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jaechang-hits/SciAgent-Skills
GitHubOpentrons液处理机器人协议开发技能，支持OT-2/Flex设备的移液、PCR、稀释及模块控制，提供Python API示例与仿真指南。
Install All Skills
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Skills in Collection (202)
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Opentrons液处理机器人协议开发技能，支持OT-2/Flex设备的移液、PCR、稀释及模块控制，提供Python API示例与仿真指南。
编写Opentrons移液协议
控制实验室自动化硬件
配置PCR或稀释流程
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用于创建交互式科学可视化图表，支持40多种类型及悬停、缩放等功能。提供Plotly Express和Graph Objects两种API，适用于数据分析仪表盘、3D及地理可视化，可输出HTML或静态图像。
需要创建带有悬停、缩放功能的交互式图表
构建多面板数据探索性仪表盘
进行3D数据或地理地图可视化
需要将数据可视化结果嵌入网页
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-visualization -g -y
基于Seaborn和Matplotlib的Python统计可视化技能，支持分布、关系、分类及相关性图表生成，自动处理统计估计与置信区间。
需要创建统计图表如直方图、箱线图或热力图
对数据进行探索性数据分析(EDA)以观察分布和关系
生成出版级质量的静态数据可视化
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提供单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的最佳实践，涵盖基于标记基因、参考图谱及自动化分类方法，指导如何区分细胞类型与状态并选择合适的标注策略。
进行单细胞转录组数据分析
需要为细胞聚类分配生物学身份标签
查询scRNA-seq注释流程或工具选择
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill single-cell-annotation -g -y
基于PyMC的贝叶斯建模技能，涵盖模型定义、先验设置、MCMC/ADVI采样、诊断评估及预测分析。
需要进行贝叶斯统计推断
要求参数不确定性量化
构建层次或回归模型
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pymc-bayesian-modeling -g -y
基于scikit-learn的生存分析技能，支持Cox模型、随机生存森林等处理右删失数据，提供C-index等评估指标及Kaplan-Meier曲线估计。
进行时间至事件建模
处理含删失数据的预测任务
计算生存分析评估指标
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scikit-survival-analysis -g -y
提供统计分析方法指导，涵盖假设检验选择、前提条件验证、效应量计算及APA格式报告。支持频率学派与贝叶斯分析，辅助学术研究与数据科学任务。
需要选择合适的统计检验方法
检查数据是否符合统计假设
计算并解释效应量
生成符合学术规范的统计结果报告
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Python统计建模库，支持回归、离散选择和时间序列分析，提供严谨的统计推断和诊断。用于系数解释、假设检验及模型比较，区别于预测型机器学习工具。
需要进行线性或广义线性回归分析
执行时间序列预测如ARIMA
计算统计显著性和置信区间
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基于深度学习的细胞/细胞核分割工具，适用于荧光及明场显微镜图像。提供预训练模型实现跨染色条件的通用分割，输出标签掩码以支持形态测量与追踪，无需手动调参。
需要分割荧光或明场显微镜下的细胞或细胞核
处理大批量显微图像数据集且需统一模型泛化
生成用于形态学分析或追踪的整数标签掩码
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill cellpose-cell-segmentation -g -y
FlowIO是用于解析和写入流式细胞术FCS文件的轻量级Python库，支持提取事件数据为NumPy数组、读取通道元数据及多数据集处理，适用于数据预处理与管道构建。
需要解析或生成FCS格式文件
从流式细胞仪数据中提取事件矩阵或元数据
将FCS数据转换为CSV或DataFrame进行预处理
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napari 是用于显微图像的多维交互式查看器，支持2D/3D/4D数据展示、标注及插件分析。适用于深度学习分割结果审查、训练数据标注及可视化质检。
需要可视化或检查显微图像及分割掩码
为深度学习模型标注训练数据
审查3D/4D生物图像数据
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提供生物图像计算机视觉处理技能，涵盖预处理、特征提取及实时显微镜视频分析。利用OpenCV实现细胞检测、形态学操作和光流追踪，强调C++加速性能，适用于生命科学领域的经典图像处理任务。
需要处理荧光或明场生物图像预处理
进行无深度学习的细胞轮廓或斑点检测
实时分析活细胞成像显微镜视频流
使用模板匹配查找重复生物结构
