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K-Dense-AI/scientific-agent-skills
GitHub利用 Adaptyv Bio API 和 Python SDK 设计蛋白质表征实验，管理序列提交、进度监控及结果获取。涵盖结合筛选、热稳定性等流程，实现从序列到实验数据的自动化转化。
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Skills in Collection (179)
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利用 Adaptyv Bio API 和 Python SDK 设计蛋白质表征实验，管理序列提交、进度监控及结果获取。涵盖结合筛选、热稳定性等流程，实现从序列到实验数据的自动化转化。
设计蛋白质表征实验
提交蛋白质序列至云实验室
查询实验进度与结果
估算实验成本
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用于时间序列机器学习任务的技能，涵盖分类、回归、聚类、预测、异常检测等。提供与scikit-learn兼容的API，适用于单变量和多变量时序数据分析及特征提取。
时间序列数据分类或预测
时序异常检测或变化点发现
相似时间序列模式聚类
未来值预测
时序子序列挖掘（如重复模式或不寻常片段）
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处理单细胞基因组分析的注释数据矩阵，支持创建、读写 h5ad/Zarr 格式文件及元数据管理。适用于生物信息学中的数据存储、子集筛选与批量合并等任务。
需要读取或写入 AnnData (.h5ad, .zarr) 文件
进行单细胞 RNA-seq 数据分析前的数据预处理
管理带有观测和变量元数据的稀疏矩阵
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基于假设树优化的自主研究技能，通过多轮实验迭代改进模型、Agent或数据。利用持久化状态管理器和隔离执行器进行证据积累与合并门控验证，适用于需要大量试验和自动评估的研究任务。
需要对现有代码、配置或提示词进行多轮迭代优化
涉及模型训练超参数调整或架构搜索
需要提升 Agent 的通过率或准确率
进行数据合成管道或基准测试的自动化调优
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基于基因表达数据推断候选基因调控网络，支持GRNBoost2和GENIE3算法，用于转录因子-靶标关联排序及网络稳定性检查。
需要推断基因调控网络
进行转录因子与靶基因关联分析
处理单细胞或批量表达数据
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Astropy是天文学核心Python库，提供单位、坐标、FITS读写、宇宙学计算等功能。用于天文数据分析代码的实现与调试，涵盖坐标系转换、物理量处理及时间系统操作。
实现天文数据处理逻辑
调试涉及天体坐标或单位的代码
进行宇宙学距离计算
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分析用户 Screenpipe 历史工作流，检测重复模式并匹配现有技能，生成新技能草稿供审查。需本地 Screenpipe 守护进程及 LLM 后端支持，强调隐私脱敏与显式触发。
用户要求分析近期工作历史
用户请求基于工作流提出新技能建议
用户询问未被覆盖的工作模式
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提供Benchling Python SDK及REST API集成能力，涵盖注册实体、库存、ELN、工作流及数据仓库查询。用于自动化实验室数据处理与系统集成。
需要操作Benchling平台数据
自动化实验室记录或库存管理
集成Benchling工作流或应用
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基于BGPT MCP服务搜索科学论文并提取全文级证据，支持按主题或DOI查询。返回实验细节、统计数据及来源，适用于文献综述、证据综合及获取摘要外数据。
需要进行科学文献的综述或证据综合
需要查找特定DOI论文的详细内容或实验数据
需要获取超出摘要范围的定量结果和方法论细节
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用于组织、查询、验证和转换BIDS标准神经影像及生物医学数据集。支持目录结构构建、合规性检查、DICOM转换及元数据管理，服务于OpenNeuro等数据存储准备。
将原始神经影像或行为数据整理为BIDS格式
查询现有BIDS数据集的文件结构
验证数据集是否符合BIDS规范
将DICOM数据转换为BIDS格式
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提供生物信息学计算工具，支持序列处理、文件解析（FASTA/GenBank/PDB）、NCBI数据库访问、BLAST自动化及系统发育分析等分子生物学任务。
处理DNA/RNA/蛋白质序列
解析生物文件格式如FASTA或PDB
通过Entrez访问NCBI数据库
执行BLAST搜索或结果解析
进行序列比对或结构分析
