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jaechang-hits/SciAgent-Skills
GitHub用于编写Opentrons OT-2/Flex液体处理机器人的Python协议，支持移液、稀释、PCR及模块控制。提供本地模拟与API使用指南，适用于实验室自动化工作流开发。
Install All Skills
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Skills in Collection (200)
Showing top 50 of 200 by quality score. Use the install list command or open individual skills for the rest.
用于编写Opentrons OT-2/Flex液体处理机器人的Python协议，支持移液、稀释、PCR及模块控制。提供本地模拟与API使用指南，适用于实验室自动化工作流开发。
编写Opentrons机器人控制脚本
设置液体处理或PCR自动化流程
配置移液器与温控模块参数
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill opentrons-integration -g -y
提供Plotly交互式可视化技能，支持40+图表类型及悬停、缩放等功能。涵盖Plotly Express快速绘图与Graph Objects精细控制，适用于数据探索、3D/地理可视化及Web嵌入，明确区分于matplotlib和seaborn的使用场景。
需要创建交互式图表
进行数据探索性分析
生成3D或地理地图可视化
制作可嵌入网页的HTML图表
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-visualization -g -y
基于Seaborn和Matplotlib进行统计可视化，支持分布、关系、分类图表及自动统计估算。适用于数据探索、相关性热力图生成及多面板绘图，提供高质量出版级静态图形。
需要绘制直方图、KDE或箱线图
分析变量间关系或相关性
对比不同类别的分布情况
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-visualization -g -y
提供单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的最佳实践，涵盖基于标记基因、参考图谱及自动化分类方法，指导用户选择合适策略并区分细胞类型与状态。
单细胞RNA-seq数据分析
细胞类型注释
生物信息学标记基因分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill single-cell-annotation -g -y
提供PyMC贝叶斯建模全流程指导，涵盖模型定义、先验设置、MCMC/ADVI采样、诊断评估及预测。适用于需不确定性量化的统计分析与回归任务。
需要进行贝叶斯统计建模
使用PyMC库进行参数估计与不确定性分析
执行后验预测检查或模型比较
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pymc-bayesian-modeling -g -y
基于scikit-learn的生存分析技能，支持Cox、随机森林等模型处理删失数据。提供C-index等评估指标及生存曲线估计，兼容Pipeline与GridSearchCV，适用于临床试验或可靠性研究的时间至事件建模。
需要构建时间至事件预测模型
处理包含删失数据的生存分析任务
计算C-index或Brier分数等生存评估指标
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scikit-survival-analysis -g -y
提供统计分析报告生成能力，涵盖假设检验选择、前提条件验证、效应量计算及APA格式报告。支持频率学派与贝叶斯方法，利用statsmodels和pymc进行模型拟合。
需要选择合适的统计检验方法
验证统计假设（如正态性、方差齐性）
计算效应量和置信区间
生成符合APA规范的统计结果报告
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提供Python经典统计建模能力，涵盖回归、离散选择及时间序列分析。强调严谨的统计推断、假设检验与模型诊断，适用于系数解释和科学计算，区别于预测导向的机器学习库。
需要进行线性或广义线性回归分析
执行时间序列预测如ARIMA
进行统计假设检验或模型诊断
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Cellpose是一个基于深度学习的细胞和细胞核分割工具，适用于荧光和明场显微镜图像。它通过预训练模型实现无需重新训练的通用分割，输出标签掩码以支持形态学测量和追踪，解决传统规则方法在复杂场景下的局限。
需要对显微镜图像进行细胞或细胞核分割
需要处理不同染色条件或细胞类型的批量图像数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill cellpose-cell-segmentation -g -y
