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jaechang-hits/SciAgent-Skills
GitHub用于编写和模拟 Opentrons OT-2/Flex 液体处理机器人的 Python 协议，支持移液、PCR、稀释及模块控制。
Install All Skills
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Skills in Collection (200)
Showing top 50 of 200 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
用于编写和模拟 Opentrons OT-2/Flex 液体处理机器人的 Python 协议，支持移液、PCR、稀释及模块控制。
编写 Opentrons 机器人控制脚本
模拟或运行液体处理实验流程
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提供 Plotly 交互式可视化指南，支持40+图表类型。涵盖 Plotly Express 快速绘图与 Graph Objects 精细控制，适用于探索性数据分析、仪表盘构建及3D/地理可视化，并指导静态图改用 matplotlib。
需要创建交互式图表
进行数据探索性分析可视化
构建多面板仪表盘
生成3D或地理地图可视化
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Seaborn统计可视化技能，支持分布、关系、分类及相关性图表生成。自动处理聚合与置信区间，基于pandas和matplotlib，适用于数据探索与高质量图形输出。
需要创建统计分布图
进行数据探索性分析
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提供单细胞RNA测序细胞类型注释的最佳实践，涵盖基于标记基因、参考图谱和自动化分类的方法，指导如何区分细胞类型与状态并选择合适策略。
单细胞数据分析
细胞类型注释
scRNA-seq处理
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提供基于PyMC的贝叶斯统计建模全流程技能，涵盖模型定义、先验设置、MCMC/变分推断采样、诊断评估及预测。适用于需要不确定性量化、层级模型或复杂回归的场景。
需要进行贝叶斯参数估计和不确定性分析
构建层级或多水平统计模型
执行后验预测检查或模型比较
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基于scikit-learn的生存分析技能，支持Cox模型、随机生存森林等处理右删失数据。涵盖模型训练、预测及C-index等评估指标，适用于临床试验与可靠性分析。
需要处理含删失的时间序列事件数据
构建或评估生存预测模型
计算生存分析的评估指标如C-index
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指导统计分析与报告，涵盖假设检验、效应量计算及APA格式。支持频率派与贝叶斯方法，提供测试选择、假设验证及统计功效分析指南。
需要进行统计假设检验
检查统计模型假设条件
计算效应量或统计功效
生成符合APA规范的统计结果报告
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Python经典统计建模工具，涵盖回归、离散选择及时间序列分析。提供严谨的推断、诊断和假设检验，强调系数解释与模型评估，适用于数据分析与科学研究场景。
进行线性或广义线性回归分析
执行时间序列预测如ARIMA
需要详细的统计推断和模型诊断
计算置信区间或p值
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基于深度学习的细胞核分割工具，适用于荧光及明场显微镜图像。提供预训练模型，无需重新训练即可实现跨染色条件的泛化分割，输出标签掩码用于形态测量与追踪。
需要对显微镜图像进行细胞或细胞核分割
传统阈值法失效需使用深度学习通用分割
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FlowIO是处理流式细胞术FCS文件的Python库，支持解析元数据、提取NumPy事件数据及多数据集处理。适用于数据管道预处理和批量转换场景。
解析或写入FCS文件
从FCS提取通道元数据
将流式数据转换为CSV或DataFrame
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napari是Python多维图像交互式查看器，支持2D/3D/4D显微数据可视化、标注及插件分析。适用于生物图像质量检查、深度学习数据标注及科研绘图。
需要交互式查看或标注显微图像
验证分割模型输出结果
生成科研出版用图
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提供生物图像计算机视觉技能，涵盖预处理、特征提取及实时显微镜视频分析。指导使用OpenCV进行荧光/明场图像处理、细胞轮廓检测、形态学操作和光流追踪，强调其相比纯Python的高性能优势。
生物医学图像预处理需求
基于传统方法的细胞或目标检测
实时显微镜视频流处理
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PyImageJ提供Python与ImageJ2/Fiji的桥接，支持在Python中调用Fiji插件、宏及Ops框架。实现NumPy与ImageJ数据结构的互转，适用于批量图像处理、生物医学图像分析及自动化工作流，支持无头模式运行。
