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K-Dense-AI/scientific-agent-skills
GitHub指导使用 Adaptyv Bio Foundry API 和 Python SDK，实现蛋白质实验设计、提交及结果检索。适用于提及 Adaptyv、蛋白结合测定或导入相关 SDK 的场景，支持装饰器与客户端两种编程模式。
Install All Skills
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Skills in Collection (164)
Showing top 50 of 164 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
指导使用 Adaptyv Bio Foundry API 和 Python SDK，实现蛋白质实验设计、提交及结果检索。适用于提及 Adaptyv、蛋白结合测定或导入相关 SDK 的场景，支持装饰器与客户端两种编程模式。
用户提及 Adaptyv、Foundry API、蛋白筛选实验或 BLI/SPR 测定
代码中导入 adaptyv、adaptyv_sdk 或 FoundryClient
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用于时间序列机器学习任务的技能，涵盖分类、回归、聚类、预测、异常检测等。基于aeon工具包，提供scikit-learn兼容API，适用于时序数据的特征提取与模式识别。
时间序列数据分类或回归分析
时序异常检测或变化点发现
时间序列聚类或相似性搜索
未来值预测（Forecasting）
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提供AnnData对象创建、读写及元数据管理技能，支持h5ad/zarr格式处理、稀疏矩阵操作及scverse生态集成，适用于单细胞组学数据分析。
处理.h5ad或.zarr文件
构建或操作AnnData对象
单细胞RNA-seq数据预处理
整合scverse生态系统工具
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Arboreto用于从基因表达数据推断基因调控网络，支持GRNBoost2和GENIE3算法及分布式计算。适用于转录组数据分析，识别转录因子与靶基因关系。
需要分析转录组数据（如bulk或单细胞RNA-seq）
需要推断基因调控网络（GRN）或识别转录因子-靶基因关系
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用于天文数据处理与分析的 Python 库技能，涵盖坐标转换、单位计算、FITS 文件操作、宇宙学及时间系统处理。适用于实现或调试涉及 Astropy API 的天文代码任务。
需要在天体物理数据中进行坐标系统转换
执行涉及物理单位的量纲计算与转换
读取或写入 FITS 格式的天文数据文件
进行宇宙学距离或红移相关计算
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提供Benchling平台Python SDK及REST API集成能力，涵盖注册实体、库存、电子实验记录本、工作流自动化及数据仓库查询，用于生命科学研发数据的程序化管理与系统集成。
需要调用Benchling SDK或API管理生物序列和库存
自动化实验室工作流程或同步外部系统数据
查询Benchling数据仓库进行数据分析
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通过MCP服务搜索科学论文，提取全文结构化实验数据（如方法、结果、样本量等），支持文献综述、证据合成及对比研究。
需要检索包含具体实验细节的科学论文
进行系统或范围文献综述
跨研究比较方法论或质量评分
构建荟萃分析或临床指南的证据表
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处理脑成像数据结构(BIDS)数据集，包括组织神经科学数据、查询布局、验证合规性、DICOM转换及编写元数据。
整理原始神经影像或行为数据为BIDS格式
验证数据集是否符合BIDS规范
将DICOM数据转换为BIDS格式
查询BIDS数据集文件结构
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Biopython是用于计算分子生物学的Python工具包，支持序列处理、文件解析（FASTA/GenBank等）、NCBI数据库访问及BLAST自动化。适用于批量数据处理和生物信息学流水线构建。
需要处理DNA/RNA/蛋白质序列
解析或转换生物文件格式如FASTA/PDB
通过Entrez访问NCBI数据库
执行BLAST搜索或分析结果
进行序列比对或系统发育分析
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提供统一Python接口访问40+生物信息学服务，支持跨数据库查询、ID映射及序列分析。适用于多资源集成工作流，透明处理REST/SOAP协议，辅助蛋白质、通路及化合物数据挖掘。
需要同时查询多个生物数据库（如UniProt, KEGG）
进行跨数据库的标识符映射转换
在Python中整合多种生物信息学资源进行分析
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提供 CZ CELLxGENE Census 的编程查询能力，支持单细胞和空间转录组数据的检索、分析及与 Scanpy/AnnData 等工具集成，适用于大规模公共数据集探索与机器学习训练。
