Agent Skills
› aipoch/open-science
aipoch/open-science
GitHub封装AlphaFold2/ColabFold进行蛋白质单体及多聚体结构预测。支持通过FASTA输入、MSA生成、多模型权重运行及pLDDT/ipTM评分排序，用于序列折叠验证与复合物界面评估，并提供gVisor兼容性与MMseqs2服务器性能优化建议。
Install All Skills
npx skills add aipoch/open-science --all -g -y
Skills in Collection (25)
封装AlphaFold2/ColabFold进行蛋白质单体及多聚体结构预测。支持通过FASTA输入、MSA生成、多模型权重运行及pLDDT/ipTM评分排序，用于序列折叠验证与复合物界面评估，并提供gVisor兼容性与MMseqs2服务器性能优化建议。
需要预测蛋白质单体或复合物的三维结构
使用AlphaFold2或ColabFold工具进行生物信息学分析
验证设计序列的结构稳定性或相互作用界面
npx skills add aipoch/open-science --skill alphafold2 -g -y
Boltz-2蛋白质结构预测技能，支持蛋白、核酸及小分子复合物的共折叠与结合亲和力预测。用于验证设计结合剂、获取高精度结构模型及开放权重替代方案。
需要预测蛋白质与小分子复合物的3D结构
验证设计的生物结合剂与靶点的结合能力
执行蛋白质-核酸-配体共折叠任务
npx skills add aipoch/open-science --skill boltz -g -y
利用Borzoi模型根据DNA序列预测基因组功能轨迹，用于评估非编码变异对表达或染色质可及性的调控影响，生成预测覆盖轨迹并优先排序变异。
需要预测DNA序列的功能性轨迹
评估遗传变异的调控效应
对非编码变异进行优先级排序
npx skills add aipoch/open-science --skill borzoi -g -y
Chai-1技能用于蛋白质、核酸及小分子复合物的结构预测。支持从FASTA输入预测复合物结构，可作为AlphaFold替代方案进行折叠设计或批量GPU推理，适用于生物模型构建与药物发现场景。
需要预测蛋白质-配体或抗体-抗原复合物结构
使用Python脚本批量运行多实体共折叠任务
作为AlphaFold的替代方案重新折叠设计的结合蛋白
npx skills add aipoch/open-science --skill chai1 -g -y
为 Open-Science SSH 计算主机准备可复现的软件环境定义及激活指令，支持 Slurm 作业。负责生成环境配置脚本、验证路径一致性并处理主机选择逻辑，但不直接执行安装或资源修改操作。
用户需要在远程计算节点配置特定的软件包或模块环境
需要为 Slurm 作业创建可重复使用的激活脚本
用户请求在特定主机上验证或更新环境定义
npx skills add aipoch/open-science --skill compute-env-setup -g -y
用于通过对话创建、管理 Specialist Agent 或操作 Skill（创建、修订、发布、删除）。路由至内部 skill-creator 处理 Skill，使用 host.agents SDK 处理 Specialist。
用户想要创建或管理 Specialist agent
用户想要通过 /Customize 命令创建、修订、发布或删除 Skill
npx skills add aipoch/open-science --skill customize -g -y
DiffDock-L 技能用于基于扩散模型预测小分子与蛋白质的结合构象。支持盲对接、批量处理及自动折叠受体，生成带置信度的3D姿态，适用于药物发现中的姿态预测场景。
预测小分子在蛋白质口袋中的3D结合姿态
对SMILES或SDF格式的配体进行批量对接
为下游重评分提供初始姿态
npx skills add aipoch/open-science --skill diffdock -g -y
管理 Notebook 运行时的 Python/R 包环境。处理缺失包的自动安装、版本检查及运行时绑定，禁止在单元格内直接安装，确保依赖合规与稳定。
代码因缺少包报错（如 ImportError）
需要检查已安装包的具体版本
需要为 Notebook 运行时安装或更新依赖
npx skills add aipoch/open-science --skill env-management -g -y
提供基于Evo 2基因组基础模型的DNA序列评分、嵌入及生成功能，用于变异效应评估和下游分类任务。
计算DNA序列或核苷酸的似然值以评估变异效应
对基因组窗口进行嵌入以用于分类任务
根据前缀条件生成DNA序列
跨物种评分调控或编码区域
npx skills add aipoch/open-science --skill evo2 -g -y
使用 Meta AI ESM-2 模型进行蛋白质序列嵌入提取、掩码语言模型突变效应评分及接触预测。支持多种规模模型，适用于下游机器学习任务。
提取蛋白质序列或残基嵌入
评估突变对蛋白质的影响
从序列预测接触图
npx skills add aipoch/open-science --skill fair-esm2 -g -y
用于生成出版级多面板图表的自动化工作流。从声明或现有图表出发，规划12列布局，委派子代理绘制各面板，并通过对抗性审查循环优化结果，确保数据引用准确且视觉规范统一。
需要生成包含多个子图的专业出版物级别图表
基于单一声明构建可视化叙事结构
对现有图表进行结构化重绘或审核
npx skills add aipoch/open-science --skill figure-composer -g -y
提供出版级科学图表的生成规范，确保数据保真、标签清晰及布局合理。适用于报告、论文等最终交付物的图表制作，涵盖数据一致性、颜色语义和渲染验证，不强制视觉风格。
