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Runchuan-BU/BioClaw
GitHub在BioClaw容器中创建Python绘图技能，提供出版级图表指导。生成SKILL.md和seaborn参考文件，涵盖matplotlib、seaborn等工具路由及期刊配色标准，不修改应用源码。
Install All Skills
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --all -g -y
Skills in Collection (40)
在BioClaw容器中创建Python绘图技能，提供出版级图表指导。生成SKILL.md和seaborn参考文件，涵盖matplotlib、seaborn等工具路由及期刊配色标准，不修改应用源码。
需要添加Python绘图技能到容器环境
寻求出版级图表绘制指南
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-figure -g -y
为BioClaw添加Gmail集成，支持Tool和Channel两种模式。引导用户完成GCP OAuth配置、凭证管理及权限验证，实现邮件读写、触发代理及回复功能。
需要集成Gmail服务
配置GCP OAuth凭证
启用邮件自动化功能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-gmail -g -y
验证并安装八个生物信息学运行时技能，确保其以扁平结构存在于指定目录，无需修改源码。
用户希望增强Agent容器内生物分析指导
需要检查或更新BioClaw运行技能包
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-omics-runtime-pack -g -y
为Telegram添加Agent Swarm支持，使每个子代理拥有独立机器人身份。需先配置主Bot，再创建池化Bot并禁用群组隐私，最后修改代码实现消息路由与动态重命名。
agent swarm
agent teams telegram
telegram swarm
bot pool
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram-swarm -g -y
指导在BioClaw系统中集成Telegram频道，支持替代或并行WhatsApp，配置控制/通知模式，涵盖Bot创建、Token获取及Chat ID设置。
需要添加Telegram消息通道
将Telegram作为唯一或辅助聊天渠道
配置Telegram Bot与Chat ID
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-telegram -g -y
为 BioClaw 集成 OpenAI Whisper API，实现 WhatsApp 语音消息自动转文字功能。包含配置依赖、创建配置文件及转录模块，使 Agent 能读取并回复语音内容。
需要支持语音消息转文本
WhatsApp 机器人需处理音频输入
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill add-voice-transcription -g -y
将 BioClaw 从仅支持 macOS 的 Apple Container 迁移至 Docker，实现跨平台（macOS/Linux）部署。涉及容器运行时、挂载语法及启动检查的代码重构。
docker
linux support
convert to docker
cross-platform
replace apple container
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill convert-to-docker -g -y
指导用户通过交互式提问定制BioClaw，包括添加新渠道、集成MCP服务、修改助手行为及部署配置。
用户希望添加新的通信渠道（如Telegram、Slack）
需要修改助手的行为或触发器规则
要求集成新的MCP服务或工具
需要调整部署环境或发布流程
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill customize -g -y
提供容器化Agent系统的故障排查指南，涵盖架构、日志位置、调试开关及常见错误（如认证失败、环境变量丢失）的修复方案。
容器启动失败或异常退出
排查环境变量未生效问题
诊断认证凭证缺失错误
查看系统运行日志
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill debug -g -y
指导用户完成BioClaw项目的初始化配置，包括安装依赖、检测并配置容器运行时（Docker或Apple Container）、设置Claude认证令牌以及WhatsApp渠道注册等首次运行前的准备工作。
setup
install
configure bioclaw
first-time setup
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill setup -g -y
用于通过浏览器自动化在 WhatsApp 平台上集成 X (Twitter) 功能，支持发帖、点赞、回复等操作。适用于设置、测试或故障排除 X 相关功能。
setup x
x integration
twitter
post tweet
tweet
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill x-integration -g -y
提供浏览器自动化能力，支持网页导航、DOM快照分析、元素交互（点击/填写）、数据提取及截图PDF生成。适用于Web测试、数据采集和网页应用操作场景。
需要浏览网页或访问特定URL
需要从网页提取结构化数据
需要执行前端页面自动化测试
需要与Web表单进行交互
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill agent-browser -g -y