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提供Python与ImageJ2/Fiji的桥接能力，支持在Python中调用Fiji插件、执行宏脚本及处理图像数据。实现NumPy数组与ImageJ结构的互转，适用于自动化批量图像处理、生物医学图像分析及复杂算法集成。
需要从Python调用Fiji特定插件（如Bio-Formats, TrackMate）
使用ImageJ Ops框架进行图像处理
批量无头运行ImageJ宏或流水线
在Python环境中转换NumPy与ImagePlus数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pyimagej-fiji-bridge -g -y
用于生物图像分析的科学图像处理技能，涵盖显微镜图像的读取、去噪、分割及属性测量。支持荧光显微和组化分析，集成NumPy/SciPy生态，提供OpenCV、CellPose等替代方案说明。
需要处理显微镜或生物医学图像
执行图像去噪、阈值分割或特征测量
进行荧光图像预处理或细胞计数
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Python单粒子追踪库，基于Crocker-Grier算法从显微视频中定位、链接轨迹并计算MSD及扩散系数，支持2D/3D亚像素精度分析。
需要从荧光或明场显微视频中提取单粒子轨迹
需要计算均方位移(MSD)和扩散系数以分析粒子运动特性
需要对大量粒子轨迹进行统计分析和漂移校正
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用于生成出版级科学图表的Python绘图技能，支持线、散点、热力图等静态可视化及精细元素控制，适用于科研论文插图制作。
需要生成高质量静态科学图表
对图表元素进行精细定制
导出PDF/SVG矢量图
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill matplotlib-scientific-plotting -g -y
提供Plotly交互式科学可视化技能，支持px和go双API，涵盖火山图、热图等40+图表类型，具备悬停、缩放及HTML导出功能。
需要交互式图表展示基因或药物数据
构建多面板仪表板或3D分子视图
生成可嵌入网页的自包含HTML报告
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-plots -g -y
指导科研数据可视化，涵盖图表选型、色彩理论与无障碍设计、多面板布局及期刊投稿规范。旨在帮助研究人员制作清晰、诚实且符合出版标准的科学图表。
准备学术论文或会议报告的插图
选择适合特定数据结构的图表类型
优化图表配色以确保色盲友好和打印效果
遵循特定期刊（如Nature, Cell）的格式要求
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scientific-visualization -g -y
提供基于Seaborn和Matplotlib的统计可视化能力，支持数据分布、分类对比、关系回归及矩阵热力图等高级图表生成。适用于快速探索性数据分析、科研绘图及生成出版级静态图像，结合Pandas实现高效聚合与分组展示。
需要绘制箱线图、小提琴图或散点图以分析数据分布和差异
需要对数据集进行快速探索性分析（EDA）如成对关系查看
需要生成带置信区间的热力图或聚类图
需要将统计图表嵌入Python脚本用于报告或论文
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提供统计显著性标注指南，涵盖p值转换、多重比较校正及matplotlib/seaborn实现，用于在箱线图等对比图中添加标准星号标记，制作出版级科学图表。
需要为对比图添加显著性标记
准备发表级的科学图表
处理多重比较后的p值标注
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statistical-significance-annotation -g -y
BWA-MEM2是快速短读长DNA比对工具，适用于WGS/WES等测序数据的参考基因组比对，输出GATK兼容的SAM/BAM文件。提供安装、索引构建及比对流程指导。
进行全基因组或外显子组测序数据比对
需要生成GATK兼容的BAM文件
ChIP-seq或ATAC-seq数据分析准备
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提供Python接口读写基因组文件（SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF等），支持区域查询、pileup统计及变异过滤，用于构建生物信息学分析流程。
读取或写入BAM/CRAM/VCF文件
进行基因组区域查询与覆盖度统计
处理FASTA/FASTQ序列数据
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提供samtools处理SAM/BAM/CRAM比对文件的标准化工作流，涵盖排序、索引、格式转换、QC统计及去重等核心操作，适用于NGS流程中比对与变异检测间的步骤。
需要对BAM文件进行坐标排序或创建索引
需要生成比对质量控制的统计指标
需要在NGS流程中进行格式转换或读取过滤
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STAR RNA-seq比对工具技能，支持splice感知比对、两-pass模式及基因定量。用于生成BAM文件、剪接位点表及统计信息，适用于变体检测、IGV可视化及ENCODE流程。
需要RNA-seq序列比对到参考基因组
下游分析依赖BAM文件（如变异检测或可视化）
发现新的剪接位点或可变剪接事件
运行符合ENCODE标准的RNA-seq流水线
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Bakta基因组注释技能，用于细菌和古菌基因组的快速标准化注释。支持CDS、RNA等特征识别及多种格式输出，适用于MAGs分析和质粒注释，提供NCBI兼容结果。
