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aipoch/open-science
GitHub基于ColabFold运行AlphaFold2/多聚体预测，通过MMseqs2生成MSA并输出蛋白结构。用于序列折叠、复合物验证及设计序列自洽性评估，支持单体与多聚体模型。
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Skills in Collection (25)
基于ColabFold运行AlphaFold2/多聚体预测，通过MMseqs2生成MSA并输出蛋白结构。用于序列折叠、复合物验证及设计序列自洽性评估，支持单体与多聚体模型。
需要预测蛋白质单体或复合物的三维结构
验证设计的蛋白质序列稳定性或相互作用
快速获取基于公共MSA服务器的蛋白结构预测结果
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Boltz-2 技能用于蛋白质、核酸及小分子复合物的结构预测与结合亲和力评估。支持 Binder 验证、共折叠及开放源 AlphaFold3 替代方案，通过 YAML 配置序列并输出置信度评分与结构文件。
需要预测蛋白质与小分子复合物的三维结构
验证设计的结合蛋白（Binder）是否有效
进行蛋白质与配体的共折叠分析
获取开源的结构生物学预测结果
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基于DNA序列预测基因组功能轨道（如RNA-seq、ChIP），用于评估变异调控效应、生成覆盖轨道及优先排序非编码变异。
根据DNA序列预测功能轨道
评估遗传变异的调控效应
优先排序非编码变异
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基于Chai-1模型的蛋白质、核酸及小分子复合物结构预测技能。支持从FASTA输入生成原子级3D结构，适用于抗体抗原、蛋白配体复合物预测及批量GPU推理，提供评分与冲突检测。
预测蛋白质与核酸或配体的复合物结构
执行AlphaFold替代方案的多聚体折叠
在Python中进行批量GPU结构预测
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为 Open-Science SSH 计算主机准备可复现的软件环境定义与激活指令，支持 Slurm 调度。用于解决远程作业所需的包、模块及缓存配置问题，生成用户管理的持久化环境脚本，确保环境一致性且不由系统直接执行安装。
需要为远程计算节点配置特定软件环境
生成可复现的 Slurm 作业环境激活脚本
处理远程主机的包管理与路径映射
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用于通过对话创建、管理 Specialist 代理或编辑、发布、删除 Skill。路由至内部 skill-creator 处理技能生命周期，使用 host.agents SDK 管理 Specialist 的增删改查及关联操作。
用户想要创建或修改 Agent 技能
用户想要创建或管理 Specialist 代理
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用于预测小分子与蛋白质结合构象的DiffDock-L技能，支持盲对接、批量处理及基于ESMFold的受体折叠，提供3D姿态生成与置信度排序。
预测小分子结合构象
批量对接SMILES或SDF文件
获取下游重评分的初始姿态
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用于管理Notebook运行时的Python/R包，处理缺失包安装、版本检查及环境路由。禁止在单元格内直接安装，需通过manage_packages工具在可信主进程中操作并重启内核。
Notebook运行因缺少包报错（ImportError等）
需要检查已安装包版本或元数据
需要安装或管理Python/R依赖包
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基于 Evo 2 DNA 语言模型，提供序列打分、嵌入生成及变异效应分析功能。适用于基因组学中的序列评分、分类特征提取及条件生成任务。
计算 DNA 序列的对数似然概率以评估变异影响
将基因组窗口嵌入用于下游分类任务
根据前缀条件生成新的 DNA 序列
跨物种评估调控或编码区域
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封装Meta AI ESM-2模型，支持蛋白质序列嵌入提取、掩码语言模型突变效应评分及接触预测。适用于下游机器学习任务，需GPU环境。
需要提取蛋白质序列或残基的嵌入向量
进行突变效应评分或掩码语言模型似然计算
从氨基酸序列预测蛋白质接触图
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用于生成出版级多面板图表的编排技能。基于声明和数据版本，规划12列网格布局，委派子任务绘制面板，并通过对抗性审查循环优化结果，确保图表叙事逻辑与数据准确性。
需要生成多面板组合图
根据学术声明构建可视化图表
已有图表需重新规划或审查
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提供出版级科学图表的规范，确保最终交付数据的准确性、一致性和可读性。涵盖数据保真度、标签精简、颜色语义及布局验证，适用于报告或论文中的正式图表，排除探索性分析。
