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K-Dense-AI/scientific-agent-skills
GitHub用于通过API和Python SDK设计、提交蛋白质实验并获取结果。适用于蛋白筛选、结合测定及序列表征等生物实验场景。
安装全部 Skills
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集合内 Skills (161)
按质量分展示前 50 个（共 161 个），完整列表请用安装命令预览或逐个打开详情。
用于通过API和Python SDK设计、提交蛋白质实验并获取结果。适用于蛋白筛选、结合测定及序列表征等生物实验场景。
提及 Adaptyv、Foundry API 或蛋白实验设计
导入 adaptyv 模块或引用 FoundryClient
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用于时间序列机器学习任务的技能，涵盖分类、回归、聚类、预测及异常检测等。提供基于scikit-learn兼容API的算法，适用于时序数据分析和模式识别。
时间序列分类或回归任务
时序异常检测与预测
时间序列聚类与相似度搜索
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处理单细胞基因组标注矩阵数据的技能，支持创建、读写h5ad/zarr格式文件及数据集成。
处理.h5ad或.zarr文件
单细胞RNA-seq数据分析
管理带元数据的稀疏矩阵
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Arboreto 是基于 Python 的基因调控网络推断库，利用 GRNBoost2 和 GENIE3 算法从转录组数据中识别 TF-靶基因关系。支持分布式计算以处理大规模单细胞或批量 RNA-seq 数据。
分析转录组表达数据
构建基因调控网络
识别转录因子与靶基因关系
使用 GRNBoost2 或 GENIE3 进行网络推断
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Astropy是用于天文学和天体物理学的Python核心库，提供单位、坐标、FITS文件处理、宇宙学计算及时间系统等功能，适用于天文数据分析与开发。
进行天体坐标转换或计算
处理物理单位与数量换算
读写或操作FITS天文数据文件
执行宇宙学距离或红移计算
处理不同时间尺度的天文时间
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集成Benchling平台SDK与API，实现生命科学研究数据自动化。支持注册实体、库存、电子实验记录本、工作流及数据仓库查询，适用于实验室数据同步与分析场景。
需要管理Benchling中的生物序列或库存
自动化电子实验记录本操作
构建Benchling工作流或应用
查询Benchling数据仓库
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通过BGPT MCP服务器搜索科学论文，获取包含方法、结果等25+字段的结构化全文数据。适用于文献综述、证据综合及实验细节检索。
进行系统或范围文献综述
查找特定实验细节和定量结果
比较不同研究的方法论
构建荟萃分析或临床指南的证据表
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处理脑成像数据标准(BIDS)数据集，包括组织神经科学数据、查询布局、验证合规性、DICOM转换及编写元数据。
组织BIDS兼容目录结构
验证数据集合规性
DICOM转BIDS格式
查询BIDS数据集文件
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Biopython是Python分子生物学计算工具包，用于序列处理、文件解析（FASTA/GenBank/PDB）、NCBI数据库访问及BLAST自动化。适用于生物信息学流水线开发、批量数据处理及结构分析等科研任务。
生物序列分析与处理
读取或转换FASTA/GenBank/PDB格式文件
通过Entrez访问NCBI数据库
执行或解析BLAST搜索结果
构建或分析系统发育树
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提供Python统一接口访问40+生物信息学数据库，支持蛋白质分析、通路挖掘、ID映射及多源数据集成。
查询多个生物数据库
跨数据库ID映射
蛋白质序列检索
代谢通路分析
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用于通过 API 查询 CZ CELLxGENE Census 中的单细胞和空间转录组数据，支持按细胞类型、组织等筛选元数据和基因表达矩阵，便于大规模数据分析与模型训练。
需要查询公共单细胞数据集的元数据或基因表达
进行大规模单细胞数据的统计分析或机器学习预处理
获取空间转录组数据或嵌入向量
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用于基于 Google Cirq 框架构建、模拟和优化量子电路，支持在 Google Quantum AI 及合作后端运行作业，进行噪声建模和硬件适配。