需要查询或分析单细胞转录组数据
需要获取空间转录组数据
基于 Census 构建机器学习模型
进行跨数据集的大规模统计分析
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用于使用Cirq框架设计、模拟和运行量子电路，支持Google Quantum AI硬件及NISQ电路优化。
构建或优化量子电路
在Google Quantum AI处理器上运行作业
进行噪声建模或量子特征化实验
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用于学术研究的引用管理，支持搜索OpenAlex、PubMed等数据库，提取元数据，验证引用准确性并生成BibTeX条目。
查找特定论文
将DOI转换为BibTeX
验证引用信息准确性
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用于生成临床研究决策支持系统的评估、证据档案、队列及治理文档。仅限合成或聚合数据的研究用途，严禁涉及患者诊疗、实时操作或合规声明，确保输出为需人工审核的草稿。
需要生成临床研究评估报告
创建证据档案或治理文档
审查统计分析与生存分析计划
生成去标识化检查清单
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用于生成临床报告草案结构、汇总表及审查清单，严格限定于合成或脱敏数据。执行本地确定性检查以验证内部一致性与溯源，严禁诊断或处理真实患者隐私数据，所有输出需经专业审核。
需要创建临床试验结果稿件草稿
请求生成聚合安全性表格
要求准备符合 CARE 2013 标准的病例报告模板
需要基于验证事实的审查清单
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用于约束基础代谢建模分析，支持加载基因组规模代谢模型、运行FBA/FVA通量模拟、执行基因敲除筛选及代谢工程优化，适用于系统生物学研究。
进行基因组规模代谢模型的构建或导入
执行FBA、FVA或通量采样等代谢模拟
开展基因或反应敲除筛选与代谢工程设计
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用于处理超内存规模数据的并行与分布式计算，支持Pandas/NumPy扩展、多文件处理及集群任务调度。
数据集超出单机内存限制
需要加速Pandas或NumPy操作
在多台机器上分布计算负载
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用于从80个公共数据库通过API检索事实数据，确保查询可复现、带来源验证及审计日志。适用于科学、监管或金融等领域需精确获取权威数据而非推断的场景。
需要查询特定数据库的权威事实数据
要求提供数据来源和可复现的检索过程
涉及生物医学或复杂数据的精确提取
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提供基于RDKit的Python化学信息学工具，涵盖分子处理、描述符计算、指纹生成、3D构象及反应应用等核心工作流，简化药物发现中的标准操作。
需要进行分子结构标准化或格式转换
计算分子描述符或指纹以进行相似性分析
执行化合物聚类或多样性选择
生成或分析3D分子构象
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用于分子机器学习的Python库，支持化学、材料及生物领域的属性预测（如ADMET）、图神经网络训练及MoleculeNet基准测试。提供数据加载、特征工程、模型评估等核心能力。
需要预测分子性质或毒性
使用DeepChem进行GNN建模
处理SMILES或SDF分子数据
运行MoleculeNet基准实验
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基于DeepSpot-M模型，将H&E组织病理学图像转换为虚拟空间转录组数据。支持按基因符号查询表达量，适用于癌症研究中的空间基因表达分析。
需要将H&E病理切片转换为空间基因表达数据
需要针对特定基因符号查询虚拟转录组值
需要对全切片进行批量预测以获取空间分布信息
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用于NGS数据分析的工具集，支持BAM转bigWig、QC评估、样本比对及可视化，适用于ChIP-seq、RNA-seq等场景。
将BAM文件转换为bigWig或bedGraph格式
进行测序数据质量评估和QC分析
生成TSS或峰值区域的热图和轮廓图
比较不同处理组与对照组的相关性
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用于查询癌症依赖图谱数据，分析基因依赖性、药物敏感性及合成致死相互作用，辅助肿瘤靶点验证与生物标志物发现。
验证特定癌症突变下的基因必要性
发现合成致死相互作用
查询药物敏感性数据
分析泛癌必需性
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基于扩散模型的分子对接工具，用于预测蛋白质与小分子的3D结合构象及置信度。支持PDB/序列输入、批量虚拟筛选和结构药物设计，不直接预测亲和力。
预测分子与蛋白质的结合位点
执行分子对接或虚拟筛选
处理PDB文件与SMILES/SDF输入
评估结合构象的置信度
