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Runchuan-BU/BioClaw
GitHub为BioClaw容器添加Python专属绘图技能，提供publication-quality图表指导及seaborn参考。仅生成SKILL.md和参考资料，不修改应用源码或Dockerfile，确保容器内可调用高质量绘图指南。
Install All Skills
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --all -g -y
Skills in Collection (39)
为BioClaw容器添加Python专属绘图技能，提供publication-quality图表指导及seaborn参考。仅生成SKILL.md和参考资料，不修改应用源码或Dockerfile，确保容器内可调用高质量绘图指南。
用户需要在Agent容器中获取Python绘图指导
需要添加Seaborn/matplotlib参考文档
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-figure -g -y
为BioClaw添加Gmail集成，支持工具模式（WhatsApp触发读写邮件）和渠道模式（邮件触发Agent及回复）。引导用户完成GCP OAuth配置、凭证下载与验证，实现邮件自动化交互。
需要集成Gmail功能
配置GCP OAuth凭证
设置邮件自动化流程
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-gmail -g -y
用于在BioClaw环境中审计或安装八个生物信息学运行时技能包，确保目录结构和文件布局符合同步要求，无需修改源代码。
用户希望增强内置的生物信息学分析指导
需要验证或刷新容器内的技能文件夹结构
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-omics-runtime-pack -g -y
为 Telegram 添加 Agent Swarm 支持，使子代理拥有独立机器人身份。需先配置基础 Telegram，再创建池化 Bot 并修改代码实现动态分配与消息发送。
agent swarm
agent teams telegram
telegram swarm
bot pool
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram-swarm -g -y
指导用户为BioClaw系统添加Telegram消息通道，包括安装依赖、创建Bot及获取Chat ID等配置步骤。支持替换WhatsApp或并行运行，并可配置为控制或通知模式。
需要集成新的消息渠道
配置Telegram Bot连接
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram -g -y
为WhatsApp机器人添加语音消息转录功能，通过OpenAI Whisper API将音频转为文本，使Agent能读取和回复语音内容。
需要处理WhatsApp语音消息
集成OpenAI Whisper进行语音转文字
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-voice-transcription -g -y
将 BioClaw 从 macOS 专属的 Apple Container 迁移至 Docker，以支持跨平台部署。涵盖容器运行时切换、挂载语法更新及启动检查适配，实现 Linux/macOS 兼容。
docker
linux support
convert to docker
cross-platform
replace apple container
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill convert-to-docker -g -y
指导用户为BioClaw添加新功能或修改行为，如新增消息通道、MCP集成、命令及部署配置。通过交互式提问明确需求，直接修改代码实现定制。
用户希望添加新的消息输入渠道
需要修改助手行为或集成第三方服务
调整部署环境或配置
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill customize -g -y
用于调试容器化 Agent 执行系统，涵盖架构解析、日志定位、环境变量配置及常见故障（如认证失败、权限问题）的排查指南。
容器启动失败
认证或 API Key 错误
环境变量未生效
需要查看详细运行日志
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill debug -g -y
用于自动执行BioClaw项目的初始化配置，包括安装依赖、检测并配置容器运行时（Docker或Apple Container）、设置Claude认证及WhatsApp渠道注册，引导用户完成首次环境搭建。
setup
install
configure bioclaw
first-time setup requests
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill setup -g -y
用于通过 WhatsApp 自动化浏览器操作 X (Twitter) 功能，支持发帖、点赞、回复等。涵盖环境配置、依赖安装及服务部署流程。
setup x
x integration
twitter
post tweet
tweet
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill x-integration -g -y
提供浏览器自动化能力，支持网页导航、DOM快照分析、元素交互（点击/填表）、数据提取及截图。适用于Web应用测试、表单填写、信息抓取及前端页面验证等场景。
需要浏览或操作网页
进行Web功能测试
从网站提取结构化数据
填写在线表单
获取页面截图