使用 Cirq 构建或优化 NISQ 电路
在 Google Quantum AI 处理器上运行任务
对量子电路进行噪声建模或编译
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用于学术研究的文献引用管理，支持搜索OpenAlex、PubMed等数据库，提取元数据，验证引用准确性并生成BibTeX条目。
搜索学术论文
将DOI转换为BibTeX
验证引用信息准确性
构建参考文献列表
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生成临床决策支持系统的研究评估、证据档案及治理文档。严格限定于合成或聚合数据，禁止用于患者护理、诊断或实时操作，确保合规性与可追溯性。
需要生成临床研究评估报告
准备合成人群数据的治理文档
编写证据透明度检查清单
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用于生成临床报告草稿结构、聚合表及审查清单的 Skill。严格限定于合成或去标识数据，执行本地确定性检查以确保结构一致性与溯源，禁止临床诊断或合规决策，所有输出需经专业审核。
需要创建临床试验结果稿件或 CSR 草稿
生成聚合安全性表格或研究报告摘要
请求构建诊断报告或病例报告的骨架结构
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用于约束基础代谢模型分析与重建，支持加载导出SBML等格式模型、执行FBA/FVA通量模拟及基因敲除筛选，适用于系统生物学与代谢工程研究。
进行基因组规模代谢模型的加载或构建
执行FBA、FVA或通量采样等计算模拟
设计优化培养基或进行基因/反应敲除分析
处理不可行模型的Gap-filling或一致性验证
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用于处理超出内存限制的 Pandas/NumPy 工作流，支持单机并行或集群分布式计算。适用于大规模数据 ETL、文件批量处理及分布式机器学习任务。
数据集超过可用 RAM
需要扩展 Pandas 或 NumPy 操作规模
通过并行化提升计算性能
高效处理多个文件
在多台机器上分布负载
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用于查询公开数据库API以获取可复现事实。通过选择权威库、构造过滤条件、执行分页调用并验证数据完整性，返回带有来源证明的结构化结果，适用于科学、监管等领域的精准数据检索。
需要从特定数据库获取事实性数据
要求提供数据来源和可复现性证明
涉及生物医学或金融等专业领域的数据查询
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datamol是RDKit的Pythonic封装库，提供分子格式转换、标准化、描述符计算、指纹生成、3D构象分析及并行处理等功能，简化药物发现中的化学信息学操作。
需要简化RDKit进行分子数据处理
执行药物发现相关的化学信息学任务
进行分子标准化或指纹计算
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用于化学、材料科学和生物学的分子机器学习库，支持分子数据处理、特征工程、GNN模型训练及ADMET等属性预测。
进行分子性质预测如ADMET或毒性分析
加载和处理分子数据如SMILES或SDF文件
使用MoleculeNet基准数据集进行实验
训练图神经网络处理分子结构
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基于H&E组织病理学图像生成虚拟空间转录组数据的AI模型工具。支持按基因符号查询表达量，适用于单细胞及全切片分析。
需要生成空间基因表达数据
进行数字病理学的多模态分析
从H&E切片预测虚拟转录组
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用于NGS数据分析的工具集，支持BAM转bigWig、QC评估、样本比对及ChIP-seq/RNA-seq/ATAC-seq可视化。
NGS数据质量控制
BAM转bigWig转换
ChIP-seq或RNA-seq分析
生成热图或profile图
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查询DepMap癌症依赖图谱数据，获取基因依赖性评分、药物敏感性等，用于识别癌症特异性脆弱点、合成致死相互作用及验证肿瘤药物靶点。
验证特定突变基因在癌细胞系中的生存必要性
发现预测基因敲除敏感性的生物标志物
寻找合成致死相互作用
分析细胞系对化合物的响应特征
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基于扩散模型的分子对接工具，用于预测小分子配体与蛋白靶点的3D结合构象及置信度。支持PDB/序列输入、单样本或批量虚拟筛选，适用于结构导向药物发现，不直接预测结合亲和力。
分子对接任务
蛋白质-配体结合位点预测
化合物库虚拟筛选
药物发现中的构象预测