FlowIO 是用于解析和写入流式细胞术 FCS 文件的轻量级 Python 库。支持读取事件数据为 NumPy 数组、提取通道元数据、处理多数据集及批量文件，适用于数据预处理与管道构建。
需要读取或写入 FCS 格式文件
从流式细胞仪数据中提取数值矩阵或元数据
将 FCS 数据转换为 CSV 或 DataFrame
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill flowio-flow-cytometry -g -y
napari是多维科学图像交互查看器，支持2D/3D/4D显微图像的可视化、标注及分割结果审查。集成Cellpose等插件用于深度学习分析，支持无头渲染和截图导出，是Python生物图像工作流的核心可视化工具。
需要交互式查看或审查显微镜图像、分割掩码或3D/4D数据
为深度学习模型准备或标注训练数据
在Python环境中进行生物图像的多通道叠加显示与对比度调整
在无头环境（如CI/HPC）中自动生成图像截图
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill napari-image-viewer -g -y
提供基于OpenCV的生物图像计算机视觉技能，涵盖预处理、特征提取及实时显微镜视频分析。指导使用C++加速的经典算法进行细胞检测与追踪，区分于深度学习工具。
生物图像处理
显微镜视频流分析
细胞轮廓或斑点检测
图像预处理优化
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill opencv-bioimage-analysis -g -y
提供Python与ImageJ2/Fiji的桥接，支持批量处理、插件调用及NumPy数据交换。适用于自动化图像分析、宏执行及科学计算中的图像处理任务。
需要从Python调用Fiji或ImageJ插件
使用Java运行环境进行大规模图像批处理
在Python中集成Bio-Formats或TrackMate等专业工具
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pyimagej-fiji-bridge -g -y
提供基于Python的科学图像处理技能，涵盖显微图像读取、去噪、分割及特征测量。适用于生物图像分析流程中的预处理与定量分析任务。
需要处理荧光显微镜或组织学图像
执行细胞或细胞核的图像分割与计数
计算图像对象的面积、强度等形态学属性
对生物图像进行背景扣除或降噪预处理
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scikit-image-processing -g -y
Python单粒子追踪库，基于Crocker-Grier算法定位视频帧中的微粒并链接轨迹。支持2D/3D亚像素精度、漂移校正及MSD扩散系数计算，适用于荧光显微镜数据分析。
需要分析荧光显微镜视频中的粒子运动轨迹
计算粒子的均方位移(MSD)和扩散系数
从图像序列中提取并过滤短轨迹
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill trackpy-particle-tracking -g -y
用于生成高质量科学图表的Python绘图技能，支持折线、散点、热力图等及3D图形，提供精细元素控制与多面板布局，适用于论文发表级静态图像导出。
需要生成出版级质量的科学图表
创建包含多个子图的面板布局
对图表字体、颜色等细节进行精确控制
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill matplotlib-scientific-plotting -g -y
用于生成交互式科学可视化图表的 Skill，支持 Plotly Express 和 Graph Objects API。涵盖散点图、热图等40+种图表类型，提供悬停、缩放及动画功能，适用于生物信息学数据分析与仪表盘构建。
需要生成交互式数据可视化图表
构建包含悬停提示或动画的数据仪表盘
将 DataFrame 转换为可分享的 HTML 图形
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill plotly-interactive-plots -g -y
指导科研数据可视化，涵盖图表选型、色彩理论与无障碍设计、多面板布局及期刊格式规范，旨在提升图表清晰度与学术出版质量。
准备学术论文插图
选择合适的数据图表类型
检查颜色方案的无障碍性
调整图片以符合特定期刊格式
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill scientific-visualization -g -y
基于Seaborn和Matplotlib进行统计可视化，支持Pandas数据框的自动聚合、置信区间计算及多种图表类型（箱线图、热力图等），适用于快速探索性数据分析与统计摘要生成。
需要进行数据统计分布可视化
生成分组箱线图或小提琴图
绘制相关性热力图
执行回归分析与拟合
使用pairplot进行多变量关系探索
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill seaborn-statistical-plots -g -y
