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jaechang-hits/SciAgent-Skills
GitHub用于Opentrons OT-2/Flex液处理机器人的Python协议开发，涵盖移液、PCR、稀释及硬件模块控制。提供API结构、板架布局及快速入门指南，支持本地模拟与多通道操作。
Install All Skills
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Skills in Collection (200)
Showing top 50 of 200 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
用于Opentrons OT-2/Flex液处理机器人的Python协议开发，涵盖移液、PCR、稀释及硬件模块控制。提供API结构、板架布局及快速入门指南，支持本地模拟与多通道操作。
编写Opentrons移液协议
控制OT-2或Flex机器人硬件
实现自动化液体处理工作流
配置热循环仪或磁分离模块
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用于使用 Plotly 库创建交互式科学可视化图表，支持散点、热力图等多种类型及动态交互功能。
需要生成交互式数据图表
构建数据分析仪表盘
可视化3D或地理数据
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Seaborn统计可视化技能，支持分布、关系、分类及回归图表生成。内置自动聚合与置信区间计算，兼容Pandas数据框。适用于EDA、科研绘图及出版级静态图表制作，交互场景推荐Plotly。
需要绘制统计分布图如直方图、KDE或箱线图
进行探索性数据分析并可视化变量相关性
生成带置信区间的趋势拟合或回归散点图
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-visualization -g -y
提供单细胞RNA测序细胞类型注释的最佳实践，涵盖基于标记基因、参考图谱和自动化分类的方法，辅助科研人员进行数据标注。
单细胞数据分析
细胞类型注释
scRNA-seq流程
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill single-cell-annotation -g -y
基于PyMC的贝叶斯统计建模技能，涵盖模型定义、NUTS/ADVI采样、诊断（R-hat, ESS）、模型比较（LOO/WAIC）及预测。支持层级、逻辑回归等变体，用于参数估计与不确定性量化。
需要贝叶斯推断和不确定性量化
构建层级或概率图模型
进行后验预测检查或模型选择
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用于生存分析，处理右删失数据的时间-事件建模。支持Cox PH、随机生存森林等模型及C-index等评估指标，兼容scikit-learn流水线。
需要进行生存分析或时间-事件建模
处理右删失数据并评估预测性能
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提供统计分析报告生成能力，涵盖假设检验选择、前提条件验证、效应量计算及APA格式报告。支持频率学派与贝叶斯方法，指导学术研究中数据结果的量化与规范呈现。
需要选择合适的统计检验方法
验证统计模型的前提假设
计算效应量和统计功效
生成符合APA规范的统计结果报告
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提供Python经典统计建模工具，涵盖线性回归、广义线性模型、离散选择及时间序列分析。强调系数解释、假设检验与诊断，适用于需要严谨统计推断的场景，区别于预测导向的机器学习库。
需要进行回归分析或假设检验
执行时间序列建模与预测
检查统计模型假设与诊断
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基于深度学习的细胞/细胞核分割工具，适用于荧光和明场显微镜图像。支持预训练模型实现跨染色条件的泛化分割，输出标签掩码用于形态学测量和追踪，无需手动调参。
需要分割显微镜下的细胞或细胞核
处理多类型生物图像的批量分割任务
规则阈值法失效的粘连细胞分割
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FlowIO是用于解析和写入流式细胞术FCS文件的轻量级Python库，支持多版本及元数据提取。适用于数据管道预处理、批量处理及格式转换等数据分析任务。
需要读取或写入FCS文件
从流式细胞仪数据中提取事件矩阵或通道元数据
将FCS数据转换为NumPy数组或CSV格式
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napari是用于生物图像的多维交互式可视化工具，支持2D/3D/4D数据查看、分割掩码标注及插件分析。适用于显微镜图像质检、深度学习训练数据标注及科学出版图表生成。
需要可视化显微镜或生物医学图像
对分割结果进行人工质检与标注
生成科学出版物所需的高清截图
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提供生物图像计算机视觉处理技能，涵盖OpenCV在荧光/明场图像预处理、细胞轮廓检测、实时显微镜视频流分析及形态学操作中的应用，强调C++加速性能。
生物图像预处理
细胞轮廓或斑点检测
实时显微镜视频流分析
模板匹配查找重复结构
光学流动计算用于细胞追踪
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提供Python与ImageJ2/Fiji的桥接能力，支持调用Bio-Formats、TrackMate等插件及Ops框架。实现NumPy数组与ImageJ数据结构的互转，支持无头批量处理图像分析任务，集成至Python工作流进行科学计算。
