Agent Skills
› aipoch/medical-research-skills
aipoch/medical-research-skills
GitHub将审稿人意见转化为结构化、专业的点对点回复，区分接受、澄清或反驳策略，关联稿件修改内容，确保回复严谨且避免过度承诺，适用于学术稿件修订场景。
Install All Skills
npx skills add aipoch/medical-research-skills --all -g -y
Skills in Collection (593)
Showing top 50 of 593 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
将审稿人意见转化为结构化、专业的点对点回复，区分接受、澄清或反驳策略，关联稿件修改内容，确保回复严谨且避免过度承诺，适用于学术稿件修订场景。
收到审稿人或编辑的修改意见
需要撰写稿件修订回复信
将修订笔记转化为面向审稿人的正式回复
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill author-response-builder -g -y
用于校准生物医学论文中的科学声明强度，确保措辞与实际证据等级、研究设计及验证状态相匹配。识别夸大或模糊表述，提供精准、可辩护的重写建议，避免过度宣传。
需要调整论文中结论或讨论部分的语气强弱
审稿人指出声明过于绝对或缺乏证据支持
检查摘要或引言是否存在因果/机制过度推断
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill claim-strength-calibrator -g -y
将研究摘要适配至特定会议提交格式，压缩字数并调整结构（如背景/方法/结果/结论），确保符合各会议的字数限制和章节要求。
adapt my abstract for conference
shorten my abstract to word limit
reformat for ASCO/ASGCT/SfN/AACR
I need a conference abstract
cut my abstract to fit the word limit
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill conference-abstract-writer -g -y
用于检查生物医学手稿各部分（标题、摘要、方法等）的内部一致性，识别版本漂移和逻辑矛盾，区分主要风险与次要问题，提升稿件质量。
提交前稿件审查
修订版版本比对
图表与正文一致性检查
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill consistency-checker-across-manuscript -g -y
专用于为医学研究论文起草期刊投稿Cover Letter，根据稿件信息和目标期刊定制内容，强调新颖性与期刊契合度。
write a cover letter for my paper
draft a submission cover letter
help me write to the editor
cover letter for [journal name]
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill cover-letter-drafter -g -y
用于撰写或优化生物医学论文讨论部分的技能，协助解释结果、关联文献、阐述局限并生成结论。
Writing or improving a Discussion section for biomedical manuscript
write my discussion
help me discuss my findings
how do I compare to prior studies
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill discussion-composer -g -y
用于生成或修订符合出版标准的科学图表图注，涵盖多种图表类型及期刊格式要求。
写一个图注
帮我描述这个图
我的图需要图注
写Figure 1图注
图注应该包含什么
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill figure-legend-writer -g -y
专为科研资助申请设计的写作技能，重点协助起草和修改NIH Specific Aims页及NSF项目摘要。提供标准结构模板与逻辑链优化，明确排除预算、生物简历等全策略内容撰写。
Drafting or substantially revising a Specific Aims page for NIH R01, R21, or R03
Writing an NSF Project Summary (Intellectual Merit + Broader Impacts)
help me draft specific aims for NIH
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill grant-specific-aims-writer -g -y
将生物医学研究叙事转化为图形摘要，支持直接生成图片、提示词、Mermaid流程图或设计师简报，确保视觉简化不扭曲科学事实。
用户需要为生物医学论文生成图形摘要
用户提供研究故事线要求可视化表达
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill graphical-abstract-generator -g -y
专用于生物医学论文引言逻辑构建，通过背景-缺口-目标架构明确研究定位与核心问题，避免文献堆砌，确保叙事结构严谨且准确。
需要优化生物医学论文引言逻辑
梳理临床研究或基础研究的背景与知识缺口
明确研究在现有文献中的定位
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill introduction-logic-builder -g -y