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提供DNAnexus基因组工作负载构建与运维指南，涵盖CLI自动化、文件管理及安全规范。
需要操作DNAnexus平台资源
编写或调试基因组分析流程
进行数据上传下载及权限管理
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用于使用ESM Python SDK进行蛋白质语言模型操作，包括ESM3序列生成、结构预测、反向折叠及ESMC嵌入计算。支持本地加载或Forge云端推理，涵盖蛋白质设计与分析工作流。
需要生成或设计新的蛋白质序列
根据序列预测蛋白质三维结构
根据结构反推蛋白质序列
计算蛋白质嵌入向量用于下游任务
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ETE Toolkit 4 技能用于分析、操作和可视化系统发育树。支持读取/写入 Newick/Nexus，拓扑比较与编辑，基因树分析，NCBI/GTDB 分类查询及渲染。仅处理已有树结构，不执行序列比对或建树。
分析或修改系统发育树拓扑结构
查询 NCBI 或 GTDB 分类数据
将系统发育树渲染为图片
计算树间距离或模式匹配
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用于对本地受支持的科学数据文件（如CSV、JSON、HDF5等）进行受限的探索性数据分析，执行缺失值审计、异常值检测及报告生成，确保处理过程安全且不可信。
需要分析CSV/TSV/JSON等结构化数据的分布和完整性
需要对科学文件格式（如FASTA、HDF5、图像元数据）进行元数据检查
在建模前进行数据质量和异常值审计
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FlowIO用于读写流式细胞术标准FCS文件，支持元数据检查、事件提取及多数据集处理。适用于底层数据读取与格式转换，不涉及补偿或分选分析。
读取或写入FCS文件
检查流式细胞仪元数据
提取流式事件数据为NumPy数组
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用于配置和验证FluidSim计算流体力学模拟的Agent技能，涵盖参数审查、HPC资源估算、数值有效性检查及MPI作业准备，确保物理假设与数值收敛的正确性。
需要设置或审查CFD仿真参数
请求执行流体模拟前的资源估算与验证
涉及MPI并行计算环境的配置
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通过OpenRouter Image API调用多种AI模型生成或编辑图像，支持照片、插画、Logo及图像合成。提供模型选择指南、API密钥配置及快速使用示例，适用于视觉素材创作。
需要生成图片
需要编辑或合成图像
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Geniml技能用于基因组区间集的机器学习与统计工作流。提供安全安装指南，强调本地验证BED文件、组装一致性、模型兼容性检查及数据隐私保护，确保流程可复现且符合明确契约。
需要执行基因组数据分析或机器学习任务
验证BED文件格式或基因组组装版本
配置Geniml环境并检查模型依赖
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提供GeoPandas空间数据分析的规范与审计指南，涵盖环境配置、数据安全隐私及几何正确性校验，确保矢量数据处理的可复现性与准确性。
使用GeoPandas进行地理空间数据处理
涉及矢量数据I/O或空间操作的任务
需要验证空间数据质量与合规性的场景
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检测当前进程可用的主机资源（CPU、内存、磁盘等）及容器/调度器限制，生成脱敏JSON快照，用于资源敏感型任务的保守规划。
用户请求资源感知规划
执行资源敏感型本地工作负载前
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gget 是生物信息学 CLI/Python 工具，提供统一接口查询基因、序列、结构等 20+ 数据库。用于快速数据检索、交互式探索和简单分析，支持命令行与 Python 双模式调用。
需要查询基因或蛋白质详细信息
进行 BLAST/BLAT 序列比对
获取 AlphaFold 蛋白结构数据
下载病毒或小鼠特异性表达数据
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用于蛋白质糖基化分析与工程改造，包括扫描N-糖基化位点、预测O-糖基化热点及调用专业工具，支持抗体优化、疫苗设计和生物类似药表征。
分析蛋白质序列中的N-糖基化位点
优化治疗性抗体的Fc糖基化以增强疗效
设计具有聚糖屏蔽的疫苗抗原
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提供基因组区间数据处理工具Gtars的安全使用指南，涵盖Rust/Python依赖安装、版本锁定及本地环境隔离。
需要处理基因组数据或区间计算
询问如何安全安装和使用Gtars库
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Histolab是用于数字病理学全切片图像处理的Python库，自动化组织检测、瓦片提取及染色归一化，适用于数据集准备和深度学习预处理。
需要处理WSI图像
进行组织区域检测
从大尺寸病理切片中提取瓦片
执行H&E染色归一化