生成用于报告或论文的终版科学图表
对已保存的图表进行质量审查与修正
npx skills add aipoch/open-science --skill figure-style -g -y
生成治疗适应症研究报告，涵盖患者群体、流行病学、疾病生物学、标准护理及临床试验设计。通过多阶段并行调研，整合临床与文献数据，输出结构化文档以支持监管路径和试验规划。
需要生成特定适应症的详细研究报告
进行临床试验设计前的背景调研
查询疾病流行病学与标准治疗方案
npx skills add aipoch/open-science --skill indication-dossier -g -y
用于结合配体、核酸或金属的蛋白质逆折叠与序列设计，支持结合口袋及金属位点重构。
需要围绕小分子配体重新设计蛋白质残基
设计需保持特定几何结构的金属配位位点
使用MPNN生成并映射回结构序列的PDB文件
npx skills add aipoch/open-science --skill ligandmpnn -g -y
用于查找、验证和综合科学文献的技能。通过交叉引用和OpenAlex检索论文，确保引用真实可靠，避免捏造，并基于证据强度进行综合综述与差距分析。
需要查找特定领域 seminal paper
要求进行多源科学文献的综合综述
需要验证论文DOI或检查撤稿情况
npx skills add aipoch/open-science --skill literature-review -g -y
基于OpenFold3的蛋白质及复合物结构预测工具，支持通过JSON配置序列与配体，利用PyTorch实现AlphaFold3功能。
预测蛋白质三维结构
分析核酸或配体复合物构象
运行生物分子模拟任务
npx skills add aipoch/open-science --skill openfold3 -g -y
用于评估和重塑论文整体故事线。通过输入手稿、摘要及图表，生成结构化简报与图表叙事弧，作为图表设计前的顶层逻辑审查环节，确保视觉呈现忠实于论文核心论点。
撰写或修改论文时推导基于稿件的简明摘要
像处理编辑一样审查完整图表集以构建有序的故事弧线
npx skills add aipoch/open-science --skill paper-narrative -g -y
基于蛋白质骨架PDB结构逆向折叠生成氨基酸序列的Skill，支持RFdiffusion骨架设计、界面残基固定及温度扫描。
蛋白质序列设计
逆向折叠
PDB结构分析
npx skills add aipoch/open-science --skill proteinmpnn -g -y
提供通过SSH远程执行命令及Slurm异步作业管理的技能，涵盖主机发现、连接创建、短命令调用及作业生命周期处理，适用于GPU等高性能计算场景。
需要远程执行Shell命令
提交或管理Slurm异步作业
查询可用远程计算主机列表
在远程主机上进行科学计算或模型推理
npx skills add aipoch/open-science --skill remote-compute-ssh -g -y
使用 scGPT 单细胞基础模型进行单细胞表达数据的嵌入和注释。支持从 AnnData 生成用于聚类的细胞嵌入、零样本或微调的细胞类型注释，以及基因级扰动/GRN 任务表示。
需要生成单细胞嵌入以进行聚类或整合
执行零样本或微调的细胞类型注释
进行基因级表示以处理扰动或 GRN 任务
npx skills add aipoch/open-science --skill scgpt -g -y
用于单细胞RNA测序数据分析，支持scVI批次校正、scANVI标签迁移及差异表达分析。提供输入验证与训练流程，适用于细胞聚类、注释转移等任务。
需要整合多个scRNA-seq批次数据以消除批次效应
使用scANVI将参考数据集的细胞类型注释迁移到查询数据
进行单细胞数据的降维嵌入或聚类可视化
执行基于贝叶斯方法的差异基因表达分析
npx skills add aipoch/open-science --skill scvi-tools -g -y
指导 Agent 在 JS REPL 中通过 host.capabilities() 探测可用 API，安全调用主机功能，定位资源并诊断会话。
Agent 需要发现可用的主机 API
定位 Artifact 或 Upload Version
诊断 Session 状态
读取 Frame 转录内容
npx skills add aipoch/open-science --skill self-awareness -g -y
用于创建、修订、评估和发布 Open-Science 技能的 JavaScript 工具。提供技能生命周期管理 API，指导用户从意图捕获到最终发布的完整工作流，支持自动化构建与验证。
需要创建新的可复用技能包
希望修改或优化现有技能
为技能编写测试用例或基准
改善技能触发逻辑
npx skills add aipoch/open-science --skill skill-creator -g -y
利用SolubleMPNN对蛋白质骨架进行反向折叠，生成偏向胞质表达且减少聚集的序列。适用于解决常规ProteinMPNN设计导致的蛋白聚集问题或优化大肠杆菌表达可溶性。
解决蛋白表达时出现包涵体或聚集问题
需要提高异源宿主中的蛋白可溶性产量
针对膜邻近折叠进行可溶性表达重设计
npx skills add aipoch/open-science --skill solublempnn -g -y
用于生物大分子结构预测与嵌入分析。支持ESMFold2多体共折叠、单序列/MSA模式及ESMC模型特征提取，涵盖安装配置、内核加速优化及复杂复合物结构设计验证。
蛋白质或核酸结构预测
结合蛋白亲和力设计验证
获取突变评分或嵌入向量
生物计算环境部署
npx skills add aipoch/open-science --skill esmfold2 -g -y