提供在统计比较图中添加显著性标注的指南，涵盖p值与星号转换、多重比较校正及matplotlib实现，确保图表符合出版标准。
需要在箱线图或小提琴图上标注显著性
准备用于发表的科研图表
处理多组比较的p值标注
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill statistical-significance-annotation -g -y
BWA-MEM2是用于全基因组、外显子组及ChIP-seq等DNA短读段比对的工具，速度比原版快两倍，支持生成GATK兼容的SAM/BAM文件。本文档提供安装、参考基因组构建及标准比对流程指南。
需要进行WGS或WES DNA序列比对
需要为变异检测准备GATK兼容的BAM文件
需要处理ChIP-seq或ATAC-seq数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill bwa-mem2-dna-aligner -g -y
提供Python接口读写SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF及FASTA/FASTQ文件，支持区域查询、pileup统计和变异过滤。封装samtools/bcftools，用于NGS数据质控、比对分析及自定义生物信息流程构建。
读取或写入BAM/CRAM/VCF等基因组文件
进行基因组区域查询或覆盖度统计
构建生物信息学数据处理流水线
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill pysam-genomic-files -g -y
用于处理NGS序列比对文件（SAM/BAM/CRAM）的命令行工具集，涵盖排序、索引、格式转换、QC统计、过滤及去重等任务。
需要对BAM文件进行坐标排序或创建索引
执行比对质量检查或生成QC指标
在变异检测前标记或移除PCR重复
将SAM转换为更节省空间的BAM或CRAM格式
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill samtools-bam-processing -g -y
基于STAR工具进行RNA-seq数据比对，生成BAM文件和剪接位点表。支持构建基因组索引、两阶段比对及基因定量，适用于需BAM文件的下游分析流程。
需要RNA-seq序列比对
生成坐标排序BAM文件
检测新剪接位点
运行ENCODE标准流程
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill star-rna-seq-aligner -g -y
用于细菌和古菌基因组及质粒的快速标准化注释，识别CDS、RNA等特征并生成NCBI兼容文件。适用于基因组组装结果分析、MAG注释及可视化绘图。
需要注释细菌或古菌基因组序列
要求输出NCBI兼容的GFF3或GenBank格式
需要对质粒或环状复制子进行独立注释
需要生成基因组环形图或JSON结构化数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill bakta-genome-annotation -g -y
基于Prokka工具对原核生物基因组进行快速注释，识别CDS及非编码RNA，输出GFF3等格式。适用于新组装基因组、病毒或MAG的功能注释及下游比较基因组学分析。
对新组装的细菌或古菌基因组进行功能注释
获取基因组的CDS产物名称、EC编号等蛋白功能信息
为Roary等下游比较基因组分析准备注释文件
对病毒或噬菌体基因组进行特异性数据库注释
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill prokka-genome-annotation -g -y
基于Roary流程计算细菌泛基因组，通过聚类生成基因存在/缺失矩阵及核心基因比对文件。适用于比较基因组学、系统发育分析及GWAS研究，支持大规模菌株注释数据的高效处理。
计算细菌泛基因组
生成基因存在缺失矩阵
构建核心基因多序列比对
比较基因组学分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill roary-pangenome -g -y
基于基因表达数据推断转录因子调控网络，支持GRNBoost2和GENIE3算法，具备Dask并行能力。用于单细胞或批量RNA-seq数据分析，生成TF-靶点关联矩阵。
需要构建基因调控网络
处理单细胞或批量RNA-seq数据
运行pySCENIC流程的第一步
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill arboreto-grn-inference -g -y
Biopython分子生物学工具包，用于序列处理、生物文件格式解析、NCBI数据库访问、BLAST搜索及蛋白质结构分析。支持批量处理和自定义流水线开发。
解析FASTA/GenBank/PDB等生物文件格式
通过NCBI Entrez程序化获取序列或文献
执行BLAST搜索或序列比对
计算GC含量等序列统计信息
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill biopython-molecular-biology -g -y
