Agent Skills
› K-Dense-AI/scientific-agent-skills
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
GitHub用于通过API和Python SDK设计、提交蛋白质实验并获取结果。适用于蛋白筛选、结合测定及序列表征等生物实验场景。
Install All Skills
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --all -g -y
Skills in Collection (161)
Showing top 50 of 161 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
用于通过API和Python SDK设计、提交蛋白质实验并获取结果。适用于蛋白筛选、结合测定及序列表征等生物实验场景。
提及 Adaptyv、Foundry API 或蛋白实验设计
导入 adaptyv 模块或引用 FoundryClient
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill adaptyv -g -y
用于时间序列机器学习任务的技能，涵盖分类、回归、聚类、预测及异常检测等。提供基于scikit-learn兼容API的算法，适用于时序数据分析和模式识别。
时间序列分类或回归任务
时序异常检测与预测
时间序列聚类与相似度搜索
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill aeon -g -y
处理单细胞基因组标注矩阵数据的技能，支持创建、读写h5ad/zarr格式文件及数据集成。
处理.h5ad或.zarr文件
单细胞RNA-seq数据分析
管理带元数据的稀疏矩阵
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill anndata -g -y
Arboreto 是基于 Python 的基因调控网络推断库，利用 GRNBoost2 和 GENIE3 算法从转录组数据中识别 TF-靶基因关系。支持分布式计算以处理大规模单细胞或批量 RNA-seq 数据。
分析转录组表达数据
构建基因调控网络
识别转录因子与靶基因关系
使用 GRNBoost2 或 GENIE3 进行网络推断
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill arboreto -g -y
Astropy是用于天文学和天体物理学的Python核心库，提供单位、坐标、FITS文件处理、宇宙学计算及时间系统等功能，适用于天文数据分析与开发。
进行天体坐标转换或计算
处理物理单位与数量换算
读写或操作FITS天文数据文件
执行宇宙学距离或红移计算
处理不同时间尺度的天文时间
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill astropy -g -y
集成Benchling平台SDK与API，实现生命科学研究数据自动化。支持注册实体、库存、电子实验记录本、工作流及数据仓库查询，适用于实验室数据同步与分析场景。
需要管理Benchling中的生物序列或库存
自动化电子实验记录本操作
构建Benchling工作流或应用
查询Benchling数据仓库
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill benchling-integration -g -y
通过BGPT MCP服务器搜索科学论文，获取包含方法、结果等25+字段的结构化全文数据。适用于文献综述、证据综合及实验细节检索。
进行系统或范围文献综述
查找特定实验细节和定量结果
比较不同研究的方法论
构建荟萃分析或临床指南的证据表
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill bgpt-paper-search -g -y
处理脑成像数据标准(BIDS)数据集，包括组织神经科学数据、查询布局、验证合规性、DICOM转换及编写元数据。
组织BIDS兼容目录结构
验证数据集合规性
DICOM转BIDS格式
查询BIDS数据集文件
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill bids -g -y
Biopython是Python分子生物学计算工具包，用于序列处理、文件解析（FASTA/GenBank/PDB）、NCBI数据库访问及BLAST自动化。适用于生物信息学流水线开发、批量数据处理及结构分析等科研任务。
生物序列分析与处理
读取或转换FASTA/GenBank/PDB格式文件
通过Entrez访问NCBI数据库
执行或解析BLAST搜索结果
构建或分析系统发育树
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill biopython -g -y
提供Python统一接口访问40+生物信息学数据库，支持蛋白质分析、通路挖掘、ID映射及多源数据集成。
查询多个生物数据库
跨数据库ID映射
蛋白质序列检索
代谢通路分析
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill bioservices -g -y
用于通过 API 查询 CZ CELLxGENE Census 中的单细胞和空间转录组数据，支持按细胞类型、组织等筛选元数据和基因表达矩阵，便于大规模数据分析与模型训练。
需要查询公共单细胞数据集的元数据或基因表达
进行大规模单细胞数据的统计分析或机器学习预处理
获取空间转录组数据或嵌入向量
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill cellxgene-census -g -y