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用于构建和运行 DNAnexus 基因组工作负载，涵盖 CLI、dxpy、Applets 及工作流集成。提供安全操作规范、认证安装及预检流程，确保数据合规与自动化执行。
需要操作 DNAnexus 平台资源
构建或调试基因组分析工作流
使用 dx CLI 或 dxpy 进行自动化脚本开发
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提供ESM Python SDK使用指南，涵盖ESM3序列生成、结构预测及ESMC嵌入提取。适用于蛋白质设计、折叠分析及生物信息学数据处理任务。
需要生成或修改蛋白质序列
进行蛋白质结构预测或逆折叠
调用ESM3或ESMC模型API
获取蛋白质高维嵌入向量
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用于分析、操作、比较和可视化系统发育树。支持Newick/Nexus读写、拓扑编辑、进化事件分析及分类学查询，不用于序列比对或建树。
处理系统发育树文件
比较树拓扑结构
可视化进化树
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对受支持的本地科学数据文件进行受限的探索性数据分析，涵盖缺失值审计、异常值检测及报告生成，强调安全边界与确定性输出。
需要对CSV/TSV/JSON等数据进行探索性分析
需要检查HDF5或生物序列文件的元数据
需要进行数据完整性与异常值审计
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FlowIO 是用于读取和写入流式细胞术标准（FCS）文件的轻量级工具，支持元数据检查、事件提取及文件创建。适用于低层级数据处理与下游分析准备，不涉及补偿或分群等高级分析任务。
需要读取 FCS 2.0/3.0/3.1 文件
检查 FCS 文件的元数据和通道信息
将 FCS 事件数据转换为 NumPy 数组
创建新的 FCS 3.1 文件
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用于规划、配置和验证FluidSim流体力学模拟的Skill，涵盖求解器选择、参数审查、资源估算及MPI设置，确保数值有效性与HPC安全。
配置流体力学模拟参数
检查HPC资源限制与CFL条件
设置FFT/MPI环境
验证数值收敛性
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通过 OpenRouter API 调用多种 AI 模型生成或编辑图像，支持照片、插画、Logo 及参考图合成等视觉资产创作。
需要生成图片
需要编辑现有图片
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Geniml技能用于基因组区间集的机器学习工作流，涵盖BED验证、模型兼容性检查及实验规划。强调本地安全操作、环境复现及数据隐私保护。
需要验证基因组BED文件或universe合约
计划Region2Vec或scEmbed运行
检查模型与tokenizer兼容性
评估共识universe
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提供GeoPandas 1.1.4的Python地理数据处理工作流指南，涵盖环境配置、安全隐私规范及几何数据正确性校验规则。
使用GeoPandas进行矢量数据处理
执行空间操作或GIS数据I/O
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检测当前进程可用的 CPU、内存、磁盘及加速器等资源限制，生成保守的 JSON 快照以支持资源感知规划。遵循安全契约，不进行压力测试或硬件推断，确保隐私与准确性。
用户请求资源感知规划
执行资源敏感型本地工作负载前
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gget是生物信息学CLI工具，提供统一接口查询20+基因、序列、结构及表达数据库。支持快速交互式探索与简单查询，适用于基因信息检索、BLAST分析及病毒数据下载等科研场景。
需要快速查询基因或蛋白质信息
执行简单的生物序列比对分析
获取单细胞或组织表达数据
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用于蛋白质糖基化分析与工程，扫描N-糖基化位点，预测O-糖基化热点，辅助抗体优化、疫苗设计及药物靶点分析。
抗体工程
治疗性蛋白设计
疫苗抗原设计
生物类似药表征
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提供基因组区间模型、集合运算及参考序列处理的本地工具集，涵盖Python绑定、Rust实现与CLI。强调安全安装、依赖锁定与原生代码信任审查，用于生物信息学数据分析任务。
需要处理基因组区间重叠或计数
安装含原生扩展的Python包
生物信息学数据预处理
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Histolab是用于数字病理全切片图像处理的Python库，自动化组织检测、瓦片提取及染色归一化，支持多格式WSI，适用于数据集准备和深度学习预处理。
需要处理全切片图像(WSI)
进行数字病理数据预处理
执行组织区域检测与分割