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提供Python接口访问UniProt、KEGG等生物信息学服务，用于蛋白质注释、通路检索及跨数据库标识符映射。
需要查询生物数据库获取蛋白质或基因信息
进行跨数据库的生物数据整合与标识符转换
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用于批量RNA-seq数据分析，涵盖从FASTQ质控、比对定量到构建计数矩阵的全过程，支持nf-core/rnaseq及独立工具配置，为差异表达分析提供标准化输入。
批量RNA-seq数据处理
nf-core/rnaseq配置
构建DESeq2计数矩阵
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使用Cantera进行均相反应器模拟，评估点火延迟、温度历程及机理守恒性。适用于燃烧动力学分析、绝热恒容/恒压点火计算及机理对比验证。
需要计算燃料在特定条件下的点火延迟时间
分析燃烧反应的温度变化历史或物种浓度变化
验证化学机理的守恒性或数值稳定性
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用于运行可重复的CellProfiler显微镜图像分析流程，执行核分割、细胞计数及荧光测量。支持批量处理2D荧光图像，通过CSV清单管理输入，确保数据质量与结果一致性。
需要批量进行细胞核分割和计数
要求获取每对象荧光强度测量值
用户请求运行CellProfiler分析管线
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用于通过 API 程序化查询 CZ CELLxGENE Census，获取大规模单细胞及空间转录组数据、元数据和嵌入。支持按细胞类型或疾病筛选，集成 Scanpy/AnnData 进行探索性分析与机器学习训练。
需要查询公共单细胞基因表达数据
进行跨数据集的统计分析
获取预计算的嵌入向量或空间数据
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Google量子计算框架Cirq的Agent技能，用于在Python中设计、模拟和运行量子电路。支持NISQ电路构建、噪声建模及硬件后端集成（如Google Quantum AI）。
需要设计或优化量子电路时
使用Cirq框架进行量子模拟或实验时
针对Google Quantum AI硬件进行开发时
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用于学术研究的文献引用管理，支持搜索OpenAlex、PubMed等数据库，提取元数据，验证引用准确性并生成BibTeX条目。
查找特定论文
DOI转BibTeX
验证引用信息
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用于生成临床研究决策支持的科研与评估文档，包括证据档案、队列统计、模型性能评估及治理合规文件。严格限制仅处理合成或聚合数据，禁止涉及患者诊疗。
需要生成临床研究决策支持相关的评估报告或文档
请求审查统计计划、生存分析或模型性能等科研材料
准备去标识化检查清单或公平性/校准性审计文档
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为临床报告生成安全受限的草稿结构、聚合表及审查清单。仅限合成或去标识化数据，执行本地确定性检查以验证结构与一致性，强制要求合格专家审核，严禁涉及诊断或真实患者数据处理。
需要生成临床试验报告草稿
创建安全性报告模板
对临床数据进行结构化与合规性预检
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基于COBRApy进行约束基础代谢建模，涵盖FBA、基因敲除、通量采样及SBML模型验证等系统生物学与代谢工程分析任务。
代谢网络建模与分析
通量平衡分析(FBA)计算
基因组规模代谢模型仿真
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结构化多视角决策辅助技能，模拟不同思维原型进行权衡分析。通过分离事实、假设与价值观，生成条件性建议，适用于复杂选择、研究规划及创意挑战场景。
请求多方视角对比或辩论
需要结构化决策支持
涉及复杂权衡的研究规划
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用于在单机或集群中并行处理超出内存的大规模数据集，支持Dask DataFrame、Array等组件，实现Pandas/NumPy操作的分布式加速与依赖任务编排。
处理超出可用内存的数据集
需要并行化Pandas或NumPy操作以提升性能
跨多核或多机器分发计算任务
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查询80个公开数据库API，用于科学、监管等场景的可复现事实检索。通过明确端点、过滤和分页获取数据，确保结果可审计且来源可信。
需要查询特定数据库以获取事实数据
要求从权威源进行可复现的数据检索
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datamol技能提供RDKit的Pythonic封装，简化药物发现中的分子处理、标准化、描述符计算及3D构象生成。支持SMILES解析、聚类分析及并行处理，适用于化学信息学任务。
需要简化RDKit进行分子格式转换或标准化
计算分子描述符或指纹
