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synthetic-sciences/openscience
GitHub提供Bun环境下的文件读写、扫描及目录操作的最佳实践与API参考，指导在CLI开发中优先使用Bun API而非Node fs。
安装全部 Skills
npx skills add synthetic-sciences/openscience --all -g -y
集合内 Skills (277)
按质量分展示前 50 个（共 277 个），完整列表请用安装命令预览或逐个打开详情。
提供Bun环境下的文件读写、扫描及目录操作的最佳实践与API参考，指导在CLI开发中优先使用Bun API而非Node fs。
需要进行文件读取或写入操作
处理目录创建或删除
执行文件扫描或Glob匹配
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bun-file-io -g -y
AnnData技能用于处理单细胞基因组学中的注释矩阵数据，支持创建、读写h5ad/zarr格式文件及元数据管理。适用于scverse生态系统的集成与单细胞RNA-seq分析工作流。
需要创建或读取.h5ad文件
进行单细胞RNA-seq数据分析
使用scverse生态系统工具
处理大规模稀疏矩阵数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill anndata -g -y
依赖关系:
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于集成Benchling生命科学研发平台，通过Python SDK或REST API自动化管理DNA/蛋白质注册、库存、电子实验记录本及工作流，并支持数据仓库查询与外部系统同步。
需要操作Benchling的Python SDK或REST API
自动化生物学序列、库存或ELN条目管理
构建Benchling应用或与外部系统同步数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill benchling-integration -g -y
用于细胞生物学显微镜图像的自动化分析，涵盖细胞分割、追踪、形态定量及集落计数等全流程处理。
显微镜图像分割
细胞迁移追踪
细胞形态定量分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioimage-analysis -g -y
提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持跨库查询、ID映射及序列分析。适用于多源数据整合工作流，替代gget和biopython处理复杂交叉检索任务。
需要同时查询多个生物数据库
进行跨数据库标识符转换
执行蛋白质或通路的多步数据分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioservices -g -y
提供癌症基因组学计算工作流，涵盖体细胞突变检测、结构变异分析、拷贝数变异评估、肿瘤纯度估算及NMF特征提取等。支持VCF解析与注释，适用于临床解读和发表级定量输出。
处理肿瘤-正常配对的体细胞变异调用
对VCF文件进行基因名称和功能影响注释
运行拷贝数分析管道以识别CNV
计算肿瘤突变负荷用于免疫治疗生物标志物评估
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cancer-genomics-analysis -g -y
提供临床与生理影像分析工具，涵盖扩散MRI、微CT骨形态、血流动力学、昼夜节律及纤毛频率等数据处理。
分析临床或生理影像数据
处理DICOM/NIfTI医学图像
计算ADC图或骨微结构参数
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-imaging -g -y
用于撰写各类临床报告，包括病例报告、诊断报告、临床试验报告及患者文档。支持模板生成、法规合规（HIPAA/FDA）及可视化图表生成，确保医疗记录的准确性与完整性。
撰写临床病例报告
生成诊断或实验室报告
编写临床试验研究报告
起草患者SOAP笔记或出院总结
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-reports -g -y
COBRApy是用于约束基础代谢模型重建与分析的Python库。支持FBA、FVA、基因敲除及通量采样等计算模拟，用于系统生物学研究和代谢工程分析，预测细胞代谢表型行为。
进行代谢网络建模与仿真
执行通量平衡分析或变异性分析
处理SBML格式的基因组规模代谢模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cobrapy -g -y
提供生物数据集访问指南，涵盖COSMIC、GTEx、GWAS等数据，支持下载解析及通路富集分析。
查询生物数据库
基因组数据分析
通路富集分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill curated-bio-datasets -g -y
用于高通量测序数据（如ChIP-seq、RNA-seq）的分析工具集，提供BAM转bigWig、质量控制、样本比较及可视化功能。
NGS数据分析
BAM转bigWig
ChIP-seq质控
生成热图或轮廓图
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deeptools -g -y
用于DNAnexus云平台基因组数据分析的集成技能，涵盖应用开发、数据管理、作业执行及生物信息学文件处理。
创建或修改DNAnexus应用/小程序
上传下载测序数据文件
运行基因组分析工作流
使用dxpy SDK进行平台交互
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill dnanexus-integration -g -y
用于系统发育树分析与处理的技能，支持树的读写、遍历、拓扑修改及进化事件检测。适用于生物信息学中的系统发育组学研究、正交/旁系同源基因识别及数据可视化。