用于基于 Google Cirq 框架构建、模拟和优化量子电路，支持在 Google Quantum AI 及合作后端运行作业，进行噪声建模和硬件适配。
使用 Cirq 构建或优化 NISQ 电路
在 Google Quantum AI 处理器上运行任务
对量子电路进行噪声建模或编译
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill cirq -g -y
用于学术研究的文献引用管理，支持搜索OpenAlex、PubMed等数据库，提取元数据，验证引用准确性并生成BibTeX条目。
搜索学术论文
将DOI转换为BibTeX
验证引用信息准确性
构建参考文献列表
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill citation-management -g -y
生成临床决策支持系统的研究评估、证据档案及治理文档。严格限定于合成或聚合数据，禁止用于患者护理、诊断或实时操作，确保合规性与可追溯性。
需要生成临床研究评估报告
准备合成人群数据的治理文档
编写证据透明度检查清单
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill clinical-decision-support -g -y
用于生成临床报告草稿结构、聚合表及审查清单的 Skill。严格限定于合成或去标识数据，执行本地确定性检查以确保结构一致性与溯源，禁止临床诊断或合规决策，所有输出需经专业审核。
需要创建临床试验结果稿件或 CSR 草稿
生成聚合安全性表格或研究报告摘要
请求构建诊断报告或病例报告的骨架结构
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill clinical-reports -g -y
用于约束基础代谢模型分析与重建，支持加载导出SBML等格式模型、执行FBA/FVA通量模拟及基因敲除筛选，适用于系统生物学与代谢工程研究。
进行基因组规模代谢模型的加载或构建
执行FBA、FVA或通量采样等计算模拟
设计优化培养基或进行基因/反应敲除分析
处理不可行模型的Gap-filling或一致性验证
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill cobrapy -g -y
用于处理超出内存限制的 Pandas/NumPy 工作流，支持单机并行或集群分布式计算。适用于大规模数据 ETL、文件批量处理及分布式机器学习任务。
数据集超过可用 RAM
需要扩展 Pandas 或 NumPy 操作规模
通过并行化提升计算性能
高效处理多个文件
在多台机器上分布负载
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill dask -g -y
用于查询公开数据库API以获取可复现事实。通过选择权威库、构造过滤条件、执行分页调用并验证数据完整性，返回带有来源证明的结构化结果，适用于科学、监管等领域的精准数据检索。
需要从特定数据库获取事实性数据
要求提供数据来源和可复现性证明
涉及生物医学或金融等专业领域的数据查询
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill database-lookup -g -y
datamol是RDKit的Pythonic封装库，提供分子格式转换、标准化、描述符计算、指纹生成、3D构象分析及并行处理等功能，简化药物发现中的化学信息学操作。
需要简化RDKit进行分子数据处理
执行药物发现相关的化学信息学任务
进行分子标准化或指纹计算
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill datamol -g -y
用于化学、材料科学和生物学的分子机器学习库，支持分子数据处理、特征工程、GNN模型训练及ADMET等属性预测。
进行分子性质预测如ADMET或毒性分析
加载和处理分子数据如SMILES或SDF文件
使用MoleculeNet基准数据集进行实验
训练图神经网络处理分子结构
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deepchem -g -y
基于H&E组织病理学图像生成虚拟空间转录组数据的AI模型工具。支持按基因符号查询表达量，适用于单细胞及全切片分析。
需要生成空间基因表达数据
进行数字病理学的多模态分析
从H&E切片预测虚拟转录组
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deepspot-m -g -y
用于NGS数据分析的工具集，支持BAM转bigWig、QC评估、样本比对及ChIP-seq/RNA-seq/ATAC-seq可视化。
NGS数据质量控制
BAM转bigWig转换
ChIP-seq或RNA-seq分析
生成热图或profile图
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -g -y
查询DepMap癌症依赖图谱数据，获取基因依赖性评分、药物敏感性等，用于识别癌症特异性脆弱点、合成致死相互作用及验证肿瘤药物靶点。
验证特定突变基因在癌细胞系中的生存必要性
发现预测基因敲除敏感性的生物标志物
寻找合成致死相互作用
分析细胞系对化合物的响应特征
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill depmap -g -y
基于扩散模型的分子对接工具，用于预测小分子配体与蛋白靶点的3D结合构象及置信度。支持PDB/序列输入、单样本或批量虚拟筛选，适用于结构导向药物发现，不直接预测结合亲和力。
分子对接任务
蛋白质-配体结合位点预测
化合物库虚拟筛选
药物发现中的构象预测
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill diffdock -g -y