生成用于报告、论文或归档的最终交付图表
对已绘制的科学图表进行合规性与正确性审查
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生成治疗适应症的研究报告，涵盖患者群体、流行病学、疾病生物学、标准护理及临床试验设计。通过多阶段流程结构化输出，辅助药物研发决策。
需要生成特定适应症的详细临床与研究综述
进行新药研发的适应症可行性分析
整理疾病背景以支持试验方案设计
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用于在包含配体、核酸或金属的蛋白质骨架上进行逆折叠设计，优化结合口袋或金属配位位点。支持多种MPNN模型类型及本地运行，自动输出带置信度的序列与PDB文件。
需要重新设计结合口袋残基
设计受几何约束的金属配位位点
包含小分子或辅因子的蛋白质结构逆向设计
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用于查找、验证和综合科学文献的 Skill。通过 CrossRef/OpenAlex API 检索论文，避免伪造引用，处理撤稿，并基于证据强度校准置信度，生成包含争议与新发现的深度综述而非简单列表。
查询特定领域的奠基性或关键论文
请求对某一主题进行多源文献的综合综述与差距分析
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基于OpenFold3进行蛋白质、核酸及配体复合物的三维结构预测。提供安装、权重下载及JSON格式查询的运行指南，适用于生物信息学领域的分子结构模拟任务。
需要预测蛋白质或复合物结构
运行AlphaFold3兼容模型
生物信息学数据分析
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评估并重构论文整体故事线，从手稿和图表标题生成简要说明及有序的图表叙事弧，供编辑审核或传递给图表合成器。
撰写或修改论文时构建基于证据的简报
作为处理编辑审查完整图表集的故事逻辑
为 figure-composer 准备有序的图表叙事顺序
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ProteinMPNN用于蛋白质骨架逆向折叠生成氨基酸序列，支持RFdiffusion设计、界面固定残基重设计及温度扫描。
蛋白质序列设计
逆向折叠
结合蛋白设计
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用于通过SSH远程执行命令或提交Slurm作业，支持GPU、高内存及长耗时科学计算任务。提供主机发现、命令调用及异步作业生命周期管理功能。
需要远程执行Shell命令
提交Slurm批处理作业
评估远程计算资源可用性
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利用scGPT单细胞基础模型对AnnData进行嵌入和注释，支持聚类、整合及零样本细胞类型标注。提供本地运行指南及基于GPU的远程计算作业提交方法，返回用于下游分析的细胞嵌入向量。
需要生成单细胞数据的嵌入向量
执行单细胞类型的零样本或微调注释
使用scGPT模型处理基因表达数据
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基于 scvi-tools 进行单细胞 RNA 测序数据分析，包括批次校正、细胞嵌入聚类及半监督标签转移。提供输入验证与训练流程指导，适用于生物信息学中的高维数据处理。
需要整合多个 scRNA-seq 数据集的批次效应
执行单细胞数据的降维嵌入或聚类分析
利用参考数据对查询数据进行细胞类型注释迁移
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指导 Agent 在 JS REPL 中通过 host.capabilities() 安全发现可用 API，定位文件、会话及帧信息，用于环境感知和前置能力检查。
Agent 需要调用 host.* 系列方法前
需要确认当前运行环境支持特定功能时
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用于创建、修订、评估和发布 Open-Science Skills 的工具，提供基于 JavaScript host API 的生命周期管理，指导用户完成从意图捕获、包编写到测试验证及发布的完整工作流。
需要创建新的可复用 Skill
修改或优化现有 Skill
为 Skill 添加测试用例或基准
改进 Skill 触发逻辑
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用于蛋白质序列逆向折叠，针对胞质表达和减少聚集优化。适用于Vanilla ProteinMPNN设计出现聚集、需改善可溶性或大肠杆菌表达的场景。
蛋白质设计出现聚集
需要提高异源宿主中的可溶性产率
准备进行大肠杆菌表达筛选
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用于蛋白质、核酸及复合物的三维结构预测与共折叠分析。支持单序列和MSA模式，提供ESMC嵌入、突变评分等功能。适用于生物分子设计验证、复合物结构预测及高性能推理配置。
预测蛋白质或核酸的三维结构
验证设计的结合蛋白（Binder）
获取ESMC模型嵌入或突变评分
运行多序列比对（MSA）输入的结构预测
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