用于ATAC-seq数据分析的自动化技能，涵盖QC评估、MACS3峰调用、共识矩阵构建及差异可及性分析。
需要执行bulk ATAC-seq质量控制
进行ATAC-seq峰值调用与差异分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill atac-seq -g -y
生物信息学研究工具参考，提供BLAST、序列比对、质控及基因组分析命令与Python脚本示例，涵盖生信数据处理全流程。
进行生物信息学数据分析
需要运行BLAST或序列比对命令
查询Python生物处理库用法
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill bio-tools -g -y
用于在BioClaw容器中执行NCBI BLAST序列相似性搜索，支持本地和远程模式，帮助用户比对DNA/RNA/蛋白质序列、识别基因或蛋白并进行同源性分析。
用户要求BLAST序列
查找相似序列
识别基因或蛋白
进行同源性搜索
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill blast-search -g -y
用于单细胞RNA测序数据的自动化细胞类型注释。结合CellTypist工具与标记基因审查，提供置信度感知标签筛选及结果导出，确保生物学标注准确性。
需要对单细胞聚类进行细胞类型标注
使用参考图谱或已知标记面板进行细胞注释
执行基于CellTypist的自动化细胞分型
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill cell-annotation -g -y
提供 ChIP-seq 数据分析技能，涵盖基于 MACS3 的峰调用、信号轨道导出、峰值注释及基序分析。适用于转录因子或组蛋白修饰的标准峰中心处理流程。
需要调用 ChIP-seq 峰值
生成 ChIP-seq 信号轨道
进行峰值注释和基序分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill chip-seq -g -y
基于PyDESeq2进行Bulk RNA-seq差异表达分析，支持模型拟合、对比设置、结果过滤及可视化。
需要进行基因表达差异比较
需要生成火山图或MA图
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill differential-expression -g -y
用于宏基因组学数据分析的技能，涵盖QC、宿主去污、分类和功能谱分析。适用于需要物种丰度、功能通路或耐药性总结的场景，支持多样本队列比较及可复现输出。
进行宏基因组数据质控与宿主序列去除
生成物种或属水平的丰度表
执行功能通路或耐药基因分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill metagenomics -g -y
用于质谱蛋白质组学数据的质量控制、定量、差异分析及结果导出，涵盖DDA/DIA流程，提供QC检查、标准化和可视化等自动化处理步骤。
需要执行蛋白质组学数据质量控制
进行蛋白质水平定量或差异丰度分析
处理MaxQuant/DIA-NN等输出结果
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill proteomics -g -y
基于BioPython调用NCBI PubMed接口，搜索并解析科学文献。支持按主题、日期、期刊等条件检索，提取文章元数据及摘要，并按WhatsApp格式输出结果，辅助科研文献查询。
查找论文或文献
查询研究进展
获取参考文献
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill pubmed-search -g -y
查询AlphaFold蛋白质结构预测数据，支持获取3D结构、下载PDB/CIF文件及分析置信度分数。
用户询问蛋白质3D结构
请求下载PDB或CIF结构文件
查询pLDDT置信度评分
涉及蛋白质折叠或结构预测
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用于查询NCBI ClinVar数据库，获取遗传变异的临床意义、致病性及疾病关联信息。支持按基因、rsID或疾病搜索，适用于分析变异致病性、查找已知致病突变等场景。
用户询问变异是否为致病的
用户想查找某基因的已知致病变异
用户询问SNP的临床意义
用户想要变异与疾病的关联信息
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用于查询 Ensembl REST API 获取基因组数据，支持基因坐标、序列、变异及物种比对等场景。
用户询问基因位置或结构
查找 rsID 或变异信息
请求基因组/cDNA/蛋白质序列
跨物种基因信息对比
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查询NCBI GEO数据库中的基因表达数据集，支持RNA-seq和微阵列数据搜索、GEO编号检索及元数据获取。
用户询问RNA-seq或微阵列数据集
用户提供GEO编号（GSE/GDS）
用户寻找公开的表达数据
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-geo -g -y
调用 InterPro REST API 查询蛋白质结构域、家族及功能位点。支持通过 UniProt ID 获取注释、搜索条目及分析结构域架构，适用于生物信息学中的蛋白质功能与进化研究场景。
询问蛋白质结构域
查询蛋白家族归属
查找功能位点或基序
分析结构域架构
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-interpro -g -y
查询KEGG生物通路和基因信息的技能，支持通过关键词搜索通路、获取通路详情及基因列表。
用户询问代谢或信号通路
查询特定基因的通路归属
查找KEGG通路ID
获取通路中的基因列表
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-kegg -g -y