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指导使用hypogenic包进行LLM辅助假设生成，涵盖安装、配置审计及本地工作流。强调仅用于候选假设库构建，禁止自动调用模型，需严格验证数据与成本预算。
需要为文本数据集生成假设
询问hypogenic包的使用或配置
处理HypoBench数据集相关任务
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将观察转化为透明、可检验的研究计划，生成假设、预测及预注册分析方案。严格区分对象，遵守安全与合规边界，禁止将假设视为事实或提供临床建议。
需要基于初步发现制定科学假设
设计可检验的因果或关联主张
构建预注册-ready的分析计划
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用于查询和下载NCI癌症成像公共数据。支持元数据检索、DICOM访问、文件下载及可视化，涵盖CT/MR/PET等影像数据集的查询与授权检查。
查询癌症影像数据集元数据
下载公开医学影像文件
获取DICOM或病理图像查看链接
检查数据许可证
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基于Nano Banana Pro AI和Gemini质量审查，结合Perplexity研究数据，自动生成专业信息图。支持多种类型、风格及色盲安全配色，通过智能迭代确保输出质量达到预设阈值。
需要生成可视化图表或信息图
要求对生成的设计内容进行自动质量审核与迭代优化
需要基于最新研究数据创建营销或报告类视觉内容
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基于Python的实验室硬件参数化CAD设计工具，支持微流控芯片、光学支架等部件建模。通过标准接口验证确保精度，并导出STEP/STL/DXF文件用于制造。
设计实验室物理硬件如芯片、模具或支架
生成3D打印或CNC加工所需的STEP或DXF文件
检查或修改现有CAD模型以符合设备标准
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提供LabArchives ELN及Inventory API的安全集成指南，涵盖区域端点选择、签名请求构建、用户授权流程及凭证管理，确保合规调用API。
需要对接LabArchives电子实验记录本或库存系统
实现带签名的REST API请求与认证
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LaminDB生物数据集与模型的血缘原生湖house技能。涵盖数据管理、工作流追踪、验证、本体注释及ML集成，支持多格式存储与FAIR合规，适用于生物信息学研究场景。
管理生物数据集如scRNA-seq
追踪计算工作流如Notebooks或Snakemake
进行数据验证与本体注释
构建统一查询的数据湖
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用于在 Latch 平台构建、注册和运行生物信息学工作流的技能。支持 Python SDK、Nextflow、Snakemake，涵盖资源配置、数据管理、Registry 集成及工作流监控调试。
创建或维护 Python SDK 工作流
打包和注册 Nextflow 或 Snakemake 管道
配置任务资源如 CPU、内存、GPU
使用 Latch Data 进行文件操作
读取或更新 Latch Registry 记录
设计和配置工作流表单与启动计划
调试和监控工作流执行
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提供使用LaTeX创建专业研究海报的指南，涵盖beamerposter等工具、布局设计及视觉规范。指导通过AI生成视觉元素并组装，适用于学术会议及科研展示场景。
创建会议或学术海报
将论文转化为海报格式
设计多列布局的研究展示
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本地文档与PDF解析工具，支持OCR、空间文本提取及布局保留JSON输出，适用于RAG数据预处理、多模态代理图像渲染及批量文献处理。
需要从PDF或Office文件中提取带坐标的文本用于RAG
对扫描件或图片执行本地OCR识别
需要将文档页面渲染为PNG供多模态模型使用
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill liteparse -g -y
用于执行系统性文献综述、元分析及研究综合，支持多数据库检索、引文验证及专业文档生成。强制结合科学图表技能以增强可视化效果，适用于科研论文写作和领域现状调查。
进行系统性文献综述
撰写研究论文的文献综述部分
执行元分析或范围综述
识别研究领域空白
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill literature-review -g -y
提供基于Markdown和Mermaid的文档写作标准，强制使用文本化图表作为科学报告、分析及项目文档的首选格式，确保版本控制友好与AI可读性。
创建科学文档或分析报告
编写项目README或技术文档
需要绘制流程图、架构图等可视化内容
生成需纳入Git版本控制的输出
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill markdown-mermaid-writing -g -y
