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Runchuan-BU/BioClaw
GitHub为BioClaw容器添加Python绘图技能，提供出版级图表指南。创建SKILL.md和seaborn参考文档，涵盖matplotlib、seaborn等工具路由与规范，不修改应用源码，仅作为运行时技能增强。
Install All Skills
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --all -g -y
Skills in Collection (40)
为BioClaw容器添加Python绘图技能，提供出版级图表指南。创建SKILL.md和seaborn参考文档，涵盖matplotlib、seaborn等工具路由与规范，不修改应用源码，仅作为运行时技能增强。
用户需要在容器中生成高质量学术图表
需要Python-only的绘图参考指引
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-figure -g -y
为BioClaw集成Gmail功能，支持Tool和Channel两种模式。指导用户完成GCP OAuth配置及凭证设置，实现邮件读取、发送及触发Agent的能力。
需要集成Gmail服务
配置GCP OAuth认证
添加邮件收发功能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-gmail -g -y
验证并安装八个生物信息学运行时技能包，确保目录结构扁平且包含必要文件，无需修改源码。
需要为BioClaw添加或更新omcis分析技能
检查container/skills目录下是否有缺失的运行时技能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-omics-runtime-pack -g -y
为现有Telegram频道添加Agent Swarm支持，使子代理拥有独立机器人身份。需先配置主Bot并创建池化Bot，修改代码实现消息发送与动态重命名，以区分不同角色发言。
agent swarm
agent teams telegram
telegram swarm
bot pool
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram-swarm -g -y
为BioClaw系统添加Telegram渠道支持，配置Grammy框架及Bot Token，支持替换WhatsApp或并行运行，可设为控制或通知模式。
需要集成Telegram作为消息通道
配置Telegram Bot与Chat ID
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram -g -y
为BioClaw集成OpenAI Whisper API，实现WhatsApp语音消息自动转文字。指导安装依赖、配置密钥及创建转录模块，使Agent能读取并回复语音内容。
需要添加语音消息转录功能
集成第三方API以增强多模态交互
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-voice-transcription -g -y
将BioClaw从Apple Container迁移至Docker，实现跨平台支持。提供代码修改指南、环境检查及安装步骤，覆盖Linux/macOS部署场景。
用户希望在Linux上运行
切换到Docker容器
启用跨平台部署
迁移离开Apple Container
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill convert-to-docker -g -y
指导用户通过交互式问答，为BioClaw添加新渠道、集成或修改行为。涵盖代码实现、配置调整及部署变更，并提供测试验证指南。
用户希望添加新的消息渠道如Telegram或Slack
用户需要修改助手行为或触发规则
用户想集成新的MCP服务
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill customize -g -y
提供容器化Agent系统的调试指南，涵盖架构、日志定位、环境变量配置及常见故障排查（如认证失败、权限限制），用于快速诊断和解决容器运行异常。
容器启动失败或进程退出
排查认证与API Key问题
检查环境变量未生效
分析容器日志定位错误
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill debug -g -y
自动化执行 BioClaw 初始配置，包括安装依赖、检测并配置容器运行时（Docker/Apple Container）、设置 Claude 认证及 WhatsApp 渠道。通过交互引导用户完成环境搭建。
setup
install
configure bioclaw
first-time setup
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill setup -g -y
提供通过WhatsApp自动化操作X（Twitter）的功能，包括发帖、点赞、回复等。支持浏览器自动化配置与调试。
setup x
x integration
twitter
post tweet
tweet
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill x-integration -g -y
提供浏览器自动化能力，支持网页导航、DOM快照、交互操作（点击/填表）、数据提取及截图。适用于Web测试、信息抓取及网页应用交互任务。
需要浏览网页或访问特定URL
需要与Web页面元素进行交互如点击或填写表单
需要从网页提取结构化数据
需要对网页进行测试或生成截图
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill agent-browser -g -y
处理 bulk ATAC-seq 数据，涵盖 QC、MACS3 峰值调用、共识矩阵构建、差异可及性分析及 motif/footprint 后续分析。
