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synthetic-sciences/openscience
GitHub指导在Bun环境下进行文件读写、扫描及删除操作，明确优先使用Bun API而非Node fs，涵盖路径处理、流操作及目录管理最佳实践。
Install All Skills
npx skills add synthetic-sciences/openscience --all -g -y
Skills in Collection (280)
Showing top 50 of 280 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
指导在Bun环境下进行文件读写、扫描及删除操作，明确优先使用Bun API而非Node fs，涵盖路径处理、流操作及目录管理最佳实践。
需要读取或写入文件内容
执行文件扫描或Glob匹配
处理目录创建或删除
运行外部二进制工具
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bun-file-io -g -y
处理单细胞基因组学中的注释矩阵数据，支持AnnData对象创建、读写h5ad/zarr格式及元数据管理。适用于scverse生态系统的生物信息学数据分析工作流。
需要创建或读取AnnData对象
处理.h5ad或.zarr格式的基因组数据
进行单细胞RNA-seq数据预处理
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill anndata -g -y
Dependencies:
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
提供Benchling平台集成能力，支持通过SDK/API管理生物序列、库存、ELN及工作流，实现实验室数据自动化与外部系统同步。
需要访问或操作Benchling平台的Registry、Inventory或ELN数据
构建Benchling应用或自动化工作流以处理生命科学实验数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill benchling-integration -g -y
提供细胞生物学显微图像分析工具，涵盖细胞分割、追踪、形态量化、集落计数及共定位分析。支持从原始图像到定量统计的全流程处理，适用于科研数据提取。
显微图像细胞分割
细胞迁移追踪
细胞形态量化
集落计数
荧光共定位分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioimage-analysis -g -y
提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持跨库查询、ID映射及序列分析，适用于多源生物数据集成工作流。
跨数据库生物信息查询
生物标识符转换与映射
蛋白质序列或通路分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioservices -g -y
提供癌症基因组计算流程，涵盖体细胞突变检测、结构变异分析、拷贝数变异、肿瘤纯度估算及DNA损伤网络分析等，支持从原始数据到临床解释的全链路处理。
癌症基因组数据处理
体细胞突变检测与注释
拷贝数变异分析
肿瘤纯度估算
DNA损伤响应分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cancer-genomics-analysis -g -y
用于临床与生理影像数据分析，涵盖扩散MRI、微CT骨形态、血流动力学、昼夜节律及纤毛频率分析。提供DICOM处理、生物信号分析及图像序列变形量化的计算工具。
需要计算扩散MRI的ADC图
分析微CT骨骼微观结构
处理血压或血流动力学波形数据
拟合昼夜节律数据
通过FFT测量纤毛摆动频率
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-imaging -g -y
用于撰写符合HIPAA/FDA/ICH-GCP等法规的临床报告，包括病例、诊断、临床试验及患者文档。强制要求结合科学图表技能生成可视化图示，确保内容准确合规。
撰写临床病例报告
生成诊断报告（影像/病理/检验）
编写临床试验研究报告(CSR)或不良事件报告
起草SOAP笔记或出院小结
进行医疗文档的合规性验证
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-reports -g -y
COBRApy用于基于约束的代谢模型重建与分析，支持FBA、基因敲除及SBML模型处理，适用于系统生物学和代谢工程研究。
进行代谢通量分析或基因组规模代谢模型模拟
执行基因敲除预测或代谢工程表型行为分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cobrapy -g -y
提供COSMIC、GTEx等生物数据集的访问指南，涵盖下载、解析及整合示例，支持癌症基因组、表达谱等分析。
需要获取生物医学数据集
进行基因集富集分析
查询疾病基因关联
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill curated-bio-datasets -g -y
用于NGS数据分析的Python工具包，支持BAM转bigWig、QC评估（相关性/PCA）、ChIP-seq/RNA-seq可视化及样本比对。提供文件校验和自动化工作流生成，适用于高通量测序数据处理与分析任务。
将BAM文件转换为bigWig或bedGraph格式
执行ChIP-seq或RNA-seq的质量控制检查
生成基因组特征的Heatmap或Profile图
比较不同样本间的相关性或进行PCA分析
自动化构建NGS分析工作流脚本
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deeptools -g -y
用于DNAnexus云平台基因组数据分析的技能，涵盖构建应用、管理数据、运行工作流及使用dxpy SDK进行生物信息学管道开发与执行。
创建或修改DNAnexus应用/applet
上传下载或搜索基因组数据文件