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill agent-browser -g -y
用于批量ATAC-seq数据分析，涵盖QC质控、MACS3峰调用、共识矩阵构建、差异可及性分析及motif/footprint后续分析。
需要进行ATAC-seq数据质控
执行peak calling或差异可及性分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill atac-seq -g -y
提供生物信息学工具参考，涵盖序列搜索、比对、质控及基因组分析等命令行操作与Python脚本示例，辅助进行生物学研究。
执行生物信息学数据分析任务
查询BLAST、BWA、Bedtools等生物工具用法
生成生物相关图表或处理序列文件
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill bio-tools -g -y
提供BLAST序列相似性搜索技能，支持本地及NCBI远程查询。根据输入类型自动选择blastn/p/t等程序，执行比对并格式化输出结果，适用于基因/蛋白鉴定、同源搜索及保守性分析场景。
用户要求对DNA/RNA/蛋白质序列进行BLAST搜索
用户询问序列相似性或同源性分析
用户希望识别未知序列或查找相似序列
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill blast-search -g -y
基于CellTypist和marker基因的单细胞RNA测序自动标注技能，提供聚类与单细胞级别标签、置信度评估及结果导出。
需要为scRNA-seq聚类分配生物类型标签
使用CellTypist进行参考图谱转移或自动化注释
查看单细胞标记物表达以验证细胞类型
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill cell-annotation -g -y
ChIP-seq数据处理技能，涵盖MACS3峰值调用、信号轨道导出、注释及差异结合分析。支持TF和组蛋白修饰的窄/宽峰值处理，提供标准化工作流与参数指南。
用户拥有对齐后的ChIP或Input BAM文件
需要进行ChIP-seq峰值调用、信号轨道生成或 motif 分析
涉及转录因子或组蛋白修饰的标准峰值中心处理
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用于批量转录组差异表达分析，支持计数模型拟合、对比处理、阈值筛选及可视化，生成发表级图表和通路分析就绪的基因列表。
需要分析bulk RNA-seq或类似计数矩阵的差异表达
需要生成火山图、MA图或PCA等可视化结果
需要进行条件、治疗或基因型比较并导出显著差异基因表
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill differential-expression -g -y
用于宏基因组工作流分析，包含宿主耗竭、物种分类、功能谱及耐药性分析。
需要宏基因组数据分析
生成物种丰度表
进行功能通路分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill metagenomics -g -y
提供质谱蛋白质组学数据的质量控制、定量、差异分析及可视化工作流。支持DDA/DIA等实验模式，涵盖蛋白表清洗、缺失值处理及统计检验，生成标准化结果与图表。
需要蛋白质组学数据质量控制
进行蛋白质定量或差异丰度分析
检查批次效应和重复性质量
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill proteomics -g -y
通过BioPython调用NCBI PubMed接口，搜索并提取科学文献信息。支持按关键词、日期、期刊等高级过滤，返回标题、作者、摘要及链接，适用于查找论文和研究现状。
用户要求查找特定主题的论文或出版物
询问某领域的最新研究进展
请求获取参考文献或引用信息
提及PubMed、papers、literature、research on等关键词
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill pubmed-search -g -y
查询AlphaFold蛋白质结构预测，获取3D结构、PDB/CIF文件及置信度分数。
alphafold
protein structure
3D structure
folding
pLDDT
structure prediction
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-alphafold -g -y
用于查询NCBI ClinVar数据库，获取遗传变异的临床意义、致病性及疾病关联信息。适用于用户询问变异致病性、SNP临床显著性或寻找已知致病变异等场景。
查询ClinVar数据
评估变异致病性
查找基因致病变异
查询SNP临床显著性
获取变异-疾病关联
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-clinvar -g -y
查询Ensembl REST API以获取基因组数据，支持基因坐标、序列、变异及跨物种比较。触发词包括ensembl、rsID等。
用户询问基因坐标或基因组位置
查找特定rsID或变体信息
获取基因组/cDNA/蛋白质序列
查询基因结构、外显子或转录本
进行跨物种基因同源比对
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-ensembl -g -y
查询NCBI GEO数据库以获取公开的基因表达数据集，支持RNA-seq和微阵列数据搜索、GEO编号检索及摘要获取。
用户询问RNA-seq或微阵列数据集
提供GEO登录号(GSE/GDS)进行查找
需要下载表达数据
提及geo, gene expression omnibus, GSE等关键词
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-geo -g -y