需要在Python中调用Fiji/ImageJ特定插件（如Bio-Formats, TrackMate）
通过Python脚本自动化执行ImageJ宏或批处理图像数据
需要在Python环境中使用ImageJ Ops进行图像处理
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提供生物医学图像的处理能力，包括读取写入、滤波去噪、分割测量及特征检测。适用于显微镜图像预处理、细胞核分割及形态学分析，集成于SciPy生态。
需要处理荧光显微镜或组织切片图像
执行细胞或细胞器的自动分割与计数
计算图像中对象的面积、强度等形态学属性
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trackpy是用于视频显微镜单粒子追踪的Python库，基于Crocker-Grier算法定位颗粒、链接轨迹并计算MSD及扩散系数，支持2D/3D亚像素精度分析。
需要分析荧光显微镜视频中的单粒子轨迹
计算粒子的均方位移或扩散系数
区分布朗运动、定向运动或受限运动
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提供Matplotlib科学绘图技能，支持生成出版级静态图表、多面板布局及3D图形。强调对字体、颜色等元素的精细控制与矢量格式导出，适用于科研论文插图制作。
需要创建用于发表的科研图表
要求精确控制图表元素样式
生成多子图或复杂布局
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用于生成交互式科学可视化图表的 Skill，支持 Plotly Express 和 Graph Objects API，提供悬停、缩放及动画功能，适用于生物信息数据探索与仪表盘构建。
需要生成交互式散点图或折线图
构建多面板交互仪表盘
导出 HTML 格式的可浏览图表
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-plots -g -y
提供科学数据可视化的全流程指南，涵盖图表选型、色彩理论与无障碍设计、多面板布局及期刊格式规范，旨在帮助研究人员制作清晰、准确且符合出版要求的科学插图。
需要为论文或报告选择合适的数据可视化图表
准备投稿至Nature等期刊的科学插图
优化图表配色以确保色盲友好和打印效果
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scientific-visualization -g -y
基于Seaborn和Matplotlib进行统计可视化，支持Pandas数据框自动聚合、分组及置信区间计算。涵盖分布、分类、关系、回归及矩阵图表，适用于快速探索性数据分析与科学出版级图表生成。
需要进行统计数据的可视化分析
生成箱线图、小提琴图或热图等统计图表
对Pandas DataFrame进行分组分布对比
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提供统计显著性标注指南，涵盖p值星号规范、matplotlib/seaborn实现及多重比较校正策略，用于制作出版级对比图表。
为箱线图或小提琴图添加显著性标记
将p值转换为星号格式
处理多重比较的p值校正
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提供BWA-MEM2 DNA短读段比对工具的使用指南，涵盖安装、参考基因组构建、序列比对及BAM文件处理流程。适用于WGS/WES/ChIP-seq等场景下的数据预处理与变异检测前准备。
需要比对DNA测序reads
生成GATK兼容的BAM文件
WGS或WES数据分析
ChIP-seq或ATAC-seq比对
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提供Python接口读写基因组文件（SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF等），支持区域查询、过滤及索引创建。适用于生物信息学数据处理与NG质控，封装htslib/samtools/bcftools功能。
读取或写入BAM/SAM/CRAM文件
分析VCF/BCF变异数据
FASTA序列提取与索引
计算覆盖度或pileup统计
构建生物信息学处理流水线
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用于NGS流程中SAM/BAM/CRAM比对文件的处理工具，支持排序、索引、格式转换、QC统计及去重等任务。
需要对BAM文件进行坐标排序或创建索引
需要转换SAM/BAM/CRAM格式以节省空间
需要生成比对质量控制的统计指标
需要过滤读取数据或标记PCR重复
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STAR RNA-seq比对工具技能，支持构建基因组索引、双通道路径比对及基因定量。生成BAM文件、剪接位点表等，适用于变异检测、可视化及ENCODE流程，替代Salmon以获取BAM格式数据。
RNA-seq reads alignment
BAM file generation for variant calling or IGV
Novel splice junction discovery
ENCODE pipeline compliance
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill star-rna-seq-aligner -g -y
用于细菌和古菌基因组及质粒的快速标准化注释。整合Prodigal等工具识别基因、RNA及CRISPR，生成NCBI兼容格式及可视化图表，支持MAGs注释与AMR分析。
需要注释细菌或古菌基因组序列
生成符合NCBI标准的GFF3或GenBank文件
对质粒或环状DNA进行独立注释
分析宏基因组组装基因组(MAGs)
检测抗生素耐药基因(AMR)
