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synthetic-sciences/openscience
GitHub提供Bun环境下的文件读写、扫描及目录操作的最佳实践与API参考，指导在CLI开发中优先使用Bun API而非Node fs。
Install All Skills
npx skills add synthetic-sciences/openscience --all -g -y
Skills in Collection (277)
Showing top 50 of 277 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
提供Bun环境下的文件读写、扫描及目录操作的最佳实践与API参考，指导在CLI开发中优先使用Bun API而非Node fs。
需要进行文件读取或写入操作
处理目录创建或删除
执行文件扫描或Glob匹配
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bun-file-io -g -y
AnnData技能用于处理单细胞基因组学中的注释矩阵数据，支持创建、读写h5ad/zarr格式文件及元数据管理。适用于scverse生态系统的集成与单细胞RNA-seq分析工作流。
需要创建或读取.h5ad文件
进行单细胞RNA-seq数据分析
使用scverse生态系统工具
处理大规模稀疏矩阵数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill anndata -g -y
Dependencies:
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于集成Benchling生命科学研发平台，通过Python SDK或REST API自动化管理DNA/蛋白质注册、库存、电子实验记录本及工作流，并支持数据仓库查询与外部系统同步。
需要操作Benchling的Python SDK或REST API
自动化生物学序列、库存或ELN条目管理
构建Benchling应用或与外部系统同步数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill benchling-integration -g -y
用于细胞生物学显微镜图像的自动化分析，涵盖细胞分割、追踪、形态定量及集落计数等全流程处理。
显微镜图像分割
细胞迁移追踪
细胞形态定量分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioimage-analysis -g -y
提供统一Python接口访问40+生物信息学数据库，支持跨库查询、ID映射及序列分析。适用于多源数据整合工作流，替代gget和biopython处理复杂交叉检索任务。
需要同时查询多个生物数据库
进行跨数据库标识符转换
执行蛋白质或通路的多步数据分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioservices -g -y
提供癌症基因组学计算工作流，涵盖体细胞突变检测、结构变异分析、拷贝数变异评估、肿瘤纯度估算及NMF特征提取等。支持VCF解析与注释，适用于临床解读和发表级定量输出。
处理肿瘤-正常配对的体细胞变异调用
对VCF文件进行基因名称和功能影响注释
运行拷贝数分析管道以识别CNV
计算肿瘤突变负荷用于免疫治疗生物标志物评估
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cancer-genomics-analysis -g -y
提供临床与生理影像分析工具，涵盖扩散MRI、微CT骨形态、血流动力学、昼夜节律及纤毛频率等数据处理。
分析临床或生理影像数据
处理DICOM/NIfTI医学图像
计算ADC图或骨微结构参数
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-imaging -g -y
用于撰写各类临床报告，包括病例报告、诊断报告、临床试验报告及患者文档。支持模板生成、法规合规（HIPAA/FDA）及可视化图表生成，确保医疗记录的准确性与完整性。
撰写临床病例报告
生成诊断或实验室报告
编写临床试验研究报告
起草患者SOAP笔记或出院总结
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-reports -g -y
COBRApy是用于约束基础代谢模型重建与分析的Python库。支持FBA、FVA、基因敲除及通量采样等计算模拟，用于系统生物学研究和代谢工程分析，预测细胞代谢表型行为。
进行代谢网络建模与仿真
执行通量平衡分析或变异性分析
处理SBML格式的基因组规模代谢模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cobrapy -g -y
提供生物数据集访问指南，涵盖COSMIC、GTEx、GWAS等数据，支持下载解析及通路富集分析。
查询生物数据库
基因组数据分析
通路富集分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill curated-bio-datasets -g -y
用于高通量测序数据（如ChIP-seq、RNA-seq）的分析工具集，提供BAM转bigWig、质量控制、样本比较及可视化功能。
NGS数据分析
BAM转bigWig
ChIP-seq质控
生成热图或轮廓图
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deeptools -g -y
用于DNAnexus云平台基因组数据分析的集成技能，涵盖应用开发、数据管理、作业执行及生物信息学文件处理。
创建或修改DNAnexus应用/小程序
上传下载测序数据文件
运行基因组分析工作流
使用dxpy SDK进行平台交互
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill dnanexus-integration -g -y