运行分析任务或监控作业状态
编写dxpy脚本处理FASTQ/BAM/VCF
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill dnanexus-integration -g -y
ETEToolkit技能用于系统发育树分析，支持树的读写、遍历、拓扑修改及进化事件检测（如基因复制/物种形成），提供NCBI分类学集成与可视化功能，适用于系统基因组学研究。
需要加载或修改Newick/NHX格式的系统发育树
进行基因树与物种树的比对以检测进化事件
执行Orthology/Paralogy分析
对系统发育树进行可视化输出
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill etetoolkit -g -y
提供流式细胞术数据端到端分析工作流，涵盖FCS文件处理、补偿校正、手动/自动门控策略及免疫分型、增殖、细胞周期和凋亡等下游分析。
流式细胞术数据分析
FCS文件解析与补偿
细胞门控策略构建
免疫表型分析
细胞周期或凋亡检测
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flow-cytometry-analysis -g -y
FlowIO用于解析FCS流式细胞术文件，提取元数据、事件数据并转换为NumPy数组或CSV。适用于生物医学数据处理、文件读写及预处理流水线。
需要解析FCS格式文件
从流式细胞仪数据中提取元数据或通道信息
将FCS数据转换为NumPy数组或DataFrame
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flowio -g -y
提供统一接口快速查询20+生物信息学数据库，支持基因、BLAST、结构等交互探索。
需要快速查询基因或蛋白数据
进行简单的生物信息学交互式探索
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill gget -g -y
用于蛋白质糖基化位点预测与分析的轻量级 Python 工具，涵盖 N-糖基化基序查找和 O-糖基化热点预测。
预测蛋白质序列中的 N-糖基化位点
识别 O-糖基化热点区域
设计或分析糖蛋白突变实验
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill glycobiology -g -y
Histolab是用于数字病理学全切片图像处理的Python库，支持组织检测、瓦片提取和染色归一化。适用于快速数据集准备、基础幻灯片处理及深度学习流水线的数据预处理任务。
需要提取WSI图像的瓦片
进行数字病理图像的组织区域检测
对H&E染色图像进行预处理或标准化
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill histolab -g -y
用于免疫学实验数据的计算分析，涵盖ATAC-seq、ELISA拟合、IHC定量及细胞追踪等。
处理ELISA数据并拟合标准曲线
分析ATAC-seq差异可及性
量化免疫组化染色强度
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill immunology-assays -g -y
用于构建、部署和管理基于Latch SDK的生物信息学无服务器工作流。支持Python/Nextflow/Snakemake集成、云数据管理及GPU资源配置，适用于RNA-seq、AlphaFold等生物数据分析流水线开发。
创建或转换生物信息学工作流
部署无服务器分析流水线
配置计算资源（如GPU）
管理云端测序数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill latchbio-integration -g -y
用于微生物种群动力学建模与分析，涵盖生长曲线拟合、群落动态模拟、随机仿真及基因组注释等计算工具。
拟合细菌生长曲线
模拟多物种群落相互作用
运行基因表达或种群动态的随机仿真
处理生物膜测定数据
计算菌落形成单位
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill microbial-dynamics -g -y
用于分子克隆工作流的模拟与设计，涵盖PCR预测、酶切模拟、组装设计、引物及sgRNA设计等。
PCR扩增子预测
限制性内切酶消化模拟
Golden Gate或Gibson组装设计
CRISPR sgRNA设计
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill molecular-cloning -g -y
NeuroKit2是生理信号处理工具包，支持ECG、EEG、EDA等多模态生物信号分析。适用于心率变异性、脑电复杂度及自主神经评估等科研与临床场景。
生理信号（如ECG/EEG）预处理与分析
心率变异性(HRV)计算
多模态生理数据融合研究
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neurokit2 -g -y
用于Neuropixels神经记录分析的工具包，支持SpikeGLX/OpenEphys数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4尖峰排序及质量评估。适用于神经电生理数据处理与单位筛选场景。
处理Neuropixels神经记录数据
运行尖峰排序算法
进行神经信号预处理
计算尖峰质量指标
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neuropixels-analysis -g -y
提供OMERO显微镜数据管理平台的Python API集成能力，涵盖连接管理、数据检索、元数据与标注、图像处理、感兴趣区域分析及表格存储等核心功能，支持高通量筛选工作流。
使用omero-py访问显微镜数据
通过Python程序化获取图像或数据集
分析像素数据并创建衍生图像
在显微镜图像上创建或管理ROI
向OMERO对象添加标注和元数据
在高通量筛选场景下执行批量处理
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill omero-integration -g -y
