型生成或编辑图像，支持照片、插画、Logo 及图像合成等场景。
需要生成图片
需要编辑现有图片
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Geniml技能用于基因组区间集的机器学习与统计工作流。提供本地环境下的安全指南，涵盖BED文件验证、模型兼容性检查及数据契约管理，支持可复现的安装配置，确保分析过程的安全性与规范性。
需要执行基因组区间数据分析任务
验证BED文件或基因组组装合同
规划或评估Region2Vec/scEmbed等模型运行
检查模型与分词器的兼容性
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提供GeoPandas 1.1.4的Python工作流指导，涵盖环境配置、数据安全隐私规范及几何数据正确性校验流程。
使用GeoPandas处理地理空间数据
进行矢量数据I/O操作
执行空间分析或坐标转换
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检测当前进程可用的 CPU、内存、磁盘及加速器等资源限制，生成脱敏 JSON 快照。适用于资源感知规划或敏感本地工作负载前的保守评估，不执行压力测试，确保隐私与安全。
用户请求资源感知规划
运行资源敏感的本地工作负载前
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gget 是生物信息学 CLI/Python 工具，统一访问 20+ 基因组数据库。支持基因查询、序列比对、结构预测及表达数据分析，适用于交互式探索与快速数据检索。
需要快速查询基因、蛋白质或病毒序列信息
执行 BLAST/BLAT 等基础序列比对
获取 AlphaFold 蛋白结构或单细胞表达数据
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用于蛋白质糖基化分析与工程，扫描N-糖基化位点，预测O-糖基化热点，并整合NetOGlyc等工具，支持抗体优化、疫苗设计及蛋白稳定性研究。
分析蛋白质序列中的N-糖基化位点
优化治疗性抗体的Fc糖基化
设计疫苗抗原的聚糖屏蔽
比较生物类似药的糖型特征
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用于基因组区间模型、集合运算及参考序列处理的本地工具包，提供Rust实现与Python绑定。强调原生代码的安全信任检查、版本锁定及隔离环境配置，支持跨语言调用。
需要处理基因组区间数据
进行生物信息学数据分析
使用gtars库进行序列操作
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Histolab是用于数字病理全切片图像处理的Python库，支持组织检测、瓦片提取和染色归一化，适用于数据集准备和深度学习预处理。
需要处理WSI全切片图像
进行数字病理图像预处理
从大图像中提取组织瓦片
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指导使用 hypogenic 包进行 LLM 辅助假设生成，涵盖安装、配置审计及本地工作流规范。强调输出仅为候选假设，需严格区分软件操作与科学验证边界，确保数据安全与可复现性。
用户询问如何使用 HypoGeniC 或 HypoRefine 工具
需要审计文本数据集的假设生成任务配置
涉及 ChicagoHAI hypothesis-generation 包的部署或运行
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将观察转化为透明、可检验的科学假设与研究计划。明确区分观察、问题、假设、机制等概念，提供因果推断与预测框架，严格遵循伦理与安全边界，防止将假设误作事实或提供临床/生物安全风险内容。
用户需要将初步观察或发现转化为可测试的研究计划
用户需要生成候选解释、竞争假说或预先注册的实验方案
用户需要澄清科学概念（如因果估计量、负对照）的定义
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用于查询和下载NCI影像数据 commons的公共癌症影像数据集，支持元数据检索、DICOM访问及文件下载。
查询癌症影像数据集元数据
下载DICOM影像文件
检查IDC数据版本或许可证
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利用AI自动生成专业信息图，支持智能迭代优化与质量审查。集成研究工具确保数据准确，提供多种类型、风格及无障碍配色选项，满足营销、报告等场景需求。
需要生成可视化图表或信息图
将复杂数据转化为直观视觉内容
制作营销材料或演示文稿插图
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用于设计实验室定制硬件（如微流控芯片、光学支架）的参数化 CAD 模型。通过 Python 生成 STEP/STL/DXF 文件，确保与标准设备尺寸兼容并输出制造就绪文件。
需要设计实验室物理部件
创建微流控芯片或模具
制作光学或动物行为实验夹具
检查或修改现有 STEP 文件
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指导安全集成LabArchives ELN及Inventory API，涵盖区域端点选择、签名请求构建、用户授权流程及凭证管理。
需要对接LabArchives电子实验记录本API
需要访问LabArchives库存数据
配置LabArchives区域端点和认证凭据
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LaminDB技能用于生物数据集和模型的血统管理、查询验证及FAIR合规。涵盖数据注册、工作流追踪、本体注释及ML集成，适用于构建可重现的生物信息学数据湖仓。
管理生物数据集
追踪计算工作流
数据验证与标准化
使用生物学本体论
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用于在 Latch 平台构建、注册和运行生物信息学工作流。支持 Python SDK、Nextflow 及 Snakemake，涵盖数据管理、资源配置、注册调试及 MCP 集成。
构建或维护生物信息学工作流
在 Latch 平台注册和部署流水线
配置计算资源与调试工作流
通过 SDK 或 CLI 操作 Latch Data 和 Registry
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提供使用LaTeX创建专业学术海报的指导，涵盖排版、视觉设计及AI生成元素工作流。
创建会议或学术海报
将论文转换为海报格式
设计多栏布局的海报
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LiteParse 是本地文档解析工具，支持 PDF、Office 及图像文件的布局感知文本提取与 OCR。提供带边界框的结构化 JSON 输出，适用于 RAG 数据预处理、多模态代理渲染及批量文献摄入，无需云端 API。
需要从 PDF 或 Office 文件中提取带位置信息的结构化文本
对扫描图片或 PDF 进行本地 OCR 处理
为 RAG 系统准备保留版式布局的文档数据
需要将页面渲染为 PNG 以支持多模态分析
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执行跨数据库的系统性文献综述、元分析及研究综合，生成带验证引用和专业排版的文档。强制结合AI科学图表技能增强可视化，适用于科研论文写作及领域前沿调研。
进行系统性文献综述
撰写研究论文或论文的文献综述部分
执行元分析或范围审查
识别研究领域空白和未来方向
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill literature-review -g -y
提供Markdown与Mermaid图表编写规范，确立文本 diagrams 为文档标准。支持科学报告、分析及可视化，强调版本控制友好性与AI解析效率，涵盖24种图表类型及9类模板。
创建科学文档或分析报告
编写项目README或技术文档
生成工作流或架构图等可视化内容
需要将内容纳入Git版本控制
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