从大图提取指定大小的瓦片
对H&E图像进行染色归一化
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用于ChicagoHAI HypoGeniC软件包的使用规划与审计，涵盖本地配置验证、数据集检查及成本预算，严禁自动调用模型。
使用hypogenic包或任务配置
管理假设库或HypoBench数据集
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用于将观察转化为透明、可检验的研究计划，生成假设、竞争解释、预测及预注册分析方案。强调区分概念与证据，严格遵守安全与伦理边界，防止将假设视为既定事实或提供临床/危险建议。
将初步发现转化为研究计划
生成可检验的科学假设
制定预注册分析方案
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用于查询和下载NCI公共癌症影像数据，支持元数据检索、文件下载及可视化。提供多种访问路径以优化资源使用，无需认证即可获取IDC数据集信息。
查询癌症影像数据集元数据
下载DICOM影像文件
检查数据许可证或版本
获取影像可视化链接
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基于Nano Banana Pro AI生成专业信息图，集成Perplexity研究数据与Gemini质量审查。支持多类型、风格及无障碍配色，通过智能迭代确保输出达到预设质量阈值，无需设计技能即可快速制作高质量可视化内容。
需要生成营销或报告类信息图
要求包含最新统计数据的信息图
需要无障碍配色方案的信息图
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用于设计实验室硬件的CAD技能，通过Python参数化建模生成STEP/STL/DXF文件，确保与标准设备精确配合。
设计实验室硬件部件
导出制造就绪文件
检查或修改现有STEP文件
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用于安全集成 LabArchives ELN 和 Inventory API，涵盖区域端点选择、签名请求构建、用户授权及容器验证等流程。
需要对接 LabArchives 实验记录本或库存系统
处理 LabArchives API 的认证与签名逻辑
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用于管理生物数据集与模型的生命周期，涵盖数据注册、查询、谱系追踪、验证及FAIR合规性，支持多格式存储与工作流集成。
管理生物组学数据（如scRNA-seq）
追踪计算工作流与实验谱系
进行数据验证与本体标注
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用于在 Latch 平台构建、注册、调试和操作生物信息学工作流的技能，支持 Python SDK、Nextflow、Snakemake 及数据管理。
创建或维护 Python SDK 工作流和任务图
打包并注册 Nextflow 或 Snakemake 管道
配置 CPU、内存、存储等资源限制
使用 Latch Data 进行文件操作
读取或更新 Latch Registry 项目
设计工作流表单和启动计划
通过 CLI 或 MCP 启动和监控工作流
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提供使用LaTeX制作专业学术海报的指南，涵盖beamerposter等工具、布局设计及AI视觉元素生成规范，适用于会议展示与科研交流。
创建会议或学术会议海报
将研究论文转换为海报格式
设计符合特定尺寸要求的学术海报
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本地文档解析工具，支持PDF、Office及图像的文件格式转换与OCR。提供带边界框的空间文本提取和页面截图输出，适用于RAG布局感知、多模态代理及批量文献处理，无需云端依赖。
需要本地快速解析PDF或Office文件
需要获取文本的边界框坐标用于RAG或定位
需要对扫描版文档或图片进行OCR识别
需要生成页面PNG截图供多模态模型使用
需要批量导入论文文件夹或协议库
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执行系统性的文献综述，涵盖多数据库检索、结果综合、引文验证及专业文档生成。适用于学术研究、元分析及论文撰写，强制包含AI生成的科学示意图以增强可视化效果。
进行系统性文献综述
撰写研究论文的文献综述部分
执行元分析或范围综述
跨学科领域综合现有知识
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规范使用Markdown和Mermaid进行科学文档、报告及可视化创作，确立文本图表为版本控制标准。适用于创建技术文档、流程图及关系图，提升Git协作效率与AI解析能力。
需要创建科学文档或分析报告
要求绘制流程图、架构图等可视化图表
编写README或项目文档
请求将内容转换为Markdown格式
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