Agent Skills
› synthetic-sciences/openscience
synthetic-sciences/openscience
GitHub提供Bun环境下文件读写、扫描及目录操作的API使用指南与仓库最佳实践，涵盖Bun原生API与node:fs的适用场景，辅助开发者高效处理文件I/O任务。
Install All Skills
npx skills add synthetic-sciences/openscience --all -g -y
Skills in Collection (277)
Showing top 50 of 277 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
提供Bun环境下文件读写、扫描及目录操作的API使用指南与仓库最佳实践，涵盖Bun原生API与node:fs的适用场景，辅助开发者高效处理文件I/O任务。
进行文件读取或写入操作
执行目录创建或删除
需要扫描文件或查找二进制路径
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bun-file-io -g -y
AnnData技能用于处理单细胞基因组学中的注释数据矩阵，支持h5ad等格式的读写、元数据管理及大数据集操作，集成于scverse生态。
创建或读取AnnData对象
处理h5ad/zarr格式文件
单细胞RNA-seq数据分析
合并或过滤生物数据集
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill anndata -g -y
Dependencies:
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
提供Benchling平台集成能力，通过SDK/API管理生物序列、库存及ELN数据，实现实验室自动化与数据分析。
需要访问或操作Benchling注册表（DNA/蛋白质）
自动化库存管理或ELN条目创建
构建Benchling应用或工作流自动化
同步Benchling与外部系统数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill benchling-integration -g -y
用于细胞生物学显微镜图像的自动化分析，涵盖细胞分割、追踪、形态量化及集落计数等全流程处理。
显微镜图像细胞分割
细胞迁移追踪
细胞形态量化
多通道荧光共定位分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioimage-analysis -g -y
提供统一Python接口访问40+生物信息学服务，支持跨数据库查询、ID映射及序列分析。适用于整合UniProt、KEGG等资源进行生物学数据检索与流程集成。
需要同时查询多个生物数据库（如UniProt和KEGG）
执行生物标识符跨库转换
获取蛋白质序列或通路结构数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill bioservices -g -y
提供癌症基因组计算工作流，涵盖体细胞突变检测、结构变异分析、拷贝数变异及肿瘤纯度估计等。适用于处理肿瘤测序数据，进行临床解读和发表级定量输出。
处理肿瘤-正常配对测序的体细胞变异调用
使用CNVkit或GATK进行拷贝数和结构变异分析
计算肿瘤突变负荷或提取NMF基因表达特征
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cancer-genomics-analysis -g -y
提供临床与生理影像分析工具，涵盖扩散MRI、微CT骨形态、血流动力学、昼夜节律及纤毛频率等计算。
处理DICOM或NIfTI医学影像数据
进行生物信号或生理波形分析
执行显微图像定量测量
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-imaging -g -y
用于撰写符合HIPAA/FDA/ICH-GCP规范的临床报告，包括病例、诊断、临床试验及患者文档。强制集成科学示意图生成以增强可视化效果，确保数据隐私与合规性。
撰写临床病例报告
生成诊断报告（影像/病理）
起草临床试验总结报告(CSR)
编写SOAP笔记或出院小结
处理SAE不良事件报告
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill clinical-reports -g -y
COBRApy是用于约束基础代谢模型分析的Python库，支持FBA、FVA、基因敲除及通量采样等模拟，适用于系统生物学和代谢工程研究。
进行代谢通量平衡分析
运行通量可变性分析
加载或保存SBML代谢模型
执行基因组规模代谢模拟
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill cobrapy -g -y
提供COSMIC、GTEx、GWAS等生物数据集的访问与解析指南，涵盖数据下载、格式处理及通路富集分析代码示例。
需要获取癌症基因组或表达谱数据
进行基因集富集分析或构建蛋白互作网络
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill curated-bio-datasets -g -y
deepTools技能用于NGS数据分析，涵盖BAM转bigWig、QC评估（相关性、PCA）、样本比对及ChIP-seq/RNA-seq可视化。支持文件校验、工作流生成及核心分析流程执行。
将BAM转换为bigWig或bedGraph
进行ChIP-seq或RNA-seq的质量控制
生成TSS或peak区域的热图和轮廓图
比较不同样本的相关性或PCA分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deeptools -g -y
用于DNAnexus云平台基因组数据分析，涵盖应用开发、数据管理、作业执行及工作流编排，支持dxpy SDK与生物信息文件格式处理。
创建或修改DNAnexus应用/小程序
上传下载或搜索平台数据文件
运行基因组分析作业或监控任务状态
使用dxpy编写脚本进行生物信息数据处理
