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synthetic-sciences/openscience
GitHub提供Bun环境下的文件读写、扫描及目录操作指南，规范使用Bun APIs与node:fs，适用于后端CLI开发中的文件系统任务。
Install All Skills
npx skills add synthetic-sciences/openscience --all -g -y
Skills in Collection (278)
Showing top 50 of 278 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
提供Bun环境下的文件读写、扫描及目录操作指南，规范使用Bun APIs与node:fs，适用于后端CLI开发中的文件系统任务。
需要读取或写入文件
执行文件扫描或目录操作
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bun-file-io -g -y
AnnData技能用于处理单细胞分析中的注释矩阵数据，支持.h5ad等格式读写、元数据管理及与scverse生态集成。
处理.h5ad文件
单细胞RNA-seq数据分析
管理大型稀疏矩阵数据集
集成scanpy或scvi-tools工具
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill anndata -g -y
Dependencies:
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于自动化管理 Benchling 研发平台，支持通过 SDK/API 操作生物序列注册、库存、电子实验记录及工作流，实现实验室数据管理与外部系统集成。
需要编程访问 Benchling 平台 API 或 SDK
自动化处理 DNA/蛋白质等生物序列注册
管理实验样本与库存转移
创建或查询电子实验记录(ELN)
构建 Benchling 应用或工作流自动化
同步 Benchling 与外部系统数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill benchling-integration -g -y
提供细胞生物学显微图像分析工具，涵盖细胞分割、追踪、形态量化、集落计数及共定位分析等全流程。
需要分割或识别显微镜下的细胞/细胞核
分析时间序列图像中的细胞迁移或颗粒运动
量化细胞形态特征如面积、偏心率
进行多通道荧光图像的蛋白共定位分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioimage-analysis -g -y
提供Python统一接口访问40+生物信息学数据库，支持蛋白质分析、通路挖掘及跨库ID映射。适用于多源生物数据集成与交叉查询工作流。
需要同时查询多个生物数据库（如UniProt和KEGG）
执行跨数据库的标识符转换或映射
进行蛋白质序列检索与功能注释分析
探索代谢通路及基因相互作用网络
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioservices -g -y
提供癌症基因组计算工作流，涵盖体细胞突变检测、结构变异分析、拷贝数变异、肿瘤纯度估算及DNA损伤反应网络分析等核心能力。
处理肿瘤-正常配对的体细胞变异调用
对VCF文件进行注释和过滤
执行拷贝数分析和肿瘤纯度估算
计算肿瘤突变负荷以评估免疫治疗生物标志物
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cancer-genomics-analysis -g -y
用于临床与生理影像数据分析，涵盖扩散MRI、微CT骨形态测量、血流动力学、昼夜节律及纤毛频率等分析。
需要处理DICOM或NIfTI医学影像数据
进行生物信号或生理波形的时间序列分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-imaging -g -y
用于撰写各类临床报告，包括病例、诊断、临床试验及患者文档。支持模板生成、法规合规（HIPAA/FDA）及验证，强制结合科学图表技能增强可视化效果。
撰写临床病例报告
创建诊断报告
准备临床试验研究报告
编写患者SOAP笔记或出院总结
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-reports -g -y
用于基于约束的代谢建模与分析，支持FBA、FVA及基因敲除等模拟，适用于系统生物学和代谢工程研究。
进行基因组规模代谢模型分析
执行通量平衡分析或变异性分析
处理SBML格式代谢模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cobrapy -g -y
提供COSMIC、GTEx、GWAS等生物数据集的访问指南，涵盖数据下载、解析及通路富集分析代码示例，助力计算生物学研究。
需要获取癌症基因组或表达谱数据
进行基因集富集分析或构建蛋白互作网络
查询疾病-基因关联信息
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill curated-bio-datasets -g -y
deepTools技能用于NGS数据分析，支持BAM转bigWig、QC评估（相关性、PCA）、热图/谱图生成及样本比较，适用于ChIP-seq等可视化与分析。
NGS数据分析
BAM转bigWig
ChIP-seq QC
生成热图或谱图
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deeptools -g -y
用于DNAnexus云平台基因组分析的技能，涵盖应用开发、数据管理、工作流执行及dxpy SDK交互，支持生物信息学流程开发与数据处理。
创建或修改DNAnexus应用/小程序
使用dxpy进行数据上传下载和管理
运行和分析基因组工作流
处理FASTQ/BAM/VCF等生物信息文件