生成或分析3D分子构象
执行分子聚类或多样性选择
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用于分子属性预测、MoleculeNet基准测试及ADMET分析的DeepChem工作流技能，涵盖SMILES处理、图模型训练、数据划分与科学验证。
需要构建分子性质预测模型
使用DeepChem进行化学或材料科学机器学习任务
执行MoleculeNet基准评估
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DeepSpot-M技能用于基于H&E组织病理学图像生成虚拟空间转录组数据，支持基因表达预测及全切片分析。
需要根据病理图像预测基因表达
进行虚拟空间转录组学研究
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deepTools技能用于NGS数据分析，支持BAM转bigWig、QC评估（相关性/PCA）、可视化及样本比较。提供文件验证和工作流生成辅助，适用于ChIP-seq等高通量测序数据处理。
BAM转bigWig转换
NGS数据质量控制
ChIP-seq/RNA-seq可视化
样本间相关性分析
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获取并分析DepMap癌症依赖图谱数据，支持CRISPR基因效应、生物标志物及药物敏感性分析。提供版本发现、文件校验及本地矩阵处理工具，用于靶点验证和合成致死假设生成。
癌症模型依赖排名
生物标志物队列比较
共必需性分析
合成致死候选者筛选
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基于DHDNA框架对文本进行探索性分析，评估推理、写作及认知风格模式。提供12个维度的标注与评分，用于文本反思和比较，不涉及心理诊断或身份验证。
请求使用DHDNA框架分析文本
需要认知风格或思维模式画像
要求对比文本中的推理特征
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基于DiffDock模型预测蛋白质与小分子结合构象的技能。支持单对、批量对接及姿态筛选，涵盖环境配置、输入准备及置信度解读，适用于虚拟筛选和结构基础药物发现。
预测蛋白质与小分子的3D结合构象
运行分子对接或虚拟筛选
根据PDB文件或序列生成配体姿态
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指导在DNAnexus平台构建、运行和操作可重复的基因组工作负载。涵盖dx CLI/dxpy自动化、App开发、工作流导入（WDL/CWL/Nextflow）、数据管理及安全合规操作规范。
需要在DNAnexus平台执行基因组数据分析任务
使用dx CLI或dxpy SDK进行平台交互和自动化
开发或部署基于DNAnexus的Apps/Applets
处理DNAnexus上的数据转移、权限管理和成本控制
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提供Biohub ESM SDK的使用指南，涵盖ESM3蛋白质生成、ESMC嵌入及ESMFold2折叠。支持本地推理与托管客户端，明确版本依赖与环境隔离，区分旧版fair-esm，适用于生物信息学领域的模型调用任务。
使用Biohub ESM SDK进行蛋白质序列生成
获取ESMC序列表示或嵌入向量
执行ESMFold2全原子结构预测
配置ESM相关Python环境
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用于处理已有系统发育树或层级树的分析与操作。支持读取Newick/Nexus格式，进行拓扑编辑、模式匹配、Robinson-Foulds距离计算及基因树事件分析。提供NCBI/GTDB分类查询、SmartView交互探索及多格式可视化渲染功能。
需要解析或修改Newick/Nexus格式的进化树文件
比较两棵树的拓扑结构差异
在树节点上添加或查询元数据属性
基于NCBI或GTDB数据库查询分类学信息
将系统发育树渲染为图片或交互式视图
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基于Exa引擎的科研与网页内容搜索及提取技能。支持学术领域过滤、批量URL抓取及PDF解析，优先提供同行评审文献，适用于技术调研和信息检索任务。
查询当前研究或科学问题
从指定URL提取网页或PDF内容
批量获取网页文本
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对受信任的本地科学数据文件（如CSV、JSON、HDF5等）进行安全、受限的探索性数据分析，包括缺失值审计、异常值检测及报告生成，严禁执行不可信代码或做出因果推断。
需要对本地数据文件进行初步质量检查和统计概览
在建模前执行探索性数据分析以了解数据分布和异常
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FlowIO用于流式细胞术标准(FCS)文件的轻量级读写与元数据检查。支持FCS 2.0/3.0/3.1，可提取NumPy事件数组、处理多数据集及导出表格。适用于低层数据访问和预处理，不涉及补偿或分选分析。
需要读取或写入FCS文件时
检查流式细胞术元数据或通道信息时
从FCS文件中提取原始事件数据用于后续分析时