需要解析或生成Newick/NHX格式的进化树
进行基因树与物种树的比对以检测复制和物种形成事件
对系统发育树进行修剪、重根或拓扑结构分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill etetoolkit -g -y
提供流式细胞术数据分析的端到端工作流，涵盖FCS文件处理、光谱补偿、手动/自动门控策略，以及免疫分型、CFSE增殖、细胞周期和凋亡分析。
分析多色流式细胞术实验数据
应用补偿矩阵校正光谱重叠
构建门控层级进行免疫分型
量化细胞增殖或细胞周期分布
分析细胞凋亡情况
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flow-cytometry-analysis -g -y
FlowIO用于解析和生成FCS流式细胞术文件，支持元数据提取、事件数据转换为NumPy数组及CSV导出，适用于生物医学数据处理与预处理。
需要解析FCS文件格式
从流式细胞术文件中提取元数据或通道信息
将FCS数据转换为NumPy数组或DataFrame
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flowio -g -y
gget 是生物信息学 CLI/Python 工具，提供统一接口查询 20+ 基因组数据库。支持基因信息、BLAST、AlphaFold 结构及富集分析等快速交互查询与探索。
需要快速查询基因、蛋白质或基因组数据
进行简单的生物信息学序列比对或结构检索
通过命令行或 Python 脚本批量获取生物数据库元数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill gget -g -y
提供蛋白质糖基化位点预测与分析工具，涵盖N-糖基化基序查找和O-糖基化热点预测。基于纯Python实现，用于生物治疗蛋白设计及糖生物学研究中的序列分析。
预测蛋白质N-糖基化位点
识别O-糖基化热点区域
分析蛋白质序列中的糖基化修饰
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill glycobiology -g -y
Histolab是用于数字病理全切片图像处理的Python库，提供组织检测、瓦片提取和染色归一化功能，适用于数据集准备及深度学习流水线预处理。
需要处理全切片图像(WSI)
进行组织区域检测或背景过滤
从大尺寸病理图中提取瓦片
为深度学习模型准备病理图像数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill histolab -g -y
提供免疫学实验数据的计算分析工具，涵盖ATAC-seq、ELISA拟合、IHC定量、细胞追踪及抗体滴度分析等场景。
处理ELISA板数据并进行标准曲线拟合
量化IHC染色强度或计算H-score
分析ATAC-seq峰值与差异染色质可及性
从显微镜延时数据中追踪免疫细胞迁移
确定抗体滴度或估算细胞周期持续时间
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill immunology-assays -g -y
用于构建、部署和管理生物信息学无服务器工作流的技能。支持Python装饰器及Nextflow/Snakemake集成，提供数据管理、资源配置及预验证流程功能。
创建或部署生信分析流水线
使用LatchFile/LatchDir管理云数据
配置GPU等计算资源以优化成本
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill latchbio-integration -g -y
提供微生物种群动力学建模与分析工具，包括细菌生长曲线拟合、群落动态模拟、随机仿真及基因组注释等计算功能。
拟合细菌生长曲线参数
模拟多物种群落相互作用
进行群体动态随机仿真
处理生物膜或CFU实验数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill microbial-dynamics -g -y
提供分子克隆模拟与设计工具，涵盖PCR扩增子预测、限制性酶切模拟、Golden Gate和Gibson组装设计、引物及CRISPR sgRNA设计，以及质粒特征注释。
分子克隆实验设计
PCR引物设计与Tm值计算
限制性内切酶位点分析
DNA组装方案规划
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill molecular-cloning -g -y
NeuroKit2是生理信号处理工具包，支持ECG、EEG等数据处理。用于心率变异性分析、脑电特征提取及多模态信号整合，适用于心理生理学研究与临床分析。
生理信号（如ECG/EEG）预处理与分析
心率变异性(HRV)指标计算
心理生理学或生物反馈研究
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neurokit2 -g -y
Neuropixels神经记录分析工具，支持SpikeGLX/OpenEphys数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 spike排序及质量评估。适用于神经科学数据处理与单元策展。
用户提及Neuropixels、SpikeGLX、Open Ephys、Kilosort
需要处理神经记录、spike sorting或细胞外电生理数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neuropixels-analysis -g -y
提供OMERO显微镜数据管理平台的Python API集成能力，涵盖连接管理、数据检索、元数据标注、图像处理及ROI分析等场景。
使用omero-py访问显微镜数据
程序化检索图像或筛选数据
分析像素数据并创建衍生图像
管理感兴趣区域(ROIs)和注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill omero-integration -g -y