查询 OpenTargets 平台 API，获取药物靶点、疾病关联及治疗证据。适用于用户询问药物靶点、疾病机制、靶点验证或药病关系等场景。
opentarget
drug target
target validation
disease association
therapeutic target
drug for disease
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查询RCSB PDB数据库中的实验性蛋白质三维结构，支持通过PDB ID、关键词或基因名检索晶体结构、冷冻电镜及NMR数据，并获取分辨率、配体等详细信息。
用户询问蛋白质的晶体结构
用户提供PDB ID（如6LU7）
用户查找X射线、冷冻电镜或NMR解析的结构
用户查询分辨率、配体或结合位点信息
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-pdb -g -y
用于查询Reactome数据库，支持搜索生物通路、获取通路详情与参与者、执行基因列表富集分析等。适用于信号级联、反应机制及通路图谱相关咨询。
询问生物通路详情
请求通路图谱
查询特定反应机制
进行基因列表富集分析
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-reactome -g -y
查询STRING数据库以获取蛋白质相互作用网络、结合伙伴及功能富集分析，支持置信度评分和物种筛选。
protein interactions
interaction networks
binding partners
interactome
PPI
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-stringdb -g -y
通过调用 UniProt REST API 查询蛋白质数据库，支持按基因名、关键词或疾病等条件检索，获取蛋白序列、功能注释、结构域及标识符等信息。
用户询问蛋白质功能或序列
提供基因名查询蛋白信息
需要蛋白 Accession ID
询问特定基因对应的蛋白功能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-uniprot -g -y
基于 Typst 模板引擎生成出版级 PDF 报告，支持表格、图表、元数据及多种排版样式。
需要生成专业格式的 PDF 报告
将数据分析结果导出为结构化文档
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill report-template -g -y
用于单细胞RNA测序数据的标准化预处理与聚类分析，涵盖质控、归一化、降维及Leiden聚类，生成可用于下游分析的AnnData对象。
需要执行scRNA-seq数据质控和过滤
需要进行单细胞数据归一化和特征基因选择
需要生成UMAP嵌入或进行细胞聚类
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill scrna-preprocessing-clustering -g -y
用于分析SDS-PAGE或蛋白纯化凝胶图像，结合序列与标签信息判断电泳效果、条带匹配度及杂质降解情况。
提供凝胶图像并询问实验结果评估
需要判断主条带是否符合预期分子量
分析是否存在杂质、降解或聚集现象
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sds-gel-review -g -y
自动化SEC色谱分析技能，通过运行sec_pipeline.py脚本处理数据与图像，检测峰位并分类寡聚状态，最终生成包含完整文本解读和图表的高质量PDF科学报告。
用户上传SEC色谱图数据或图像
用户请求SEC分析或寡聚体分类
用户提及SEC、尺寸排阻、寡聚物等关键词
用户要求生成SEC分析报告
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sec-report -g -y
基于BioPython的序列分析技能，支持DNA/RNA/蛋白质序列的基础属性计算、翻译、ORF查找、限制性位点分析及引物设计，适用于生物信息学数据处理。
用户询问序列GC含量或长度
请求翻译DNA到蛋白质
需要查找开放阅读框(ORF)
设计PCR引物
分析限制性内切酶位点
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill sequence-analysis -g -y
提供浏览和安装社区生物信息学技能的功能，支持搜索、下载及执行特定分析流程。适用于内置技能无法覆盖的复杂任务或用户主动查询扩展能力时。
请求未内置的技能
询问可用技能列表
需要专业分析流水线
查找特定领域技能
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill skills-hub -g -y
用于结构生物学任务，通过UniProt ID检索AlphaFold DB预测蛋白结构，下载坐标及置信度文件，解读pLDDT和PAE指标，并将序列发现映射至结构进行生物注释。
需要获取已知蛋白的AlphaFold预测结构
需要解析蛋白质结构的置信度分数
缺乏实验结构时需基于序列推断构象
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill structural-biology -g -y
通过 Genomic Intelligence API 预测调控特征、基因结构和表达量，支持启动子、剪接位点等 DNA 序列分析任务。
promoter prediction
splice site
enhancer activity
chromatin state
expression from sequence
log TPM
gene annotation
DNA language model
npx skills add Runchuan-BU/BioClaw --skill query-genomic-intelligence -g -y