专注于生物医学论文引言部分的完整写作，将已确定的背景-缺口-目标逻辑转化为规范学术文本，避免文献堆砌与过度宣称，并提供引用建议。
需要撰写生物医学论文引言
已有研究逻辑需转化为正式引言段落
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill introduction-section-writer -g -y
将现有手稿转换为符合目标期刊或会议模板的 LaTeX 格式，保留内容完整性并优化结构，适用于 Word/纯文本转 LaTeX、LaTeX 清理及修订阶段重新格式化。
需要转换稿件为特定期刊 LaTeX 格式
Word 或纯文本转 LaTeX
LaTeX 稿件清理与模板适配
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill latex-manuscript-format-converter -g -y
专注于生物医学英语的精准编辑，提升术语准确性、语法和学术语气，同时严格保留事实、证据边界及科学原意，适用于论文各部分及回复信的精修。
需要精修生物医学英文稿件
提升学术论文语言质量
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill medical-english-precision-editor -g -y
基于Scrum的学术论文审查、修订及R&R工作流工具。支持多格式文档，自动检测稿件阶段，执行多维度评审并生成优先级修订清单，协助规划修订冲刺。
用户要求审查学术论文
根据审稿意见修订手稿
回复审稿人意见(R&R)
输入命令 /ps 或 /papersprint
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill paper-sprint-review -g -y
协助科研人员将论文内容重组为适合学术会议的Poster故事线，规划章节结构、标题层级、图片选择及现场讲解流程。
help me design a poster layout
what sections should my poster have
how do I arrange my poster
poster structure for conference
which figures should I use for my poster
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill poster-storyline-builder -g -y
用于医学论文引用完整性审查，检查引文与主张的匹配度、避免过度延伸或二手引用，识别引用漂移和证据风险，提升稿件可信度。
医学论文草稿审查
回复审稿人意见
高密度引用段落分析
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill reference-integrity-checker -g -y
用于检查生物医学手稿是否符合CONSORT等报告规范，识别缺失或薄弱项，评估提交风险。
手稿投稿前合规检查
修订阶段报告完整性审查
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill reporting-guideline-compliance-checker -g -y
用于组织生物医学研究结果章节的结构，将现有图表和分析按叙事逻辑排序，区分主次发现与验证数据，确保结果呈现清晰且符合学术规范。
需要整理生物医学论文的结果部分结构
给定图表列表或结果摘要，要求生成结构化大纲
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill results-section-structurer -g -y
专用于生物医学论文结果部分的撰写，将清晰的结果层级转化为规范 prose，严格区分发现与解释，拒绝虚构数据。
需要撰写生物医学论文结果部分
提供结果大纲或图表清单要求生成正文
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill results-section-writer -g -y
为生物医学稿件修订制定优先级策略，对审稿意见进行分类和分层，区分需新实验、重分析或仅需澄清的问题，生成务实的修订计划以避免过度承诺。
收到期刊编辑或审稿人的修改意见
需要制定重大或轻微修订的策略计划
评估修订可行性和确定核心科学弱点
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill revision-strategy-planner -g -y
为生物医学研究团队生成实验室会议或项目审查的幻灯片结构，基于真实进度提炼关键发现与下一步计划，严禁虚构数据。
需要制作实验室周会汇报PPT
需要整理项目进展评审材料
需要将研究状态转化为决策导向的演示文稿
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill slide-deck-for-lab-meeting -g -y
将生物医学表格内容转化为清晰的手稿或演示文稿叙述，强调关键模式与对比，避免逐行复述数字，确保科学严谨性。
需要将统计表格转换为论文正文叙述
需要为幻灯片准备数据解读文本
需要精简补充材料中的表格信息
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill table-narrative-writer -g -y
用于根据稿件主题、设计和证据强度匹配合适的医学期刊，评估投稿可行性与策略。
决定论文投稿期刊
比较期刊影响因子与范围契合度
被拒后寻找替代目标
询问“这篇论文适合投哪里”
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill target-journal-matcher -g -y
专为生物医学研究设计的技能，用于优化论文标题和摘要。通过提升信息密度、结构清晰度和投稿适配性，确保事实准确并防止过度宣称，同时明确区分优化与内容虚构的边界。
需要优化生物医学论文标题或摘要
检查学术写作的信息密度和事实准确性
调整稿件以符合特定期刊的投稿要求
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill title-and-abstract-optimizer -g -y