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill dnanexus-integration -g -y
ETET toolkit技能，用于系统发育树分析。支持树的读写、遍历、拓扑修改及距离计算；集成序列比对，检测基因复制/物种形成事件，识别直系/旁系同源物，并支持NCBI分类整合与可视化输出。
需要加载或解析Newick/NHX格式的进化树文件
进行基因树与物种树的比对以检测复制或物种形成事件
从基因名称中提取物种信息并识别直系同源基因
对系统发育树进行修剪、重根或拓扑结构修改
生成系统发育树的ASCII或图形化可视化结果
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill etetoolkit -g -y
提供流式细胞术数据的端到端分析工作流，涵盖FCS文件解析、光谱补偿、手动及自动门控策略、免疫分型、CFSE增殖分析、细胞周期定量及凋亡检测。
分析多色流式细胞术实验数据
应用补偿矩阵校正光谱重叠
构建连续门控层级以排除碎片或死细胞
进行免疫表型分析
量化细胞增殖或细胞周期分布
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flow-cytometry-analysis -g -y
解析FCS流式细胞术标准文件，提取事件数据为NumPy数组，读取元数据和通道信息，支持转换为CSV/DataFrame及创建新FCS文件，适用于数据预处理和后端服务。
需要解析或提取FCS文件元数据
将流式细胞术数据转换为NumPy数组
验证或检查流式细胞术文件格式
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill flowio -g -y
提供统一接口访问20+生物信息数据库，支持基因查询、BLAST及结构分析。适用于快速交互式探索和简单数据检索，兼具CLI与Python功能。
需要快速查询基因或蛋白质信息
进行简单的生物序列或结构分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill gget -g -y
提供蛋白质糖基化位点预测与分析工具，包括N-糖基化基序查找和O-糖基化热点预测。适用于生物治疗蛋白设计、突变实验规划及糖蛋白注释等场景。
预测蛋白质序列中的糖基化位点
分析N-糖基化或O-糖基化模式
规划糖基化位点突变实验
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill glycobiology -g -y
用于数字病理学中全切片图像（WSI）处理的Python库，支持组织检测、瓦片提取及染色归一化，适用于数据集准备和快速分析。
需要处理全切片图像数据
进行病理图像的瓦片提取或预处理
构建深度学习病理分析的数据集
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill histolab -g -y
用于免疫学实验数据的计算分析，涵盖ELISA曲线拟合、IHC定量、ATAC-seq峰值调用及细胞追踪等任务。
处理ELISA数据
分析ATAC-seq数据
IHC染色强度量化
免疫细胞迁移追踪
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill immunology-assays -g -y
用于构建、部署和管理基于 Latch SDK 的生信工作流，支持 Python/Nextflow/Snakemake 集成、云端数据管理及 GPU 资源配置。
创建或部署生信工作流
配置 GPU 等资源参数
管理 LatchFile 等云数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill latchbio-integration -g -y
提供微生物种群动态建模与分析工具，涵盖生长曲线拟合、群落动力学模拟、生物膜量化及基因组注释等功能。
拟合细菌生长曲线
模拟微生物群落相互作用
分析生物膜或CFU数据
进行基因组注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill microbial-dynamics -g -y
提供分子克隆模拟与设计工具，涵盖PCR引物设计、酶切模拟、Golden Gate/Gibson组装规划及CRISPR sgRNA设计，辅助实验方案计算与验证。
PCR引物设计与退火温度计算
限制性内切酶消化位点预测
Golden Gate或Gibson组装片段规划
CRISPR sgRNA脱靶效应评分
质粒图谱特征注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill molecular-cloning -g -y
NeuroKit2是生理信号处理工具包，支持ECG、EEG等生物信号分析。适用于心率变异性、脑电复杂度及多模态生理数据研究，用于心理生理学及临床分析。
需要处理心电图或脉搏波信号
进行心率变异性(HRV)分析
分析脑电图(EEG)频段或复杂度
评估自主神经系统活动如EDA
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neurokit2 -g -y
Neuropixels神经记录分析工具，支持SpikeGLX/OpenEphys数据加载、预处理、漂移校正、Kilosort4尖峰排序及质量评估。适用于神经电生理数据处理与单位策展。
用户提到Neuropixels或神经记录分析
需要运行尖峰排序或计算质量指标
处理SpikeGLX或Open Ephys格式数据
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill neuropixels-analysis -g -y
提供OMERO显微镜数据管理平台的Python API集成能力，支持图像访问、像素分析、ROI管理及元数据处理，适用于高通量筛选和生物成像工作流。
使用omero-py访问显微镜数据
程序化检索图像或数据集
分析像素数据并创建衍生图像
管理感兴趣区域(ROIs)和注释
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill omero-integration -g -y