需要进行 bulk ATAC-seq 数据分析
需要执行峰值调用或差异可及性检验
需要评估 TSS 富集或片段周期性等 QC 指标
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill atac-seq -g -y
提供生物信息学工具参考，涵盖序列比对、质量控制、基因组分析及Python数据处理脚本。
需要运行BLAST等序列搜索命令
执行读段比对或基因组算术操作
进行生物数据质控或统计分析
处理FASTA/FASTQ文件及单细胞数据
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill bio-tools -g -y
提供生物序列相似性搜索功能，支持本地及远程BLAST执行。用于根据DNA/RNA/蛋白序列查找相似序列、鉴定基因或进行同源性分析，并推荐后续比对与进化分析。
blast
sequence similarity
homology
identify sequence
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill blast-search -g -y
针对单细胞RNA测序数据，结合Marker基因检查与CellTypist自动化工具进行细胞类型注释。支持参考图谱迁移、置信度评估及不确定性处理，输出标注后的h5ad文件及可视化图表。
需要对scRNA-seq聚类结果进行生物学标签注释
使用CellTypist等工具进行自动化细胞类型预测
需要基于Marker基因验证或修正自动标注结果
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill cell-annotation -g -y
提供ChIP-seq数据分析全流程指导，涵盖MACS3峰值调用、信号轨道导出、峰值注释及基序分析。适用于TF或组蛋白修饰的窄/宽峰值处理，支持差异结合评估与QC检查。
ChIP-seq峰值调用
组蛋白修饰分析
转录因子结合位点识别
生成bigWig信号轨道
峰值功能注释
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill chip-seq -g -y
用于批量转录组差异表达分析，支持基于计数的模型拟合、对比处理及可视化。
进行RNA-seq差异表达分析
生成火山图或MA图
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill differential-expression -g -y
用于宏基因组数据分析，涵盖质控、宿主去除、物种分类及功能/抗性基因分析。适用于鸟枪法测序数据的丰度表生成与队列比较。
需要进行宏基因组数据质控和宿主序列去除
需要生成物种或属水平的丰度表
需要进行功能通路或耐药基因分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill metagenomics -g -y
用于质谱蛋白质组学数据的QC、定量、差异分析及可视化，支持DDA/DIA数据，提供标准化流程与质量审查标准。
需要蛋白质组学质量控制
执行蛋白水平定量或比较分析
检查缺失值与批次效应
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill proteomics -g -y
通过BioPython调用PubMed API搜索科研文献，支持按主题、期刊或日期筛选，返回文章标题、作者、摘要及链接。
查找论文
文献检索
研究现状查询
获取参考文献
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill pubmed-search -g -y
查询AlphaFold蛋白质结构预测，支持获取3D结构、下载PDB/CIF文件及分析置信度(pLDDT)。适用于生物信息学中的蛋白质折叠与结构可视化需求。
alphafold
protein structure
3D structure
folding
pLDDT
structure prediction
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用于查询NCBI ClinVar数据库，分析基因变异的临床意义、致病性及疾病关联。适用于用户询问变异致病性、临床显著性或特定基因的已知致病突变场景。
clinvar
pathogenic
variant significance
clinical significance
disease variant
mutation pathogenicity
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通过 Ensembl REST API 查询基因组数据，支持基因坐标、序列、变异位点及跨物种同源基因检索。适用于生物信息学数据分析场景。
用户询问基因位置或结构
查询 rsID 或变异信息
获取基因组/蛋白质序列
跨物种基因比较
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用于查询NCBI GEO数据库中的基因表达数据集。支持通过关键词、GEO编号检索RNA-seq或微阵列数据，获取数据集摘要信息，辅助生物信息学研究和数据发现。
查询基因表达数据
查找RNA-seq数据集
根据GSE/GDS编号查询
搜索特定疾病或组织的表达谱
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-geo -g -y
查询 InterPro REST API 以获取蛋白质结构域、家族、功能位点及基序信息，支持通过 UniProt ID 或文本搜索蛋白质注释和架构。
interpro
protein domain
domain architecture
protein family
functional site
motif
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-interpro -g -y