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill dnanexus-integration -g -y
ETE Toolkit技能，用于系统发育树分析与操作。支持Newick/NHX等格式读写、拓扑修改、进化事件检测（基因复制/物种形成）、正交/旁系同源识别及可视化，适用于生物信息学研究。
需要解析或修改系统发育树结构
进行基因家族进化事件分析
执行正交群和旁系群鉴定
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill etetoolkit -g -y
提供流式细胞术数据端到端分析工作流，涵盖FCS文件解析、光谱补偿、手动/自动门控策略、免疫分型、CFSE增殖及细胞周期与凋亡分析。
需要处理和分析流式细胞术FCS文件
执行免疫分型或细胞增殖/周期/凋亡定量
应用补偿矩阵或进行自动化门控
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flow-cytometry-analysis -g -y
FlowIO用于解析FCS流式细胞术文件，支持读取元数据、提取事件为NumPy数组及转换为CSV/DataFrame，适用于数据预处理和后端管道。
需要解析FCS文件并提取元数据
将流式细胞术数据转换为NumPy数组或DataFrame
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flowio -g -y
gget 提供统一接口快速查询20+生物信息学数据库，支持基因、结构及富集分析。适用于交互式探索与简单查询，返回JSON/CSV或DataFrame。
需要快速查询基因或蛋白质信息
执行简单的生物数据检索任务
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill gget -g -y
提供蛋白质糖基化位点预测与分析工具，涵盖N-糖基化基序查找和O-糖基化热点预测。使用纯Python实现，辅助生物治疗蛋白设计与突变实验规划。
预测蛋白质序列中的N-糖基化位点
识别O-糖基化热点区域
分析糖蛋白结构与设计
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill glycobiology -g -y
Histolab用于数字病理学中的全切片图像(WSI)处理，包括组织检测、瓦片提取和染色归一化，适用于数据集准备及深度学习预处理。
需要处理全切片图像文件
从WSI中提取组织瓦片
进行数字病理图像预处理
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill histolab -g -y
提供免疫学实验数据的计算分析工具，涵盖ATAC-seq、ELISA拟合、IHC量化及细胞追踪等。
处理ELISA数据并拟合标准曲线
进行ATAC-seq峰值调用与差异分析
量化免疫组化染色强度
从显微镜图像追踪免疫细胞
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill immunology-assays -g -y
用于构建、部署和管理基于 Latch SDK 的生信工作流，支持 Python/Nextflow/Snakemake 集成、云数据管理及 GPU 资源配置。
创建或转换生信流水线
配置工作流计算资源
管理 Latch 云平台数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill latchbio-integration -g -y
提供微生物群体动力学建模与分析工具，涵盖细菌生长曲线拟合、群落动态模拟、随机仿真及生物膜和基因组数据处理。
拟合细菌生长曲线数据
模拟多物种微生物群落相互作用
分析生物膜或CFU实验数据
进行基因组注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill microbial-dynamics -g -y
提供分子克隆模拟与设计工具，涵盖PCR引物设计、酶切模拟、Golden Gate/Gibson组装规划、CRISPR sgRNA设计及质粒注释。基于Biopython实现序列分析与热力学计算，辅助实验方案规划。
设计PCR引物或预测扩增子
模拟限制性内切酶消化
规划Golden Gate或Gibson组装
设计CRISPR sgRNA并评估脱靶风险
生成或注释质粒图谱
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill molecular-cloning -g -y
NeuroKit2 是用于生理信号（ECG、EEG、EDA等）处理的Python工具包，提供清洗、特征提取及HRV等分析功能。适用于生物医学研究、临床分析及人机交互场景中的多模态生理数据处理。
处理心电图或脉搏波信号
分析脑电或肌电信号
计算心率变异性指标
进行生理信号复杂度和熵分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neurokit2 -g -y
用于Neuropixels神经记录分析的工具包，支持SpikeGLX/OpenEphys数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4脉冲排序及质量指标计算。
处理Neuropixels神经记录数据
执行脉冲排序或质量控制
加载SpikeGLX或Open Ephys格式数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neuropixels-analysis -g -y
提供OMERO显微镜数据管理平台的Python API集成能力，涵盖连接管理、数据检索、元数据与标注处理、像素分析、ROI管理及批量脚本执行，适用于生物成像和高通量筛选工作流。
使用omero-py访问显微镜数据
程序化获取图像或数据集
分析像素数据并创建衍生图像
管理感兴趣区域(ROIs)和标注
执行高通量筛选分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill omero-integration -g -y