用于编写Opentrons OT-2和Flex机器人的Protocol API v2协议，实现液体处理、硬件模块控制及自动化移液工作流。
编写Opentrons Python协议
自动化液体处理流程
控制温控或加热摇床模块
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill opentrons-integration -g -y
PathML是计算病理学工具包，支持WSI加载、预处理、核分割、空间图构建及深度学习模型训练。适用于多色免疫荧光分析和大规模病理数据集管理，提供模块化流程以处理160+格式幻灯片。
全切片图像分析
病理数据机器学习
细胞空间图谱构建
多参数成像数据分析
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pathml -g -y
提供药理学湿实验数据的计算分析工具，涵盖Western blot定量、肿瘤抑制率、稳定性建模、生物分布及剂量反应曲线拟合等核心功能。
分析Western blot图像中的蛋白表达量
计算异种移植瘤生长抑制率(TGI%)
基于Arrhenius方程预测药物货架期
进行放射性抗体生物分布或MIRD剂量估算
拟合剂量-反应曲线以获取IC50/EC50
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pharmacology-wetlab -g -y
集成protocols.io API，用于科学协议的搜索、创建、更新、发布及协作管理。支持步骤与材料操作、讨论互动、工作区组织、文件上传及实验追踪，适用于协议发现、协同开发和科研文档自动化。
需要搜索或发现现有科学协议
创建、更新或发布科学协议
管理与协议相关的步骤、材料和文件
处理协议讨论和评论
集成protocols.io功能到工作流
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill protocolsio-integration -g -y
PyDESeq2是Python版DESeq2，用于批量RNA-seq数据的差异表达分析。支持单/多因素设计、Wald检验、FDR校正及可视化，实现从数据加载到结果解读的完整工作流。
进行bulk RNA-seq差异表达分析
比较不同实验条件下的基因表达
使用DESeq2或PyDESeq2工具
处理批次效应或多因子设计
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pydeseq2 -g -y
PyHealth是面向医疗AI的Python工具包，用于处理电子健康记录、临床预测任务及医学编码。支持MIMIC等数据集加载、深度学习模型训练与评估，提供从数据预处理到部署的全流程开发能力。
处理EHR或生理信号数据
构建临床预测模型
实现医疗深度学习算法
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pyhealth -g -y
PyLabRobot是硬件无关的Python实验室自动化SDK，用于统一控制移液机器人、酶标仪等设备。适用于多厂商设备集成、复杂实验流程编程、资源管理及协议仿真，支持跨平台运行。
控制多种实验室自动化硬件
编写跨平台液体处理协议
集成不同厂商的实验设备
在物理运行前仿真实验流程
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pylabrobot -g -y
用于基因组数据处理，支持读写SAM/BAM/CRAM比对、VCF变异及FASTA序列，提供区域提取、覆盖度计算等功能，适用于生物信息学流水线开发。
处理测序比对文件
分析遗传变异数据
提取参考序列或基因区域
原始测序数据预处理
计算覆盖度或读取深度
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill pysam -g -y
用于单细胞RNA测序数据分析的Python工具包，涵盖数据加载、质控、标准化、降维、聚类、差异表达分析及可视化等完整流程。
单细胞RNA-seq数据分析
细胞聚类与标记基因识别
UMAP/t-SNE降维可视化
单细胞数据质控与过滤
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scanpy -g -y
Dependencies:
scanpy>=1.10.0
anndata>=0.10.0
numpy>=1.25.0
用于生物信息学分析的Python库技能，涵盖序列操作、比对、系统发育、微生物组多样性及多元统计。
处理DNA/RNA/蛋白质序列
进行序列比对或构建系统发育树
计算微生物组多样性指标
读写FASTA/Newick等生物文件格式
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-bio -g -y
用于Python生存分析的工具包，支持处理删失数据、拟合Cox模型及集成学习算法，评估预测性能并实现时间事件建模工作流。
进行生存分析或时间事件建模
处理删失数据（右删失等）
拟合Cox比例风险模型
构建随机生存森林或梯度提升模型
评估生存预测指标如C指数或Brier分数
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scikit-survival -g -y
基于PyTorch的单细胞组学深度学习框架，提供scVI等模型用于降维、批次校正、多模态整合及差异表达分析。
单细胞RNA-seq数据分析
多组学数据整合
空间转录组去卷积
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill scvi-tools -g -y
提供合成生物学设计与仿真工具，涵盖密码子优化、基因电路ODE建模、SBML模型创建、分岔分析及条形码测序数据分析等，辅助实验设计。
进行基因序列密码子优化以提高异源表达效率
模拟基因电路动态行为如双稳态或振荡器
创建和验证标准化的生物网络SBML模型
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill synthetic-biology -g -y