用于系统发育树分析与处理的技能，支持树的读写、遍历、拓扑修改及进化事件检测。适用于生物信息学中的系统发育组学研究、正交/旁系同源基因识别及数据可视化。
需要解析或生成Newick/NHX格式的进化树
进行基因树与物种树的比对以检测复制和物种形成事件
对系统发育树进行修剪、重根或拓扑结构分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill etetoolkit -g -y
提供流式细胞术数据分析的端到端工作流，涵盖FCS文件处理、光谱补偿、手动/自动门控策略，以及免疫分型、CFSE增殖、细胞周期和凋亡分析。
分析多色流式细胞术实验数据
应用补偿矩阵校正光谱重叠
构建门控层级进行免疫分型
量化细胞增殖或细胞周期分布
分析细胞凋亡情况
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flow-cytometry-analysis -g -y
FlowIO用于解析和生成FCS流式细胞术文件，支持元数据提取、事件数据转换为NumPy数组及CSV导出，适用于生物医学数据处理与预处理。
需要解析FCS文件格式
从流式细胞术文件中提取元数据或通道信息
将FCS数据转换为NumPy数组或DataFrame
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flowio -g -y
gget 是生物信息学 CLI/Python 工具，提供统一接口查询 20+ 基因组数据库。支持基因信息、BLAST、AlphaFold 结构及富集分析等快速交互查询与探索。
需要快速查询基因、蛋白质或基因组数据
进行简单的生物信息学序列比对或结构检索
通过命令行或 Python 脚本批量获取生物数据库元数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill gget -g -y
提供蛋白质糖基化位点预测与分析工具，涵盖N-糖基化基序查找和O-糖基化热点预测。基于纯Python实现，用于生物治疗蛋白设计及糖生物学研究中的序列分析。
预测蛋白质N-糖基化位点
识别O-糖基化热点区域
分析蛋白质序列中的糖基化修饰
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill glycobiology -g -y
Histolab是用于数字病理全切片图像处理的Python库，提供组织检测、瓦片提取和染色归一化功能，适用于数据集准备及深度学习流水线预处理。
需要处理全切片图像(WSI)
进行组织区域检测或背景过滤
从大尺寸病理图中提取瓦片
为深度学习模型准备病理图像数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill histolab -g -y
提供免疫学实验数据的计算分析工具，涵盖ATAC-seq、ELISA拟合、IHC定量、细胞追踪及抗体滴度分析等场景。
处理ELISA板数据并进行标准曲线拟合
量化IHC染色强度或计算H-score
分析ATAC-seq峰值与差异染色质可及性
从显微镜延时数据中追踪免疫细胞迁移
确定抗体滴度或估算细胞周期持续时间
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill immunology-assays -g -y
用于构建、部署和管理生物信息学无服务器工作流的技能。支持Python装饰器及Nextflow/Snakemake集成，提供数据管理、资源配置及预验证流程功能。
创建或部署生信分析流水线
使用LatchFile/LatchDir管理云数据
配置GPU等计算资源以优化成本
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill latchbio-integration -g -y
提供微生物种群动力学建模与分析工具，包括细菌生长曲线拟合、群落动态模拟、随机仿真及基因组注释等计算功能。
拟合细菌生长曲线参数
模拟多物种群落相互作用
进行群体动态随机仿真
处理生物膜或CFU实验数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill microbial-dynamics -g -y
提供分子克隆模拟与设计工具，涵盖PCR扩增子预测、限制性酶切模拟、Golden Gate和Gibson组装设计、引物及CRISPR sgRNA设计，以及质粒特征注释。
分子克隆实验设计
PCR引物设计与Tm值计算
限制性内切酶位点分析
DNA组装方案规划
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill molecular-cloning -g -y
NeuroKit2是生理信号处理工具包，支持ECG、EEG等数据处理。用于心率变异性分析、脑电特征提取及多模态信号整合，适用于心理生理学研究与临床分析。
生理信号（如ECG/EEG）预处理与分析
心率变异性(HRV)指标计算
心理生理学或生物反馈研究
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neurokit2 -g -y
Neuropixels神经记录分析工具，支持SpikeGLX/OpenEphys数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 spike排序及质量评估。适用于神经科学数据处理与单元策展。
用户提及Neuropixels、SpikeGLX、Open Ephys、Kilosort
需要处理神经记录、spike sorting或细胞外电生理数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neuropixels-analysis -g -y
提供OMERO显微镜数据管理平台的Python API集成能力，涵盖连接管理、数据检索、元数据标注、图像处理及ROI分析等场景。
使用omero-py访问显微镜数据
程序化检索图像或筛选数据
分析像素数据并创建衍生图像
管理感兴趣区域(ROIs)和注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill omero-integration -g -y