用于编写Opentrons机器人Protocol API v2协议的技能，涵盖Flex和OT-2硬件控制、液体处理自动化、模块管理及复杂移液流程实现。
编写Opentrons Protocol API v2协议
自动化液体处理工作流
控制温度或磁吸等硬件模块
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill opentrons-integration -g -y
PathML是计算病理学工具包，支持WSI加载、预处理、核分割、空间图构建及ML模型训练，适用于多参数成像数据分析。
处理全切片病理图像(WSI)
进行细胞核分割或分类
训练病理数据机器学习模型
分析CODEX等多参数成像数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pathml -g -y
提供药理学湿实验数据的计算分析工具，涵盖Western blot定量、肿瘤生长抑制分析、药物稳定性建模、生物分布及剂量估算等。
分析Western blot图像蛋白表达量
计算IC50/EC50剂量反应曲线
评估药物加速稳定性数据
进行MIRD剂量测定或不良事件分级
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pharmacology-wetlab -g -y
提供protocols.io API v3集成能力，支持协议搜索、创建、更新、发布及步骤管理。涵盖认证、协作讨论、文件上传、工作区组织及实验跟踪等功能，适用于科学协议管理与开发流程自动化。
需要搜索或发现现有科学协议
创建、编辑或发布科学协议文档
管理协议相关的讨论与评论
上传文件到协议或管理工作区
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill protocolsio-integration -g -y
用于执行批量RNA-seq数据的差异表达分析。支持从数据加载、过滤到Wald检验及多重校正的完整流程，可生成火山图和MA图，适用于单因素或多因素实验设计，实现Python环境下的基因表达差异识别。
进行RNA-seq差异表达分析
比较不同实验条件下的基因表达
提及DESeq2或PyDESeq2
需要处理批次效应或协变量的多因素设计
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pydeseq2 -g -y
PyHealth是医疗AI工具包，用于处理EHR数据、临床预测任务（如死亡率预测）、医学编码及生理信号。提供标准化数据集接口、33+模型及5阶段流水线，支持模型训练、评估与部署，提升数据处理效率。
处理电子健康记录或MIMIC等医疗数据集
开发临床预测模型（死亡率、再入院等）
实现基于深度学习的医疗AI应用
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pyhealth -g -y
PyLabRobot是跨平台Python实验室自动化框架，提供统一接口控制移液、读数及温控等设备。适用于多品牌硬件集成、复杂实验流程编排及协议仿真，实现自动化实验室管理。
需要控制多种品牌的实验室自动化设备
编写跨平台的液体处理或分析测量协议
在物理运行前仿真测试实验流程
集成移液工作站与读数仪等多设备协同工作
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pylabrobot -g -y
用于生物信息学数据处理，支持读取和写入SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件及FASTA/FASTQ序列。提供区域提取、覆盖度计算等功能，适用于NGS数据分析和流水线开发。
处理测序比对文件（BAM/CRAM）
分析遗传变异（VCF/BCF）
提取参考序列或基因区域
处理原始测序数据（FASTQ）
计算覆盖度或读深
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pysam -g -y
用于单细胞RNA测序数据分析的Python工具包，涵盖数据加载、质控、标准化、降维、聚类、差异表达及可视化等完整工作流。
单细胞RNA-seq数据分析
scRNA-seq数据质控与过滤
UMAP/t-SNE/PCA降维可视化
细胞聚类与标记基因识别
拟时序分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scanpy -g -y
Dependencies:
scanpy>=1.10.0
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于生物信息学分析的Python库技能，涵盖序列处理、比对、系统发育、微生物组多样性计算及统计检验。
生物序列（DNA/RNA/蛋白）操作
多序列比对与文件读写
微生物组多样性分析
系统发育树构建与分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-bio -g -y
用于Python生存分析和时间事件建模的工具包，支持删失数据处理、Cox模型、随机生存森林等算法的拟合与评估。
进行生存分析或时间事件建模
处理删失数据
拟合Cox比例风险模型
构建集成生存模型如随机生存森林
评估生存预测性能
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-survival -g -y
用于单细胞组学数据的深度生成模型框架，支持scRNA-seq、ATAC-seq及多模态整合分析。提供批次校正、差异表达、细胞注释等高级建模功能。
需要单细胞数据批次校正或整合
进行多模态单细胞数据分析
执行单细胞差异表达或细胞类型注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scvi-tools -g -y
提供合成生物学设计与仿真工具，涵盖密码子优化、基因回路ODE建模、SBML模型创建、双稳态分析及条形码测序数据分析等，辅助实验设计。
进行基因序列的异源表达优化
模拟基因回路动力学行为
创建或验证生物网络SBML模型
分析合成回路的双稳态特性