需要在Python中调用Fiji/Java插件进行图像处理
通过Python脚本自动化执行ImageJ宏或批处理实验数据
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用于生物图像分析的Python图像处理技能，涵盖读取、滤波、分割及测量。适用于显微镜图像预处理、细胞分割和特征检测，集成NumPy/SciPy生态。
需要处理荧光显微镜或组织学图像
执行图像去噪、阈值分割或形态学操作
测量生物对象属性如面积和强度
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Python单粒子追踪库，基于Crocker-Grier算法定位微粒并链接轨迹，计算MSD和扩散系数，支持2D/3D视频分析。
需要提取荧光显微镜视频中粒子的运动轨迹
需要计算粒子的均方位移或扩散系数
分析胶体动力学或细胞内运输等微观粒子运动
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提供Python matplotlib科学绘图技能，支持生成出版级静态图表、3D图形及多面板布局。涵盖精细元素控制、矢量格式导出及与NumPy/Pandas集成，适用于科研数据可视化。
需要创建高质量科研图表
进行复杂的多面板子图布局设计
要求对字体、颜色等细节进行精确控制
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用于生成交互式科学可视化图表的 Skill，支持 Plotly Express 和 Graph Objects API。涵盖散点、热力图及3D视图，提供悬停、缩放等功能，适用于生物信息数据分析与仪表盘构建。
需要生成带有交互功能的科学图表
构建多面板数据仪表盘
进行基因表达或分子结构的可视化分析
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指导科研人员根据数据结构选择图表、应用无障碍配色及遵循期刊格式规范，以制作高质量科学可视化图表。
准备发表论文或会议演讲的图表
需要选择合适的数据可视化类型
设计符合学术出版规范的插图
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基于Seaborn进行统计可视化，支持分布、分类及回归图表生成。适用于探索性数据分析、基因表达比较及相关性热力图绘制，结合Pandas实现快速统计摘要与高质量绘图。
需要生成统计分布图（如箱线图、小提琴图）
进行数据相关性或回归分析可视化
使用Pandas DataFrame快速绘制多面板图表
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提供统计显著性标注指南，涵盖p值转换、多重比较校正及绘图规范。指导在matplotlib/seaborn中为箱线图等添加显著性标记，确保图表符合出版标准。
准备包含组间比较的科研图表
需要为差异分析结果添加显著性星号标记
生成符合发表要求的可视化图形
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BWA-MEM2是快速短读长DNA比对工具，适用于WGS/WES/ChIP-seq等场景。提供安装、索引构建及GATK兼容BAM文件生成流程，支持配对端和嵌合读段处理。
需要比对Illumina短读长DNA序列
进行全基因组或外显子组测序分析
生成GATK兼容的BAM文件
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提供Python接口读写基因组文件（SAM/BAM/CRAM/VCF/FASTA等），支持区域查询、过滤及覆盖度统计，用于NGS数据分析与生物信息管道构建。
读取或写入BAM/CRAM对齐文件
分析VCF变异数据
提取FASTA参考序列
计算碱基覆盖度
NGS数据质量控制
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提供samtools处理SAM/BAM/CRAM比对文件的标准化指南，涵盖排序、索引、格式转换、质控及去重等核心操作。
需要处理基因组比对文件
BAM文件排序或索引
生成比对质量统计指标
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STAR RNA-seq比对工具技能，支持构建基因组索引、两遍比对以发现剪接位点，输出排序BAM、junctions及基因计数。适用于需BAM文件的下游分析如变异检测或IGV可视化。
RNA-seq数据比对
需要生成BAM文件进行变异检测或可视化
发现新剪接位点
ENCODE标准流程
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用于细菌和古菌基因组及质粒的快速标准化注释，识别CDS、RNA等特征并生成NCBI兼容格式。适用于需要快速运行、更新数据库及AMRFinderPlus集成的场景。
需要注释细菌或古菌基因组组装结果
需要生成NCBI兼容的GFF3或GenBank文件
需要批量处理MAGs或质粒序列
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用于原核生物基因组注释的命令行工具，识别基因及非编码RNA并生成标准格式文件。
对细菌、古菌或病毒组装体进行功能注释
为比较基因组学准备数据