用于编写 Opentrons OT-2/Flex 机器人的 Protocol API v2 协议，支持液体处理、硬件模块控制及实验流程自动化。
编写 Opentrons 机器人协议
自动化液体处理工作流
配置移液器和实验室耗材布局
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill opentrons-integration -g -y
PathML是计算病理学Python工具包，支持WSI加载、预处理、核分割、空间图构建及深度学习模型训练。适用于多组学成像数据分析与大规模病理数据集管理。
需要处理全切片病理图像(WSI)
进行细胞或组织层面的空间图分析
训练病理数据上的深度学习模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pathml -g -y
提供药理学湿实验数据的计算分析工具，涵盖Western blot定量、肿瘤生长抑制分析、药物稳定性建模、放射性抗体生物分布及MIRD剂量估算等核心功能。
Western blot图像蛋白条带定量分析
肿瘤移植瘤生长抑制率计算
基于Arrhenius方程的药物稳定性预测
放射性抗体生物分布数据处理
IC50/EC50剂量反应曲线拟合
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pharmacology-wetlab -g -y
集成protocols.io API，支持科学协议的搜索、创建、更新、发布及步骤材料管理，涵盖协作讨论、工作区组织、文件上传和实验追踪等功能。
需要调用protocols.io API进行协议管理
搜索或发现现有科学协议
处理协议相关的讨论与评论
管理实验室工作区和文件
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill protocolsio-integration -g -y
PyDESeq2用于批量RNA-seq数据的差异表达分析，支持数据加载、统计检验及可视化。适用于单/多因素设计、Wald检验和FDR校正，助力将R流程迁移至Python。
用户提及差异表达分析或RNA-seq处理
需要执行DESeq2或PyDESeq2相关计算任务
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pydeseq2 -g -y
PyHealth是面向医疗AI的Python工具包，支持EHR数据处理、临床预测任务建模（如死亡率预测）、医学编码转换及深度学习模型训练部署。适用于MIMIC等数据集上的健康数据分析与算法开发。
处理电子健康记录(EHR)或生理信号数据
构建临床预测模型(死亡率/再入院)
使用MIMIC/eICU等医疗数据集
实现RETAIN/GNN等医疗专用AI模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pyhealth -g -y
PyLabRobot是硬件无关的Python实验室自动化SDK，用于统一控制移液机器人、读数仪等设备。适用于多厂商设备集成、复杂实验流程编程、资源管理及协议模拟测试。
需要控制多种品牌实验室自动化设备
编写跨平台液体处理或分析测量协议
在物理运行前模拟实验室工作流
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pylabrobot -g -y
Pysam技能用于处理基因组数据，支持读取/写入SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件及FASTA/FASTQ序列。适用于NGS数据处理、覆盖度计算、区域提取及生物信息分析流水线开发。
处理测序比对文件（BAM/CRAM）
分析遗传变异（VCF/BCF）
提取参考序列或基因区域
处理原始测序数据（FASTQ）
实现生物信息分析流水线
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pysam -g -y
用于单细胞RNA测序数据分析的Python工具包，涵盖质控、标准化、降维、聚类、差异表达及可视化等完整流程。
单细胞RNA-seq数据质控与过滤
执行PCA/UMAP/t-SNE降维与可视化
细胞聚类与标记基因识别
轨迹推断或伪时间分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scanpy -g -y
Dependencies:
scanpy>=1.10.0
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于生物信息学分析，支持DNA/RNA/蛋白质序列操作、比对、系统发育树构建及微生物组多样性统计。
处理生物序列（DNA, RNA, protein）
读写FASTA/FASTQ/Newick等生物文件格式
执行序列比对或 motif 搜索
计算alpha/beta多样性指标
进行微生物组数据分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-bio -g -y
基于scikit-survival的生存分析技能，用于处理删失数据、拟合Cox模型及集成学习模型，评估时间-事件预测性能。
进行生存分析或时间-事件建模
处理右删失等删失数据
拟合Cox比例风险模型
构建随机生存森林或梯度提升模型
使用Brier分数或一致性指数评估模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-survival -g -y
用于单细胞组学数据的深度生成模型分析，涵盖scVI、多模态整合及空间转录组等高级建模任务。
单细胞RNA-seq数据分析
多组学数据整合
空间转录组去卷积
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scvi-tools -g -y
合成生物学设计与仿真技能，涵盖密码子优化、基因回路ODE建模、SBML模型创建、分岔分析及条形码测序数据解析，辅助实验设计。
基因序列密码子优化
基因回路动力学仿真
SBML生物网络建模
系统双稳态与分岔分析
表达盒设计与质粒图谱生成