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill synthetic-biology -g -y
生成符合HIPAA规范的 concise 医疗治疗计划，涵盖多专科、SMART目标及LaTeX排版。强制集成科学示意图技能以增强可视化。
需要生成临床治疗计划文档
创建康复或慢性病管理方案
撰写精神健康或围手术期护理计划
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill treatment-plans -g -y
提供基于RDKit和ML模型的ADMET性质预测工具，涵盖药代动力学、毒性和类药性评估，支持批量分析与交通灯分类，用于药物发现早期的化合物筛选与优化。
需要预测化合物的ADMET性质
进行药物候选物的毒性筛查
评估分子的类药性指标
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-prediction -g -y
提供可解释的ADMET分析，将毒性风险映射至结构成因与生物通路，辅助药物化学团队进行先导化合物优化和毒性评估。
ADMET预测后解读风险原因
先导化合物优化规划
生成可解释的毒性报告
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-reasoning -g -y
基于ML与物理模型预测蛋白-配体结合亲和力，支持经验打分、MM/GBSA重评分及批量虚拟筛选。提供多方法共识排名，辅助化合物优先级排序，输出为计算估计值而非实验验证结果。
predict binding affinity
estimate Kd
score binding strength
rescore with MM/GBSA
rank compounds by affinity
virtual screening
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill binding-affinity -g -y
Dependencies:
rdkit-pypi
biopython>=1.84
numpy
scipy
Datamol技能提供RDKit的Pythonic封装，用于药物发现中的分子处理、标准化、描述符计算、指纹生成及3D构象分析。支持多种化学格式转换与批量并行处理，返回原生Mol对象以兼容RDKit生态。
需要进行分子结构解析或SMILES转换
需要计算分子描述符或指纹
需要对化合物数据集进行标准化或清洗
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill datamol -g -y
Dependencies:
datamol>=0.12.0
rdkit-pypi>=2024.3.1
DeepChem技能用于分子机器学习，支持化学、材料科学及生物领域的分子数据处理、特征工程（指纹、图表示）、模型训练（GNN、传统ML）及属性预测（ADMET、毒性等）。
分子数据加载与预处理
分子性质预测如ADMET或毒性
使用MoleculeNet基准数据集进行实验
构建分子图神经网络模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deepchem -g -y
Dependencies:
deepchem>=2.8.0
torch>=2.0.0
numpy>=1.25.0
提供从头药物设计工具包，支持基于骨架、片段、结构及多目标优化的分子生成与筛选。
需要生成新的候选药物分子结构
对已知先导化合物进行类似物枚举或优化
基于蛋白质口袋进行结构对接设计
筛选化合物库以评估类药性
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill denovo-design -g -y
基于扩散模型预测蛋白质-配体结合构象与置信度，支持虚拟筛选。用于结构导向药物设计，需配合评分函数评估亲和力。
预测配体结合位点
运行分子对接
化合物库虚拟筛选
结构导向药物设计
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill diffdock -g -y
端到端药物发现流程编排器，自动串联结构预测、口袋检测、从头设计等阶段，确保执行顺序、输入输出验证及日志记录，支持多种药物研发模式。
drug discovery pipeline
find drugs
design drugs
screen compounds
druggability assessment
de novo design
lead optimization
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill drug-design -g -y
Dependencies:
biopython>=1.84
rdkit-pypi
numpy
scipy
基于LLM的自动化假设生成与测试工具，用于表格数据探索、文献整合及科学发现加速。
从观测数据集生成科学假设
系统性测试竞争性假设
结合文献洞察与实证模式
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill hypogenic -g -y
Matchms是质谱数据处理与分析的Python库，支持多格式导入导出、光谱过滤标准化及相似度计算。用于代谢组学中的化合物鉴定和谱图匹配，适用于构建可重复的分析工作流。
进行质谱数据预处理或标准化
计算光谱相似度以鉴定未知化合物
在代谢组学研究中搜索光谱库
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill matchms -g -y
用于药物发现中的分子过滤与优先级排序。应用类药性规则（Lipinski, Veber等）、PAINS及结构警报，评估化合物质量并检测问题官能团，支持批量并行处理。
应用类药性规则筛选化合物库
通过结构警报或PAINS模式过滤分子
为先导优化评估化合物质量
计算分子复杂度指标
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill medchem -g -y