用于批量校正合并后的bulk表达矩阵中的批次效应，保留生物学组结构并生成QC图。适用于含样本批次元数据的数据集，不适用于单细胞或无生物组的场景。
批量校正bulk表达矩阵的批次效应
需要生成批次校正前后的质量控制图
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill batch-effect-correction -g -y
基于关键基因列表构建ceRNA调控网络，整合miRNA-mRNA/lncRNA数据，输出CSV及PDF可视化结果。
从关键基因列表构建ceRNA网络
生成ceRNA调控网络的CSV和PDF报告
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill cerna-analysis -g -y
用于从批量表达矩阵中估计免疫细胞浸润比例，基于LM22签名矩阵进行去卷积分析，比较病例组与对照组，并生成结构化表格及可视化图表。
批量RNA-seq数据免疫浸润分析
比较两组样本的免疫细胞比例差异
使用CIBERSORT风格算法进行细胞类型反卷积
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill cibersort-immune-infiltration-analysis -g -y
用于对批量表达矩阵进行一致性聚类分析，识别稳定样本亚型。支持PAC模型选择及共识矩阵/CDF可视化，适用于生物医学研究中的无监督聚类任务。
需要基于批量表达数据识别稳定的样本亚型或簇
需要评估和比较不同聚类参数设置下的稳定性
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill consensus-clustering-analysis -g -y
用于评估二元预测模型的临床效用，通过拟合决策曲线模型、绘制决策和临床影响曲线并导出摘要输出。适用于临床队列数据，不处理生存分析或多分类问题。
评估二元预测模型的临床净收益
生成决策曲线和临床影响图
比较不同阈值下的净收益
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill decision-curve-analysis -g -y
用于在R中训练决策树模型（分类或回归），自动检测任务类型，验证参数，生成特征重要性排名表格与图表，并提供标准化输出目录的命令行工作流。
需要构建决策树模型
需要获取特征重要性排序结果
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill decision-tree-analysis -g -y
用于批量表达矩阵的两组差异基因筛选，生成DEG表、火山图和聚类热图。基于limma方法，支持case vs control对比。不适用于单细胞、多组比较或DESeq2等流程。
bulk RNA-seq 差异分析
生成火山图
生成聚类热图
limma 两组比较
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill deg-screening-analysis -g -y
用于批量RNA-seq或微阵列表达数据分析，识别两组生物样本间差异表达基因，并提供火山图和热图可视化。
分析bulk RNA-seq数据以寻找差异基因
生成差异表达基因的火山图或热图
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill differential-expression-analysis -g -y
用于批量表达矩阵的二元分类特征选择，基于弹性网逻辑回归及交叉验证。支持系数路径、Lambda选择及可视化。严格限制于二分类场景，排除生存分析、多分类及单细胞数据。
elastic net feature selection
glmnet binary classification
bulk expression matrix analysis
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill elastic-net-feature-selection -g -y
用于基于批量表达矩阵计算ESTIMATE免疫及基质评分，生成热图及分组箱线图的生物信息分析技能。
计算ESTIMATE免疫评分
生成肿瘤微环境评分热图
批量RNA-seq数据分析
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill estimate-immune-score-analysis -g -y
用于在外部批量表达队列中验证现有预后风险模型，生成风险评分、生存曲线及ROC等图表。不适用于模型训练或单细胞数据分析。
验证预定义的预后基因特征签名
对包含OS和OS.time列的外部临床数据进行生存分析
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill external-model-validation -g -y
用于对基因或蛋白质表达矩阵进行log2、z-score或min-max标准化，适用于下游可视化或探索性分析。不适用于计数模型归一化或单细胞数据。
需要对基因/蛋白表达矩阵进行标准化
执行log2变换、z-score缩放或min-max归一化
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill gene-protein-expression-matrix-normalization -g -y
针对批量RNA-seq或微阵列数据的基因列表，执行GO和KEGG富集分析并生成组合点图。支持SYMBOL等ID及人鼠大鼠物种数据库，排除单细胞及非表达组学数据。
需要执行GO/KEGG功能富集分析
需要生成生物信息学富集结果图表
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill gokegg-analysis -g -y
执行基因集富集分析（GSEA），支持基于排序基因列表的分析模式及生成富集曲线图，涵盖KEGG、HALLMARKS等通路，适用于生物医学研究中的数据可视化与统计检验。