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill synthetic-biology -g -y
生成简洁聚焦的医疗治疗计划，涵盖多专科及慢病管理。支持LaTeX/PDF输出，包含SMART目标、循证干预及HIPAA合规。强制集成科学示意图以增强可视化，确保临床可操作性和专业性。
生成个性化患者护理治疗方案
制定慢性病或康复管理的结构化文档
创建符合HIPAA合规要求的专业医疗记录
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill treatment-plans -g -y
提供药物候选物的ADMET性质预测工具，涵盖药代动力学、毒性和类药性评估。基于RDKit和TDC模型，支持高通量筛选、先导化合物优化及毒性预警，辅助药物发现决策。
药物候选物ADMET性质预测
虚拟筛选中的化合物过滤
先导化合物优化中的毒性预警
计算化学与药物发现任务
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-prediction -g -y
提供可解释的ADMET分析，将毒性风险映射到结构成因和生物通路，辅助药物化学团队进行先导化合物优化和设计评审。
需要解释ADMET预测结果的成因时
进行药物分子结构优化规划时
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-reasoning -g -y
基于混合机器学习与物理方法预测蛋白-配体结合亲和力，支持经验评分、MM/GBSA重打分及批量虚拟筛选。用于将结构信息转化为能量估计值，辅助化合物优先级排序。
预测结合亲和力
估算Kd
评估结合强度
使用MM/GBSA重打分
按亲和力排名化合物
虚拟筛选
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill binding-affinity -g -y
Dependencies:
rdkit-pypi
biopython>=1.84
numpy
scipy
Datamol是RDKit的Pythonic封装，用于简化药物发现中的分子处理。支持SMILES解析、标准化、描述符计算、指纹生成、3D构象分析及并行处理，提供高效的数据I/O和云存储支持。
需要进行药物化学或分子结构分析
需要批量处理SMILES或SDF文件
需要计算分子描述符或指纹
需要对分子进行标准化或清洗
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill datamol -g -y
Dependencies:
datamol>=0.12.0
rdkit-pypi>=2024.3.1
用于分子机器学习任务，支持化学、材料及生物数据加载处理。涵盖分子属性预测（如ADMET）、图神经网络应用及MoleculeNet基准测试，提供多样化特征化工具和预训练模型。
分子数据处理与加载
分子属性预测
图神经网络在分子上的应用
使用MoleculeNet数据集
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deepchem -g -y
Dependencies:
deepchem>=2.8.0
torch>=2.0.0
numpy>=1.25.0
用于药物发现的新分子设计工具包，支持基于骨架、片段及结构的从头生成、多目标优化和类药性过滤。
需要生成新的候选药物分子结构
对已知化合物进行类似物枚举或优化
基于蛋白质口袋进行结构导向设计
筛选化合物库的类药性
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill denovo-design -g -y
基于扩散模型的分子对接工具，用于预测蛋白质-配体结合构象及置信度，支持虚拟筛选。适用于结构导向药物设计和化学生物学任务，不直接预测亲和力。
预测配体与蛋白质的结合位点或构象
运行分子对接任务
对化合物库进行虚拟筛选
结构导向的药物设计或先导化合物优化
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill diffdock -g -y
提供端到端药物发现流程编排，自动串联结构预测、口袋检测、从头设计等步骤，确保执行顺序、输入验证及日志记录，支持多种药物研发场景。
drug discovery pipeline
find drugs
design drugs
screen compounds
druggability assessment
de novo design
lead optimization
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill drug-design -g -y
Dependencies:
biopython>=1.84
rdkit-pypi
numpy
scipy
基于LLM的自动化假设生成与测试工具，支持从表格数据中系统探索模式、结合文献洞察进行假设验证，适用于欺骗检测等实证研究场景。
需要从观测数据自动生成科学假设
系统化测试多个竞争性假设
结合文献与数据进行实证分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill hypogenic -g -y
Matchms是用于代谢组学质谱数据处理与分析的Python库。支持多格式光谱导入导出、元数据标准化与峰值过滤，以及多种相似度算法计算，用于化合物鉴定和谱库搜索。
需要处理质谱数据文件（如mzML, MGF）
进行光谱相似度计算或化合物匹配
对质谱数据进行标准化和过滤预处理
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill matchms -g -y
用于药物发现流程中的分子过滤与优先级排序。支持应用Lipinski、Veber等类药性规则，PAINS过滤器及结构警报，评估化合物质量并检测潜在毒性基团，辅助先导化合物优化。
对化合物库应用类药性规则（如Lipinski）
通过PAINS模式或结构警报过滤分子
为lead optimization筛选和优先排序化合物
计算分子复杂度指标
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill medchem -g -y