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基于Roary构建细菌泛基因组，处理GFF3注释以生成基因存在/缺失矩阵、核心/附属基因分区及多FASTA核心基因比对。适用于比较基因组学、系统发育分析及GWAS研究。
计算细菌泛基因组
生成基因存在/缺失矩阵
构建核心基因比对用于系统发育分析
比较基因组学研究
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基于GRNBoost2或GENIE3算法，利用Dask并行计算从基因表达数据推断转录因子调控网络。支持单细胞及批量RNA-seq数据，生成TF-目标重要性链接，适用于pySCENIC流程。
需要从基因表达矩阵推断基因调控网络
运行单细胞或批量RNA-seq数据的GRN分析
使用GRNBoost2或GENIE3进行调控关系预测
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Biopython分子生物学工具包，提供序列操作、生物文件格式解析、NCBI数据库访问、BLAST搜索及蛋白质结构分析功能。用于批量处理序列、自定义流水线构建及格式转换。
需要解析或转换FASTA/GenBank/PDB等生物数据格式
通过程序化方式从NCBI获取序列或文献数据
执行BLAST搜索或进行序列比对分析
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用于生物信息学序列分析，涵盖NCBI数据检索、多格式解析、BLAST比对、序列对齐及系统发育树构建。适用于基因家族研究、比较基因组学和进化分析流程。
从NCBI下载基因家族并构建系统发育树
解析GenBank或GFF3文件提取CDS序列
运行BLAST搜索并过滤显著命中结果
进行序列比对或计算成对相似度
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封装 ARCHS4 REST API，用于查询百万级 RNA-seq 数据的基因表达、组织模式及共表达网络。支持获取 Z-score、按元数据搜索样本及访问 HDF5 矩阵，适用于生物信息学中的表达验证与候选基因筛选。
查询特定基因在不同组织中的表达量或 Z-score
查找与目标基因共表达的基因列表
根据组织或疾病关键词搜索 RNA-seq 样本
验证差异表达结果在群体水平上的趋势
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提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持蛋白质查询、通路发现、ID映射及BLAST搜索，适用于跨库数据集成与分析工作流。
需要跨多个生物数据库查询或整合数据
执行生物标识符批量转换与映射
进行蛋白质序列相似性搜索
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提供cBioPortal癌症基因组数据REST API访问能力，支持获取体细胞突变、拷贝数变异、基因表达及临床生存等数据。适用于TMB计算、生存分析及肿瘤驱动基因研究。
查询癌症患者基因组变异数据
进行生存分析或关联分析
获取特定癌症类型的分子谱数据
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用于通过NCBI E-utilities查询ClinVar数据库，获取变异的临床意义、致病性及疾病关联信息。支持按基因、rsID等搜索，返回分类及提交者数据，适用于遗传变异分析与临床解读场景。
查询特定变异的临床意义或致病性
检索某基因下的致病性变异列表
识别不同提交实验室间的解释冲突
获取变异的表型/疾病关联信息
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提供COSMIC癌症体细胞突变数据库的REST API调用能力，支持基因、样本及变异查询，涵盖突变签名和耐药性数据，用于生物信息学分析。
查询特定癌症基因的体细胞突变频率及分布
获取COSMIC癌症基因普查分类（如肿瘤抑制基因）
查找突变签名或药物耐药性变体
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查询NCBI dbSNP数据库，通过rsID、基因或区域检索SNP记录，获取等位基因频率、变异类型及临床关联。
查询特定rsID的遗传变异信息
按基因或染色体区域搜索SNP变体
获取变异等位基因频率和临床链接
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提供DepMap CRISPR基因效应（Chronos）数据的分析指南，重点说明必需性的符号约定、每基因NaN安全的Spearman相关系数计算及数据加载对齐方法。
分析DepMap CRISPR筛选数据
计算基因必需性与表达的相关性
处理含NaN值的基因效应数据
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提供欧洲核苷酸档案(ENA)的REST API编程访问能力，支持序列搜索、原始数据下载、组装体检索及分类学查询。适用于生物信息学数据处理和基因组学研究场景。
需要查询或下载ENA中的核酸序列、原始测序数据或组装体信息
进行基于ENCODE或其他公共数据库的生物信息学数据分析
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提供ENCODE Portal REST API接口，用于检索转录因子结合、染色质开放性及组蛋白修饰等基因组实验数据。支持按细胞类型或基因区域查询峰值文件及cCRE注释，适用于调控元件分析及变异注释场景。
