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GitHub通过 ColabFold runner 调用 AlphaFold2/AF2-Multimer 预测蛋白质单体及复合体结构，利用 MMseqs2 生成 MSA，评估 pLDDT/ipTM/RMSD 等指标以验证序列设计。
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Skills in Collection (25)
通过 ColabFold runner 调用 AlphaFold2/AF2-Multimer 预测蛋白质单体及复合体结构，利用 MMseqs2 生成 MSA，评估 pLDDT/ipTM/RMSD 等指标以验证序列设计。
需要预测蛋白质三维结构
验证设计的蛋白质序列稳定性
分析蛋白质-蛋白质相互作用界面
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用于蛋白质、核酸及小分子复合物的结构预测与结合亲和力评估，是 AlphaFold3 的开源替代方案。
验证设计的结合蛋白
蛋白质与小分子的共折叠
获取开源 AlphaFold3 替代方案
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基于DNA序列预测基因组功能轨迹（如RNA-seq、ChIP等），用于评估变异调控效应、生成覆盖轨迹及优先排序非编码变异。
根据DNA序列预测基因组功能轨迹
评估遗传变异的调控效应
为非编码变异进行优先级排序
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Chai-1用于蛋白质、核酸和小分子复合物的结构预测。支持从FASTA文件生成3D结构，可作为AlphaFold的替代方案，适用于抗体抗原复合物、结合蛋白重折叠及GPU批量共折叠任务。
需要预测蛋白质-配体或抗体-抗原复合物结构
使用Python脚本进行生物大分子批量结构预测
作为AlphaFold的多聚体替代方案进行结构折叠
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为 Open Science SSH 计算主机准备可复现的软件环境定义和激活指令，验证包、模块及缓存配置，确保远程作业能正确加载所需依赖。
需要配置远程计算环境的软件包或模块
生成可重复的环境激活脚本
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用于通过对话创建、管理 Specialist 智能体或发布、修订、删除 Skill。路由至内部 skill-creator 处理 Skill 生命周期，使用 host.agents SDK 管理 Specialist 状态与关联。
创建或管理 Specialist 智能体
创建、修订、发布或删除 Skill
将 Skill 绑定到 Specialist
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基于DiffDock-L的盲扩散对接工具，用于将小分子配体放置到蛋白质口袋中并生成排名靠前的3D构象。适用于从SMILES或SDF对接PDB文件、生成片段库构象或为下游重评分提供初始构象。
需要预测小分子与蛋白质的结合构象
对SMILES或SDF格式的配体进行分子对接
获取用于后续自由能计算的初始蛋白-配体复合物结构
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用于管理 Notebook 运行时环境的技能，处理缺失包安装、版本检查及 Python/R 环境路由。通过 manage_packages 工具统一安装包，禁止在单元格内直接安装，确保依赖正确配置和内核重启。
Notebook 运行因 ImportError 或 ModuleNotFoundError 失败
需要检查已安装包的具体版本
需要为 Notebook 运行时安装或添加 Python/R 包
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基于Evo2基因组大模型，提供DNA序列打分、嵌入及生成能力，用于变异效应评估和调控区域分析。
计算DNA序列的对数似然概率
生成或编辑DNA序列
进行基因组变异的效应评分
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使用 Meta ESM-2 模型提取蛋白质嵌入、进行突变效应评分及接触预测。支持本地 GPU 运行与远程计算，适用于下游机器学习任务中的序列表示学习。
需要蛋白质序列嵌入向量
评估氨基酸突变对蛋白质的影响
从序列预测蛋白质接触图
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用于生成出版级多面板图表的工作流，从声明和数据版本规划12列网格，委托子代理绘制各面板，并通过对抗性审查循环优化结果。
需要生成高质量多面板科学图表
基于单一声明和数据版本编排图表结构
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提供出版级科学图表的规范，确保最终交付数据的准确性、可读性与一致性。涵盖数据保真、标签精简、颜色设计及布局等规则，适用于报告或论文中的最终图表，排除探索性绘图。