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用于原核生物（细菌、古菌、病毒）基因组快速注释的命令行工具，识别CDS及非编码RNA并输出多种格式文件。
新组装的原核生物基因组功能注释
为比较基因组学准备注释数据
宏基因组组装基因组(MAG)注释
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill prokka-genome-annotation -g -y
基于Roary流水线，对细菌GFF3注释进行聚类，生成基因存在/缺失矩阵、核心/泛基因组分区及多FASTA对齐文件，支持比较基因组学与系统发育分析。
计算细菌泛基因组
生成基因存在缺失矩阵
构建核心基因多序列比对
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用于从基因表达数据推断基因调控网络，支持GRNBoost2和GENIE3算法，具备Dask并行计算能力，适用于单细胞或批量RNA-seq数据分析。
需要构建基因调控网络
处理单细胞或批量转录组数据
执行pySCENIC流程的第一步
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提供分子生物学计算工具，支持序列操作、生物文件格式解析、NCBI数据库访问、BLAST搜索及蛋白质结构分析。适用于批量处理、自定义流水线构建和格式转换等科研数据处理任务。
需要解析或转换FASTA、GenBank、PDB等生物文件格式
通过程序从NCBI获取序列或文献数据
执行BLAST搜索或多序列比对
分析蛋白质三维结构或构建系统发育树
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用于生物信息学序列分析，涵盖NCBI数据检索、BLAST比对、多序列比对及系统发育树构建等流程。
从NCBI下载基因家族并构建系统发育树
解析GenBank或GFF文件提取CDS序列
运行BLAST搜索并获取完整序列
计算序列相似度或执行多序列比对
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封装ARCHS4 REST API，用于查询百万级RNA-seq样本的基因表达、组织特异性Z-score、共表达网络及元数据搜索。支持无认证访问，适用于生物信息学中的表达验证与候选基因筛选。
查询特定基因在不同组织中的表达水平或Z-score
查找与目标基因共表达的基因列表
根据组织、疾病等元数据搜索RNA-seq样本
获取大规模基因表达矩阵进行跨研究分析
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提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持蛋白查询、通路发现、ID映射及序列比对。适用于跨库数据整合与批量处理工作流，内置缓存与限流机制。
需要跨多个生物数据库查询数据
执行生物标识符批量转换
进行蛋白质或基因通路分析
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通过cBioPortal REST API获取癌症基因组数据，包括突变、拷贝数变异、表达谱及临床信息，支持TMB计算、生存分析和Oncoprint可视化。
查询特定基因的体细胞突变或CNAs
获取患者生存期或分期等临床数据
进行差异表达分析或生存曲线分析
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通过NCBI E-utilities查询ClinVar数据库，获取变体的临床意义、致病性及疾病关联。支持按基因、rsID或条件搜索，返回ClinSig和提交者数据，用于构建优先处理临床可操作变体的过滤管道。
查询特定变体（如rsID、HGVS）的临床意义分类
检索某基因的所有致病性变体
识别不同实验室间的解释冲突
获取变体相关的表型或疾病关联
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提供COSMIC癌症体细胞突变数据库的API调用技能，支持基因、样本及变异查询，涵盖突变频率、致癌基因分类、突变特征及耐药性数据检索。
查询特定基因的体细胞突变信息
获取癌症样本的突变频率分布
检索Cancer Gene Census分类
查找突变特征或耐药性变体
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通过NCBI API查询dbSNP数据库，支持按rsID、基因或区域检索SNP记录，获取等位基因频率、变异类型及临床关联信息。
查询特定rsID的遗传变异详情
获取基因或染色体区域的变异列表
解析rsID对应的基因组坐标和HGVS表示
批量获取数百个rsID的信息
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提供DepMap CRISPR基因效应(Chronos)数据分析指南，重点说明必需性符号约定、NaN安全的Spearman相关性计算及数据加载对齐方法。
分析DepMap CRISPR基因效应数据
计算与基因必需性的相关性
处理含NaN值的CRISPR评分数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill depmap-crispr-essentiality -g -y
提供欧洲核苷酸档案(ENA)的REST API编程访问指南，支持序列、读取、组装及注释数据的搜索与下载。涵盖Portal、Browser、Taxonomy等API的使用方法及速率限制处理，适用于生物信息学数据获取。
查询ENAs数据库记录
下载FASTQ或BAM文件
检索基因组组装信息
生物信息学数据分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ena-database -g -y
提供ENCODE Portal REST API接口，用于查询和下载转录因子结合、染色质开放性等功能基因组学实验数据及cCRE注释，支持变异调控区域标注。