查询特定转录因子的ChIP-seq峰值文件
获取某细胞类型的ATAC-seq/DNase-seq开放染色质区域
检索与基因组区域重叠的cCRE注释信息
为变异注释管道构建参考调控轨道
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill encode-database -g -y
提供Ensembl REST API接口，用于查询300多种物种的基因、转录本、变异注释及序列信息，支持ID转换和比较基因组学查询。
查询特定基因的详细信息或位置
在不同基因标识符（如HGNC与Ensembl ID）间进行转换
获取基因或变异的DNA/蛋白质序列
查询调控元件或比较基因组数据
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基于NCBI Gene数据库，通过E-utilities API实现基因ID解析、别名映射、功能摘要获取及跨物种同源查询，支持GO注释和RefSeq ID检索。
需要解析基因符号对应的官方HGNC/NCBI名称或ID
查询基因的生物学功能、GO注释或跨物种同源关系
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提供NCBI GEO数据库的Python访问能力，支持通过GEOparse和E-utilities搜索、下载基因表达数据集，解析元数据并加载矩阵至pandas，用于生物信息学数据分析。
需要搜索或下载GEO基因表达数据集
处理微阵列或RNA-seq实验数据的元分析与管道构建
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gget提供统一CLI/Python接口访问20+基因组数据库，支持基因查询、序列检索、BLAST、AlphaFold结构预测及疾病关联分析。
需要跨物种查询基因信息或序列
执行蛋白质结构预测或功能富集分析
查询单细胞数据或癌症突变信息
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通过GraphQL API查询gnomAD数据库，获取群体变异频率、祖先分层数据及基因约束指标(pLI/LOEUF)，用于评估候选变异的罕见性与临床相关性。
查询特定基因或变异的等位基因频率
评估基因的LoF耐受性(LOEUF/pLI)
筛选罕见变异以辅助临床解读
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封装NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API，支持查询SNP与性状关联、研究及统计信息。用于遗传学研究、PRS构建、多效性分析及曼哈顿图数据获取，无需认证。
查询特定疾病或性状的遗传变异关联
获取GWAS汇总统计数据
分析基因多效性
构建多基因风险评分候选列表
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gwas-database -g -y
提供JASPAR转录因子结合位点数据库的API访问与Python库支持，用于检索PWM/PFM矩阵、扫描DNA序列及构建motif库。
查询特定转录因子的结合矩阵
基于已知PWM扫描DNA序列以预测TFBS
按物种或结构类别获取转录因子配置文件
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill jaspar-database -g -y
提供KEGG生物数据库REST API调用方法，支持通路、基因、化合物查询及ID转换，适用于学术用途的生物信息学数据检索与分析。
查询生物通路或基因信息
进行跨数据库ID转换
获取KEGG REST API使用示例
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill kegg-database -g -y
调用Monarch Initiative REST API，查询疾病-基因-表型关联及跨物种同源信息。用于罕见病基因优先级排序、基于表型的候选基因排名及模型生物比较，支持学术免费使用。
罕见病基因优先级排序
基于患者HPO症状列表的候选基因排名
查询疾病与基因的因果关联及证据来源
跨物种基因-表型关联查询
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill monarch-database -g -y
调用 EBI QuickGO REST API 查询基因本体论术语、蛋白质注释及层级关系，支持关键词搜索、祖先/后代遍历和批量解析，为富集分析提供原始数据。
查询 GO 术语元数据
获取蛋白质 GO 注释
搜索 GO 术语关键词
遍历 GO 层级结构
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill quickgo-database -g -y
调用 RegulomeDB API 对遗传变异进行调控功能评分，辅助 GWAS 位点优先级排序、非编码变异注释及顺式调控元件发现。
GWAS hit prioritization
regulatory variant annotation
cis-regulatory discovery
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill regulomedb-database -g -y