用于编写Opentrons OT-2和Flex机器人的Protocol API v2协议，实现液体处理、硬件模块控制及自动化移液工作流。
编写Opentrons Python协议
自动化液体处理流程
控制温控或加热摇床模块
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill opentrons-integration -g -y
PathML是计算病理学Python工具包，用于全切片图像分析。支持160+格式加载、H&E预处理、核分割、空间图构建及深度学习模型训练，适用于CODEX等多重免疫荧光数据分析。
全切片病理图像(WSI)加载与处理
组织或细胞核的分割与分类
基于病理数据的机器学习模型训练
多重免疫荧光数据的空间分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pathml -g -y
提供药理学湿实验数据的计算分析工具，涵盖Western blot定量、肿瘤生长抑制、药物稳定性建模、放射性抗体生物分布及剂量估算等。
Western blot图像蛋白条带定量分析
xenograft肿瘤生长抑制率计算
药物加速稳定性与保质期预测
放射性抗体生物分布数据处理
MIRD剂量估算
不良事件CTCAE分级
IC50/EC50剂量反应曲线拟合
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pharmacology-wetlab -g -y
提供 protocols.io API v3 集成能力，支持协议搜索、创建、更新、发布及步骤管理。涵盖身份验证、协作讨论、工作区组织和文件上传，适用于科学实验追踪与文档自动化。
搜索或发现科学协议
创建、更新或发布协议内容
管理与协议相关的讨论和评论
上传文件或管理工作区
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill protocolsio-integration -g -y
用于执行批量RNA-seq数据的差异表达分析，支持从数据加载、过滤到统计检验及可视化的完整Python工作流，兼容pandas和AnnData格式。
进行bulk RNA-seq差异表达分析
比较不同实验条件下的基因表达
提及DESeq2或PyDESeq2
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pydeseq2 -g -y
PyHealth是面向医疗AI的Python工具包，支持EHR数据处理、临床预测任务（如死亡率、再入院）、医学编码转换及深度学习模型训练与部署。适用于基于MIMIC等数据集开发健康领域的机器学习应用。
处理电子健康记录或生理信号数据
构建临床预测模型
实现医疗领域深度学习算法
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pyhealth -g -y
PyLabRobot是一个硬件无关的Python SDK，用于统一控制多种实验室自动化设备（如移液机器人、读数仪等）。适用于多厂商设备集成、复杂实验流程编程、资源管理及协议仿真。
需要控制多种品牌的实验室自动化设备
编写跨平台的液体处理或分析仪器自动化脚本
在物理运行前仿真实验室协议
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pylabrobot -g -y
用于生物信息学基因组数据处理，支持读写SAM/BAM/CRAM比对、VCF/BCF变异及FASTA/FASTQ序列文件。提供区域提取、覆盖度计算等功能，适用于NGS分析流水线构建与质控。
处理测序比对文件
分析遗传变异数据
提取参考序列或基因区域
计算测序覆盖度
构建生物信息分析流水线
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pysam -g -y
提供单细胞RNA测序数据分析标准流程，涵盖数据加载、质控、标准化、降维聚类及可视化。适用于生物信息学中的探索性分析任务。
单细胞RNA-seq数据分析
scRNA-seq质控与标准化
细胞聚类与标记基因识别
UMAP/t-SNE降维可视化
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scanpy -g -y
依赖关系:
scanpy>=1.10.0
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于生物信息学分析的Python工具包，涵盖序列操作、比对、系统发育树构建、微生物组多样性计算及多元统计检验。
处理DNA/RNA/蛋白质序列数据
执行序列比对或 motif 搜索
构建或分析系统发育树
计算微生物组 alpha/beta 多样性指标
进行 PERMANOVA 等生态统计数据检验
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-bio -g -y
用于在Python中进行生存分析和时间事件建模，支持处理删失数据、拟合Cox模型、随机生存森林等算法，以及评估生存预测性能。
进行生存分析或时间事件建模
处理删失数据（右删失、左删失等）
拟合Cox比例风险模型或集成生存模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-survival -g -y
用于单细胞组学数据的深度生成模型分析，支持RNA-seq、ATAC-seq及多模态整合。提供批次校正、差异表达、细胞注释等高级建模功能，适用于复杂生物数据概率推断任务。
单细胞转录组数据分析
多组学数据整合
单细胞批次校正
空间转录组去卷积
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scvi-tools -g -y
提供合成生物学设计与仿真工具，涵盖密码子优化、基因电路ODE建模、SBML模型创建、分岔分析及条形码测序数据处理，辅助实验设计。
基因序列密码子优化
基因电路动力学模拟
SBML生物网络模型创建与验证
合成回路双稳态与分岔分析
条形码测序适应性景观分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill synthetic-biology -g -y