通过调用 KEGG REST API 查询生物通路、基因及化合物信息。支持按关键词搜索通路、获取通路详情与基因列表、查询特定基因信息及 ID 转换，适用于代谢或信号通路分析场景。
用户询问生物通路（如糖酵解、凋亡）
查找基因所属的通路
查询 KEGG 通路 ID
获取通路中的基因列表
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-kegg -g -y
查询 OpenTargets API 获取药物靶点、疾病关联及治疗证据。用于回答关于药物靶点、疾病机制、靶点验证或药病关联的问题。
opentarget
drug target
target validation
disease association
therapeutic target
drug for disease
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-opentarget -g -y
查询RCSB PDB数据库中的蛋白质实验结构，支持关键词搜索、高级检索及获取结构详情与下载。
用户询问晶体结构、X射线、冷冻电镜或NMR结构
提供PDB ID
查询分辨率、配体或结合位点
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-pdb -g -y
查询Reactome生物通路数据库，支持按关键词搜索通路、获取通路详情及参与者、基因列表富集分析等。用于回答信号级联、生物学过程及相关反应机制问题。
查询生物通路
获取通路图谱
查询特定反应
基因列表富集分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-reactome -g -y
查询STRING数据库以获取蛋白质相互作用网络、结合伙伴及功能富集分析。适用于用户询问蛋白互作、网络构建或置信度评分等场景。
protein interaction
interaction network
binding partners
interactome
PPI
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-stringdb -g -y
查询UniProt蛋白质数据库，支持通过基因名、ID或关键词检索蛋白质序列、功能、注释及结构信息，适用于生物信息学数据获取场景。
查询蛋白质功能
获取蛋白质序列
查找蛋白质注释
根据基因名查询蛋白信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-uniprot -g -y
基于 Typst 模板引擎生成专业级 PDF 报告，支持表格、图表、引用框及元数据等组件，适用于科研或业务分析场景。
需要生成结构化的 PDF 分析报告
使用 Typst 进行文档排版和编译
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill report-template -g -y
用于单细胞RNA测序数据的标准化预处理与聚类分析。涵盖QC过滤、归一化、高变基因选择、PCA/UMAP降维及Leiden聚类，生成分析就绪的AnnData对象供下游使用。
需要对原始或最小处理的scRNA-seq数据进行标准化预处理
用户需要执行UMAP可视化、细胞聚类或标记基因发现
下游任务依赖稳定的单细胞对象而非临时绘图
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill scrna-preprocessing-clustering -g -y
用于分析SDS-PAGE或蛋白纯化凝胶图像，结合序列与标签信息判断电泳效果、主带匹配度及杂质降解情况。
用户希望评估凝胶电泳质量
需要确认主带是否符合预期分子量
检测样品中的杂质、降解或聚集现象
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sds-gel-review -g -y
用于SEC色谱图数据分析，自动检测峰、分类寡聚体状态并生成包含完整文字解读的高质量PDF报告。
SEC分析
尺寸排阻色谱
寡聚体分析
蛋白组装
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sec-report -g -y
基于BioPython的序列分析技能，支持DNA/RNA/蛋白质序列的基础属性计算、翻译、GC含量、开放阅读框查找、限制性内切酶位点分析及引物设计。
用户询问序列属性如GC含量或长度
要求翻译DNA为蛋白质
寻找开放阅读框(ORF)
设计PCR引物
分析限制性酶切位点
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sequence-analysis -g -y
用于浏览和安装BioClaw社区技能库中的专业生物信息学技能，支持查询、下载及依赖安装。适用于内置技能无法覆盖的复杂分析任务或用户主动请求扩展功能时。
用户请求超出内置技能范围的特定分析任务
询问可用的其他技能或特定领域的技能
需要执行专业的生物信息学工作流
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill skills-hub -g -y
用于检索AlphaFold预测蛋白结构、下载坐标与置信度文件，并解读pLDDT/PAE指标以进行结构引导的生物学注释。适用于已知UniProt ID且缺乏实验结构的场景。
需要根据UniProt编号获取蛋白质三维结构
需要评估AlphaFold预测模型的局部或整体置信度
需要在蛋白结构上映射突变或活性位点信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill structural-biology -g -y
基于Genomic Intelligence托管API，对DNA序列进行启动子、剪接位点、增强子、染色质状态及基因表达等调控特征预测。
启动子预测
剪接位点
增强子活性
染色质状态
从序列预测表达量
基因组智能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-genomic-intelligence -g -y