用于构建和运行 DNAnexus 基因组工作负载，涵盖 CLI、dxpy、Applets 及工作流集成。提供安全操作规范、认证安装及预检流程，确保数据合规与自动化执行。
需要操作 DNAnexus 平台资源
构建或调试基因组分析工作流
使用 dx CLI 或 dxpy 进行自动化脚本开发
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill dnanexus-integration -g -y
提供ESM Python SDK使用指南，涵盖ESM3序列生成、结构预测及ESMC嵌入提取。适用于蛋白质设计、折叠分析及生物信息学数据处理任务。
需要生成或修改蛋白质序列
进行蛋白质结构预测或逆折叠
调用ESM3或ESMC模型API
获取蛋白质高维嵌入向量
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill esm -g -y
用于分析、操作、比较和可视化系统发育树。支持Newick/Nexus读写、拓扑编辑、进化事件分析及分类学查询，不用于序列比对或建树。
处理系统发育树文件
比较树拓扑结构
可视化进化树
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill etetoolkit -g -y
对受支持的本地科学数据文件进行受限的探索性数据分析，涵盖缺失值审计、异常值检测及报告生成，强调安全边界与确定性输出。
需要对CSV/TSV/JSON等数据进行探索性分析
需要检查HDF5或生物序列文件的元数据
需要进行数据完整性与异常值审计
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill exploratory-data-analysis -g -y
FlowIO 是用于读取和写入流式细胞术标准（FCS）文件的轻量级工具，支持元数据检查、事件提取及文件创建。适用于低层级数据处理与下游分析准备，不涉及补偿或分群等高级分析任务。
需要读取 FCS 2.0/3.0/3.1 文件
检查 FCS 文件的元数据和通道信息
将 FCS 事件数据转换为 NumPy 数组
创建新的 FCS 3.1 文件
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill flowio -g -y
用于规划、配置和验证FluidSim流体力学模拟的Skill，涵盖求解器选择、参数审查、资源估算及MPI设置，确保数值有效性与HPC安全。
配置流体力学模拟参数
检查HPC资源限制与CFL条件
设置FFT/MPI环境
验证数值收敛性
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill fluidsim -g -y
通过 OpenRouter API 调用多种 AI 模型生成或编辑图像，支持照片、插画、Logo 及参考图合成等视觉资产创作。
需要生成图片
需要编辑现有图片
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill generate-image -g -y
Geniml技能用于基因组区间集的机器学习工作流，涵盖BED验证、模型兼容性检查及实验规划。强调本地安全操作、环境复现及数据隐私保护。
需要验证基因组BED文件或universe合约
计划Region2Vec或scEmbed运行
检查模型与tokenizer兼容性
评估共识universe
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill geniml -g -y
提供GeoPandas 1.1.4的Python地理数据处理工作流指南，涵盖环境配置、安全隐私规范及几何数据正确性校验规则。
使用GeoPandas进行矢量数据处理
执行空间操作或GIS数据I/O
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill geopandas -g -y
检测当前进程可用的 CPU、内存、磁盘及加速器等资源限制，生成保守的 JSON 快照以支持资源感知规划。遵循安全契约，不进行压力测试或硬件推断，确保隐私与准确性。
用户请求资源感知规划
执行资源敏感型本地工作负载前
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill get-available-resources -g -y
gget是生物信息学CLI工具，提供统一接口查询20+基因、序列、结构及表达数据库。支持快速交互式探索与简单查询，适用于基因信息检索、BLAST分析及病毒数据下载等科研场景。
需要快速查询基因或蛋白质信息
执行简单的生物序列比对分析
获取单细胞或组织表达数据
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill gget -g -y
用于蛋白质糖基化分析与工程，扫描N-糖基化位点，预测O-糖基化热点，辅助抗体优化、疫苗设计及药物靶点分析。
抗体工程
治疗性蛋白设计
疫苗抗原设计
生物类似药表征
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -g -y
提供基因组区间模型、集合运算及参考序列处理的本地工具集，涵盖Python绑定、Rust实现与CLI。强调安全安装、依赖锁定与原生代码信任审查，用于生物信息学数据分析任务。
需要处理基因组区间重叠或计数
安装含原生扩展的Python包
生物信息学数据预处理
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill gtars -g -y
Histolab是用于数字病理全切片图像处理的Python库，自动化组织检测、瓦片提取及染色归一化，支持多格式WSI，适用于数据集准备和深度学习预处理。
需要处理全切片图像(WSI)
进行数字病理数据预处理
执行组织区域检测与分割
从大图提取指定大小的瓦片
对H&E图像进行染色归一化