查询特定转录因子的ChIP-seq峰文件
检索细胞类型的ATAC-seq开放染色质区域
获取基因组区域的cCRE注释信息
为变异注释管道准备参考调控轨道数据
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提供Ensembl REST API访问，用于获取300+物种的基因、转录本及变异注释。支持ID转换、序列查询、功能影响分析及比较基因组学数据检索，无需API密钥。
查询特定基因的官方注释信息
在HGNC、Ensembl ID和RefSeq之间进行标识符转换
获取基因或转录本的DNA/蛋白质序列
分析SNP变异的后果和功能影响
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ensembl-database -g -y
封装NCBI Gene E-utilities API，提供基因ID解析、别名映射、功能摘要获取及GO注释查询。适用于生物信息学中的基因标识符转换和跨物种功能分析任务。
需要解析基因符号对应的官方ID
查询基因的GO功能注释
获取基因的RefSeq accession号
查找跨物种的同源基因
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gene-database -g -y
提供NCBI GEO数据库的Python接口，支持按关键词搜索、下载GSE矩阵、解析GPL注释及提取GSM元数据，便于生物信息学数据分析。
需要搜索或下载基因表达数据集
解析GEO平台的微阵列数据
提取样本临床协变量进行荟萃分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill geo-database -g -y
gget提供统一CLI/Python接口访问20+基因组数据库，支持基因查询、序列检索、BLAST、AlphaFold结构预测及疾病关联分析等生物信息学任务。
需要跨多个基因组数据库（如Ensembl, AlphaFold, OpenTargets）进行数据查询
执行基因注释、序列获取或蛋白质结构预测
进行富集分析或单细胞数据探索
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gget-genomic-databases -g -y
通过GraphQL API查询gnomAD数据库，获取人群变异频率、等位基因计数、基因约束评分及覆盖度信息，用于评估变异稀有度与临床相关性。
查询特定变异的群体频率或祖先分层数据
获取基因的pLI或LOEUF约束评分
检查区域测序覆盖深度
筛选罕见变异以辅助临床解读
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gnomad-database -g -y
封装NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API，支持查询SNP与性状的关联、研究文献及摘要统计。用于构建PRS候选列表、分析多效性及生成曼哈顿图数据，无需认证，适用于遗传学研究场景。
查询特定疾病或性状的GWAS关联位点
获取SNP的多效性信息
下载摘要统计数据用于PRS构建
查找与特定基因或PubMed ID相关的GWAS研究
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gwas-database -g -y
提供JASPAR转录因子结合位点数据库的API访问，支持通过REST或pyJASPAR查询PWM/PFM矩阵、扫描DNA序列中的TFBS及获取物种或结构分类信息。
查询特定转录因子的结合矩阵
在DNA序列中扫描转录因子结合位点
获取特定物种或家族的TF谱图
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill jaspar-database -g -y
封装KEGG REST API，支持生物通路、基因、化合物等数据的查询与ID转换。提供info/list/find/get/conv/link/ddi等操作，适用于学术用途的生物学网络分析与数据交叉引用。
查询特定基因参与的生物通路
获取代谢通路详情或化合物结构
在KEGG、NCBI、UniProt间进行ID转换
检查药物相互作用
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill kegg-database -g -y
封装Monarch Initiative知识图谱REST API，用于疾病-基因-表型关联查询、罕见病基因优先级排序及跨物种比较。提供基于MONDO ID和HP术语的数据检索功能，支持患者症状匹配与候选基因排名。
查询特定疾病的致病基因列表
根据患者表型特征进行候选基因排名
获取疾病相关的表型谱系数据
进行跨物种基因表型关联分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill monarch-database -g -y
封装QuickGO REST API，用于查询基因本体（GO）术语元数据、蛋白注释、关键词搜索及层级遍历。适用于富集分析前的原始数据获取与本体解析任务。
需要查询特定GO术语的定义或名称
获取蛋白质的GO注释信息
进行基因本体论的层级遍历或关键词搜索
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill quickgo-database -g -y
提供RegulomeDB v2 REST API查询能力，用于评估遗传变异的调控功能得分并检索重叠证据。支持GWAS位点优先级排序、非编码变异注释及顺式调控发现，辅助生物信息学分析流程。
需要查询SNP或基因组的RegulomeDB调控评分
进行GWAS结果的功能性注释与过滤
分析非编码变异是否位于活跃调控元件内
获取转录因子结合或染色质状态等调控证据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill regulomedb-database -g -y