用于编写Opentrons OT-2和Flex机器人的Protocol API v2协议，实现液体处理、硬件模块控制及自动化移液工作流。
编写Opentrons Python协议
自动化液体处理流程
控制温控或加热摇床模块
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill opentrons-integration -g -y
PathML是计算病理学Python工具包，用于全切片图像分析。支持160+格式加载、H&E预处理、核分割、空间图构建及深度学习模型训练，适用于CODEX等多重免疫荧光数据分析。
全切片病理图像(WSI)加载与处理
组织或细胞核的分割与分类
基于病理数据的机器学习模型训练
多重免疫荧光数据的空间分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pathml -g -y
提供药理学湿实验数据的计算分析工具，涵盖Western blot定量、肿瘤生长抑制、药物稳定性建模、放射性抗体生物分布及剂量估算等。
Western blot图像蛋白条带定量分析
xenograft肿瘤生长抑制率计算
药物加速稳定性与保质期预测
放射性抗体生物分布数据处理
MIRD剂量估算
不良事件CTCAE分级
IC50/EC50剂量反应曲线拟合
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pharmacology-wetlab -g -y
提供 protocols.io API v3 集成能力，支持协议搜索、创建、更新、发布及步骤管理。涵盖身份验证、协作讨论、工作区组织和文件上传，适用于科学实验追踪与文档自动化。
搜索或发现科学协议
创建、更新或发布协议内容
管理与协议相关的讨论和评论
上传文件或管理工作区
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill protocolsio-integration -g -y
用于执行批量RNA-seq数据的差异表达分析，支持从数据加载、过滤到统计检验及可视化的完整Python工作流，兼容pandas和AnnData格式。
进行bulk RNA-seq差异表达分析
比较不同实验条件下的基因表达
提及DESeq2或PyDESeq2
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pydeseq2 -g -y
PyHealth是面向医疗AI的Python工具包，支持EHR数据处理、临床预测任务（如死亡率、再入院）、医学编码转换及深度学习模型训练与部署。适用于基于MIMIC等数据集开发健康领域的机器学习应用。
处理电子健康记录或生理信号数据
构建临床预测模型
实现医疗领域深度学习算法
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pyhealth -g -y
PyLabRobot是一个硬件无关的Python SDK，用于统一控制多种实验室自动化设备（如移液机器人、读数仪等）。适用于多厂商设备集成、复杂实验流程编程、资源管理及协议仿真。
需要控制多种品牌的实验室自动化设备
编写跨平台的液体处理或分析仪器自动化脚本
在物理运行前仿真实验室协议
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pylabrobot -g -y
用于生物信息学基因组数据处理，支持读写SAM/BAM/CRAM比对、VCF/BCF变异及FASTA/FASTQ序列文件。提供区域提取、覆盖度计算等功能，适用于NGS分析流水线构建与质控。
处理测序比对文件
分析遗传变异数据
提取参考序列或基因区域
计算测序覆盖度
构建生物信息分析流水线
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pysam -g -y
提供单细胞RNA测序数据分析标准流程，涵盖数据加载、质控、标准化、降维聚类及可视化。适用于生物信息学中的探索性分析任务。
单细胞RNA-seq数据分析
scRNA-seq质控与标准化
细胞聚类与标记基因识别
UMAP/t-SNE降维可视化
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scanpy -g -y
Dependencies:
scanpy>=1.10.0
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于生物信息学分析的Python工具包，涵盖序列操作、比对、系统发育树构建、微生物组多样性计算及多元统计检验。
处理DNA/RNA/蛋白质序列数据
执行序列比对或 motif 搜索
构建或分析系统发育树
计算微生物组 alpha/beta 多样性指标
进行 PERMANOVA 等生态统计数据检验
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-bio -g -y
用于在Python中进行生存分析和时间事件建模，支持处理删失数据、拟合Cox模型、随机生存森林等算法，以及评估生存预测性能。
进行生存分析或时间事件建模
处理删失数据（右删失、左删失等）
拟合Cox比例风险模型或集成生存模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-survival -g -y
用于单细胞组学数据的深度生成模型分析，支持RNA-seq、ATAC-seq及多模态整合。提供批次校正、差异表达、细胞注释等高级建模功能，适用于复杂生物数据概率推断任务。
单细胞转录组数据分析
多组学数据整合
单细胞批次校正
空间转录组去卷积
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scvi-tools -g -y
提供合成生物学设计与仿真工具，涵盖密码子优化、基因电路ODE建模、SBML模型创建、分岔分析及条形码测序数据处理，辅助实验设计。
基因序列密码子优化
基因电路动力学模拟
SBML生物网络模型创建与验证
合成回路双稳态与分岔分析
条形码测序适应性景观分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill synthetic-biology -g -y