生成用于报告、论文或归档的最终版科学图表
对已绘制的图表进行发布前质量检查与修正
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生成治疗适应症档案，涵盖患者群体、流行病学、疾病生物学、标准护理及监管 precedent。通过多阶段流程收集证据并输出结构化报告，支持可恢复的工作点文件管理。
需要生成特定适应症的完整研究档案
进行临床试验设计前的背景调研
查询患者群体特征与标准护理方案
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LigandMPNN技能用于在配体、核酸或金属存在下进行蛋白质骨架的反向折叠设计，支持结合口袋及金属配位位点的序列优化，并生成带置信度的PDB和FASTA文件。
需要针对含配体或金属的复合物进行蛋白质序列重新设计
需要将设计的序列映射回原始结构并输出PDB文件
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用于查找、验证和综合科学文献的技能，涵盖从特定论文检索到多源综述生成。强调基于真实来源 grounding，避免伪造引用，处理撤稿并校准证据置信度。
询问某领域的奠基性论文
需要多源科学文献综述
验证文献引用真实性
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基于OpenFold3进行蛋白质、核酸及配体复合物结构预测的AI技能，支持通过JSON输入序列并生成三维结构模型。
需要预测蛋白质或复合物的三维结构
执行AlphaFold3风格的结构生物学计算任务
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用于评估和重塑论文图表叙事逻辑的工作流。基于稿件、摘要和图注生成结构化简报，审查图表序列的故事线连贯性，并输出有序的图表弧线供后续组件使用。
撰写或修改论文时重构图表故事
作为处理编辑审查完整图表集
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基于 ProteinMPNN 模型，根据蛋白质骨架结构逆向设计氨基酸序列。支持单链重构、界面固定及温度扫描，适用于 RFdiffusion 后处理及结合位点设计。
需要根据 PDB 结构生成氨基酸序列
进行蛋白质骨架的逆向折叠设计
在保持界面残基固定的情况下重新设计蛋白质链
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提供SSH远程计算能力，支持GPU、高内存等场景。涵盖主机发现、短命令执行及Slurm异步作业生命周期管理（提交、快照、收获与分析）。
需要SSH远程执行命令
提交Slurm异步作业
评估远程计算资源可用性
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利用scGPT单细胞基础模型对单细胞表达数据进行嵌入、聚类、整合及细胞类型注释。支持零样本或微调，并提供基因级表示以用于扰动和GRN任务，适用于生物信息学数据分析流程。
需要生成单细胞数据的嵌入向量
执行单细胞类型的自动注释
进行基因水平的特征表示分析
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用于单细胞RNA测序数据分析的深度学习工具包，支持批次校正、半监督标签迁移及差异表达分析。
单细胞数据批次校正
细胞类型标注迁移
单细胞差异表达分析
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指导Agent在JS REPL中通过host.capabilities()安全探测可用API，定位文件、会话或帧数据，实现环境感知与功能发现。
需要发现当前项目可用的Host API
定位特定Artifact或Upload Version
诊断Session状态
读取Frame转录内容
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用于创建、编辑、验证和发布 Open Science 技能包的工具。支持通过 JavaScript REPL 管理技能生命周期，涵盖意图捕获、草稿编写、审查及发布等全流程操作。
用户希望创建新的可复用工作流或技能包
用户需要修改现有技能包的逻辑或内容
用户要求对技能进行测试用例设计或基准评估
用户希望优化技能的触发条件或提升技能质量
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利用 SolubleMPNN 对蛋白质骨架进行逆向折叠，生成偏向可溶性表达且减少聚集的序列。适用于解决原蛋白聚集问题或优化大肠杆菌表达场景。
vanilla ProteinMPNN 生成的序列发生聚集
需要优化蛋白质的可溶性表达
设计用于大肠杆菌表达的序列
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用于预测蛋白质、核酸及配体复合物的三维结构，支持单序列与MSA模式。提供ESMC嵌入、突变评分等功能，适用于生物分子设计验证与结构生物学研究。
预测复合物三维结构
获取ESMC嵌入或突变评分
验证设计的结合蛋白
运行带有MSA输入的结构预测
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