需要注释细菌或古菌基因组组装序列
生成符合NCBI标准的GFF3或GenBank文件
对宏基因组组装基因组(MAGs)进行功能注释
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使用 Prokka 对原核生物基因组进行快速注释，识别编码基因及非编码 RNA，支持多种格式输出。适用于新组装基因组功能注释、比较基因组学准备及病毒/噬菌体分析，提供安装与快速启动指南。
原核生物基因组注释
细菌或古菌组装序列的功能分析
获取 CDS 和非编码 RNA 预测结果
准备比较基因组学输入文件
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill prokka-genome-annotation -g -y
用于计算细菌泛基因组的自动化流程，基于Prokka/Bakta的GFF3注释文件，通过CD-HIT、BLAST和MCL聚类生成基因存在/缺失矩阵及核心基因比对。
需要计算细菌泛基因组
生成基因存在缺失矩阵
构建核心基因多序列比对
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基于GRNBoost2或GENIE3算法，利用Dask并行计算从基因表达数据推断转录因子调控网络。支持单细胞及Bulk RNA-seq数据，用于构建pySCENIC管道的邻接矩阵。
从基因表达数据推断基因调控网络
运行GRNBoost2或GENIE3算法
为pySCENIC生成第一步邻接矩阵
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Biopython分子生物学工具包，提供序列处理、生物文件格式解析、NCBI数据库访问、BLAST搜索、蛋白质结构分析及系统发育树构建等功能。
需要批量处理或转换FASTA/GenBank等生物数据格式
通过API查询NCBI数据库（如PubMed、GenBank）
执行BLAST搜索或多序列比对分析
进行DNA/RNA/蛋白质序列的统计与操作
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提供基于Biopython的序列分析技能，涵盖FASTA/GenBank解析、NCBI Entrez查询、BLAST比对、多序列对齐及系统发育树构建，适用于基因家族研究和比较基因组学流程。
需要解析生物序列文件（如FASTA, GenBank）
从NCBI检索或下载基因/蛋白质序列数据
执行序列比对（BLAST或多序列对齐）
构建和分析系统发育树
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查询ARCHS4 RNA-seq数据库API，获取基因表达Z分数、共表达网络及样本元数据，支持大规模HDF5矩阵访问。
查询基因在不同组织中的表达水平或Z分数
查找与目标基因共表达的基因列表
根据组织或疾病元数据搜索RNA-seq样本
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提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持UniProt、KEGG等跨库查询、ID映射及BLAST搜索，适用于生物数据集成工作流。
需要跨多个生物数据库进行数据查询或整合
执行蛋白质搜索、通路发现或基因ID映射任务
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用于通过 cBioPortal REST API 检索癌症基因组数据，包括体细胞突变、CNAs、基因表达及临床生存信息。适用于 TMB 计算、生存分析及分子特征与临床结果关联分析。
需要获取 TCGA 或 ICGC 的癌症患者基因组变异数据
进行癌症相关的生存分析或差异表达分析
查询特定基因在多种癌症类型中的突变谱
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查询NCBI ClinVar数据库，获取变异的临床意义、致病性及疾病关联。支持按基因、rsID等搜索，返回分类及提交者数据，用于构建变异过滤管道。
查询特定变异的临床显著性
检索基因的致病性变异
识别实验室间解释冲突
获取变异的表型关联
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用于查询COSMIC癌症体细胞突变、基因普查、突变特征及耐药变异的数据库技能。支持REST API编程访问，适用于生物信息学分析、癌症驱动基因列表构建及变异注释等科研场景。
查询特定基因的体细胞突变频率
获取COSMIC癌症基因分类
查找突变特征归属
识别药物耐药变异
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查询NCBI dbSNP数据库，通过rsID、基因或区域检索SNP记录，获取等位基因频率、变异类型及临床关联信息。
根据rsID查询SNP详细信息
按基因或染色体区域搜索变异
解析rsID到基因组坐标和HGVS表示
批量获取数百个rsID数据
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指导DepMap CRISPR基因效应数据的正确分析，重点说明必需性的符号约定（取反）、按基因的NaN安全Spearman相关性计算及数据加载对齐流程。
分析DepMap CRISPR基因效应数据
计算与基因必需性或依赖性的相关性
处理含NaN的CRISPR评分数据
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提供欧洲核苷酸档案(ENA)的REST API访问能力，支持序列、reads、组装及注释数据的搜索与下载。涵盖Portal、Browser、Taxonomy及Cross-ref接口，用于生物信息学数据获取与分析。
查询ENA数据库中的测序研究或样本