生成涵盖全科的简洁医疗治疗计划，支持LaTeX/PDF输出。包含SMART目标、循证干预及HIPAA合规检查，强制集成科学示意图以增强可视化效果。
生成临床治疗计划
创建康复或精神健康方案
编写慢性病管理文档
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill treatment-plans -g -y
提供药物候选物的ADMET性质预测，涵盖药代动力学、毒性和类药性评估。支持RDKit描述符及TDC模型，用于化合物筛选、优化和毒性预警，辅助早期药物发现决策。
药物候选物ADMET性质预测
化合物毒性预警与类药性评估
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-prediction -g -y
提供可解释的ADMET分析，将毒性风险映射至结构成因与生物通路，辅助药物化学团队进行先导化合物优化与设计评审。
ADMET预测后解读具体毒性原因
药物设计评审中评估结构修改有效性
生成面向药物化学团队的毒性报告
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-reasoning -g -y
用于预测蛋白质-配体结合亲和力，支持经验评分、MM/GBSA重评分及批量虚拟筛选。将结构信息转化为能量估计值，辅助化合物优先级排序与实验测试验证。
predict binding affinity
estimate Kd
score binding strength
rescore with MM/GBSA
rank compounds by affinity
virtual screening
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill binding-affinity -g -y
依赖关系:
rdkit-pypi
biopython>=1.84
numpy
scipy
提供基于RDKit的Pythonic分子化学信息学工具，涵盖SMILES解析、标准化、描述符计算、指纹生成及3D构象分析等核心功能，支持高效并行处理与多格式数据读写。
需要简化RDKit操作进行药物发现
分子结构标准化或特征提取
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill datamol -g -y
依赖关系:
datamol>=0.12.0
rdkit-pypi>=2024.3.1
用于分子机器学习、药物发现和材料科学的技能。支持加载化学数据、多种分子特征化（指纹、图结构）、训练GNN等传统模型，以及利用预训练模型进行ADMET等属性预测和MoleculeNet基准测试。
需要处理SMILES或SDF格式的分子数据
执行分子性质预测如毒性或溶解度
使用DeepChem进行图神经网络建模
运行MoleculeNet基准数据集实验
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deepchem -g -y
依赖关系:
deepchem>=2.8.0
torch>=2.0.0
numpy>=1.25.0
提供从头药物分子设计工具包，涵盖类似物生成、片段组装、基于结构的SBDD设计、多目标优化及类药性过滤。基于RDKit实现，用于探索化学空间并快速筛选潜在候选药物分子。
需要生成已知先导化合物的结构类似物
基于片段或蛋白质口袋结构从头设计分子
对化合物库进行多目标性质优化和类药性过滤
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill denovo-design -g -y
基于扩散模型的分子对接工具，用于预测蛋白质-配体结合构象及置信度。支持虚拟筛选和结构导向药物设计，需配合评分函数评估亲和力。
预测配体与蛋白质的结合位点
运行分子对接任务
进行化合物库的虚拟筛选
结构导向的药物设计与先导化合物优化
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill diffdock -g -y
端到端药物发现流程编排器，自动串联结构预测、口袋检测、从头设计等步骤，确保执行顺序、输入验证及日志记录。
drug discovery pipeline
find drugs
design drugs
screen compounds
druggability assessment
de novo design
lead optimization
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill drug-design -g -y
依赖关系:
biopython>=1.84
rdkit-pypi
numpy
scipy
基于LLM的自动化假设生成与测试工具，支持从表格数据中系统探索模式、结合文献洞察进行假设验证，适用于欺骗检测等实证研究场景。
需要从观测数据中自动生成科学假设
系统性测试多个竞争性假设
结合文献与数据进行实证分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill hypogenic -g -y
Matchms是用于代谢组学的Python库，支持质谱数据导入、元数据标准化、峰过滤及光谱相似度计算（如余弦相似度），用于化合物鉴定和谱库检索。
进行代谢组学数据分析
比较质谱图谱相似度
从谱库中鉴定未知化合物
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill matchms -g -y
用于药物发现工作流的分子过滤与优先级排序技能。支持应用Lipinski、Veber等类药性规则，检测PAINS及结构警示片段，计算复杂度指标，以高效筛选和评估化合物库的质量。
应用类药性规则（如Lipinski、Veber）筛选化合物库
通过结构警示或PAINS模式过滤分子
为先导优化进行化合物优先级排序
评估化合物的质量及药物化学性质
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill medchem -g -y