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill histolab -g -y
用于ChicagoHAI HypoGeniC软件包的使用规划与审计，涵盖本地配置验证、数据集检查及成本预算，严禁自动调用模型。
使用hypogenic包或任务配置
管理假设库或HypoBench数据集
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill hypogenic -g -y
用于将观察转化为透明、可检验的研究计划，生成假设、竞争解释、预测及预注册分析方案。强调区分概念与证据，严格遵守安全与伦理边界，防止将假设视为既定事实或提供临床/危险建议。
将初步发现转化为研究计划
生成可检验的科学假设
制定预注册分析方案
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill hypothesis-generation -g -y
用于查询和下载NCI公共癌症影像数据，支持元数据检索、文件下载及可视化。提供多种访问路径以优化资源使用，无需认证即可获取IDC数据集信息。
查询癌症影像数据集元数据
下载DICOM影像文件
检查数据许可证或版本
获取影像可视化链接
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill imaging-data-commons -g -y
基于Nano Banana Pro AI生成专业信息图，集成Perplexity研究数据与Gemini质量审查。支持多类型、风格及无障碍配色，通过智能迭代确保输出达到预设质量阈值，无需设计技能即可快速制作高质量可视化内容。
需要生成营销或报告类信息图
要求包含最新统计数据的信息图
需要无障碍配色方案的信息图
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill infographics -g -y
用于设计实验室硬件的CAD技能，通过Python参数化建模生成STEP/STL/DXF文件，确保与标准设备精确配合。
设计实验室硬件部件
导出制造就绪文件
检查或修改现有STEP文件
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lab-hardware-cad -g -y
用于安全集成 LabArchives ELN 和 Inventory API，涵盖区域端点选择、签名请求构建、用户授权及容器验证等流程。
需要对接 LabArchives 实验记录本或库存系统
处理 LabArchives API 的认证与签名逻辑
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill labarchive-integration -g -y
用于管理生物数据集与模型的生命周期，涵盖数据注册、查询、谱系追踪、验证及FAIR合规性，支持多格式存储与工作流集成。
管理生物组学数据（如scRNA-seq）
追踪计算工作流与实验谱系
进行数据验证与本体标注
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -g -y
用于在 Latch 平台构建、注册、调试和操作生物信息学工作流的技能，支持 Python SDK、Nextflow、Snakemake 及数据管理。
创建或维护 Python SDK 工作流和任务图
打包并注册 Nextflow 或 Snakemake 管道
配置 CPU、内存、存储等资源限制
使用 Latch Data 进行文件操作
读取或更新 Latch Registry 项目
设计工作流表单和启动计划
通过 CLI 或 MCP 启动和监控工作流
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill latchbio-integration -g -y
提供使用LaTeX制作专业学术海报的指南，涵盖beamerposter等工具、布局设计及AI视觉元素生成规范，适用于会议展示与科研交流。
创建会议或学术会议海报
将研究论文转换为海报格式
设计符合特定尺寸要求的学术海报
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill latex-posters -g -y
本地文档解析工具，支持PDF、Office及图像的文件格式转换与OCR。提供带边界框的空间文本提取和页面截图输出，适用于RAG布局感知、多模态代理及批量文献处理，无需云端依赖。
需要本地快速解析PDF或Office文件
需要获取文本的边界框坐标用于RAG或定位
需要对扫描版文档或图片进行OCR识别
需要生成页面PNG截图供多模态模型使用
需要批量导入论文文件夹或协议库
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill liteparse -g -y
执行系统性的文献综述，涵盖多数据库检索、结果综合、引文验证及专业文档生成。适用于学术研究、元分析及论文撰写，强制包含AI生成的科学示意图以增强可视化效果。
进行系统性文献综述
撰写研究论文的文献综述部分
执行元分析或范围综述
跨学科领域综合现有知识
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill literature-review -g -y
规范使用Markdown和Mermaid进行科学文档、报告及可视化创作，确立文本图表为版本控制标准。适用于创建技术文档、流程图及关系图，提升Git协作效率与AI解析能力。
需要创建科学文档或分析报告
要求绘制流程图、架构图等可视化图表
编写README或项目文档
请求将内容转换为Markdown格式
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill markdown-mermaid-writing -g -y