生成涵盖全科的简洁医疗治疗计划，支持LaTeX/PDF输出。包含SMART目标、循证干预及HIPAA合规检查，强制集成科学示意图以增强可视化效果。
生成临床治疗计划
创建康复或精神健康方案
编写慢性病管理文档
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill treatment-plans -g -y
提供药物候选物的ADMET性质预测，涵盖药代动力学、毒性和类药性评估。支持RDKit描述符及TDC模型，用于化合物筛选、优化和毒性预警，辅助早期药物发现决策。
药物候选物ADMET性质预测
化合物毒性预警与类药性评估
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-prediction -g -y
提供可解释的ADMET分析，将毒性风险映射至结构成因与生物通路，辅助药物化学团队进行先导化合物优化与设计评审。
ADMET预测后解读具体毒性原因
药物设计评审中评估结构修改有效性
生成面向药物化学团队的毒性报告
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-reasoning -g -y
用于预测蛋白质-配体结合亲和力，支持经验评分、MM/GBSA重评分及批量虚拟筛选。将结构信息转化为能量估计值，辅助化合物优先级排序与实验测试验证。
predict binding affinity
estimate Kd
score binding strength
rescore with MM/GBSA
rank compounds by affinity
virtual screening
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill binding-affinity -g -y
Dependencies:
rdkit-pypi
biopython>=1.84
numpy
scipy
提供基于RDKit的Pythonic分子化学信息学工具，涵盖SMILES解析、标准化、描述符计算、指纹生成及3D构象分析等核心功能，支持高效并行处理与多格式数据读写。
需要简化RDKit操作进行药物发现
分子结构标准化或特征提取
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill datamol -g -y
Dependencies:
datamol>=0.12.0
rdkit-pypi>=2024.3.1
用于分子机器学习、药物发现和材料科学的技能。支持加载化学数据、多种分子特征化（指纹、图结构）、训练GNN等传统模型，以及利用预训练模型进行ADMET等属性预测和MoleculeNet基准测试。
需要处理SMILES或SDF格式的分子数据
执行分子性质预测如毒性或溶解度
使用DeepChem进行图神经网络建模
运行MoleculeNet基准数据集实验
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deepchem -g -y
Dependencies:
deepchem>=2.8.0
torch>=2.0.0
numpy>=1.25.0
提供从头药物分子设计工具包，涵盖类似物生成、片段组装、基于结构的SBDD设计、多目标优化及类药性过滤。基于RDKit实现，用于探索化学空间并快速筛选潜在候选药物分子。
需要生成已知先导化合物的结构类似物
基于片段或蛋白质口袋结构从头设计分子
对化合物库进行多目标性质优化和类药性过滤
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill denovo-design -g -y
基于扩散模型的分子对接工具，用于预测蛋白质-配体结合构象及置信度。支持虚拟筛选和结构导向药物设计，需配合评分函数评估亲和力。
预测配体与蛋白质的结合位点
运行分子对接任务
进行化合物库的虚拟筛选
结构导向的药物设计与先导化合物优化
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill diffdock -g -y
端到端药物发现流程编排器，自动串联结构预测、口袋检测、从头设计等步骤，确保执行顺序、输入验证及日志记录。
drug discovery pipeline
find drugs
design drugs
screen compounds
druggability assessment
de novo design
lead optimization
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill drug-design -g -y
Dependencies:
biopython>=1.84
rdkit-pypi
numpy
scipy
基于LLM的自动化假设生成与测试工具，支持从表格数据中系统探索模式、结合文献洞察进行假设验证，适用于欺骗检测等实证研究场景。
需要从观测数据中自动生成科学假设
系统性测试多个竞争性假设
结合文献与数据进行实证分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill hypogenic -g -y
Matchms是用于代谢组学的Python库，支持质谱数据导入、元数据标准化、峰过滤及光谱相似度计算（如余弦相似度），用于化合物鉴定和谱库检索。
进行代谢组学数据分析
比较质谱图谱相似度
从谱库中鉴定未知化合物
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill matchms -g -y
用于药物发现工作流的分子过滤与优先级排序技能。支持应用Lipinski、Veber等类药性规则，检测PAINS及结构警示片段，计算复杂度指标，以高效筛选和评估化合物库的质量。
应用类药性规则（如Lipinski、Veber）筛选化合物库
通过结构警示或PAINS模式过滤分子
为先导优化进行化合物优先级排序
评估化合物的质量及药物化学性质
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill medchem -g -y