提供基于Biopython的生物序列分析能力，涵盖FASTA/GenBank等格式解析、NCBI数据检索、BLAST比对、多序列对齐及系统发育树构建，适用于基因家族与比较基因组学研究。
从NCBI下载基因家族并构建系统发育树
解析GenBank或GFF3文件提取CDS序列
运行BLAST搜索并过滤显著匹配结果
计算序列间相似度或进行多序列比对
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill biopython-sequence-analysis -g -y
查询ARCHS4数据库获取RNA-seq表达数据、组织模式及共表达网络，支持基因z-score检索、样本元数据搜索和HDF5矩阵访问，用于生物信息学分析与实验验证。
查询特定基因的组织特异性表达水平
寻找与目标基因共表达的候选基因
基于组织或疾病元数据搜索RNA-seq样本
验证差异表达结果在群体中的表达方向
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提供Python统一接口访问40+生物信息学数据库，支持UniProt、KEGG等查询、ID映射及BLAST搜索，适用于跨库数据整合与批量处理工作流。
需要查询多个生物数据库（如UniProt, KEGG）的数据
进行跨数据库的ID映射或转换
执行批量生物标识符处理
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通过cBioPortal REST API获取癌症基因组数据（突变、表达、临床信息），支持生存分析与TMB计算，适用于生物医学研究场景。
查询癌症基因突变或拷贝数变异数据
获取患者临床预后及生存分析数据
进行肿瘤基因组学与临床表型的相关性分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill cbioportal-database -g -y
通过NCBI E-utilities查询ClinVar数据库，获取变体的临床意义、致病性及疾病关联信息。支持按基因、rsID或条件搜索，用于构建优先筛选临床可操作变体的管道。
查询特定变体（如rsID或HGVS）的临床意义分类
检索特定基因的所有致病性变体
识别提交实验室间的解释冲突
获取变体的条件/表型关联
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提供COSMIC癌症体细胞突变数据库的REST API查询能力，支持基因、样本、变异及耐药性数据检索。
查询癌症基因突变频率
获取癌症基因普查信息
查找突变特征或耐药变异
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通过NCBI API查询dbSNP数据库，获取SNP记录、等位基因频率、变异类型及临床关联信息。支持按rsID、基因或区域检索，用于基因组数据注释与分析。
查询特定rsID的SNP详细信息
根据基因名或染色体区域搜索变异
批量获取rsID对应的基因组坐标和HGVS表示
检查变异与ClinVar的临床意义链接
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill dbsnp-database -g -y
提供DepMap CRISPR基因效应分析指南，重点说明Chronos评分的符号约定、Essentiality相关性计算时的符号取反规则，以及针对每基因NaN模式的Spearman相关性实现和数据加载对齐方法。
分析DepMap CRISPR基因敲除对细胞活力的影响
计算基因表达与Essentiality的相关性
处理含NaN值的生物信息学数据相关性计算
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill depmap-crispr-essentiality -g -y
提供欧洲核苷酸档案(ENA)的REST API编程访问能力，支持序列、读取、组装及注释数据的搜索、检索与下载。适用于生物信息学数据分析场景。
需要查询或下载EN公共核酸序列数据
获取基因组组装质量统计信息
进行大规模测序项目批量下载
探索分类学谱系或交叉引用
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ena-database -g -y
封装ENCODE Portal REST API，用于查询转录因子结合、染色质开放性及组蛋白修饰等调控基因组数据。支持按实验类型、细胞系或基因组区域检索元数据及下载BED/bigWig文件，适用于变异注释和调控元件分析。
查询特定转录因子的ChIP-seq峰数据
获取特定细胞类型的ATAC-seq/DNase-seq开放染色质区域
检索与基因组区域重叠的cCREs
为VCF变异注释准备参考调控轨道
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill encode-database -g -y
封装Ensembl REST API，提供基因注释、序列获取、ID转换及变异查询功能，支持300+物种。
查询基因或转录本官方注释信息
进行不同基因标识符命名空间间的转换
获取特定基因的基因组或蛋白质序列
查询SNP变异的后果和功能影响
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ensembl-database -g -y