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用于流式细胞术数据分析，包括溢出补偿、坐标变换、分层门控及FlowJo工作区复现。支持GatingML策略构建与批量FCS样本分析，确保可重复的门控计数和群体百分比统计。
流式细胞术数据门控策略应用
FlowJo工作区Python复现
FCS样本批量分析
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指导FluidSim流体力学仿真全流程，涵盖参数配置、HPC资源估算、串行试点运行及MPI作业准备。强调数值有效性检查与可复现性，禁止自动提交任务，适用于CFD求解器选型与诊断。
流体仿真参数配置
HPC资源估算
数值收敛性检查
MPI作业准备
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通过 OpenRouter Image API 调用多种 AI 模型生成或编辑图像，支持照片、插画、Logo 等视觉资产创作及参考图合成。
需要生成AI图片
需要编辑现有图片
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Geniml技能用于基因组区间集的机器学习与统计工作流。提供BED文件验证、Region2Vec/scEmbed运行规划、模型兼容性检查及共识宇宙评估，强调本地安全操作与环境可复现性。
需要验证BED文件或基因组数据合同
计划执行Region2Vec或scEmbed分析任务
检查生物信息学模型与tokenizer的兼容性
评估基因组共识宇宙的一致性
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支持遥感、GIS及空间分析的科研技能，涵盖矢量/栅格处理、空间统计、地形网络分析及地球观测机器学习。提供Python等多语言工作流，强调坐标系统一、数据对齐与科学严谨性。
处理卫星影像或遥感数据
进行地理空间分析与可视化
执行空间统计或机器学习任务
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提供基于 GeoPandas 1.2.0 的 Python 地理空间数据处理指南，涵盖环境配置、矢量数据审计、CRS转换及敏感信息脱敏，确保开发安全与可复现性。
使用 GeoPandas 进行空间数据分析
处理地理向量数据 I/O
需要地理空间数据的安全审计流程
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill geopandas -g -y
检测当前进程可用的主机资源（CPU、内存、磁盘、加速器）及调度限制，生成保守的JSON快照。用于资源感知规划或敏感本地工作负载前的容量评估，严格遵循安全契约，不执行压力测试或暴露敏感硬件信息。
用户请求进行资源感知规划
需要评估资源敏感的本地工作负载
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gget是生物信息学CLI和Python工具，统一查询20+基因组数据库。支持基因信息、序列分析、蛋白质结构、病毒序列及表达数据等快速检索与交互式探索。
需要查询基因或蛋白质详细信息
执行BLAST/BLAT序列比对
获取PDB蛋白质结构数据
查询疾病关联或表达谱数据
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指导用户访问Ginkgo Bioworks云端实验室，涵盖协议选择、输入准备、价格查询及浏览器下单。支持蛋白表达、纯化、表征等多种生物实验流程，并提供定制工作流的可行性与报价评估。
查询云端实验室服务价格或可用性
选择特定生物实验协议（如蛋白表达或纯化）
获取定制实验工作流的可行性评估
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill ginkgo-cloud-lab -g -y
用于蛋白质糖基化工程，扫描N/O-糖基化位点，评估抗体Fc糖基化及聚糖屏蔽，支持突变设计与实验验证。
分析蛋白质N-糖基化候选位点
抗体Fc糖基化优化
聚糖屏蔽设计
生物类似药糖型比较
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提供Gtars基因组区间模型与参考序列处理工具的本地验证、安全安装及版本管理指南，涵盖Python绑定与Rust CLI的原生代码信任审查。
需要处理基因组区间数据
集成Gtars库进行生物信息学分析
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用于数字病理学全切片图像（WSI）的处理，包括元数据检查、组织掩码生成、H&E染色标准化及基于多种策略的图像块提取，为深度学习准备数据集。
需要处理全切片病理图像
执行组织检测或染色归一化
从WSI中提取图像块
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill histolab -g -y
用于在生物学、化学、气候等17个科学领域发现、评估和检索Hugging Face上的数据集、模型及演示资源。适用于科学ML研究中的资源筛选与验证，支持通过目录脚本获取结构化信息并确认适用性。
查询特定科学领域的数据集或模型
寻找用于微调或评估的科学ML资源
查找交互式科学演示（如Binder设计）
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