下载FASTQ/BAM原始测序数据
检索基因组组装质量统计信息
按 accession 获取 FASTA/EMBL 格式序列
探索分类学谱系
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调用 ENCODE Portal REST API，查询转录因子结合、染色质开放性及组蛋白修饰等调控基因组数据。支持按实验类型、细胞系或基因区域检索元数据及下载 BED/bigWig 文件，用于变异注释和调控元件分析。
需要获取特定转录因子在特定细胞类型中的 ChIP-seq 峰数据
查找与某个基因或基因组区域重叠的 cCREs（候选顺式调控元件）
为变异注释管线构建参考调控轨道
探索特定生物样本可用的实验资源
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提供Ensembl REST API访问，用于获取300+物种的基因、转录本及变异注释信息。支持通过符号或ID查询基因元数据、序列、跨库引用及调控特征，适用于生物信息学数据检索与转换场景。
需要查询特定基因的详细信息（如位置、类型）
进行基因标识符转换（如HGNC到Ensembl ID）
获取基因组或蛋白质序列数据
查询SNP变异的后果和功能影响
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通过NCBI E-utilities API查询基因信息，包括ID解析、别名转换、功能摘要及GO注释。适用于跨物种基因功能查询和下游数据关联。
需要获取基因的官方符号或别名
查询基因的功能描述或GO注释
根据基因名获取NCBI Gene ID
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用于访问和解析NCBI GEO基因表达数据库，支持通过关键词或ID搜索数据集、下载矩阵及元数据，并加载至pandas进行生物信息学分析。
搜索公共基因表达数据集
下载并解析GEO系列数据
提取样本注释表
构建自动化数据处理流水线
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill geo-database -g -y
提供统一CLI/Python接口访问20+基因组数据库，支持基因查询、BLAST、AlphaFold结构预测及疾病关联分析等生物信息学任务。
需要跨物种基因信息检索
执行BLAST序列比对
进行蛋白质结构预测或富集分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gget-genomic-databases -g -y
通过GraphQL API查询gnomAD数据库，获取人群变异频率、等位基因计数及基因约束评分（pLI/LOEUF），用于评估罕见变异和筛选临床候选基因。
查询特定变异的群体等位基因频率
获取基因的约束评分以评估功能缺失耐受性
检查区域测序覆盖度
基于频率过滤VCF文件中的常见变异
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gnomad-database -g -y
用于查询NHGRI-EBI GWAS Catalog数据库，获取SNP与性状关联、研究数据及汇总统计信息。支持疾病/基因搜索、多效性分析及PRS候选构建，无需认证，适用于遗传学研究与药物靶点验证前的初步筛选。
查询特定疾病或性状的GWAS关联位点
获取SNP的多效性影响分析
下载汇总统计数据用于Meta分析或PRS构建
根据基因或PubMed ID查找GWAS研究
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gwas-database -g -y
用于通过REST API或pyJASPAR库检索转录因子结合谱（PFM/PWM），支持按TF名称、物种等查询，进行DNA序列TFBS扫描及调控序列分析。
查找特定转录因子的PWM/PFM矩阵
根据物种或结构类获取TF结合谱集合
使用已知PWM扫描DNA序列预测TF结合位点
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill jaspar-database -g -y
提供KEGG生物信息数据库的REST API调用能力，支持通路、基因、化合物等数据的查询、ID转换及药物相互作用分析。
查询特定基因关联的生物通路
在KEGG与其他数据库间进行ID转换
获取代谢通路或化合物的详细信息
检查药物之间的相互作用
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill kegg-database -g -y
提供Monarch Initiative知识图谱REST API，用于疾病-基因-表型关联查询、罕见病基因优先级排序及跨物种比较。支持基于MONDO和HP ID的数据检索与实体元数据解析。
罕见病基因候选排名
疾病到基因的关联映射
跨物种基因表型比较
基于患者症状的表型相似性分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill monarch-database -g -y
查询EBI QuickGO REST API以获取基因本体论术语及蛋白质注释，支持术语解析、层级遍历、关键词搜索及数据下载。
查询GO术语元数据
获取蛋白质GO注释
进行本体论层级遍历
搜索相关GO术语
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill quickgo-database -g -y
通过 RegulomeDB API 查询遗传变异调控评分及证据，支持 GWAS 位点优先排序、非编码变异注释及顺式调控发现。
GWAS 位点功能优先级排序
遗传变异调控活性评估
转录因子结合位点查询
QTL 与染色质状态重叠分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill regulomedb-database -g -y