用于生成涵盖各临床专科的简明医疗治疗方案，支持LaTeX/PDF格式。包含SMART目标、循证干预及HIPAA合规性，强制集成科学图表以增强可视化效果，适用于慢性病、康复、精神健康等多场景。
创建个性化患者治疗方案
编写慢性病管理或康复计划
生成精神心理治疗文档
制定围手术期护理路径
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill treatment-plans -g -y
提供药物候选物的ADMET性质预测工具，涵盖药代动力学、毒性和类药性评估。基于RDKit描述符及TDC模型，支持批量筛选与优化，辅助早期化合物分级与结构修饰决策。
药物候选物ADMET性质预测
虚拟筛选中的毒性标记
先导化合物优化评估
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-prediction -g -y
基于CoTox和DrugR提供可解释的ADMET分析，将毒性风险映射至结构成因与生物通路，辅助药物化学团队进行分子优化决策。
ADMET预测后解读告警原因
先导化合物优化规划
生成可解释的毒性评估报告
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill admet-reasoning -g -y
预测蛋白质-配体结合亲和力，支持经验评分、MM/GBSA重评分及虚拟筛选。提供多方法共识排名，用于化合物优先级排序，强调结果为计算估算值而非实验数据。
predict binding affinity
estimate Kd
score binding strength
rescore with MM/GBSA
rank compounds by affinity
virtual screening
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill binding-affinity -g -y
Dependencies:
rdkit-pypi
biopython>=1.84
numpy
scipy
基于RDKit的Python分子信息学工具包，提供SMILES解析、标准化、描述符计算及3D构象生成等功能。适用于药物发现流程中的分子数据处理与分析。
需要进行分子结构解析或标准化
计算分子描述符或指纹
处理SMILES/SDF等化学文件格式
生成3D分子构象
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill datamol -g -y
Dependencies:
datamol>=0.12.0
rdkit-pypi>=2024.3.1
用于分子机器学习任务，支持化学、材料及生物数据分析。提供分子数据加载、特征工程（指纹、图表示）、属性预测（ADMET、毒性）及预训练模型应用，适用于药物发现和材料设计场景。
进行分子性质预测如ADMET或毒性分析
加载和处理SMILES或SDF等分子数据格式
使用DeepChem进行药物发现或材料设计实验
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill deepchem -g -y
Dependencies:
deepchem>=2.8.0
torch>=2.0.0
numpy>=1.25.0
提供从头药物设计工具，支持类似物生成、片段组合、基于结构的分子设计及多目标优化，用于快速筛选和生成具有理想性质的候选药物分子。
需要生成新的药物候选分子
对已知先导化合物进行类似物枚举
基于蛋白质结构进行分子设计
对化合物库进行药物相似性过滤
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill denovo-design -g -y
基于扩散模型的分子对接工具，用于预测蛋白质-配体结合构象及置信度。支持PDB/SMILES输入、虚拟筛选和批量对接，适用于结构导向药物设计。仅预测构象而非亲和力。
预测配体与蛋白质的结合构象
执行分子对接任务
进行虚拟筛选或化合物库筛查
确定分子结合位点
处理PDB文件与SMILES字符串的对接需求
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill diffdock -g -y
端到端药物发现流程编排工具，自动串联结构预测、口袋检测、从头设计等阶段。确保执行顺序正确、验证I/O契约并记录日志，支持全管线、先导优化及虚拟筛选等多种模式。
drug discovery pipeline
find drugs
design drugs
screen compounds
druggability assessment
de novo design
lead optimization
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill drug-design -g -y
Dependencies:
biopython>=1.84
rdkit-pypi
numpy
scipy
基于LLM的自动化假设生成与测试工具，支持从表格数据中提取模式、结合文献验证假设，适用于欺诈检测、内容分析等科研场景。
需要从观测数据中自动生成科学假设
系统化测试多个竞争性假设
结合文献洞察与实证数据进行研究
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill hypogenic -g -y
Matchms是用于代谢组学的Python库，支持质谱数据导入导出、频谱过滤处理及相似度计算。适用于比较质量谱、计算余弦相似度得分以及从光谱库中鉴定未知化合物。
进行代谢组学数据分析
比较质谱相似度
从光谱库鉴定化合物
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill matchms -g -y
用于药物发现中的分子过滤与优先级排序。应用Lipinski、Veber等类药性规则及PAINS结构警报，评估化合物质量并检测潜在风险基团，支持批量并行处理以高效筛选化合物库。
应用类药性规则筛选化合物库
检测PAINS或结构性警报
评估化合物质量和理化性质
计算分子复杂度指标
npx skills add synthetic-sciences/openscience --skill medchem -g -y