需要对基因列表进行GSEA富集分析
需要生成或查看GSEA富集曲线图
需要运行GSEA管道并进行冒烟测试
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill gsea -g -y
用于批量表达矩阵的GSVA/ssGSEA通路级差异分析及KEGG/MsigDB富集比较，并基于结果对象生成热图。支持CLI模式分析与可视化，适用于bulk RNA-seq或微阵列数据。
Run GSVA on my bulk RNA-seq matrix and compare case vs control
Use ssGSEA to score pathways and save the pathway differential results
Generate a KEGG pathway heatmap from my saved GSVA result
Do pathway enrichment with GSVA for these grouped bulk samples
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill gsva-analysis-and-visualization -g -y
用于基于批量表达矩阵和样本注释表生成样本级层次聚类树状图，适用于QC、批次检查和样本相似性评估。
hierarchical clustering
dendrogram
sample QC
batch inspection
sample similarity
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill hierarchical-clustering-plot -g -y
基于批量表达矩阵和免疫基因集，运行GSVA或ssGSEA分析以量化免疫通路活性，并使用limma进行两组差异比较，输出结果表与热图。
对批量RNA-seq数据进行免疫通路活性评分
比较两组样本间的免疫通路富集差异
生成免疫通路差异分析热图
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill immune-pathway-analysis -g -y
基于含时间、状态和风险组的表格数据，生成Kaplan-Meier生存曲线PDF。支持命令行参数校验、自动时间单位处理及会话元数据捕获，适用于医学研究中的生存分析可视化任务。
需要生成Kaplan-Meier生存曲线
对包含时间、状态和分组的表格数据进行生存分析
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill km-survival-curve -g -y
用于批量表达矩阵的缺失值填补，基于分组感知KNN算法，支持高缺失率基因过滤及小样本均值/中位数回退。
批量表达矩阵缺失值填补
基于分组列的KNN插补
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill knn-imputation -g -y
基于LASSO逻辑回归对表达矩阵等组学特征进行二分类模型构建，支持交叉验证、系数路径可视化及标准化CLI执行。
需要构建二分类机器学习模型
使用LASSO进行特征选择和系数正则化
处理组学数据或高维特征矩阵
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill lasso-logistics-analysis -g -y
在R中训练LightGBM模型处理表格数据，返回指标、特征重要性排名表及可视化图表。
使用R进行LightGBM建模
需要表格数据的分类或回归分析
获取特征重要性排序结果
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill lightgbm-analysis -g -y
基于本地ceRNA参考表，通过共享miRNA证据构建lncRNA-mRNA调控网络。支持从基因/lncRNA列表生成网络表及证据表，并可复用对象生成PDF可视化，不依赖表达矩阵推断。
构建lncRNA-mRNA调控网络
基于目标基因或lncRNA列表查询关联mRNA
生成网络表格和三方证据表
复用已保存的网络对象重新绘制PDF图表
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill lncrna-regulatory-network-construction-analysis -g -y
用于通过Bootstrap重采样生成生存模型（Cox）的校准曲线，验证预测概率与观察结果的一致性。支持多时间窗评估及统计导出，输入为临床CSV文件，排除诺莫图构建、ROC分析等场景。
需要验证生存模型的校准度
生成特定时间点的校准曲线
对比预测与观察存活率
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill model-calibration-curve -g -y
基于已选生存预测变量构建预后列线图，计算C指数并导出结果包及PDF图表。适用于临床生存数据分析中的模型可视化与评估环节。
构建预后列线图
计算C指数表
生成列线图PDF
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill nomogram-construction -g -y
用于对表格型数值数据进行主成分分析（PCA）降维，支持自动特征选择、参数校验及结果导出。
需要对多变量数值数据进行降维处理
需要执行带参数校验的PCA命令行工作流
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill pca-dimensionality-reduction -g -y
提供基于本地STRING缓存的R语言PPI网络分析工作流，支持基因列表输入、交互过滤、节点边表导出及可复现PDF绘图，适用于离线生物医学研究。
需要构建蛋白质相互作用网络
使用本地数据生成网络可视化图
npx skills add aipoch/medical-research-skills --skill ppi-network-analysis -g -y