通过调用 InterPro REST API 查询蛋白质的结构域、家族、功能位点及基序信息，支持按 UniProt ID 获取注释或文本搜索。
用户询问蛋白质结构域
查询蛋白所属家族
查找功能位点或基序
查看结构域架构
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-interpro -g -y
调用 KEGG REST API 查询生物通路、基因及化合物信息，支持按关键词搜索通路、获取通路详情、基因列表及基因详细信息。
kegg
pathway
metabolic pathway
signaling pathway
pathway genes
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-kegg -g -y
查询OpenTargets平台API，获取药物靶点、疾病关联及治疗证据。适用于药物靶点验证、疾病机制分析及药病关系查询场景。
drug target
target validation
disease association
therapeutic target
opentarget
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-opentarget -g -y
查询RCSB PDB数据库中的实验性蛋白质三维结构，支持关键词搜索、高级检索及PDB ID详情获取与文件下载。
用户询问晶体结构、X射线或冷冻电镜数据
用户提供或提及PDB ID
用户查找特定蛋白质的实验结构信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-pdb -g -y
通过调用 Reactome API 查询生物通路、反应机制及信号级联详情，支持关键词搜索、获取通路参与者及基因列表富集分析。
查询生物通路详情
获取通路图谱或反应机制
进行基因列表通路富集分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-reactome -g -y
用于查询STRING数据库中的蛋白质-蛋白质相互作用网络。支持获取互作伙伴、功能富集分析、网络扩展及下载网络图片，适用于生物信息学研究场景。
用户询问蛋白质的互作伙伴
构建相互作用网络
基因间的功能关联分析
查询互作置信度评分
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-stringdb -g -y
查询UniProt蛋白质数据库，获取序列、功能及注释信息。适用于用户询问蛋白ID、基因产物或特定蛋白详情时调用。
查询蛋白质序列
询问蛋白功能
获取蛋白注释
查找蛋白标识符
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-uniprot -g -y
基于 Typst 模板引擎生成出版级 PDF 报告，支持表格、图表、元数据及多种排版组件，用于快速构建专业科学报告。
需要生成专业的 PDF 报告
将数据分析结果格式化为出版物级别文档
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill report-template -g -y
用于单细胞RNA测序数据的标准化预处理与聚类分析。涵盖质量控制、归一化、高变基因筛选、PCA/UMAP降维及Leiden聚类，生成分析就绪的AnnData对象及相关可视化结果。
需要对原始scRNA-seq数据进行预处理和聚类
需要执行QC过滤、归一化或UMAP降维操作
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill scrna-preprocessing-clustering -g -y
用于分析SDS-PAGE或蛋白纯化凝胶图像，结合序列与标签信息评估电泳质量、条带匹配度及杂质降解情况。
用户提供凝胶图片及序列/分子量信息
需要判断主条带是否符合预期
评估实验是否存在杂质或降解
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sds-gel-review -g -y
自动化SEC色谱数据分析，包括峰检测、低聚物分类及通过Typst生成包含完整文本解读的高质量PDF报告。
SEC
size exclusion
chromatography
oligomer analysis
protein assembly
SEC report
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sec-report -g -y
用于DNA/RNA/蛋白质序列分析，包括基础属性计算、ORF查找、引物设计及酶切位点分析等生物信息学任务。
sequence analysis
translate DNA to protein
GC content calculation
ORF finding
primer design
restriction site analysis
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sequence-analysis -g -y
用于浏览和安装BioClaw社区技能库中的专业生物信息学技能，支持查找未内置的特定分析流程、查询可用技能及执行复杂流水线任务。
用户请求内置技能未覆盖的分析任务
询问有哪些其他可用技能或是否有某项技能的实现
需要特殊的分析流水线（如蛋白质设计、EHR分析等）
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill skills-hub -g -y
用于检索AlphaFold结构、下载坐标与置信度文件，并解读pLDDT/PAE以进行结构引导的生物注释。适用于已知UniProt ID的结构获取与置信度评估场景。
需要根据UniProt ID获取蛋白质三维结构
需要解析或解释AlphaFold预测的置信度分数
缺乏实验结构需使用预测模型补充
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill structural-biology -g -y