提供NCBI Gene数据库的E-utilities API访问能力，用于基因ID解析、别名映射、功能摘要获取及跨物种同源查询，支持REST接口调用与数据检索。
需要解析基因符号或别名对应的官方ID
查询特定基因的功能描述或GO注释
获取基因的RefSeq accession信息
进行跨物种的基因同源比对
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gene-database -g -y
用于通过GEOparse和NCBI E-utilities搜索、下载并解析GEO基因表达数据集。支持按关键词或组织获取GSE矩阵、GPL注释及GSM元数据，并将结果加载至pandas DataFrame以进行下游生物信息学分析。
需要检索公开的基因表达数据集
下载并解析GEO系列数据的表达矩阵
提取样本注释表进行荟萃分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill geo-database -g -y
提供统一CLI/Python接口访问20+基因组数据库，支持基因查询、BLAST、AlphaFold结构预测、富集分析及癌症数据检索。
需要跨物种基因信息或序列查询
执行BLAST/BLAT比对搜索
进行蛋白质结构预测或基因集富集分析
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gget-genomic-databases -g -y
通过GraphQL API查询gnomAD数据库，获取人群变异频率、基因约束评分及覆盖度，用于评估罕见变异和临床相关性。
查询特定变异的等位基因频率
获取基因的pLI或LOEUF约束评分
检查基因组区域的测序覆盖深度
筛选罕见变异以辅助临床解读
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gnomad-database -g -y
封装NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API，用于查询SNP与性状的关联、研究文献及摘要统计。支持按疾病、基因或rs ID检索，辅助构建PRS候选列表、分析多效性及生成曼哈顿图数据，无需认证。
查询特定疾病或性状相关的遗传变异
获取SNP的显著关联结果或多效性信息
下载GWAS摘要统计数据用于分析
查找与特定基因或PubMed ID相关的GWAS研究
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill gwas-database -g -y
通过REST API或pyJASPAR库查询JASPAR转录因子结合谱（PFM/PWM），支持按TF名称、物种等检索，用于DNA序列TFBS扫描及调控序列分析。
查询特定转录因子的PWM或PFM矩阵
根据物种或结构类别批量获取JASPAR谱
使用已知PWM扫描DNA序列寻找TFBS
构建motif富集分析的输入数据集
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill jaspar-database -g -y
提供KEGG生物信息数据库的REST API调用能力，支持通路、基因、化合物等数据查询及ID转换。适用于生物学通路分析、分子网络检索及跨库标识符映射场景。
查询特定基因关联的生物通路
获取代谢通路详情或化合物结构
在KEGG与NCBI/UniProt/PubChem间转换ID
检查药物相互作用
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill kegg-database -g -y
封装Monarch Initiative知识图谱API，用于疾病-基因-表型关联查询、罕见病候选基因优先级排序及跨物种比较。支持基于MONDO ID和HPO术语的数据检索与元数据解析，适用于生物医学研究中的诊断候选生成。
根据疾病ID查询关联基因
基于患者表型列表进行候选基因排名
跨物种基因-表型关联分析
获取实体元数据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill monarch-database -g -y
提供EBI QuickGO REST API的Python封装，支持GO术语解析、关键词搜索、层级遍历及蛋白注释检索。用于获取本体元数据和过滤后的注释数据，为基因富集分析提供基础数据支持。
查询GO术语ID对应的名称和定义
根据关键词搜索相关GO术语
遍历GO本体的祖先或后代节点
按分类群或证据代码过滤获取蛋白注释
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill quickgo-database -g -y
通过 RegulomeDB v2 API 查询基因变体的调控功能评分及重叠证据，用于 GWAS 位点优先级排序、非编码变体注释及顺式调控发现。
需要评估 SNP 的调控潜力或评分
GWAS 结果中筛选具有调控功能的变体
查询变体附近的转录因子结合或染色质状态证据
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill regulomedb-database -g -y
